假单胞杆菌PsJN DNA芯片的制备及检测

提取假单胞杆菌PsJN总DNA经酶切后,与载体质粒Puc18链接,并转化E. coli DH 5α,从而构成假单胞杆菌PsJN的基因文库.用PCR方法扩增基因文库,所得PCR产物点于芯片上,从而制备PsJN DNA芯片.分别提取不同C源培养的PsJN的总RNA,把不同C源培养的PsJN的总RNA反转录为DNA,用Cy3,CY5分别标记反转录的DNA.通过杂交检测芯片,并获得杂交图像.     

RT-PCR检测金黄色葡萄球菌肠毒素A基因

金黄色葡萄球菌是引起细菌性食物中毒的重要病源菌之一,尤其是肠毒素。国内外由金黄色葡萄球菌肠毒素引发的食物中毒屡屡发生。目前,国内检测食品中金黄色葡萄球菌肠毒素仍采用传统的方法,其操作繁琐、检测时间较长,通常需要3~5 d才能完成,且灵敏度较低。本研究缩短食品中金黄色葡萄球菌肠毒素的检测时间,针对PCR检测的灵敏性、特异性,建立了检测金黄色葡萄球菌肠毒素的方法,为检测食品中金黄色葡萄球菌肠毒素提供了技术支持。分别采用TRIZol法和热酚法提取金黄色葡萄球菌总RNA并进行比较研究,在此基础上反转录获得cDNA,用特异引物对sea基因进行扩增,并优化PCR反应条件,获得理想的sea基因阳性扩增条带。结果表明,热酚法在总RNA提取方面优于TRIZol法,改进PCR反应时间和循环次数,最终初步建立RT-PCR检测金黄色葡萄球菌A基因的方法。     

猪肉及其制品中几种病原微生物芯片检测方法的建立及应用

[目的]建立金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157：H7、单增李斯特氏菌和空肠弯曲杆菌检测的基因芯片方法,并在实际应用中检测芯片的效果。[方法]以5种目标菌保守基因片段为模板设计引物,用待检样品增菌后提取的DNA模板进行2个独立的多重PCR扩增。扩增产物与固定有5种目标致病菌特异性探针的基因芯片进行杂交,用芯片扫描仪对芯片杂交结果进行扫描并判定结果。[结果]使用基因芯片检测5种细菌的检测下限分别为：金黄色葡萄球菌8.7×105cell/ml;大肠杆菌O157：H7 5.0×105cell/ml;沙门氏菌4.4×105cell/ml;单增李斯特氏菌2.4×105cell/ml;空肠弯曲杆菌6.2×106cell/ml。[结论]与传统方法比较,芯片法具有较高的特异性和灵敏性,是一种能应用于实际的快速高通量检测细菌的方法。     

不同方法对金黄色葡萄球菌基因组DNA提取效果的比较

分别采用酶解法、CTAB法、SDS法、CTAB/NaCl法等4种方法提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,并进行比较改良。结果表明,SDS法提取的DNA含量最高;当金黄色葡萄球菌的DNA质量稀释至1.975×10-4pg时,SDS法提取的DNA仍能用于PCR扩增;此外,该方法稳定性好、经济性高,是理想的金黄色葡萄球菌基因组DNA提取方法。     

芸芥（E.Sativa Mill.）柱头总RNA提取方法比较研究

为了确立一种适合于芸芥柱头总RNA的提取方法,以芸芥柱头为材料,在常规异硫氰酸胍法的基础上提取和纯化总RNA.结果表明.采用常规异硫氰酸胍法提取的芸芥柱头总RNA,28 S RNA和18S RNA条带的亮度之比接近于1:1,而不是所要求的2:1,产生了明显的降解.改进异硫氰酸胍法提取的芸芥柱头总RNA,28S RNA和18S RNA条带的亮度之比接近于2:1,提取的RNA完整性好,但存在痕量DNA污染.用DNase降解痕量DNA,发现DNA去除较干净,且RNA没有发生降解,可作为反转录底物进行第一链cDNA合成.确立了一种适合于芸芥柱头总RNA的提取与纯化方法,为芸芥自交亲和基因的克隆及功能分析奠定了基础.     

仙人掌总RNA 提取方法的改进与分析

利用亚硫酸钠分别与TRIzol试剂、RNA plant plus Reagent试剂、BioTeke多糖多酚植物总RNA提取试剂、艾德莱EASY spin Plus植物RNA快速提取试剂和OMEGA Plant RNA试剂结合的方法,均可获得高质量的仙人掌茎总RNA。反转录成cDNA,RT-PCR结果显示,5种方法提取的总RNA反转录后均能特异性扩增到matK基因。使用TRIzol试剂盒、RNA plant plus Reagent试剂盒和艾德莱EASY spin Plus植物RNA快速提取试剂盒提取RNA质量相对较高,在cDNA以1∶100稀释时能检测到matK基因;而使用BioTeke多糖多酚植物总RNA提取试剂盒或OMEGA Plant RNA试剂盒时,灵敏度稍低,在cDNA以1∶10稀释时,能检测到目的基因。利用亚硫酸钠结合不同植物总RNA提取试剂盒进行比较研究,为后续制备仙人掌茎高质量cDNA文库及其分子生物学研究奠定基础。     

木薯总RNA提取初步研究

为了筛选适合木薯不同部位总RNA提取的方法,采用常规CTAB法、TRIZOL和RNAplant试剂对木薯叶片和块根总RNA进行提取,并采用两步法进行RT—PCR检测。结果表明,采用常规CTAB法提取木薯总RNA耗时长、效率低,不利于提取大批量材料,但其RNA纯度较高,能产生理想的条带。TRIZOL有利于提取木薯叶片的总RNA而不能提取块根总RNA;RNAplant试剂可以提取木薯各部位的RNA,但纯度不高,且有DNA污染,需要用DNase I处理才能进行RT—PCR检测。TRIZOL和RNAplant试剂混合可以很好地提取木薯各部位总RNA,条带清晰,很少出现降解现象,但仍然无法消除DNA。因此,可根据木薯不同部位要求,选用合适的方法提取总RNA。     

不同方法提取淡色库蚊总RNA的定量比较分析

采用异硫氰酸胍法、Trizol法、Trizol改良法、CTAB法及Trizol+ CTAB 5种方法提取的淡色库蚊总RNA,以期得到最优方法.提取总RNA并用电泳及紫外分光光度计检测,经过Dnase I消化后反转录成cDNA,以此为模板,用CYP6F1引物作定量表达分析.结果表明,与其他几种方法相比,CTAB法提取的效果最好,提取的样品纯度高,完整性好,杂质较少,DNA残留少,降解不明显.CTAB法提取的RNA可以作为eDNA合成和基因克隆的模板,能够满足后续研究的需要.     

沙门氏菌和金黄色葡萄球菌3种DNA提取方法的比较

[目的]对沙门氏菌和金黄色葡萄球菌不同的DNA提取方法进行评价。[方法]采取3种不同的方法对沙门氏菌和金黄色葡萄球菌的DNA进行提取,利用全波长紫外/可见光扫描分光光度计比较其浓度和纯度。[结果]方法 3提取的DNA质量最好,浓度和纯度都较高,方法 1提取的DNA质量次之,纯度较高,浓度次之,方法 2提取的DNA浓度一般,但存在碳水化合物或盐类污染。[结论]方法 3是一种适用于沙门氏菌和金黄色葡萄球菌以及其他病原菌的有效提取方法。     

菲律宾蛤仔凝集素抑菌机制的研究

通过分析菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum凝集素( MCL-T)对细菌的呼吸代谢及细菌中总DNA、总RNA和可溶性蛋白合成的影响,以及MCL-T与金黄色葡萄球菌膜蛋白( OMP)的相互作用及其核酸酶( RNase)活性,研究了MCL-T的抑菌机制。结果表明： MCL-T具有抑制金黄色葡萄球菌Staphylococcus au-reus和枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis代谢过程中的磷酸戊糖途径( HMP); MCL-T与金黄色葡萄球菌或枯草芽孢杆菌共同培养时,随着MCL-T质量浓度的增加,金黄色葡萄球菌或枯草芽孢杆菌中的总 DNA、总RNA和可溶性蛋白含量均呈下降趋势;固相吸附测试表明, MCL-T可与金黄色葡萄球菌膜蛋白结合,两者的结合具有浓度依赖关系,该结合位点受N-乙酰-D-半乳糖酰胺( N-acetyl-D-galactosamine, GalNAc)及猪胃黏蛋白(Mucin from porcine stomach, PSM)的抑制, MCL-T具有RNase活性。研究表明, MCL-T通过抑制细菌的呼吸代谢及细菌中总DNA、总RNA和可溶性蛋白来发挥抑菌作用,同时其抑菌活性还与凝集素的OMP结合结构域和RNase活性结构域相关。     

DNA芯片技术研究进展

DNA芯片技术是近年来发展迅猛的生物高新技术，它是利用光刻合成、高速打印或电定位等技术，在支持物硅、玻璃或尼龙膜上胺照特定的排列方式有序地固化大量的基因探针，形成DNA微阵列。生物样品DNA／RNA通过PCR／RT－PCR扩增和荧光标记后与DNA微阵列杂交，通过荧光扫描器及计算机分析，即可获得样品的基因序列及表达的信息。     

Rev1 employs a novel mechanism of DNA synthesis using a protein template

The Rev1 DNA polymerase is highly specialized for the incorporation of C opposite template G. We present here the crystal structure of yeast Rev1 bound to template G and incoming 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate (dCTP), which reveals that the polymerase itself dictates the identity of the incoming nucleotide, as well as the identity of the templating base. Template G and incoming dCTP do not pair with each other. Instead, the template G is evicted from the DNA helix, and it makes optimal hydrogen bonds with a segment of Rev1. Also, unlike other DNA polymerases, incoming dCTP pairs with an arginine rather than the templating base, which ensures the incorporation of dCTP over other incoming nucleotides. This mechanism provides an elegant means for promoting proficient and error-free synthesis through N2-adducted guanines that obstruct replication.     

大血藤RAPD 条件的优化

在进行大血藤遗传多样分析时, 首先要建立大血藤RAPD 反应优化体系, 有必要就反应条件进行探索。以改进SDS 法抽提藤本药用植物大血藤叶片总DNA , 进行随机扩增多态DNA (RAPD)分析, 分别测试了镁离子、dNTP 、模板DNA 含量、引物浓度、DNA 聚合酶量和牛血清白蛋白浓度对反应结果的影响。通过各因子的组合研究, 得出大血藤RAPD 分析较适宜的扩增条件是:15 L PCR 反应体积, 1 Taq 酶配套缓冲液(10 mmolL-1 TrisHCl pH 9.0 , 50 mmolL-1 KCl , 0.1 %Triton X-100 , 1.5 mmolL-1 MgCl2);25.01 10-9mols-1 Taq 酶(上海华美公司);10 ng 模板DNA ;15 pmol 引物(上海Sangon 公司);2 gL-1 BSA ;dATP ,dCTP ,dGTP 和dTTP 各0.15 mmolL-1 。图4 表2 参8     

Cloning and Sequence Analysis of a Novel Cold-Adapted Lipase Gene from Strain Iip35 (Pseudomonas sp.)

A combination method of the usual-PCR and reverse-PCR for the cloning of a novel lipase gene directly from the total genomic DNA of strain lip35 (Pseudomonas sp.) is described, whereby a lipase gene (lip) was cloned directly from genomic DNA. The sequence data have been deposited in the GenBank and EMBL data bank with the accession number EU414288. The nucleotide sequence showed a major open reading frame encoding a 59-kDa protein of 566 amino acid residues, which contained a lipase consensus sequence GXSXG. The lipase lip had 74 and 70% homologies with the Upases of an uncultured bacterium and P.fluorescens PfO-1, respectively, but it did not show any overall homology with lipases from other origins. The functional lipase was obtained when the lip gene was expressed in Pichia pastoris GS115.     

濒危植物七子花ISSR反应体系的优化

以濒危植物七子花基因组DNA为研究对象,测试了ISSR-PCR反应体系的最适退火温度,并利用单因素试验测试了镁离子浓度,dNTP浓度,模板DNA含量,Taq DNA聚合酶量、BSA浓度、引物用量、甘油浓度对反应结果的影响,可知七子花ISSR分析较适宜的扩增条件是:10μL PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris.HC l pH 9.0,50 mmol.L-1KC l,0.1%Triton X-100),2.0 mmol.L-1MgC l2,0.75 U Taq酶(上海华美公司),10 ng模板DNA,6 pmol引物(上海Sangon公司);dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0.2 mmol.L-1.     

港口航道致病性细菌检测微阵列基因芯片的研制

[目的]制备出一套针对港口航道致病性细菌检测的基因芯片,为港口航道基因芯片检测技术的研究及应用打下基础.[方法]采用常规方法提取目标菌株基因组DNA,以16S rDNA通用引物和gyrB基因保守区引物进行PCR扩增,使用AlleleID 6.0和Array Designer 4.25对扩增获得的目的片段进行寡核苷酸探针设计,经PCR筛选验证,目标探针以氨基化修饰后通过芯片点样仪点制在醛基玻片上;优化芯片杂交固定条件,并用于港口航道的水样检测,以验证微阵列基因芯片的检测效果.[结果]优化后的芯片杂交固定条件为探针点样浓度10μmol/L、紫外交联时间2.0 h、杂交温度65℃,有效提高了基因芯片检测的灵敏度,与传统检测方法相比可实现快速、高通量、准确的目标.研制的微阵列基因芯片可特异性检测出港口航道中含有的霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、阴沟肠杆菌(Emterobacter cloacae)、溶藻弧菌(V.alginolytivus)、哈氏弧菌(V.harveyi)、副溶血弧菌(V.parahemolyticus)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和创伤弧菌(V.vulnificus)等7株致病性细菌,且均未出现非特异性杂交.[结论]针对港口航道致病性细菌建立的微阵列基因芯片检测技术具有特异性强、灵敏度高、快速便捷的特点,可用于港口航道及周边地区的海洋环境监测和海产品质量安全检测.     

FR 02全长基因的克隆表达载体的构建及转化苹果

从铁胁迫诱导的拟南芥植株根中克隆了全长的FR02（Fe^3＋-螯合物还原酶）基因,并将FR02基因构建到了植物高效表达载体pCB302中。通过农杆菌介导的转化和PCR及Southern blot检测证明FR02基因正向的插入了苹果基因组中。以破坏生长点的茎尖为外植体的苹果基因转化方法转化率高达10．8％。FR02全长基因的成功克隆、构建和转化为高铁、抗黄化苹果和其他高铁作物新品种的培育开辟了一条新路。     

水稻基因启动子Ospz1的克隆与表达特性研究

在水稻基因组芯片分析的基础上,克隆到一个在水稻中高水平表达基因OsSG15'末端启动子区域1.6-kb的DNA片断,即Ospz1启动子,构建了由Ospz1启动子引导的GUS重组基因,并经农杆菌介导将重组基因导入到水稻中.对转基因水稻植株中GUS活性的定性测定结果表明,Ospz1启动子可驱动GUS报告基因在转基因水稻植株叶片、芽和根中高效表达,而在其它器官中不表达或表达活性极弱,表现出组织特异性.Ospz1启动子可用于农作物生物技术的遗传改良.     

含PHYA基因的EDSV转移载体构建及表达研究

将原核表达载体pET30中的黑曲霉源植酸酶基因(phyA)亚克隆到真核表达载体pCDNA 3的kpaI-EcoRI位点。根据pCDNA 3的序列在增强子的上游(209位)和BGH polyA下游(2049位)设计1对引物HM 1,HM2扩增出含phyA基因的表达盒。将此表达盒以平末端连接的方式克隆到减蛋综合征病毒(EDSV)基因组右末端的转移载体pUHBC的Sall位点,酶切分析鉴定表达盒的方向,得到反向插入重组质粒pEDS-phyA。用Lipofectamine 2000将8μg pEDS-phyA转染90％满度的鸭胚成纤维细胞,6h后换生长液,24h后收获细胞,以puHBC转染作对照。钼酸胺法测定试验样品植酸酶酶活为977U／mL。实验结果表达我们已成功地构建了含植酸酶基因的转移载体,为进一步构建重组减蛋综合征病毒载体表达植酸酶打下基础。