鸡KRT14基因编码区SNPs及其与蛋壳品质性状的相关分析

角蛋白14 (Keratin 14,KTR14)属于富含半胱氨基酸残基的Ⅰ型(酸性)角蛋白,具有参与细胞生长,促进细胞分化的作用.为分析KRT14基因对鸡蛋壳品质性状的影响,本研究以43周龄的江汉鸡为实验对象,利用PCR技术结合直接测序法,分析鸡KRT14基因编码区SNPs,并将其与蛋重、蛋壳厚度、蛋壳强度性状进行关联...     

鸡CAST基因编码区的单核苷酸多态与肌纤维性状的相关研究

为了探讨CAST基因作为影响鸡肌肉嫩度性状候选基因的可能性,本研究以四川大恒家禽育种有限公司培育的优质鸡新品系为试验材料,采用PCR-SSCP方法对鸡钙蛋白酶抑制蛋白（Calpastatin,CAST）基因的部分编码区进行单核苷酸多态性（SNPs）检测。结果发现了1个多态性位点（G—T）,且在试验鸡群中检测出AA、BB和AB3种基因型。利用SAS（8．01）软件统计分析了3种基因型与优质鸡肌纤维性状的相关性。结果表明：CAST基因的多态性对鸡肌纤维密度和直径有着显著的影响（P〈0．05）,同日龄鸡群AA型个体的肌纤维密度高于AB型、肌纤维直径低于AB型,且均达到显著水平（P〈0．05）,而AA与BB型、BB与AB型间差异不显著（P〉0．05）;同体重鸡群BB型个体的肌纤维密度高于AB型、肌纤维直径低于AB型,且均达到显著水平（P〈0．05）,而AA与BB型、AA与AB型间差异不显著（P〉0．05）。试验结果提示：CAST基因对鸡肌纤维性状具有重要作用,推测可以利用该位点对鸡肌肉嫩度性状进行标记辅助选择。     

CSRP3基因在鸡胚胎期胸肌、成肌细胞中的表达及其与胸肌质量的相关性研究

为研究CSRP3在鸡骨骼肌早期生长发育中的作用,本研究通过实时荧光定量PCR技术探讨了CSRP3mRNA在生长速度不同的花山鸡和清远麻鸡胚胎期胸肌中以及体外培养的鸡成肌细胞中的表达,并分析2个品种鸡胚胎期胸肌中CSRP3 mRNA的表达与其胸肌质量、体质量的相关性。体内外研究结果均表明,CSRP3基因的表达随着鸡骨骼肌肌纤维分化进程逐渐升高;同一胚龄时,比较CSRP3mRNA在2个品种鸡胸肌中的表达,均是慢生型清远麻鸡显著高于快大型花山鸡;相关性结果表明,2个品种鸡胚胎期胸肌中CSRP3mRNA表达量与其胸肌质量、体质量均呈正相关,与胸肌质量的相关性达极显著水平。结果提示,鸡胸肌中CSRP3基因的表达具有品种特异性,与胸肌肌纤维的生长和分化有着密切联系。     

鸡Wnt3a基因组织表达差异与SNPs对鸡毛囊密度性状的遗传效应

Wnt家族成员3a （Wnt family member 3a,Wnt3a）基因是Wnt信号通路的重要成员,Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用。试验以Wnt3a为候选基因,旨在探讨鸡Wnt3a基因的组织表达差异与单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）位点对鸡皮肤毛囊密度性状的遗传效应。用实时荧光定量PCR检测Wnt3a基因在鸡不同组织中的表达差异;用PCR扩增直接测序法对Wnt3a基因的SNPs位点进行筛查,验证和分析不同SNPs位点基因型背部毛囊密度的差异;用实时荧光定量PCR技术检测不同品种鸡皮肤组织中Wnt3a基因mRNA表达差异。结果表明,Wnt3a mRNA在皮肤组织中表达量最高,显著高于其他组织（P<0.05）,其次是肝脏、睾丸、卵巢和下丘脑,心脏、胸肌、垂体和脾脏等组织表达量较低。在Wnt3a基因第2和3外显子区各筛选到1个SNP位点：g.2587569 G>A和g.2555812 T>C;在第3内含子区筛选到1个SNP位点：g.2555377 T>C。卡方检验结果显示,3个位点均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡。群体遗传参数分析发现,g.2555812 T>C位点为中度多态,有效等位基因数为1.7,遗传变异程度较g.2587569 G>A和g.2555377 T>C位点高。SNP位点分型与毛囊密度的关联分析结果表明,g.2555377 T>C位点CC基因型个体的毛囊密度显著高于TT和CT基因型个体（P<0.05）。在毛囊密度具有显著差异的不同品种鸡的背部皮肤组织中,Wnt3a mRNA表达差异显著（P<0.05）。该研究结果为进一步深入解析Wnt3a在鸡皮肤毛囊生长发育中的作用、筛选与毛囊密度性状相关的辅助育种标记提供了基础资料。     

三鸡种NLRC5基因编码区SNPs及其与部分免疫性状的关联分析

本研究通过检测鸡NLRC5基因编码区域单核苷酸多态位点,以期分析与免疫性状相关的遗传标记。采用PCR-SSCP方法对3个鸡品种NLRC5基因编码区SNPs进行检测,仅在外显子8区域发现多态位点,其中在文昌鸡中检测到AA、BB和AB 3种基因型,如皋鸡中检测到AA和AB 2种基因型,安卡鸡中仅存在AA基因型。序列分析结果显示,NLRC5基因外显子8存在G43A同义突变。测定部分免疫性状,分析不同鸡品种之间以及不同基因型与免疫性状间的关联性,结果表明:安卡鸡H/L值、ND抗体滴度、IL-1浓度均显著高于如皋鸡和文昌鸡(P0.05),AI抗体滴度极显著低于其他2个品种(P0.01),如皋鸡SBRC抗体滴度最高,但3个品种之间差异不显著(P0.05);不同基因型同免疫性状之间,AA型个体各项性状值均优于AB和BB型个体,但是差异不显著(P0.05)。综合分析,中国地方品种文昌鸡、如皋鸡的抗性优于安卡鸡种,AA型可能是NLRC5基因在机体免疫应答能力的有利基因型。     

NPY基因SNPs与优质鸡睾丸性状的关联分析研究

本文采用PCR-RFLP技术,对560只黄羽肉公鸡的NPY基因3个酶切位点进行了多态性研究,并分析其与睾丸性状的关系.结果表明:rs3和rs19识别位点在隐性纯合子的情况下表现为较大的睾丸重(P＜0.05)和睾丸指数,这两个位点可以作为睾丸性状的候选分子标记.     

贵妃鸡肌细胞生成素基因SNPs检测及其与屠宰性状的相关性分析

试验以肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因作为屠宰性状候选基因,以相同饲养条件下13周龄的贵妃鸡为研究对象,采用PCR扩增产物直接测序,检测该基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并进行MyoG基因SNP位点与屠宰性状的相关性分析。结果发现,在研究群体中检测到4个SNPs位点,存在T-T-A-G、T-T-A-A、C-C-A-G和C-C-G-A共4种单倍型,分别命名为H₁、H₂、H₃和H₄,经序列对比,可构建出H₁H₁、H₁H₂、H₁H₃、H₁H₄和H₂H₃共5种双倍型,对所定义的5种双倍型与贵妃鸡屠宰性状间进行关联分析,结果均未达到显著水平。     

伊犁马MyoG基因外显子1多态性与肉质性状及肌纤维性状关联分析

为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状（失水率、熟肉率、剪切力）和肌纤维性状（肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度）,利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素（meyogenin,MyoG）基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1（g.31187343 A>C）、SNP2（g.31187333 G>A）、SNP3（g.31187132 C>T）、SNP4（g.31187105 C>G）和SNP5（g.31187099 C>T）,其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著（P>0.05）。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1（g.31187343 A>C）、SNP3（g.31187132 C>T）和SNP4（g.31187105 C>G）位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。     

IGFBP-3基因在两个品种鸡组织中的表达及其与生长性状的相关性分析

为研究IGFBP-3基因表达与鸡生长性状的相关性,以生长速度差异较大的花山麻鸡和清远麻鸡两个黄羽肉鸡品种为研究素材,用实时荧光定量PCR法检测胚胎期和出雏后两个品种鸡胸肌和肝脏中IGFBP-3基因的表达规律,并将其与体重、胸肌重和肝脏重进行相关性分析。结果表明,在9胚龄时两个品种鸡胸肌和肝脏中均可检测到IGFBP-3基因表达,同一胚龄或日龄品种内组织间比较,胚胎期两个品种鸡胸肌IGFBP-3 mRNA表达量均高于肝脏,出雏后肝脏IGFBP-3 mRNA表达量迅速上升,胸肌IGFBP-3 mRNA表达量下降,两个品种鸡肝脏IGFBP-3 mRNA表达量均极显著高于胸肌（P<0.01）;组织中IGFBP-3 mRNA表达量与组织重量和体重相关研究表明,两个品种鸡肝脏IGFBP-3 mRNA表达量与其胸肌重、肝脏重和体重呈显著或极显著正相关（P<0.05;P<0.01）,胸肌IGFBP-3 mRNA表达量与其胸肌重、肝脏重和体重均呈极显著负相关（P<0.01）。研究结果揭示,IGFBP-3 mRNA在鸡中的表达具有品种、年龄和组织特异性,出雏前肝脏并不是鸡产生IGFBP-3的主要器官,出雏后鸡IGFBP-3可能主要由肝脏合成,肝脏中IGFBP-3 mRNA水平差异是导致两个品种鸡出雏后体重和胸肌重差异的重要因素。     

鸡CFL2基因3'UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3'UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明:在鸡CFL2基因3'UTR区预测到5个microRNA靶位点.在CFL2基因3'UTR区发现G577A位点,该位点为Kpn Ⅰ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经X2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态.该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P＜0.05).结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考.     

鸡MC3R基因多态性及其与屠体和肉质性状的相关性

以四川大恒家禽育种有限公司和四川省畜牧科学研究院培育的5个新品系纯系和3个杂交系鸡群为试验材料,对MC3R基因进行PCR扩增,采用PCR-SSCP技术结合测序分析了MC3R基因在上述鸡群中的多态性.结果表明8个鸡群中存在A 1 424 G的突变.经过基因型与屠体性状的关联分析得知各基因型除与半净膛率(SEP)和腿肌率(LMP)无显著影响(P＞0.05)外,对其它屠体性状则有显著(P＜0.05)和极显著影响(P＜0.01);与肉质性状相关分析结果显示,1 424位点仅对粗蛋白(CP)含量和肌内脂肪含量(IMF)影响显著(P＜0.05).     

DHRS4基因在猪骨骼肌中的表达及其与生长性状的关联分析

为探讨猪DHRS4基因在骨骼肌中的表达及其与生长性状的相关性,本研究分析了DHRS4基因在长白猪出生后30、180和300 d不同类型骨骼肌中的表达,并在蓝思白猪资源群体中筛选DHRS4基因的多态性位点,进一步通过Sequenom SNP分型技术对DHRS4基因进行基因分型,分析了DHRS4基因多态性位点与猪生长性状（料重比、平均日增重和平均背膘厚）的相关性。结果显示,DHRS4基因在30、180和300 d长白猪的胸肌、腿肌和背肌中均有表达,在胸肌和腿肌中,DHRS4基因在30 d的表达显著或极显著高于180和300 d（P<0.05;P<0.01）,而在背肌的不同发育时期中,其表达水平没有显著差异（P>0.05）。此外,本研究在蓝思白猪资源群体中找到了3个位于DHRS4基因上的单核苷酸多态性位点：rs334250151、rs342446613和rs326982309。关联分析结果表明,rs334250151位点与料重比呈显著相关,该位点AA基因型个体的料重比显著低于TT基因型个体（P<0.05）。研究揭示,DHRS4基因可能参与猪的骨骼肌发育,rs334250151位点可以作为一个新的分子标记应用于猪生长性状的遗传改良中。     

文昌鸡MTNR1B基因的多态性及其与产蛋性状的关系

本研究旨在了解褪黑激素受体基因MTNR1B的多态性及其与文昌鸡产蛋性状的关系。用直接测序的方法检测MTNR1B5′调控区、外显子1和外显子2的单核苷酸多态性,并将其与文昌鸡的产蛋性状进行关联分析。结果表明,在外显子1和2的编码区未发现碱基突变或缺失,而在5′调控区发现15个单核苷酸多态位点。其中-778位点突变(A→G)对文昌鸡中期(22～31周龄)产蛋数和46周龄总产蛋数的显性效应分别达到了2.3和6.2枚(P<0.05)。对后期(32～46周龄)产蛋数和46周龄总产蛋数而言,-216位点C对A为优势等位基因,加性效应值分别为2.5和3.2枚,显性效应分别为3.5和6.8枚,且表现为超显性。在4种单倍型中,AA单倍型个体的后期产蛋数和46周龄总产蛋数最低,GC单倍型个体的开产日龄最早。AC/GA联合基因型母鸡拥有最高的中期产蛋数、后期产蛋数和46周龄总产蛋数。综上所述,MTNR1B基因的外显子高度保守,而5′调控区的SNPs有望成为影响产蛋性状潜在的遗传标记。     

鸡GPC1基因外显子8的SNPs与部分免疫性状的相关性分析

采用PCR-SSCP对12个不同鸡种glypican-1(GPC1)基因外显子8的单核苷酸多态性进行检测,同时检测如皋鸡、安卡鸡和文昌鸡3个鸡种56日龄的5个免疫性状,进一步分析SNP位点与免疫性状的关系。结果表明:12个鸡种中均出现3种带型,存在g.155 C>A错义突变,引起苏氨酸突变为精氨酸。12个鸡种群中,AA、AB和BB基因型平均频率分别为0.259、0.545和0.211;平均观察杂合度为0.466,平均Shannon信息指数为0.671。除乌骨鸡、大骨鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余群体均处平衡状态。基于该位点构建的UPGMA聚类图将12个鸡种分为3大类,反映了12个鸡种在抗性方面存在的差异。经过关联分析,如皋、安卡鸡中AB型个体的IL-1浓度、H/L值与BB型存在显著差异,与AA型差异不显著;在其他免疫性状中各基因型之间均无显著差异。安卡鸡的一般抗性总体低于如皋鸡和文昌鸡。     

鸡Nramp1基因多态性与部分免疫指标相关性分析

随机选取同期孵化出雏的中国地方鸡种如皋鸡和引进隐性白羽鸡72只和55只,测定部分免疫性状。利用PCR-SSCP技术检测如皋鸡和隐性白羽鸡Nramp1基因第9外显子的多态性,并对不同基因型与免疫性状进行相关分析。结果表明:如皋鸡与隐性白羽鸡H/L、淋巴细胞转化率和IgM含量均差异显著(P<0.05)。如皋鸡AA型的H/L显著低于BB型和AB型(P<0.05),而AA型的淋巴细胞转化率和IgM含量显著高于BB型(P<0.05)。隐性白羽鸡各基因型对免疫指标的影响与如皋鸡的趋势相同。该研究结果初步显示,如皋鸡的综合免疫性能优于隐性白羽鸡,AA基因型的综合免疫性能优于AB型和BB型。     

鸡VLDLR基因多态性与蛋黄性状的关联分析

本研究采用PCR-RFLP方法,检测VLDLR基因在山东地方鸡种汶上芦花鸡、济宁百日鸡和莱芜黑鸡中的多态性,并分析各多态位点不同基因型与4个蛋黄性状的相关性。结果表明,在3个供试群体中共检测到2个具有生物学意义的SNPs位点,即第6外显子8 467nt处的G→A突变(V8467)和第17内含子13 876nt处的A→G突变(V13876)。最小二乘分析结果表明,V8467对蛋黄质量有极显著影响(P<0.01),对蛋黄高度有显著影响(P<0.05);V13876对蛋黄质量有极显著影响(P<0.01),对蛋黄比率和蛋黄高度有显著影响(P<0.05);而双倍型对蛋黄质量、蛋黄比率的影响均达到极显著水平(P<0.01),对蛋黄高度的影响达到显著水平(P<0.05)。结果提示:本研究检测到的VLDLR基因的V8467和V13876多态性位点可以作为蛋黄性状的候选分子标记。     

钙调素基因启动子序列多态性对京海黄鸡产蛋性状和蛋壳性状的遗传效应

本试验旨在分析钙调素(Calmodulin,CAM)基因启动子区域碱基多态性与京海黄鸡产蛋性状和鸡蛋蛋壳质量性状间的关系。采用PCR-SSCP法检测京海黄鸡CAM基因启动子区域碱基多态性。结果表明:京海黄鸡CAM基因启动子区域有3个SNPs(G326A、A327G、C366T),PCR扩增产物SSCP出现6种基因型:AA、AB、AC、BB、BC和CC。AA基因型个体的300日龄产蛋数和66周龄产蛋数显著高于BB型个体(P<0.05)。AA型个体的蛋壳强度和蛋壳重显著小于AB、BB、AC和BC型个体(P<0.05)。CAM基因座对京海黄鸡300日龄蛋重、蛋型指数、蛋壳强度和壳重百分率的主效应指数(MEI)均大于3%。初步推断CAM基因座可能是影响京海黄鸡产蛋数和蛋壳质量性状重要候选基因。