山西大豆自然群体遗传多样性的研究

为探明由山西不同生态型大豆品种组成的自然群体的遗传多样性,为优异种质资源的筛选和应用提供理论依据,以102个大豆品种组成的自然群体为研究材料,采用59对SSR引物对该群体进行遗传多样性分析。结果表明:59对引物最终筛选出50对多态性好的引物,共检测出157个等位变异,不同位点的等位变异数为2~7个,平均等位变异数为3.14个,其中等位变异数最多的为Satt263,有7个。香农指数变幅为0.097 3~1.668 4,香农指数平均值为0.844 9,多态性信息量的变幅为0.038~0.761,平均每个引物的多态性信息量为0.431。标记将102个大豆材料在遗传距离GD=0.805处聚为3个群组,群组1有52个材料,群组2由48个材料组成,群组3仅有2个材料。     

浙南地区小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确浙南地区小麦育种亲本资源的遗传多样性,利用分布于小麦21条染色体上的88对SSR引物对48份小麦品种资源基因组DNA进行扩增,结果显示:其中有27对引物在48份材料之间具有稳定的多态性,共检测出159个等位位点,每对引物等位位点数为2～9个,平均为5.89个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.117 ～0.850,平均为0.652.48份小麦品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.68～1.00,品种资源间的遗传多样性较低.采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.75处,可将48份小麦品种(系)分为6大类群,在一定程度上反映了品种资源之间的亲缘关系.     

河北省小麦品种基于SSR标记的遗传多样性研究

为了研究河北省小麦品种的遗传多样性,试验选用分布于小麦21条染色体上的86对多态性微卫星(SSR)引物,对建国近60年以来在河北省审(认)定的125个小麦品种进行了遗传多样性分析。结果表明:86对SSR引物共检测到296个等位变异,每对引物检测到的等位基因数变幅为2～7个(平均3.83个),以B基因组具有最高的平均等位基因数(3.94),A(3.81)、D(3.78)基因组次之;每个SSR位点的多态性信息量(PIC)变化范围为0.094～0.877(平均0.573),3个基因组的PIC值顺序依次为B基因组(0.593)>D基因组(0.579)>A基因组(0.528)。125个品种间的遗传相似系数(GS)变幅为0.409～0.909(平均0.615),基于遗传相似系数(GS)的聚类分析得出,供试小麦品种在GS值0.52处聚为3类,其中20世纪90年代后的114份品种(91.2%)被聚为1类,表明河北省小麦品种的遗传多样性水平较低,品种间的亲缘关系较近,其遗传基础需要进一步拓宽。     

棉花γ射线诱变后代的SSR标记遗传多样性

利用39个多态性SSR标记分析了三个棉花品种辐射诱变后代M5材料（共74份）的遗传多样性。结果表明，三个品种各检测到的多态性位点占总个多态性位点的百分数分别为51.3%、48.7%和66.7%；且其基因型多样性（H''）的平均值分别为0.997、0.648、1.187。三个品种诱变后代材料与其未辐射处理对照的遗传相似系数变幅分别为0.6515～0.9697、0.6970～1.0000、0.5524～0.8095，其平均遗传相似系数分别为0.8637、0.9206、0.6818。Arcot-1和Su9108两个品种诱变后代的成对相似系数大于或等于8.000的比例达到60.0%以上，J11诱变后代的成对相似系数主要集中在低相似性区域，其对成相似系数小于7.000的比例达62.5%。该研究从分子水平揭示出辐射可创造丰富的遗传变异，拓宽了原品种的遗传基础。同时还明确了辐射对不同棉花品种的诱变效果的差异，为辐射诱变创新种质提供了可靠的检测方法和理论基础。     

用SSR标记研究谷子品种的遗传多样性

用37对SSR标记对40个谷子品种(来自我国的37个谷子品种及从印度、俄罗斯引进的3个谷子品种)进行遗传多样性研究,37对引物共检测出228个等位变异,引物检测出的等位变异数在3～12之间,平均每个位点检测出的等位变异数为6.16,37个位点的平均多态信息量(PIC)为0.697.研究这37个SSR标记重复单元出现次数与多态信息量及等位变异数之间的相关性,发现多态信息量与等位变异数呈极显著相关,相关系数达到0.802(P<0.01),而多态信息量与重复单元出现次数之间相关性也达到显著水平.相关系数达到0.429(P<0.01).对40个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.79时聚为5组,聚类结果表明除山西外几乎所有来自我国不同地区的谷子育成品种都被聚成1组,多数农家品种聚类群与生态类型存在一定的一致性.     

基于SSR技术分析陕西省玉米主栽品种的遗传多样性

从100对玉米SSR引物中选取扩增带型清晰、多态性较高的29对引物对陕西省26个玉米主栽品种的遗传多样性进行了分析。结果表明:29对引物共检测到148个等位基因变异,平均每个位点的等位基因数5.1个,平均多态性信息量0.690。聚类分析(UPGMA)表明,SSR标记可将26个玉米主栽品种分成5大类,与品种系谱分析基本吻合。品种间遗传相似系数(GS)变幅为0.520~0.851,平均GS值为0.674,说明陕西玉米主栽品种具有较为丰富的遗传多样性。     

结球甘蓝遗传多样性的SSR分析

利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。     

利用RAMP和ISSR标记分析大麦种质资源的遗传多样性

 利用RAMP和ISSR两种标记分别对60份大麦种质资源遗传多样性进行了检测。结果发现，两种标记都能揭示材料间较高的遗传多样性，其中ISSR标记多态性又高于RAMP标记。在RAMP分析中，每个引物可扩增出1～10条DNA片段，平均为5.27条；22个RAMP引物共扩增出116条DNA片段，其中98条具有多态性，多态性比率（PPB）为84.48%；平均多态信息量（PIC）为0.277；每个位点有效等位基因数（Ne）为1.602；材料间遗传相似系数GS变化范围为0.551～0.965，平均值为0.830。在ISSR分析中，每个引物可获得1～10条DNA片段，平均为5.95条；19个ISSR引物共扩增出113条DNA片段，其中111条具有多态性，多态性比率（PPB）为98.23%；平均多态信息量（PIC）为0.427；每个位点有效等位基因数（Ne）为2.033；材料间遗传相似系数GS变幅为0.203～0.931，平均达0.676。聚类分析表明，两种标记都能将供试材料完全区分开，聚类结果具有一定的相似性，但也存在明显差异。Mantel检测表明，这两种标记极显著相关（r = 0.346, t = 2.808）。     

黄淮南片麦区区试小麦品种(系)的遗传多样性及Pm21和1BL/1RS分子检测

为了解当前黄淮麦区区试品种(系)的遗传特征,利用分布于小麦基因组的96对SSR标记分析2016年参加黄淮南片麦区品种试验的78个小麦品种(系)的遗传多样性,同时,对Pm21基因和1BL/1RS易位系进行分子检测。结果表明,96对SSR引物中有80对(83.3%)在所有材料表现多态,共检测到307个等位变异,变幅为1~8,平均每个引物扩增3.84个等位变异;位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.10~0.83,平均0.62;供试材料的遗传距离变幅为0.14~0.16,平均0.58。78个材料均不含有Pm21基因,69个(88.5%)材料属于1BL/1RS易位系。     

ISSR标记对34份樱桃种质资源的遗传分析

利用ISSR标记对34份樱桃种质资源进行遗传多样性检测。结果发现,ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。每个引物可获得6～12条DNA片段,平均为8.76条;17个ISSR引物共扩增出149条DNA片段,其中143条具有多态性,多态性比率（PPB）为95.97%;平均多态信息量（PIC）为0.90;每个位点有效等位基因数（Ne）为1.914;材料间遗传相似系数GS变幅为0.44～0.91,平均达0.73。通过聚类,从分子水平对樱桃种质资源的遗传关系进行分析,并对34份资源进行分类,ISSR标记能将34份樱桃种质完全区分开,为樱桃种质资源的研究利用提供参考。     

吉林省龙井保护区野生大豆居群遗传多样性的研究

利用28对SSR引物对吉林省龙井保护区一个居群的32份野生大豆进行了遗传多样性分析,共检测到120个等位变异,平均等位变异数为4.29个。32份野生大豆的遗传相似系数为0.58～1.0,平均相似系数为0.63。聚类分析结果表明,此居群野生大豆的生长趋势与地理位置有明显的相关性,呈遗传斑块生长。28对SSR引物得到的Simpson指数分布范围为0.119 1～0.673 8,平均值为0.454 4;Shannon-weaver指数分布范围为0.277 1～1.478 3,平均值为0.8865。通过遗传多样性指数表明:吉林省龙井保护区此居群的野生大豆具有较高的遗传多样性。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

广西野生大豆种质资源SSR引物筛选

【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。     

浙江省大豆种质资源遗传多样性分析

利用47个SSR位点对52份浙江省大豆种质资源进行遗传多样性分析,共检测到411个等位变异,等位变异数变化范围为3～21个,平均每个位点等位变异数为8.75个;每个SSR 的Simpson指数的分布范围为0.5506～0.9357,平均值为0.8061;Shannon-weaver指数分布范围为0.9083～2.8440,平均值为1.8386;材料的成对相似系数变化范围为0.5547～0.8589,总体平均值为0.6775。在聚类分析中,以相似系数为0.666为划分标准,将52份材料分为三大类,第Ⅰ类包括20份材料,以杭嘉湖、台州、丽水等地区的材料为主;第Ⅱ类包括24份材料,以绍兴、金华、衢州、丽水地区材料为主;第Ⅲ类包括8份材料,以金华、衢州地区的材料为主,SSR聚类结果与材料的地理来源和生态型没有明显的相关性,而与株高、生长习性有一定的相关性。     

用SSR标记分析高油栽培大豆品种的遗传多样性

利用47 对SSR 引物对我国56份高油栽培大豆的遗传多样性进行分析.结果表明: 47对SSR引物在上述品种中共检测到289个等位变异,平均6.15个;引物遗传多样性指数在0.223 9～0.858 7,平均0.667 9;品种间遗传相似系数变异在0.117～0.926,说明高油大豆中存在丰富的遗传变异.利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析结果可将56份材料分为6个类群, 其类群分布表现出一定的地域相关性.     

水稻缙恢21诱变材料遗传变异的SSR分析

为了获得性状优良的水稻种质资源,采用EMS方法对缙恢21进行诱变,M4代获得不同类型的稳定突变材料,选取36份性状明显不同的突变材料进行SSR分子标记分析。从覆盖水稻12对染色体的200对SSR引物中筛选出15对扩增产物具有稳定多态性的引物,检测到59个等位基因,有效等位基因数为46.2574,有效等位基因百分数为78.40%,每对引物检测出3~5个等位基因,平均为3.9333个;遗传多样性指数在0.9951~1.3849之间,平均为1.2071;每个位点的多态性信息量变化于0.8285~0.9794之间,平均为0.9134。聚类分析得出,36份材料的遗传相似系数变幅为0.515~1.000,并在遗传相似系数0.63处将36份材料分为两大类群。     

普通野生稻遗传多样性分析

为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择、改变目前遗传基础狭窄的状况,试验选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的20份普通野生稻进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物均具有多态性,多态性位点百分率为100%;这些多态性引物在20份材料中共扩增出220条多态性带,平均每对SSR引物可检测到3～11个等位基因,平均每个位点7.3条。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,在Nei遗传距离为1.3处可将20份材料分为3个类群,即2个国外群体和1个国内群体;同一生态型的稻种基本聚为一类,个别不同生态型的稻种由于品种间的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。说明SSR是一种进行遗传多样性研究切实有效的方法;育种亲本的选择不能仅仅依据生态型。     

基于SSR标记的桃品种遗传多样性分析及遗传相似系数比较

【目的】利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考。【方法】利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析。【结果】使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2~5之间,平均为3.4。多态信息含量在0.36~0.73间变化,平均为0.54。Jaccard相似系数为0.106~1.000;Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772;Dice系数次之,为0.719;Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CI_c为1。Nei’s基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon’s信息指数分别为1.041和0.591。40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合。【结论】基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析。Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析。桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新。     

山东省不同年代栽培大豆SSR标记遗传多样性分析

从分子水平探讨山东省大豆种质资源遗传多样性,为山东大豆今后的大豆育种和遗传改良奠定基础;对山东省36份不同年代材料进行SSR标记,计算遗传相似系数,并对供试品种进行UPGMA聚类分析;20对SSR引物共扩增出138个等位变异,平均每对引物扩增出6．9个等位变异。遗传相似系数的变化范围为0．66-0．97,总体平均值为0．78;相似系数大,品种间遗传差异较小。利用SSR标记的数据结果,对供试品种进行聚类分析,东解1号单独聚为一类,其他品种聚成2个类群,聚类结果表明其多样性与地理来源及系谱关系相关联,但从年代上并没有很好的划分。对山东大豆的多样性分析也有必要采取多种方法对其进行综合有效的鉴定。     

The power of microsatellite markers and AFLPs in revealing the genetic diversity of Hashemi aromatic rice from Iran

Hashemi, a popular aromatic rice among Iranians, is famous for its fragrance and taste. Such features are major reasons for its higher price compared to non-aromatic varieties available in Iran. Therefore, the knowledge of genetic diversity of this profitable crop is a fundamental ineterst for plant breeders in future breeding programs. In the present research, genetic diversity among 35 genotypes of Hashemi aromatic rice(Oryza sativa L.) from Guilan and Mazandaran provinces of Iran was estimated using simple sequence repeat(SSR) and amplified fragment length polymorphism(AFLP) markers. Out of 21 SSR and 12 Eco RI-Mse I AFLP marker combinations, only 16 SSRs and 10 AFLPs exhibited polymorphic patterns while others were monomorphic. The 10 AFLP primer combinations produced a total of 142 of bands and 20 were polymorphic(14.08%). Moreover, 40 out of 47 bands amplified with 16 SSR markers showed polymorphism(85.1%). The average number of alleles identified by SSR primers was 2.56 alleles per locus with a range of 2 to 4. The average value of polymorphic information content(PIC) was 0.393 and 0.468 for AFLP and SSR markers, respectively. However, the genetic similarity values ranged from 0.26 to 1 for SSRs and 0.21 to 1 for AFLPs. Later, a unweighted pair group method with arithmetic mean(UPGMA) dendrogram was generated and genotypes were clustered into four groups with SSRs at similarity coefficient of 0.55 while AFLPs clustered them into six groups at similarity coefficient of 0.41. Cluster analysis revealed a narrow genetic diversity and low correlation between geographical differentiation and genetic distance within cultivars.