3种致毛皮动物肺炎病原菌多重PCR检测方法的建立

大肠杆菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌是引起毛皮动物肺炎的最为常见的细菌性病原。本研究选择3种细菌的特异性基因,分别为phoA(大肠杆菌)、plcH(铜绿假单胞菌)和khe(克雷伯菌)基因,进行多重PCR方法的建立,预期扩增目的条带大小分别为720,199,428bp。通过反应条件的优化,选择退火温度54.5℃,引物体积(按照phoA、plcH和khe顺序,浓度10μmol/L)为0.50,0.75,2.00μL。敏感性试验结果显示,大肠杆菌和肺炎克雷伯菌最低检测DNA质量浓度为1mg/L (1μL),而铜绿假单胞菌的最低检测质量浓度为100μg/L (1μL)。利用建立的多重PCR方法对临床样品进行检测,结果表明该方法能够有效检测出3种病原菌。     

铜绿假单胞菌oprH基因DNA疫苗的构建与检测

研究旨在构建铜绿假单胞菌oprH基因的DNA疫苗。试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌的oprH基因序列,设计合成了一对特异性引物,利用PCR技术由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得该目的基因,进行胶回收纯化并与T载体进行连接,经双酶切和PCR鉴定后将重组质粒进行酶切回收目的基因片段,并将其亚克隆于真核表达载体pCAGGS-HA中,以双酶切和PCR方法进行鉴定。结果显示：PCR成功扩增出约600 bp的oprH基因,连接T载体后的重组质粒经双酶切和PCR鉴定,均可获得大小正确的目的基因片段。真核重组载体鉴定结果显示,oprH基因成功克隆于真核表达载体pCAGGS-HA中。研究表明,试验成功构建了oprH基因的DNA疫苗,为进一步研究其免疫效果及铜绿假单胞菌新型疫苗的研制提供参考。     

铜绿假单胞菌oprD基因的克隆、表达与纯化

试验研究铜绿假单胞菌外膜蛋白编码基因oprD在大肠杆菌中的克隆及异源表达与纯化。试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌oprD基因序列,设计合成了一对特异性引物,由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得了该目的基因,随后将其克隆于原核表达载体pET32a中,转化入大肠杆菌BL21 (DE3),以异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,并优化了表达条件,同时对表达的蛋白进行纯化。结果显示,试验成功构建了重组载体pET32a-oprD,oprD与组氨酸(His)标签形成的融合蛋白约为65 kD。最佳表达条件为菌液培养5 h时加入0.7 mmol/L的IPTG,37℃下诱导4.5 h,纯化的蛋白经SDS-PAGE分析获得了较高纯度的OPRD重组蛋白。研究结果可以为铜绿假单胞菌OPRD蛋白功能研究及其相关诊断试剂和疫苗的研制提供参考。     

香鱼假单胞菌SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

为建立香鱼假单胞菌的快速定量检测方法,本研究根据Gen Bank中登录的rpo D基因序列设计了一对特异性引物,以该菌基因组DNA为模板通过PCR扩增其180 bp的rop D基因片段,并克隆于p MD18-T载体中,以纯化的重组质粒为标准品建立了香鱼假单胞菌SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法。结果显示在1.9×103拷贝/μL~1.9×108拷贝/μL范围内呈现良好的线性关系,相关系数为0.999,灵敏度可达1.9×103拷贝/μL;该方法对恶臭假单胞菌、荧光假单胞菌、创伤弧菌等病原菌DNA扩增结果均为阴性,特异性良好;组内和组间变异系数均小于2%,具有较高的重复性和稳定性。本研究建立的方法不仅能够快速检测香鱼假单胞菌,还能够对该病原菌感染的动态变化进行定量研究,为大黄鱼香鱼假单胞菌感染导致的内脏白点病的早期诊断及防控提供一个新的检测技术。     

东方蜜蜂ISSR反应体系的建立及优化

以东方蜜蜂(Apis cerana)为材料,对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如模版DNA、Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物的浓度及退火温度进行了研究.确立了适合东方蜜蜂ISSR扩增的反应体系:25IX L反应体系中最适含量为:10×PCR buffer 2.5μL,2.5mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTPs,1UTaqDNA聚合酶,0.4 pmol/μL引物,20～40 ng模板DNA.PCR反应程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,52.3℃(引物UBC811优化后的退火温度,退火温度随引物不同而定)退火30 s,72℃延伸30 s,35个循环,72℃再延伸5 min,在4℃保存.优化体系的建立为进一步利用ISSR分子标记技术进行东方蜜蜂遗传多样性研究奠定了基础.     

兔源性肺炎克雷伯氏菌PCR检测方法的建立

试验拟通过建立兔源性肺炎克雷伯氏菌的PCR检测方法,为规模化兔场肺炎克雷伯氏菌的检测提供理论依据。以肺炎克雷伯氏菌的保守序列khe基因设计特异性引物,建立PCR反应体系,并对反应条件进行优化。选择不同菌株进行PCR扩增来检测该方法的特异性。接着对不同浓度的肺炎克雷伯氏菌DNA进行PCR扩增,以检测该方法的敏感性。对PCR反应体系和反应条件进行优化,结果显示当引物浓度为50μmol/L,退火温度为52℃时,特异性条带最亮。特异性试验结果显示只有肺炎克雷伯氏菌有特异性条带出现。敏感性试验结果显示建立的PCR检测方法能检测出的DNA最低浓度为1.83 ng/μL。研究所建立的PCR检测方法具有良好的敏感性和特异性,适合肺炎克雷伯氏菌的检测。     

荷斯坦奶牛随机扩增多态DNA(RAPD)反应条件的优化

以中国荷斯坦奶牛为试验材料,研究了Mg2 浓度、dNTPs浓度、引物浓度、模板DNA浓度、TaqDNA聚合酶,以及退火温度对RAPD反应的影响,建立一套适合中国荷斯坦牛的最佳RAPD反应体系。反应总体积为20μL,Mg2 浓度为2.5mmol/L,TaqDNA聚合物浓度为1U,引物浓度为2μmol/L,dNTPs浓度为400μmol/L,模板DNA浓度为100ng。PCR反应程序:94℃预变性2min→40循环(94℃变性1min→36℃退火1min→72℃延伸1min)→72℃延伸5min。     

番石榴ISSR-PCR最适反应体系的建立与验证

为更好的将ISSR标记应用于番石榴种质研究,本研究以“维邦2号”番石榴DNA为筛选体系试验材料,采用单因子试验对ISSR反应中Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶浓度、DNA浓度进行了优化。实验结果表明,番石榴20µl最适反应体系为：2.0µl 10×Buffer,1.0mmol/L Mg2+,0.25mmol/L dNTPs,0.8mmol/L引物,0.2U Taq酶,10ng的DNA。利用该反应体系,选用引物UBC810对9份番石榴种质进行PCR反应,再选取“南宁本地番石榴实生2号”DNA作为模板对8条ISSR引物进行PCR反应,对所确立的扩增体系进行验证。结果显示扩增产物条带多态性丰富,且特异性强、重复性好,表明本研究所确定的反应体系适用于番石榴的ISSR分子标记。     

羊多杀性巴氏杆菌与布鲁氏菌双重套式PCR检测方法的建立及应用

为了建立一种高灵敏度和强特异性的羊多杀性巴氏杆菌与布鲁氏菌的双重检测方法,根据多杀性巴氏杆菌kmt1基因序列和布鲁氏菌BCSP31基因序列分别设计了内外两对引物,构建了双重套式PCR检测方法。结果表明,该方法可以特异性扩增kmt1和BCSP31片段,并能从多种组织样本的DNA中准确检测到多杀性巴氏杆菌与布鲁氏菌的核酸片段。检测沙门氏菌、猪链球菌、大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、海藻糖巴氏杆菌和斯氏假单胞菌均为阴性;对于kmt1的检测下限为70.9 copies/μL,对于BCSP31检测下限为89.5 copies/μL;用于检测动物的组织样本符合率为100%。建立的方法有良好的敏感性、特异性和适应性,可以用于动物检疫诊断。     

菊粉对铜绿假单胞菌flgE基因DNA疫苗的免疫增强作用

为研究菊粉对铜绿假单胞菌flgE基因DNA疫苗的免疫增强作用,本研究将铜绿假单胞菌的flgE基因克隆于真核表达载体pcDNA3.1(+)中制备DNA疫苗,分别以该DNA疫苗(100μg/只)和菊粉佐剂+DNA疫苗免疫BALB/c小鼠(质粒100μg/只,终浓度20%菊粉),同时设置菊粉灌胃对照组(600 mg/kg)以及灭活疫苗(100μL/只)、鞭毛蛋白(100μL/只)、pcDNA3.1(+)空载体(100μg/只)和PBS对照组(100μL/只)。每两周免疫一次,共免疫3次。利用间接ELISA检测免疫后血清特异性抗体水平,MTT法检测免疫小鼠脾淋巴细胞增殖水平,双抗夹心ELISA检测IFN-γ分泌情况,计算强毒攻击后各组小鼠的存活数及保护率。结果显示,菊粉佐剂组和菊粉灌胃组小鼠产生的抗体水平与DNA疫苗组相比无明显差异(p0.05),且显著低于灭活疫苗组和鞭毛蛋白组(p0.05);菊粉佐剂组对小鼠脾淋巴细胞的刺激值(SI值)和IFN-γ水平与鞭毛蛋白组相当,明显高于菊粉灌胃组和DNA疫苗组(p0.05);菊粉佐剂组和菊粉灌胃组对小鼠的保护率均高于DNA疫苗组,但低于灭活疫苗组,表明以菊粉预先灌胃和以菊粉为佐剂均可在一定程度上提高flgE基因DNA疫苗对小鼠的保护效率,但仍不及传统的灭活疫苗。本实验为铜绿假单胞菌DNA疫苗的研究及菊粉在DNA疫苗中的应用奠定基础。     

山生柳SSR-PCR反应体系优化

本研究以祁连山4个海拔梯度的山生柳（Salix oritrepha）为材料,采用L9(34)正交试验设计和单因子试验,分析山生柳SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响,并对引物SHUK123的适宜退火温度进行优化。结果表明,PCR反应体系的最佳条件:20 μL体系中2.0 mmol·L-1 Mg2+ 1 μL,0.10 mmol·L-1 dNTPs 1.5 μL,0.5 U Taq酶用量为1 μL,20 ng·μL-1 DNA模板1 μL, 0.5 μmol·L-1的上下游引物各2 μL,10× Taq Buffer 2 μL,ddH2O加至20 μL。扩增反应程序：94 ℃高温预变性时间3 min,94 ℃变性45 s,Tm(不同退火温度)退火时间45 s,72 ℃延伸30 s,循环数30个,最后72 ℃后延伸时间5 min,4 ℃保温。适宜退火温度为56 ℃。以上结果表明,此反应体系在山生柳PCR扩增中的稳定性和可重复性较好。     

珍稀濒危植物裸果木RAPD反应体系优化研究

以裸果木新鲜叶片为材料,采用改进CTAB法提取基因组DNA,在参考一般RAPD分析反应程序的基础上,研究了裸果木RAPD分析过程中的影响因素Taq酶、Mg2+、dNTP、引物、模板DNA浓度、变性时间等,建立了适于裸果木RAPD反应的PCR体系:模板DNA为4ng/μL,引物浓度为0.3μmol/L,dNTP浓度为0.5mmol/L,Mg2+浓度为2.0mmol/L,Taq酶用量为1U,ddH2O补足25μL;94℃预变性5min,94℃变性45s,36℃退火40s,72℃延伸1min,共30个循环,最后72℃延伸10min,扩增结果稳定。     

百脉根ISSR-PCR反应体系的建立与优化

运用L16(45)正交设计对百脉根ISSR反应的5个因素,即DNA模板浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶浓度在4个水平上进行优化实验,通过不同反应体系扩增效果比较,最终确定在20uL体系中各反应物的最适含量为:40ng模板DNA、2μL 10×PCR Buffer、0.15mmol/LdNTPs、0.75μmol/L ISSR引物、1.5mmol/L MgCl2、1UTaqDNA聚合酶。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行百脉根属种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。     

灰色家鸽ISSR反应体系的建立与优化

本研究旨在通过正交优化得出灰色家鸽的ISSR-PCR反应的最佳体系。以灰色家鸽为试验材料,使用引物ISSR807,采用正交优化方法对影响PCR反应的Mg²⁺、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板进行了体系优化,同时对引物的最佳退火温度进行了选择,建立了适合灰色家鸽的ISSR-PCR分析的最佳体系。结果表明,灰色家鸽ISSR-PCR反应的最优体系为:25 μL总体积中包括10×PCR Buffer 2.5 μL, Mg²⁺ 2.6 mmol/L, dNTPs 0.2 mmol/L, 引物0.4 μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U,DNA 模板1.2 ng/μL,最佳退火温度为56.2 ℃。通过对ISSR-PCR反应体系的优化,能为利用该技术进行灰色家鸽遗传多样性评价、不同种源鉴定及亲缘关系分析奠定基础。     

垂穗披碱草ISSR反应体系的正交优化

以垂穗披碱草(Elymus nutans)基因组DNA为模板,对ISSR-PCR反应体系中5个因素(TaqDNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物)进行优化试验.建立垂穗披碱草稳定的ISSR-PCR反应体系及最佳扩增程序.在25 μL反应体系中,最佳反应体系为2.5 μL 10×buffer(不含Mg2+)...     

蜜蜂遗传多样性研究的RAPD-PCR反应体系的正交优化

利用正交设计L16（45）对蜜蜂基因组DNARAPD-PCR反应体系的5个因素（Tag酶,引物,Mg2＋,dNTP,模板）在4个水平上进行优化试验,筛选出各个反应因素的最佳水平,建立蜜蜂模板DNARAPD-PCR反应的最佳体系（25L）：10×PCRbuffer3.0L,Tag酶0.5U,引物浓度0.4mol/L,Mg2＋浓度3.0mmol/L,dNTP浓度0.5mmol/L,模板40ng。对蜜蜂DNARAPD-PCR最佳反应体系的退火温度进行了梯度试验,最佳退火温度为54℃。     

蚕微卫星DNA体外自我扩增条件初步研究

采用一种类似PCR的基因组自我引发PCR(GSP PRC)法 ,初步研究了家蚕、野桑蚕、天蚕、蓖麻蚕和柞蚕的微卫星DNA的体外基因组自我引发PCR扩增条件。质量浓度为 10 0mg/L的基因组DNA经 10 0℃变性 15min后 ,与等量相同浓度未变性的DNA混合作为模板 ,在 80 μL扩增体系 [含 0 2mmol/LdNTPs、5 0mmol/LKCl、10mmol/LTris HCl(pH 9 0 )、4mmol/LMgCl2 、1 2 5UTaqpolymerase]中加入 1μL此混合模板 ,在92℃、1min→ 5 5℃、2min→72℃、2min ,30～ 90次累积循环的扩增条件下 ,成功地得到了PCR产物。反应体系中 ,基因组DNA的适宜质量浓度为 1 2 5mg/L。GSP PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后的部分片段回收后 ,在同样条件下 ,30～ 6 0个循环可得到同样大小范围的产物。GSP PCR产物经 6 %的变性测序胶电泳 ,得到典型的梯状带 ,表明为微卫星DNA。     

本氏针茅ISSR-PCR反应体系的建立及引物筛选

以CTAB法提取的本氏针茅(Stipa bungeana Trin.)基因组DNA为模板,采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,对影响本氏针茅ISSR-PCR反应体系中的DNA、Taq酶、dNTPs、引物和Mg2+进行优化,旨在建立适合本氏针茅ISSR-PCR分析的最佳反应体系。结果表明,在20μL的反应体系中各组分的浓度分别为:DNA(20ng/μL)2.5μL、Taq DNA酶(5U/μL)0.1μL、dNTPs(2.5mmol/L)1.6μL、引物(10μmol/L)2.3μL、Mg2+(25mmol/L)1.4μL、10×Buffer 2.5μL、ddH2O 9.6μL。经过体系验证和引物筛选试验表明该体系适于本氏针茅遗传多样性分析,该体系的建立为本氏针茅种质资源遗传多样性研究提供了理论基础。     

白羊草ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交试验与单因素、双因素设计结合的方法,对白羊草ISSR-PCR反应体系的Mg2+、dNTP、模板DNA、Taq DNA聚合酶及引物5种主要因素进行优化。确立了白羊草最佳反应体系及扩增程序:25μL体系中dNTP 0.2mmol/L、Taq酶1.0U、引物0.6μmol/L、Mg2+2.5mmol/L、DNA模板30ng、10×PCR Buffer 2.5μL;扩增程序:94℃预变性5min,94℃变性45s,50～60℃(退火温度随引物不同而定)退火60s,72℃延伸90s,共35个循环,72℃后延伸5min。     

槲树DNA SSR-PCR反应体系的正交优化

利用正交设计L16(45)对槲树(Quercus dentata Thunb.)基因组DNASSR-PCR反应体系的5个因素(Tap酶,Mg2+,,模板DNA,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了槲树模板DNASSR-PCR反应的最佳体系(20μL):60ng模板DNA,2mmol/LMg2+,0.075U/μLTaq酶,0.4mmol/L dNTP,引物浓度0.1μmol/L。对槲树DNASSR-PCR最佳反应体系的退火温度进行了梯度试验,最佳退火温度为51.3℃。