5种脑炎人兽共患病病毒多重RT-PCR检测方法的建立

为建立同时检测流行性乙型脑炎病毒(JEV)、森林脑炎病毒(TBEV)、东方马脑炎病毒(EEEV)、西方马脑炎病毒(WEEV)和基孔肯雅病毒(CHIKV)5种人兽共患脑炎病病毒的多重RT-PCR方法,本研究根据GenBank登录的相关病毒基因序列设计特异引物,通过优化引物组合及PCR反应条件,建立可同时检测5种病毒的方法,扩增片段长度分别为411 bp(JEV)、945 bp(TBEV)、193 bp(EEEV)、545 bp(WEEV)和769 bp(CHIKV);该方法具有良好的特异性,对病毒核酸最低检测拷贝数分别为7.1×103、3.6×103、2.2×103、5.6×103和5.1×103.该方法具有特异性强、灵敏度高、操作简便等优点,为以上5种人兽共患脑炎病病毒提供快速检测手段.     

4种动物虫媒病病毒多重RT-PCR检测方法的建立

分别设计和合成4对特异性引物,通过对反应条件的优化,初步建立了鉴别蓝舌病病毒(BTV)、鹿流行性出血病病毒(EHDV)、水疱性口炎病毒(VSV)和赤羽病病毒(AKV)的多重RT-PCR检测方法,并对其特异性和敏感性进行了检测。结果表明,所设计的4对引物可对同一样品中的VSV、BTV、EHDV和AKV进行特异性扩增,所扩增的目的片段的长度分别为301、351、537、250bp。建立的四重RT-PCR检测方法能够检测出10-7稀释的细胞培养病毒液,4种病毒之间没有发生交叉反应,说明该检测方法特异性强,敏感性较高。所建立的多重RT-PCR方法可用于上述4种动物虫媒病病毒的快速鉴别诊断,在动物检疫、临床诊断和流行病学调查方面具有较好的应用前景。     

VSV的RT-PCR快速检测方法的建立

选取水泡性口炎病毒 N基因序列 ,设计 1对引物 ,建立检测水泡性口炎病毒的 RT- PCR方法。对VSV各毒株进行检测 ,结果均为阳性 ,而对反刍动物病毒性疾病相关病毒进行检测 ,结果均为阴性。结果表明所建立的 RT- PCR技术可用于水泡性口炎的诊断和流行病学调查     

多重RT-PCR检测猪口蹄疫病毒、猪水泡病病毒和猪水疱性口炎病毒的研究

建立了一种同时检测猪口蹄疫病毒(FMDV)、猪水泡病病毒(SVDV)和猪水疱性口炎病毒(VSV)三种病原体的多重RT-PCR方法。参照文献报道的基因序列,设计合成了三对特异性引物;PCR扩增条件进行优化后,用这三对引物对同一样品中的FMDV、SVDV、VSVRNA模板进行扩增,结果同时得到了三条特异性条带,大小与试验设计相符:FMDV(208bp)、SVDV(862bp)、VSV(638bp),且对猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)核酸扩增结果为阴性;三种病毒RNA模板检出的最小量均为10fg。试验证明,此方法经济、快速、敏感、特异,可用于FMDV、SVDV和VSV这三种猪水泡性疾病的鉴别诊断及流行病学调查。     

应用RT-PCR方法快速检测水泡性口炎病毒

针对水泡性口炎病毒(VSV)的两种血清型设计了2对引物，建立RT-PCR方法，用于检测VSV。VSV接种细胞出现明显的细胞病变，经RT-PCR检测为阳性，而检测口蹄疫、猪水泡病均为阴性，说明引物具有较好的特异性。     

口蹄疫病毒(FMDV)多重RT-PCR检测方法的建立

在大量比较国内外口蹄疫病毒（FMDV）流行毒株序列的基础上自行设计了检测FMDV通用型引物及FMDV AsiaⅠ型、O型口蹄疫病毒不同基因型即：中国型（Cathay）与泛亚株（PanAsia）的多重PCR引物。本试验确定了单项RT-PCR反应条件范围,在此基础上建立、优化了多重RT-PCR反应体系和反应条件,并进行了相关病毒检测试验。结果表明,本试验建立了有效、特异、敏感的检测FMDV AsiaⅠ型及O型FMDV不同基因型中国型与泛亚株的多重RT-PCR检测方法,为口蹄疫的诊断防制、流行病学调查及疫苗的使用奠定了基础。     

印第安纳型水疱性口炎病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

根据印第安纳型水疱性口炎病毒（VSV）L蛋白的序列，设计了一套特异性引物，建立了检测VSV核酸的一步法RT-PCR方法，并用该法检测了不同的组织样品。结果显示，人工感染VSV小鼠组织检测为阳性，而口蹄疫、猪水疱病、猪瘟、猪生殖与呼吸综合征等病料检测均为阴性，表明该方法具有较好的特异性。     

H5N1禽流感病毒核酸多重RT-PCR检测方法的建立

根据禽流感病毒的基质蛋白(M)基因序列和H5亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因、神经氨酸酶(NA)基因设计并合成了三对特异性引物,用于建立H5N1禽流感病毒核酸的RT-PCR分型鉴定方法。试验证明,建立的多重PCR方法可以将H5N1与H6N2、H9N2有效区分。该方法具有较好的灵敏度和特异性,适合在基层动物防疫和监督部门进行H5N1禽流感病毒核酸的检测。     

检测牛5种腹泻病毒的多重RT-PCR方法的建立及应用

牛A群轮状病毒(BRVA)、牛冠状病毒(BCoV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛诺瓦病毒(BNoV)和牛纽布病毒(BNeV)是引起犊牛腹泻的常见病毒,且临床上多存在混合感染的情况.本试验的目的 是建立可以同时检测上述5种病毒的多重PCR方法.通过设计引物,优化反应体系和条件,成功建立了可同时检测BRVA、BCoV、...     

口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒二重RT-LAMP鉴别检测方法的建立

LAMP技术是一种快速新型的核酸检测技术,该技术利用4条引物在恒温下扩增目的 DNA,特异性好敏感性高。本试验旨在建立一种能同时鉴别诊断FMDV和VSV的二重RT-LAMP检测方法。根据口蹄疫病毒(FMDV)3D基因和水泡性口炎病毒(VSV)N基因的保守序列,设计了2套特异性引物,在每套引物的内引物中插入酶切位置EcoRⅠ,对反应条件进行了优化,建立了恒温快速的检测方法。结果显示:该方法特异性好,能检测到口蹄疫病毒的A,O,Asia1亚型和水泡性口炎的NJ和IND亚型,并与其他对照牛病原体不发生交叉反应;敏感性高,最低能够检测个100个FMDV病毒RNA和100个VSV病毒RNA;干扰性小,能同时检测两个模板的不同浓度组合。本试验建立的口蹄疫和水泡性口炎二重RT-LAMP方法具有简便、快速、特异、敏感等优点,可用于FMDV和VSV的临床检测和流行病学调查。     

Establishment of a multiplex RT-PCR assay for the rapid detection of fish cytokines

To monitor the expression of cytokine genes in Japanese pufferfish, a novel platform for quantitative multiplexed analysis was developed. This custom-designed multiplex RT-PCR assay was used to analyze the expression profiles of 19 cytokine genes, including pro-inflammatory (IL-1β, IL-6, IL-17A/F3, IL-18, TNF-α, TNF-N), anti-inflammatory (IL-4/13A, IL-4/13B, IL-10), T-cell proliferation/differentiation (IL-2, IL-15, IL-21, TGF-β1), B-cell activation/differentiation (IL-7, IL-6, IL-4/13A, IL-4/13B), NK cell stimulation (IL-12p35 and IL-12p40), induction of anti-viral activity (I-IFN-1 and IFN-γ), and monocyte/macrophage progenitor cell proliferation (M-CSF1b) cytokines in head kidney cells under immune stimulatory conditions. The expression profiles were dissimilar in the unstimulated control and immune-stimulated cells. Moreover, increased expression profile was observed due to different stimulations for IL-1β, IL-6, IL-10, IL-12p35, IL-12p40, IL-21, TNF-α, TNF-N, I-IFN-1 and IFN-γ genes. These results suggest that cytokine genes could be used as biomarkers to know the immune status of fish. The constructed multiplex RT-PCR assay will enhance understanding on immune regulation by cytokines in fish.     

5种外来病病毒多重RT-PCR检测方法的建立

通过GenBank中对小反刍兽疫病毒N蛋白基因、亨德拉病毒及尼帕病毒H蛋白基因、西尼罗河热病毒PrM蛋白基因和非洲猪瘟病毒P72基因这5种外来病病毒的主要基因的分析比较,选择相应基因的保守序列进行人工合成,并对每段基因设计2对引物,扩增片段大小均在350-550bp之间。通过对条件的反复优化,建立了1种能够同时检测到这5种病原的并联PCR/RT-PCR方法。结果显示,该方法最低可检测到10-5 mg/L的病毒的DNA/cDNA,而且特异性强、重复性好。在45份猪样品及56份蝙蝠样品的检测中,只有阳性对照出现了目的条带,而其他均未出现目的条带。这说明本研究建立的5种主要外来病病毒并联PCR/RT-PCR的检测方法具有灵敏度高、特异性好的特点,可用于ASFV、PPRV、HeV、NiV和WNV的预防、检测及扑灭。     

多重连接探针扩增对5种牛病毒同步检测方法的建立

现有的动物疫病诊断技术多是针对单一病原检测,而动物疫病的流行通常是多种病原混合感染,目前的诊断技术不能很好地满足国境口岸快速、高通量检疫的需求,一直以来多重检测技术的研究是动物疫情监测、疫病控制领域关注的焦点。本试验在前期猪病混合感染诊断研究基础上,进一步利用多重连接探针扩增(MLPA)技术,以蓝舌病病毒(BTV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛地方流行性白血病病毒(EBLV)和口蹄疫病毒(FMDV)为研究对象,分别设计这5种牛病毒的MLPA探针,将这5种探针混合,建立可以同时检测这5种病毒的MLPA扩增方法。特异性试验表明:每种病毒的探针都是特异的,只能识别各自的目的片段,不能扩增出其他相关病毒,探针之间也不存在交叉反应;敏感性试验结果表明:5重MLPA扩增的最低检测限可以达到单个病毒核酸的2 000个拷贝。经过对136份临床样品的检测,该方法与现有荧光PCR方法的符合率达到100%,能够正确地检测出每份阴、阳性样品及混合感染样品。本研究建立的5种病毒MLPA检测方法可以实现1次采样,1次分析,同时检测5种牛病毒的目的,该技术特异性强、敏感性高,加之其多重性检测的优势,有望成为未来疫病检测的新方向。     

检测H1和H3亚型猪流感病毒多重RT-PCR方法的建立

猪流感病毒(swine influenza virus, SIV)危害猪体健康,影响生长性能,SIV常常与其他病毒和细菌双重或多重感染,使病情加重,死亡率增高[1].目前,猪流感(SI)已遍布美洲、亚洲和欧洲等世界各地,已成为规模化猪场的常发呼吸道传染病之一[2].特别是近年来禽源流感病毒在猪体内的发现更引起人们的关注[3].当前我国流行的SIV主要是H1和H3亚型[4-5].PCR方法特异、敏感、快速、简便,可从临床样品中直接进行诊断和鉴别,而不需要进行病毒分离和其他辅助性试验,是一种很有价值的检测手段.本研究建立的多重RT-PCR方法可同时达到对猪流感病毒诊断及H1和H3亚型鉴定目的,节约了时间和成本.     

鸡黄病毒RT-PCR检测方法的建立

为建立鸡黄病毒(CFV)分子生物学检测方法,本研究以虫媒介黄病毒基因3’末端通用引物EMF1/VD8作为鉴别引物,以CFV分离株CJD-05为模板,建立了检测CFV的RT-PCR方法。RT-PCR扩增产物测序结果显示,其扩增片段为708 bp,而该方法对其它禽类病毒病原核酸的扩增结果均为阴性,表明该方法具有较高的特异性。扩增的特异性片段与GenBank中CFV、鸭黄病毒和鹅黄病毒序列同源性达到100%、98%和99%。对参考病毒进行梯度稀释检测,该方法检测CFV的敏感度可达10-3TCID50/0.1 mL。采用所建立的RT-PCR方法对2009年福建省部分鸡场的112份临床样品进行检测,结果显示37份为CFV阳性。本研究建立的RT-PCR方法可以作为CFV在临床检测和分子流行病学调查的一种检测方法。     

牛冠状病毒RT—PCR检测方法的建立

牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCV)是引起新生犊牛腹泻和成年牛冬痢、呼吸道疾病最主要的病原之一,临床上主要表现为新生犊牛腹泻拉血样粪便,成年牛冬季严重水样腹泻(有时伴有血和黏液)等特征.     

同时检测美洲型及欧洲型PRRSV的多重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的快速鉴别检测方法,本研究针对PRRSV基因序列设计3对特异性引物,即第1对通用引物扩增美洲型和欧洲型病毒株ORF7基因(433 bp/398 bp)、第2对引物扩增美洲型经典病毒株和高致病性变异株(HP-PRRSV)Nsp2基因(338 bp/248 bp)、第3对引物扩增欧洲型病毒株ORF5基因(614 bp)。经过反应条件的优化,建立了能够同时检测并区分美洲型经典病毒株、HP-PRRSV株以及欧洲型病毒株的多重RT-PCR检测方法。该方法可以特异扩增3种病毒的基因,其重组质粒标准品的检出下限均为1.67×103拷贝;而与猪的其它重要病原均无交叉反应。应用该方法检测176份临床疑似病料样品,结果 PRRSV阳性45份,其中美洲型变异病毒株41份、经典病毒株4份,未检测到欧洲型病毒株。表明本研究建立的多重RT-PCR检测方法可以用于PRRSV的快速鉴别诊断和流行病学调查。     

PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪轮状病毒(PRoV)的方法,本研究分别针对PEDVN基因、TGEVM基因、PDCoVM基因和PRoVVP6基因设计特异性引物和TaqMan探针,经过优化反应条件,建立了同时检测4种病毒的多重TaqMan荧光定量RT-PCR方法。结果显示,该方法仅特异性扩增PEDV、TGEV、PDCoV和PRoV,与猪其它主要病毒无交叉反应,特异性较强;对PEDV、TGEV、PDCoV和PRoV的质粒标准品的最低检出限分别为2.06×10^2拷贝/μL、2.06×10^2拷贝/μL、2.06×10^1拷贝/μL、2.06×10^3拷贝/μL,具有较高敏感性;组内与组间变异系数均小于1.1%,具有良好的重复性。应用该方法和普通多重RT-PCR检测临床采集的243份腹泻病料样品,两者的符合率为96.71%。本研究建立的方法为临床PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV的鉴别检测及流行病学调查提供了一种快速、特异、敏感、高效的技术手段。