ABCA1基因1883M在广西汉族和壮族人群中的多态性分布

为探讨ABCA1基因1883M多态性在广西汉族和壮族人群中的分布．采用PCR-RFLP技术对121例无血缘关系的健康汉族人和100例无血缘关系的健康壮族人的ABCA1基因1883M位点A—G（Ile883Met）进行检测分析，发现A15（2A1基因1883M基因型频率在汉族分别为：II=0．074。IM=0．380，MM=0．545；壮族分别为：II=0．130。IM=0．350，MM=0．520；两组人群的基因多态性分布差异无统计学意义（P〉0．05），但与德国人群相比差异有统计学意义（P〈O．01）。ABCA1基因1883M位点多态性在汉族与壮族中的分布可能没有差异。而有别于西方人种，暗示该基因多态性可能存在种族和个体差异．该数据可以很好地应用于群体遗传学的研究。     

玉米ae基因的单核苷酸多态性分析

纯合隐性基因ae对提高玉米籽粒中直链淀粉含量具有重要作用。本研究根据已知的玉米ae基因序列,利用Oligo6.0软件设计了23对特异性引物,对选育高直链淀粉玉米群体的亲本进行特异性PCR,对扩增产物进行测序,结果发现:在ae基因的9067bp序列中发现了48个单核苷酸多态性位点(SNPs)和31个插入/缺失(In Dels)位点,单核苷酸多态性频率是1个SNP/188bp和1个In Del/292bp。     

小尾寒羊M yoG基因外显子1的克隆及多态性分析

为促进畜禽育种工作的发展,采用测序法和群体遗传学方法进行数据分析,提取12月龄绵羊血液DNA,依据GenBank中羊MyoG基因序列扩增外显子1,研究小尾寒羊肌细胞生成素(Myogenin,MyoG)基因外显子在群体中的多态性。结果表明:在外显子1第211 bp位存在CT的突变,共得到AA、AB、BB三种基因型。绵羊AA、AB、BB基因型频率分别为0.529,0.353,0.118;等位基因A和B的基因频率分别为0.706和0.294;其中AA基因型频率在0.5以上,为优势基因型。纯合度(Ho)为0.584;杂合度(He)为0.416;有效等位基因(Ne)为1.712;多态信息含量(PIC)为0.330,在0.25～0.50,为中度多态。DNAStar软件对片段同源性对比分析发现其与山羊的同源性为99%,与牦牛的同源性为97%,与猪的同源性为92%。     

16个高丛越橘品种VcCBF基因的单核苷酸多态性(SNP)分析

CBF是与植物抗寒、抗旱等抗逆性相关的一种转录因子,在植物抵抗逆境过程中发挥重要作用.以16个高丛越橘品种为试材,采用直接测序法克隆VcCBF基因,共克隆到94个非重复序列,对这些序列进行单核苷酸多态性分析,测序总长度63732 bp,共发现103个SNP,单核苷酸多态性发生频率为1/619 bp,核苷酸多态性值(Pi)为0.01274.在103个SNP中,单态突变位点为52个,简约信息位点为51个,其中双突变为50个,三态突变为1个.通过碱基转换方式的分析发现,转换共83个,颠换19个,转换与颠换的发生比率为4.37 1.通过单倍型分析发现在16个越橘品种中VcCBF基因存在5种单倍型.     

zyxin基因SNP(exon 1)与京海黄鸡生长和屠体性状的相关性

以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白基因(zyxin)8个外显子SNP(单核苷酸多态性),探讨zyxin基因的多态性与鸡生长和屠体性状之间的关系。结果发现zyxin基因外显子1有1个SNP突变位点,表现为3种基因型,分别用AA、AB和BB表示。统计分析结果表明:BB型的公鸡腹部脂肪重、屠宰率显著高于AA型与AB型(P<0.05),AA型与AB型差异不显著。AB型的母鸡心重、胸肌率、腿肌率显著高于AA、BB型,而半净膛率、全净膛率低于AA、BB型。公鸡、母鸡的生长和屠体性状在不同基因型间比较,除了半净膛率以外,其余各指标均存在显著或极显著差异。以上研究结果表明,zyxin基因可能是影响京海黄鸡部分内脏组织、器官和屠宰率等相关指标的基因。     

水稻单核苷酸多态性研究进展

综述SNP的概念与特点、检测分析技术与检测平台,SNP在水稻基因组中的分布、基本特性,及其在水稻遗传育种中的应用。     

单核苷酸多态性(SNP)的研究进展

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是广泛存在于生物基因组中的一种新型分子标记,主要是指在基因组水平上研究由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化的一种技术。该研究总结近年来广为科研人员所广泛应用的SNP技术及其原理,以期为更好地使用现有技术和开发新技术奠定理论基础。     

猪IGF2R基因多态性及其遗传印记

【目的】在猪IGF2R基因的外显子内寻找SNP,以SNP为遗传标记研究IGF2R基因的印记表达特征。【方法】选取3个品种243头瘦肉型商品猪为试验材料,以IGF2R基因为候选基因,通过PCR-SSCP对IGF2R基因多态性进行检测;选取IGF2R基因外显子48的SNP杂合子仔猪3头和成年猪1头,对脑、心脏、肝脏、脾、肾、肺、胃、胰、胸腺、膀胱、肌肉、舌、胎盘的组织器官mRNA产物分别进行RT-PCR-RFLP电泳和RT-PCR-SSCP电泳。【结果】IGF2R基因外显子48中有一个单核苷酸多态性位点,384位碱基由G突变为A,该位点为NspⅠ酶切位点;IGF2R的外显子48在3头仔猪和1头成年猪的主要组织器官仅表达母亲来源的等位基因。【结论】猪IGF2R基因呈母方表达、父方印记的遗传特征。     

德化黑鸡黑素皮质素受体1（MC1R）基因单核苷酸多态性分析

采用聚合酶链式反应及单链构象多态(PCR-SSCP)技术以及DNA直接测序的方法,对德化黑鸡MC1R基因编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)分析。结果表明:引物P2扩增片段具有多态性,并表现为AA、AB和BB等3种基因型;经序列分析发现,BB型存在2个突变位点:分别在1094处(G-A)和1095处(T-C),其中在1095处的突变还导致氨基酸的改变(Cys-Arg)。由基因型分布情况表明,德化黑鸡C系(乌色)和D系(非乌色)均以AA型为主;BB型(含SNP)仅存在于C系中,而在D系中未发现,推测BB型可能是乌色性状特有或与乌色性状相关。     

猪DECR1基因SNPs筛选及其多态性分析

以大白猪、长白猪和杜洛克3个猪种共327头为试验材料,对2,4-dienoyl-CoA reductase 1(DECR1)基因第6至第10外显子区域进行SNPs筛选,分析SNP突变位点的遗传多态性;采用比较基因组方法,根据人DECR1基因全长序列设计引物,筛选猪DECR1基因的SNP,经PCR-SSCP技术和测序检测...     

猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

旨在研究反转录转座子1基因(retrotransposon-like-1,RTL1)潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变,利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型,并且在360头大白猪×梅山猪F2代群体中进行性状关联分析。结果表明,该位点与皮率、内脂率、6-7腰椎间膘厚、胸腰椎间膘厚、背最长肌pH、股二头肌肌肉色值呈显著相关(P0.05),与骨率、肩部膘厚、臀部膘厚、平均背膘厚、背最长肌失水率、背最长肌系水力、背最长肌肌肉色值呈极显著相关(P0.01)。     

绵羊UCP1基因碱基突变与其蛋白结构和功能

【目的】检测两个绵羊群体中解偶联蛋白1（uncoupling protein 1,UCP1）基因的单核苷酸多态性 （single nucleotide polymorphism,SNP）,预测和分析碱基改变对蛋白结构和功能的影响。【方法】利用PCR-SSCP结合测序的方法检测UCP1基因编码区的SNPs,用生物信息学方法分析UCP1蛋白的理化性质和结构。【结果】UCP1基因编码区存在4个SNPs,其中c.214G＞A（Val72Met）和c.273C＞T位于外显子2,c.624C＞T和c.757G＞A（Ala253Thr）位于外显子5。进一步分析导致氨基酸改变的c.214G＞A和c.757 G＞A突变发现,此两个突变只对UCP1蛋白的理化性质和转录因子结合位点有细微改变,未引起UCP1蛋白空间构象的变化,对蛋白表达的影响不大。【结论】基于对人类中两个与肥胖相关的外显子突变型蛋白结构的比较说明,UCP1蛋白结构的改变可能影响其功能。     

牦牛DKK1基因多态性及其与生长性状的相关性

选取麦洼牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛5个群体共287头个体,采用直接测序法检测牦牛DKK1基因的SNP位点,分析其与生长性状的相关性。结果表明,牦牛DKK1基因存在2个突变位点,g.983A→G位点和g.1075C→G位点;位点g.983A→G在斯布牦牛中处于Hardy-Weinberg不平衡状态,其余位点处于平衡状态。在遗传多态性研究中,2个SNP位点均为中度多态。2个位点不同基因型与体高、体斜长、胸围、管围和体质量的相关分析结果显示,位点g.983A→G与体高、体斜长、胸围和体质量均具有相关性;位点g.1075C→G与生长性状不相关。     

牛MBL1基因启动子区单核苷酸多态性

为研究牛甘露糖结合凝集素1(mannose-binding lectin 1, MBL1)基因启动子区单核苷酸多态性,采用聚合酶链式反应限制片长多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)、单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)及直接测序的方法检测了1 073头中国荷斯坦奶牛、69头鲁西黄牛和24头渤海黑牛启动子区-2194(A>C)、-1446(T>C)、-1330(G>A)三个位点的不同基因型分布。结果表明,在-2194位点和-1330位点处渤海黑牛只检测到两种基因型(AA/AC,GG/GA);而鲁西黄牛群体中在-1330位点处没有检测到AA型。三个品种牛群在该三个位点的优势等位基因相同,分别为A、C、G,频率为A(CH 0.900 1/LYC 0.760 9/BBC 0.937 5 )、C(CH 0.604 8/LYC 0.768 1/BBC 0.625)和(CH 0.725 1/LYC 0869 6/BBC 0.895 8)。三个品种牛的优势等位基因相对保守,需进一步研究分析这3个多态位点与牛生产性状的关系。     

虾夷马粪海胆溶菌酶基因SNP标记的开发及多态性分析

采用高分辨率熔解曲线分析技术（HRM）对虾夷马粪海胆溶菌酶基因进行突变扫描,筛选出26个SNP候选位点。其中,碱基置换类型位点16个,占位点总数的61.54%;碱基插入或缺失的位点6个,缺失的碱基数为1~4个不等,占位点总数的23.08%;碱基置换类型模糊以及三态位点4个,占位点总数的1538%。SNP在虾夷马粪海胆溶菌酶基因的cDNA中的分布频率约为2.85%,位于编码区的位点有18个,其中2个为错义突变。应用小扩增子基因分型法对5个SNP位点在2个不同地域群体的60个样本中进行分型分析,结果显示：5个SNP位点均含有2个等位基因,次等位基因频率分布范围为0.150 0~0.500 0,位点SILyz-7、SILyz-15和SILyz-20在两个群体间的次等位基因频率相差较大。研究结果表明,HRM是一种高效便捷的SNP分析方法,所筛选出的SNP标记可用于虾夷马粪海胆遗传育种的研究。     

小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单核苷酸多态性分析及其定位

 【目的】小麦果聚糖合成酶基因6-SFT是果聚糖合成过程中的关键酶基因,研究6-SFT-A的多态性,分析其与小麦苗期抗旱性的关系,并进行遗传定位。【方法】以苗期抗旱性不同的30份六倍体小麦和4份小麦A基因组供体种乌拉尔图小麦为材料,通过直接测序分析6-SFT-A的单核苷酸多态性（SNP）及其与抗旱性的关系;开发基因分子标记,利用RIL群体（偃展1号×内乡188）对该基因进行遗传定位。【结果】在30份六倍体小麦材料中检测到14个核苷酸多态性位点,包括13个SNP和1个InDel,平均234 bp检测到一个多态性位点,仅在1 727和1 781 bp 2个位点检测到非同义突变;在4份乌拉尔图小麦中检测到28个SNP和4个InDel,其频率明显高于普通小麦。该基因的内含子1、2、3和外显子3为变异富集区,其它区域变异较小,外显子2变异最小,π值为0。34份材料分为3种单倍型,HaplⅠ主要包括中等抗旱材料和水敏感材料,Hapl Ⅲ中主要包括强抗旱材料和中等抗旱材料。利用RIL群体将该基因定位于染色体4A的标记Xcwm-27与Xwpt688之间,遗传距离分别为5.3和7.9 cM。【结论】单倍型分析表明,小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单倍型与小麦苗期抗旱性有一定的相关性。     

One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用

nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。     

Identification of SNPs and Their Effects on Swine Growth and Carcass Traits for Porcine IGFBP-3 Gene

The insulin-like growth factor binding protein-3 （IGFBP-3） was known as a key factor that regulates the effect of insulin- like growth factors （IGF-1 and IGF-2） on pig growth and development. We first identified 38 single nucleotide polymorphisms （SNPs） from a fragment of the IGFBP-3 gene spanning 1 823 bp using the denaturing high-performance liquid chromatography （DHPLC） method and confirmed them by direct sequencing. Among these SNPs, 36 located in introns and the remaining 2 in the 3 prime untranslated region （3UTR）. In addition, 16 PCR-RFLP polymorphisms were identified within these SNPs. Three SNPs were then selected to genotype 272 F2 individuals with PCR-RFLP method and the association of polymorphism with growth and carcass traits were analyzed. The results showed that no significant associations were observed between polymorphisms of A265G and A952G and traits. However, the A2670G significantly related with live body length, loin muscle area, and skin and fat percentage （P〈0.05）; highly significantly associated with weight of carcass lean and lean percentage （P〈 0.01）.     

茶树CHS基因结构及编码区单核苷酸多态性分析

【目的】通过试验获得茶树CHS基因（CsCHS）gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构。以茶多酚含量差异较大的57份茶树品种为材料,分别以57份材料的cDNA为模板,用特异性引物进行PCR扩增,然后利用PCR产物直接测序法筛查CsCHS编码区序列的单核苷酸多态性。结合CsCHS编码区序列单核苷酸多态性和57份材料多酚含量,利用软件TASSEL进行关联分析,筛选基因中可能与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【结果】试验获得CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的cDNA序列长度分别为1 277、1 320和1 242 bp,各自均包含一个长度为1 170 bp的开放阅读框;CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的gDNA序列长度分别为1 600、1 330和1 607 bp。通过gDNA序列和cDAN序列比对,结合真核生物内含子GT-AG法则,确定CsCHS1、CsCHS3分别包含2个外显子和1个内含子,内含子大小分别为323和356 bp,CsCHS2可能没有内含子。根据CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3 cDNA序列推导三者对应氨基酸序列,比较三条氨基酸序列发现三者氨基酸同源性较高,达到92.6%-95.4%,CHS蛋白亚家族中的特征性保守位点在这三条序列中都能找到,生物信息学分析结果显示CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构高度相似。CsCHS1编码区序列中共发现71个SNP位点,SNP出现频率为1SNP/16.48 bp,无Indel,基因核苷酸多样性（π）值为0.01088;CsCHS2编码区序列中共发现55个SNP位点,SNP出现频率分别为1SNP/21.27 bp,CsCHS2核苷酸多样性（π）值（0.00530）明显低于CsCHS1;因扩增CsCHS3 cDNA序列的PCR反应成功率低,未对该基因遗传多样性进行分析。通过关联分析分别从CsCHS1和CsCHS2中找到2个和4个与茶叶多酚含量相关的SNP位点。【结论】CsCHS1和CsCHS3属于保守型CHS基因,且CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3蛋白质结构高度相似,推测三者可能在茶树的不同部位或不同生长阶段发挥类似作用;CsCHS1和CsCHS2活跃,二者编码区内可能存在突变热点区。