福建马铃薯S病毒的分子鉴定及发生情况

为明确福建省马铃薯S病毒(PVS)的发生与分布情况,对福建省马铃薯主要种植区的PVS进行了鉴定和普查.在利用电镜技术和传统生物学方法鉴定的基础上,克隆了PVS外壳蛋白(cp)基因,依据PVS外壳蛋白氨基酸序列建立了PVS不同分离物的系统进化树.研究表明,利用PVS 外壳蛋白氨基酸序列分析可准确鉴定PVS,同时可分析不同分离物间的分子差异.利用病毒特异性引物和DIG标记的PVS cp基因为探针,分别利用RT-PCR技术和核酸斑点杂交技术(NASH)对PVS进行了检测,并对检测技术进行了改进.调查结果表明,PVS在福建省广泛分布,发病率最高可达80%以上,当地农家自留种可能是田间PVS的主要来源.     

马铃薯A病毒及其风险分析

马铃薯A病毒是是马铃薯生产上危害较严重的病毒之一,新修订的《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》将其列为检疫性病毒病害。本文介绍了该病毒的分布、寄主范围、危害症状、诊断与检测、防治方法等,通过分析该病毒的侵染循环与传播途径,对其传入我国及在我国定殖和扩散的可能性进行风险分析,结果表明其传入的可能性较大,需要制定严格的检疫措施。     

马铃薯卷叶病毒分子鉴定及一步RT-PCR检测

病毒病的危害对马铃薯产量和品质构成较严重的影响.2003年初广东省阳东县田间约70%的植株呈现典型的马铃薯卷叶病毒(potato leafroll virus,PLRV)病症状.为此,笔者对其病原进行了分子鉴定,并建立了一步RT-PCR检测技术.     

马铃薯S病毒的分子鉴定与检测

An isolate of PVS, HZ00P1, was obtained from nature infected Solanum tuberosum from Hang-zhou, Zhejiang province. It was primarily identified by DAS-ELISA and host reaction tests. 3' end partial sequence of the virus isolate was cloned. Nucleic acid sequence of the cp gene and deduced cp amino acid se-quence alignments were compared with 16 other isolates registered in GenBank. The results showed that the 17 PVS isolates were divided into two groups. Among them, two Andean isolates were classified to group Ⅱ, HZ00P1 and the other 14 isolates were assigned to group Ⅰ. Compared with other PVS isolates in group Ⅰ, PVS HZ00P1 had 93.1%-98.1% and 95.9%-99.3% homologies of nucleotide sequence and deduced amino acid sequence respectively, whereas its similarities to the group Ⅱwere 81.4%-81.7% and 93.5%-93.9%. A survey of PVS occurrence in Zhejiang province was achieved by RNA spot hybridization (RSH). Among the 30 samples collected from different areas of the province, 26.7% were found to have the infection of PVS. It is concluded that PVS has become a common virus in Zhejiang province.     

马铃薯4种病毒多重PCR检测体系的建立

我国马铃薯病毒主要有马铃薯Y病毒(PVY)、马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯S病毒(PVS)、马铃薯卷叶病毒(PLRV),常发生复合侵染。根据GenBank中4种马铃薯病毒的外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长设计引物,通过RT-PCR扩增得到4种病毒CP基因全长片段,测序结果显示序列同源性96%以上;针对4种病毒CP基因的保守序列分别设计引物,在一个PCR体系中同步对4种病毒进行扩增,得到421、202、516、330bp的特异性条带,优化建立了能同步检测PVY、PVX、PVS和PLRV的多重RT-PCR检测体系。检测结果证明优化后的多重RT-PCR体系能在田间样品中快速、高效地检测出4种病毒。     

双引物探针RT-Realtime PCR检测马铃薯A病毒

马铃薯A病毒(Potato virus A,PVA)是我国重要的检疫性有害生物。本研究根据PVA中CP基因(coat protein gene)的保守序列,设计了两套PCR引物和TaqMan探针,建立了双引物探针RT-RealtimePCR检测PVA的方法。该方法采用实时荧光PCR技术,有效地提高了检测的灵敏度;同时两套引物探针相互验证,有效提高了结果的准确性。实验结果表明,本方法准确、灵敏、简便、快速,检出低限可达0.5fg/μL植物总RNA。     

北京地区百合无症病毒CP基因的克隆与分析

以感染百合无症病毒(LSV)的百合叶片为材料,提取总RNA为模板,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出856bp大小的LSV CP基因片段.经Blast比对发现,该基因片段与Genbank上发表的ISV CP基因序列(DQ294655.1)同源性为97.31%.由该序列推导出的氨基酸序列与其相似度为98.6%,仅存在某些氨基酸的差异.经过聚类分析表明,该CP基因的氨基酸序列与厦门和兰州分离的病毒遗传距离较近,而与海宁和广州分离的病毒遗传距离较远.     

福建省福清地区马铃薯病毒病病原的分子检测

2017年调查福建福清地区马铃薯病毒病的发生情况,以明确该地区马铃薯主要病毒病原。共采集了46份疑似感染病毒的马铃薯植株,提取总RNA,利用RT-PCR技术进行分子检测,结果表明,福清地区危害马铃薯的病毒有马铃薯Y病毒Potato virus Y(PVY)、马铃薯卷叶病毒Potato leaf roll virus(PLRV)、马铃薯S病毒Potato virus S(PVS),检出率分别为56.52%、17.39%和10.87%,以PVY检出率最高,说明PVY是危害该地区马铃薯样品的主要病毒病原。通过病毒复合侵染进行分析,发现该地区存在病毒复合侵染马铃薯现象。研究结果可为福清地区马铃薯种薯的引进和病毒病害防治提供参考依据。     

用于检测马铃薯X病毒HB株系的单克隆抗体的研制

 经诱导耐受性免疫、细胞融合及克隆化培养,建立了2类6株稳定分泌抗马铃薯X病毒(PVX)株系特异性高滴度的单克隆抗体(McAb)小鼠杂交瘤细胞系。间接DAS-ELISA测定表明:Ⅰ类细胞系(1-6G8,1-7E8,2-5G9)分泌的抗体只与PVX-HB和PVX-c反应,Ⅱ类细胞系(1-6F1,1-9C11,1-9C8)分泌的抗体与测试的5个株系均有反应,但当用病毒直接包被ELISA板时,Ⅲ类抗体同PVX-C不产生反应。因此将两类单克隆抗体配合使用可鉴别诊断PVX-HB株系。用辣根过氧化物酶(HRP)对McAb1-7E8进行了标记并成功地以DAS-ELISA法检测。这两类能鉴别诊断PVX-HB株系的抗体对马铃薯抗病品种的选育、无病毒种薯的生产及进口种苗的检测都是相当有用的试剂。     

一个马铃薯X病毒分离物的外壳蛋白基因序列分析与株系鉴定

对山东省侵染马铃薯的一个马铃薯X病毒(PVX)分离物PVX—SD1的外壳蛋白(CP)基因进行了克隆和序列分析。以提纯的病毒RNA为模板，应用RT-PCR扩增目的基因，通过常规的基因克隆法将扩增的CP基因导入pUC19载体，测序。结果表明，PVX—SD1的CP基因长719bp，可编码248个氨基酸；与Gen—Bank中报道的15个有代表性的株系或分离物相比较，核苷酸同源性在80．1％-99．7％，氨基酸同源性在89．8％-100％；与欧洲株系UK3仅1个核苷酸不同，同源性为99．7％，氨基酸同源性达100％，表明它们可能为同一株系，属于X^3组．     

侵染广东甘薯的甘薯曲叶病毒分子检测与鉴定

甘薯曲叶病是广东甘薯的一种新病害,病株表现为叶片皱缩,向上卷曲,叶脉肿大等症状.PCR检测结果显示,所有病样中均存在菜豆金色花叶病毒属病毒.通过滚环扩增方法获得了3个病毒分离物的全基因组.扩增产物克隆及序列分析结果表明,这3个病毒分离物基因组均仅含有DNA-A,具有菜豆金色花叶病毒属单组分病毒基因组典型特征;其大小分别为2 829 nt (JX286653、JX286654)和2 828 nt(JX286655).三者核苷酸序列同源率为96.0％～98.4％;与已报道的甘薯曲叶病毒19个分离物的同源率均大于89.0％.因此,引起广东甘薯曲叶病的病原被鉴定为甘薯曲叶病毒.本研究是首次在广东发现甘薯曲叶病毒.     

甘薯病毒2中国分离物全基因组序列克隆及遗传进化分析

正甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)是马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。SPV2也称为甘薯脉花叶病毒(ipomoea vein mosaic virus,IVMV)和甘薯Y病毒(sweet potato virus Y,SPVY)~[1],是甘薯上常见的病毒之一。SPV2病毒粒体为线条状,长度为850 nm,在细胞质中形成风轮状或卷轴状内含体~[2]。SPV2可由桃     

苹果茎沟病毒梨分离物外壳蛋白基因的克隆和序列分析

 选取生物学和血清学特性存在较大差异的苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)梨分离物P-6-1-17、P-4-1-69、P-L2和P-D-21,采用RT-PCR法对3'端进行扩增,所获扩增片段经序列测定,全长分别为1089nt(P-6-1-17、P-L2)和1069nt(P-4-1-69、P-D-21)。4个分离物的CP基因均由714nt组成,其核苷酸和推导编码蛋白氨基酸序列同源性分别为89.8%~96.4%和94.9%~97.9%。将我国4个分离物的CP基因与已报道ASGV分离物及分子变种进行序列同源性比较和系统进化树分析,结果表明我国ASGV分离物至少可分为2个组群,其中生物学表现明显不同于其它分离物的P-L2,其CP基因核苷酸序列显示较大的变异。     

山东甘薯主要病毒的鉴定及多样性分析

为明确山东省甘薯病毒病发生现状,在重病区调查采样,通过鉴别寄主、电镜和分子检测技术明确主要病毒种类;并克隆病毒外壳蛋白基因序列,利用Mega 5.0构建系统进化树进行遗传分析。结果显示,巴西牵牛嫁接甘薯染病枝条后叶片黄化、褪绿及皱缩;病样组织中存在大量600~900 nm的线状病毒粒子和柱状内含体。24份病样中检测到甘薯羽状斑驳病毒、甘薯潜隐病毒、甘薯G病毒、甘薯曲叶病毒和甘薯褪绿矮化病毒5种病毒,其中23份为复合侵染,存在11种侵染类型。遗传分析显示山东省甘薯羽状花叶病毒主要为EA、O和C株系,甘薯潜隐病毒与周边省份分离物相近,甘薯G病毒与中国海南和美国分离物相近,甘薯曲叶病毒分属3个株系。表明山东地区甘薯病毒种类繁多,侵染模式复杂,病毒遗传结构具有多样性。     

甘薯病毒G CH株系和CH2株系中国分离物基因组全序列克隆及结构特征分析

为明确甘薯病毒G(sweet potato virus G,SPVG)CH株系中国分离物SPVG-CH-Ch1和CH2株系中国分离物SPVG-CH2-Ch1的基因组结构特征及遗传变异情况,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组全序列,应用DNAMAN软件对基因组全序列及不同编码区序列进行分子变异分析,并基于多聚蛋白基因序列利用MEGA 7软件进行系统进化分析。结果表明,分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组分别包含10 813个和10 834个核苷酸,均包含1个开放阅读框,由10 467个核苷酸组成,编码含有3 488个氨基酸残基的多聚蛋白。分离物SPVG-CH-Ch1与SPVG-CH2-Ch1之间的基因组全序列核苷酸一致性为78.6%,二者与GenBank中登录的其它SPVG分离物基因组全序列核苷酸一致性分别为78.6%～99.1%和77.9%～98.6%,其中SPVG-CH-Ch1与IS103分离物(KM014815)的核苷酸一致性最高,为99.1%,与WT325分离物(KF790759)的核苷酸...     

我国发现由甘薯褪绿矮化病毒和甘薯羽状斑驳病毒协生共侵染引起的甘薯病毒病害

甘薯病毒病害(Sweet potato virus disease,SPVD)是由毛形病毒属(Crinivirus)的甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)和马铃薯Y病毒属(Potyvirus)的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)协生共侵染甘薯引起的病毒病害[1].     

葡萄病毒E分子检测及基因序列分析

 皱木复合病(rugose wood complex disease)是一种发生普遍、危害严重的葡萄病毒病,该病与葡萄病毒属(Vitivirus)病毒的侵染密切相关,葡萄病毒E(Grapevine virus E,GVE)是葡萄病毒属的新成员。为明确我国GVE侵染状况以及不同分离物的基因变异情况,本研究针对GVE的MP和CP基因设计了两对引物,RT-PCR结果表明,两对引物均能从带毒样品中扩增到目的基因片段。采用上述引物检测了211株葡萄样品,GVE检出率为5.7%。对7个GVE分离物的外壳蛋白基因进行测序和系统进化树分析,结果显示,上述分离物克隆分别处于2个明显分化的组群(Group I 和Group II)。研究测定了GVE中国分离物GFMG-1的全基因组序列,该分离物与日本分离物TvAQ7核苷酸序列相似度高达98%,但与日本分离物TvP15、南非分离物SA94、美国分离物WAHH2及波兰分离物59PE核苷酸序列相似性仅为70%~75%。本研究为进一步明确我国GVE发生、分布及分子检测提供了依据。