汕尾地区鸭圆环病毒分子流行病学调查

为了解2023年上半年广东省汕尾地区鸭圆环病毒感染(DuCV)的流行及分子特征情况,从汕尾6个县区选取14个鸭场(包含1个鸭批发市场)随机抽取312份样本(其中含咽肛拭子290份,环境样本22份)进行DuCV检测。结果显示,14个鸭场中有10个鸭场检出DuCV,鸭场检出率为71.42%;290份咽肛拭子中检测出136份阳性样本,咽肛拭子阳性率为46.90%;22个环境样本中检测出10个阳性样本,环境阳性率45.45%。每个鸭场选取1～2个样本进行基因测序分析,结果显示检测到的DuCV属Ⅰ型中的不同分支。该结果为汕尾地区该病的防控提供了一定的参考价值。     

江苏地区猪圆环病毒2型流行病学调查

应用复合PCR方法,对江苏地区的162份可疑病料进行了检测,结果72份病料为PCV2阳性,17份为PCV1阳性,其中7份同时感染PCV1和PCV2。从发病时间看,以9~11月发病最多,阳性率高达54.67%。样品较多的保育猪和育肥猪的阳性率分别是26.03%和68.12%。通过流行病学调查,表明该病已在江苏地区呈流行趋势。同时对18头PCV2阳性猪病料的心、肝、脾、肺、肾、脑、腹股沟淋巴结、肠系膜淋巴结、扁桃体进行PCV2检测,结果有7头PCV2阳性猪的各个脏器都能检测出PCV2;在这些脏器中,肺、腹股沟淋巴结、扁桃体的检出率都为100%,较其他受检脏器更适合作为PCV2的检测样品。     

吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析

为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。     

猪圆环病毒2型感染的流行病学调查

应用ELISA方法对河北省及北京、天津地区部分规模猪场和散养猪群共398份猪血清样品进行猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)抗体检测,结果抗体阳性率为90.9%,血清样品抗体总阳性率为84.2%,其中种母猪抗体阳性率86%,种公猪88.2%,育肥猪85.2%,断奶仔猪76.7%,初步表明PCV2感染在被检地区猪群中普遍存在。对阳性的血清样品中随机抽取14份,用PCR方法进行PCV2 ORF1基因的检测,结果从6份血清中扩增到了特异性目的基因片段,检出率为42.9%,进一步证实了PCV2感染在上述地区规模猪场和散养猪群中存在。     

福州市猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)流行病学调查

对福州地区12个规模化养猪场的发病猪群进行了系统的流行病学调查，共采集64份组织病料。采用PCR方法进行圆环病毒Ⅱ型(PCV2)检测。现场调查发现共有7个场的猪群有圆环病毒Ⅱ型感染所致的特征性临床症状及病理变化；PCR检测31份病料呈阳性，阳性率46．9％；12个养殖场中7个为阳性．阳性率58．3％。根据临床及实验室检测结果证实福州市养猪场存在PCV2感染。     

2018-2020年广东鸭圆环病毒流行病学调查

为调查广东省鸭圆环病毒(DuCV)流行情况,本研究根据已报道的PCR方法,对2018年12月-2020年7月采自广东省9个不同地区的910份临床鸭组织病料进行鸭圆环病毒(DuCV)、大肠杆菌(E.coli)、腺病毒(FAV)、细小病毒(DPV)、禽流感病毒(AIV)和鸭坦布苏病毒(DTUMV)检测。结果表明:DuCV总检出率为23.18%(211/910);2019年第三季度较高,为34.61%;DuCV单重感染为16.24%(32/197),二重感染和三重感染分别为62.43%(132/197)和21.31%(42/197)。研究结果表明,DuCV在广东省鸭养殖场中存在不同程度的流行,夏季和冬季为多发,DuCV的感染会造成免疫抑制进而导致其他病原的感染,加重疾病的严重程度和死亡率。本研究调查结果为广东省养殖户了解广东地区DuCV的流行态势提供可支撑的数据。     

猪圆环病毒2型的流行病学调查

自2002年1月份以来，笔者对安徽、江苏、江西、山东、湖北、上海等地17个集约化养猪场，进行了猪圆环病毒2型（PCV-2）感染的流行病学调查。此次调查，我们运用PCR方法，调查范围主要为断奶仔猪多系统衰竭综合症疑似发病猪场及正常猪群不同年龄阶段的猪。结果疑似猪群中，PCV-2检出率为60.6％（43／71），屠宰猪群的阳性率仅为6.7％（1／30），而初生仔猪（2-3日龄）的阳性率亦可达42.9％（15／35）。表明我国猪群中普遍存在PCV-2的感染。     

鸭圆环病毒ORF-C1基因的扩增及遗传进化分析

鸭圆环病毒(DuCV)感染能够引起鸭的免疫抑制,引起多种病原的继发性感染,在我国鸭群中广泛流行。为了解DuCV的遗传变异情况,对采自山东、江苏和贵州3个省份的19个鸭场的样品进行了PCR测定,并对DuCV的ORF-C1基因进行测序和遗传进化分析。PCR测定结果显示,19个鸭场中有9个鸭场的样品为DuCV阳性,总体阳性率为47.4%;ORF-C1基因序列测定结果显示,9株DuCV之间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为93.4%～100%和82.2%～100%,与NCBI中已公布的DuCV毒株的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为77.8%～99.5%和71.5%～-99.6%;遗传进化分析显示,9株DuCV全部属于DuCV-1b亚型,其中有7株在同一分支上,与D11-JW-001等韩国毒株遗传距离较近,另外2株则与山东、广西的毒株遗传距离较近;此外,与已公布的毒株相比,9株DuCV都在158位发生了氨基酸突变,由E/D变为L/P。上述结果表明,DuCV-1仍然为我国鸭群中的优势流行基因型,但病毒的基因也在不断地发生变异,应该对其进行持续监测。     

我国部分猪场猪圆环病毒3型流行病学调查

猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV-3)是近2年从猪体内新检测到的病原。为了解我国猪群的PCV-3感染现状、临床症状和病变特征,在分析流行病学资料基础上,运用荧光PCR技术,对部分猪场采集的80份病料进行PCV-3检测。结果表明,我国至少已有山东、河南、福建、广西等4省份的猪群存在PCV-3感染;发病样品中的PCV-3个体感染率为27.50%,表明我国部分猪群中PCV-3感染较普遍;腹泻样品的感染率最高,为34.09%,而呼吸道症状、流产和高热样品的感染率分别为27.27%、22.22%和14.29%,提示腹泻可能与PCV-3感染的相关性最强,而腹泻样品可能是检测PCV-3的较佳采样器官;不同生长阶段仔猪的感染率不同,保育仔猪感染率最高(40.00%),其次是流产胎儿(20.00%),哺乳仔猪最低(12.50%)。这些结果为PCV-3的采样、监测和防控提供了依据。     

大理地区猪圆环病毒3型流行病学调查与全基因进化分析

为了解大理地区猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)的流行和进化情况,采用PCR对大理地区采集到的PCV3疑似病料进行病原学检测,并对阳性样品进行PCV3全基因扩增分析.结果表明:大理地区猪群存在PCV3的流行,流行株(命名DL 2020)的核苷酸序列与国内外18个毒株同源性为9...     

广西猪圆环病毒3型流行病学调查与分析

本研究旨在了解新发猪圆环病毒3 型（porcine circovirus 3,PCV3）在广西猪群的感染情况及流行特点,为有效防控PCV3提供科学依据。试验采用PCR检测方法对2017年9月至2019年3月广西482个规模猪场送检的917份病猪样品进行PCV3检测,并分析PCV3阳性率在广西不同地区、年份、季节和年龄段猪群之间的差异。对145份PCV3阳性病料进行猪瘟病毒（CSFV）、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪圆环病毒2型（PCV2）、猪伪狂犬病病毒（PRV）和猪流行性腹泻病毒（PEDV）检测。结果显示,PCV3除在百色、防城港未检出,在广西其他12个地市均存在不同程度的感染;2017~2019年广西PCV3样品阳性率和PCV3猪场阳性率均呈逐渐上升趋势;夏季PCV3阳性率最低,且明显低于其他3个季节;育肥猪PCV3阳性率最高,为21.70%,其次是流产母猪、保育猪、流产胎儿,阳性率分别为20.00%、19.05%和11.02%,哺乳仔猪PCV3阳性率最低,为8.21%;PCV3单一感染率较高,为30.34%,与其他病原混合感染情况也较为常见,甚至出现四重感染。调查结果表明,PCV3感染在广西普遍存在,且近年来感染呈增加趋势,可能有一定的季节性,对各生长阶段猪群均有一定程度的危害,以育肥猪最为严重,对母猪和保育猪危害也较大;PCV3单一阳性率较高,但仍以混合感染为主,尤其是与PRRSV和PCV2的混合阳性率较高,提示这3种病原在感染致病过程中可能存在协同作用。     

猪圆环病毒(PCV)序列分析与进化

从 Gen Bank数据库下载了世界各地分离的猪圆环病毒基因组全序列 ,并对其进行多重比对 ,绘制系统进化树 ,发现来自同一国家或地区的 PCV毒株亲缘关系较近。提取 PCV ORF1编码的蛋白质序列 ,进行多序列比较 ,分析保守氨基酸序列 ,搜索结构域相似序列 ,结果发现玉米线条病毒属与 PCV的起源有密切的关系。此外 ,在数据处理过程中通过自编程序结合互联网及免费软件 ,能迅速进行大规模序列比较分析 (35个序列以上 ) ,提高了生物数据分析处理的速度。     

广东省4株PCV2型分离株全基因组进化分析

【目的】了解目前广东省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析;利用MegAlign软件对4株PCV2广东分离株ORF2氨基酸序列与国内外参考毒株进行关键位点氨基酸变异分析;应用DNAStar中Protean软件的Jameson-Wolf方法对4株PCV2广东分离株ORF2基因编码的Cap蛋白与4株疫苗株进行抗原指数预测分析。【结果】测序结果表明,4株PCV2广东分离株序列长度均为1 767 bp。遗传进化树结果表明,4株分离株均属于PCV2d基因型,且核苷酸相似性在97.7%～99.1%之间,与国内外54株参考毒株相似性在91.7%～99.8%之间,其中与PhuTho/G40312/2018株(Viet Nam,登录号：LC602996)、QZ1410株(江苏,登录号：MG732832)、GXBB1501211株(广西,登录号：MH756609)亲缘关系最为接近。关键氨基酸位点...     

广东省猪PCV-2感染的病原学调查

2004年-2006年从广东省4个不同地区458个规模化猪场采集2128份病料,进行了PCV-2的抗原检测,结果表明,被检地区的猪群中普遍存在PCV-2感染,检测的458个规模化猪场中有372个猪场有PCV-2阳性猪,平均阳性率达到81．22%;2128份被检病料样品中有863份为阳性,平均阳性率达40．55％（863／2128）;不同地区不同时段猪场阳性率为63．64％～92．86％,病料样品的阳性率为24．00%～48．00％。     

广东省四个家鹅群体的遗传变异研究

通过筛选31个多态性较好的微卫星标记检测了广东省狮头鹅、乌棕鹅、阳江鹅、马岗鹅4个家鹅的遗传变异。利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数、群体间的Nei氏标准遗传距离DS和DA遗传距离,并采用邻近法(NJ)和类平均法(UMPGA)进行聚类。结果表明广东省4个家鹅群体的平均杂合度为0.652,遗传一致性较好,各品种间的遗传距离远近顺序在两种遗传距离DS和DA的结果中是完全一致的,以DA为基础得到的UPGMA和NJ的聚类结果都表明这4种鹅聚为两类,狮头鹅和乌棕鹅聚为一类,阳江鹅和马岗鹅聚为一类。同时表明以DA为基础得到的结果NJ的聚类结果更加准确。表明在应用微卫星标记分析品种的遗传多样性时,使用更多的微卫星位点,才可以获得更准确更具普遍性的结论。     

鹅基因组微卫星富集文库的构建与分析

为分离鹅(Anser cygnoides)微卫星序列片段,提取鹅基因组DNA,用Hae III和Rsa I内切酶消化并连接接头,再用接头特异引物进行PCR扩增。扩增产物与生物素标记的(AC)12探针杂交,杂交复合物用链霉亲和素包裹磁珠进行结合,得到单链DNA目标片段。再经PCR扩增,连接pMD19-T载体,转化入感受态大肠杆菌,得到微卫星富集小插入片段DNA文库。用Colony-PCR法筛选获得318个阳性克隆,并进行测序分析。结果表明,所测的318个序列有242个含微卫星序列,197个为有效微卫星序列,其中完全型(perfect)占60.9%,非完全型(imperfect)20.8%,混合型(compound)18.2%。(CA)n重复最为常见。文章为鹅种资源遗传多样性、分子进化、遗传图谱的构建及重要经济性状基因座定位等研究奠定了基础。     

一株鹅星状病毒变异毒株的基因组特征与致病性分析

旨在研究引起雏鹅痛风的新型鹅星状病毒流行株特征。本试验从安徽省鹅星状病毒阳性雏鹅组织中进行病毒分离,并对分离的毒株进行全基因组测序,随后进行遗传进化分析。结果表明,病毒液接种9~11日龄鹅胚可成功分离到病毒,将其命名为GASTV-ZM株。IFA （indirect immunofluorescence assay）鉴定为阳性。基因组序列分析表明,ZM株鹅星状病毒基因组全长7 175 nt,ORF2基因核苷酸和氨基酸与2014—2020年间分离毒株的同源性分别为96.7%~98.9%和96.9%~99.0%,ORF2基因编码的氨基酸序列结果显示,3个氨基酸突变位点与以往存在显著差异,ZM株与2016年以来在我国流行的新型鹅星状病毒处于同一进化分支,与2020分离株HNSQ-6株和XT1株同源性较高。本研究为进一步研究该病毒的致病性和致病机理奠定基础。     

猪圆环病毒2d型的分子生物学特征和流行病学研究进展

猪圆环病毒2型(Porcine circovirus Type 2,PCV2)被认为是猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的主要病原体,分为多个基因型和亚型,具有很高的突变率,给猪场的疫病防控带来了巨大的挑战。虽然PCV2不同基因型间存在一定的交叉免疫保护作用,但是,在国内外多个接种了PCV2疫苗的猪群中,报道分离得到了突变型PCV2d毒株(又称PCV2b-1C,PCV2 mutant或m PCV2b)。为更好地防控PCV2d毒株的流行,文中就PCV2d的分子生物学特征和流行病学情况分别进行了综述。