首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 15 毫秒
1.
【目的】 通过高通量混池重测序和选择清除分析比较鸭不同产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP和基因差异,以筛选和鉴定出鸭产蛋量相关的遗传变异位点和功能基因,为通过分子遗传育种手段提高鸭产蛋性能提供依据。【方法】 根据金定鸭群体开产后150 d内个体产蛋量情况,选择2种极端表型,分为高产蛋组(CH)和低产蛋组(CL)。基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选不同鸭产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP及相关功能基因,通过单个样本PCR扩增子测序对筛选的产蛋量相关SNP进行验证,对筛选的候选基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定候选基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径,并分析不同基因型间产蛋量高低差异。【结果】 在低产蛋量组和高产蛋量组分别获得192 071 438和229 836 820条的clean reads,共定位到的SNP差异极显著区间为1 368个,受选择候选基因为214个,而且这些区间和基因主要位于Z号染色体,主要包括KDM4CLURAP1LPTCH1、PRUNE2、TRPM3和VPS13AD等基因。验证结果表明重测序结果准确。GO功能分析表明,受选择基因在分子功能、细胞组分和生物过程3个本体中均有富集。KEGG通路富集分析表明,受选择基因主要富集到代谢途径、肌动蛋白骨架调节、真核生物核糖体发生等信号通路。鉴定出候选基因KDM4C上Z-28286537、Z-28286879、Z-28288421、Z-28434122和Z-28436368位点,LURAP1L基因上Z-30802227位点、TRPM3基因上Z-36500134、Z-36503668、Z-36534782、Z-36684262、Z-36710928和Z-36732487位点,VPS13A基因上Z-37498270和Z-37513004位点,PTCH1基因上Z-41510597位点显著影响鸭的产蛋量(P<0.05)。【结论】 鸭Z号染色体上存在多个与鸭产蛋量显著相关的SNPs位点及相关基因,本研究结果为通过分子遗传育种手段提高蛋鸭产蛋性能提供了依据。  相似文献   

2.
转化生长因子β1(transforming growth factor beta1,TGF-β1)基因是本课题组前期在高产和低产雷州黑鸭群体中通过转录组学测序分析筛选出的可能对雷州黑鸭繁殖性能有重要调控作用的候选基因。为进一步探究TGF-β1基因的遗传多态性,分析其产蛋性能的相关的遗传分子标记,本试验采用PCR扩增技术和直接测序法,检测100只雷州黑鸭群体中的TGF-β1基因的SNP位点,使用SPSS 26.0软件分析TGF-β1基因的遗传多态性位点基因型与雷州黑鸭产蛋性能的相关性。结果显示,在TGF-β1基因的第6个内含子中发现3个SNPs位点与雷州黑鸭的开产蛋重显著相关,分别为I6-2188 C>T、I6-2220 T>C和I6-2235 A>C;I6-2188 C>T位点与开产日龄显著相关;使用Haploview软件对SNPs位点进行连锁分析发现,H1H1单倍型的开产蛋重显著高于H2H2单倍型。综上所述,TGF-β1基因的3个SNPs位点可作为雷州黑鸭繁殖性能的遗传标记。  相似文献   

3.
【目的】探究促卵泡激素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为选育高生产性能的种鸡提供新的分子标记。【方法】以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关位点分型,通过SPSS 26.0软件的一般线性模型进行FSHR基因多态性与拜城油鸡生产性能的关联分析。【结果】FSHR基因外显子1上存在2个SNPs位点:SNP1(g.7640519 C>A)、SNP2(g.7640639 T>C);外显子4和5上分别存在1个SNP位点:SNP3(g.7692270 C>T)、SNP4(g.7698478 A>G);外显子10上存在3个SNPs位点:SNP5(g.7716725 G>C)、SNP6(g.7715900 A>G)、SNP7(g.7716470 T>C),除SNP6外,检出率均在90%以上。SNP1位点仅检测到2个基因型:CC和CA,CC为优势基因型;SNP2、SNP3和SNP7位点均存在3种基因型:TT、TC和CC;SNP4位点存在3种基因型:AA、AG和GG;SNP5位点存在3种基因型:CC、CG和GG。相关分析结果表明,SNP2位点CC基因型个体开产日龄极显著高于TT基因型(P<0.01),显著高于CT基因型(P<0.05);TT基因型个体蛋重显著高于CT基因型(P<0.05),入孵蛋死胚率显著高于CC基因型(P<0.05)。SNP3位点TT基因型个体蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。SNP5位点CG基因型个体300日龄总产蛋量极显著高于CC和GG基因型(P<0.01),300日龄平均蛋重和开产蛋重均显著高于GG基因型(P<0.05),开产体重显著高于CC基因型(P<0.05);GG基因型个体蛋壳厚度显著低于CC和CG基因型(P<0.05)。SNP7位点TT基因型个体开产蛋重和个体蛋重均显著高于CC和CT基因型(P<0.05),蛋白高度和蛋黄重均显著高于CT基因型(P<0.05),哈氏单位值极显著高于CC和CT基因型(P<0.01)。【结论】FSHR基因SNP5(g.7716725 G>C)位点CG基因型可作为影响拜城油鸡产蛋性能的标记基因型,SNP7(g.7716470 T>C)位点TT基因型可作为影响拜城油鸡蛋品质的优势基因型。  相似文献   

4.
为了提高贵州地方鸡品种荔波瑶山鸡的产蛋性能,试验以多巴胺受体2(dopamine receptor2,DRD2)基因作为候选基因之一,采用PCR-单链构象多态性(SSCP)及测序等方法检测196只荔波瑶山鸡母鸡的该基因遗传变异情况,并统计分析其遗传变异与鸡产蛋性状的相关性。结果表明:DRD2基因mRNA SNP962(C→T)位点TT、TG基因型38周龄产蛋量差异极显著(P0.01),300日龄蛋重差异显著(P0.05)。该单核苷酸多态性(SNPs)突变影响DRD2蛋白质第312位氨基酸(亮氨酸)发生同义突变,由L(CTG)→L(TTG)。mRNA SNP962(C→T)位点对38周龄产蛋量有较大的遗传效应,可以作为分子标记应用于荔波瑶山鸡的早期选育。  相似文献   

5.
试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P>0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P<0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P<0.01),SNP3与开产体重(P<0.05)、300日龄产蛋总数(P<0.01)、平均连产(P<0.01)和最长连产(P<0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P<0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P<0.01)、蛋黄颜色(P<0.01)和哈氏单位(P<0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P<0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P<0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P<0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P<0.01),与哈氏单位呈显著相关(P<0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。  相似文献   

6.
试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据(raw reads)进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据(clean data),70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点(转换和颠换类型),转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P<0.01)。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。  相似文献   

7.
试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P0.01),SNP3与开产体重(P0.05)、300日龄产蛋总数(P0.01)、平均连产(P0.01)和最长连产(P0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P0.01)、蛋黄颜色(P0.01)和哈氏单位(P0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P0.01),与哈氏单位呈显著相关(P0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。  相似文献   

8.
试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据(raw reads)进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140~87 479 660个有效数据(clean data),70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260~116 478个SNP位点(转换和颠换类型),转换类型总数极显著高于颠换类型总数(P0.01)。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。  相似文献   

9.
利用PCR—RFLP技术对高邮鸭催乳素(Prolactin,PRL)基因内含子1进行了SNP检测和测序分析,并对该基因与高邮鸭产蛋性状的相关性进行了研究。结果表明:PRL基因内含子1存在两个Dra Ⅰ酶切位点,其中1个位点具有DraⅠ多态性。该位点由于在1326位点发生了T→C的碱基突变,产生了AA、AB和BB3种基因型。基因型BB和等位基因B的频率最高;BB基因型个体30周龄蛋重极显著高于AB基因型个体(P〈0.01);AB基因型个体的双黄率显著高于BB基因型个体(P〈0.05);3种基因型间产蛋数、最长连产天数和开产体重无显著差异。  相似文献   

10.
为探究茶花鸡PRLR基因多态性与茶花鸡产蛋性状的相关性,挖掘影响茶花鸡产蛋性状的分子遗传标记,研究以300只300日龄的茶花鸡为研究对象,通过测序检测PRLR基因是否存在SNPs位点,并与茶花鸡产蛋性状进行关联分析,再通过实时荧光定量PCR验证PRLR基因在不同组织中的表达情况。研究结果显示:在茶花鸡PRLR基因中发现两个SNPs位点(C-40T和A+47G),在C-40T的位点中,优势等位基因为T,属于低度多态;关联分析显示该位点与300日龄产蛋数显著相关(P0.05)。在A+47G位点中,优势等位基因为G,属于中度多态;关联分析显示该位点与开产日龄显著相关(P0.05)。两个位点均显著偏离哈迪-温伯格平衡(P0.05)。PRLR在茶花鸡高产组卵巢中的表达显著高于低产组(P0.05),在高产组卵巢中的表达显著高于垂体(P0.05)。综上所述,茶花鸡PRLR基因位点C-40T和A+47G可能分别是茶花鸡43周龄产蛋数和开产日龄的分子标记,为茶花鸡产蛋性能的选育提供参考依据。  相似文献   

11.
本实验旨在研究GnRH基因SNP位点对鹅体组成和蛋品质性状的影响,选择208只四川白鹅(母鹅),采用直接测序法检测SNP和个体基因型,并利用滑动窗口构建单倍型;分别将SNP和单倍型与体组成和蛋品质性状进行关联分析。结果表明:共获得46个SNP位点并构建44个滑动窗口;GnRH基因的SNP位点与鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状显著或极显著相关(P0.05或P0.01),而与半潜水长、骨盆宽、胫围、蛋形指数、蛋比重、蛋黄颜色和蛋黄重等蛋品质性状无显著相关。可见,GnRH基因的SNP位点可作为鹅初生重、体斜长、胫长、龙骨长、胫围、蛋壳强度、蛋壳重和蛋壳厚度等性状的分子标记之一。  相似文献   

12.
试验旨在探究三穗鸭TRPV6基因和SLC4A4基因SNPs突变对蛋壳品质的影响,筛选出与蛋壳品质相关的分子标记。利用PCR扩增和直接测序法相结合的方法检测鸭TRPV6基因和SLC4A4基因的SNPs,并与蛋壳品质进行关联分析。结果显示:在TRPV6基因第2内含子发现的g.81465153 C>G和g.81465176A>G突变分别对蛋壳重和蛋重有显著影响,在第3外显子发现同义突变g.81465450 T>C;3个SNPs联合产生5种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有显著影响。在SLC4A4基因第24外显子发现同义突变位点g.15125097 C>T,在内含子25发现g.15132523 G>A突变对蛋形指数有极显著影响,在内含子26发现g.15135079G>A突变;3个SNPs联合产生4种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重有极显著影响。2个基因聚合后6个SNPs联合产生8种单倍型和7种双倍型,位点联合对蛋壳重和蛋重均有显著影响。表明TRPV6基因和SLC4A4基因新发现的3个SNPs联合和2个基因的6个SNPs联合均对蛋重和蛋壳重有显著效应,...  相似文献   

13.
本研究旨在分析VIPR-1基因的SNP位点与产蛋性能和蛋品质之间的关联性。实验以如皋黄鸡为素材,采用飞行时间质谱技术对VIPR-1基因内含子2第+1063位碱基(PA位点)的G-T突变和第+3522位碱基(PB位点)的T-C突变进行单位点和多位点组合效应分析。结果表明:PA位点的多态性与产蛋性状中的开产日龄(AFE)和40周龄总产蛋数(EN40)呈显著相关(P<0.05);与蛋品质性状中的蛋壳强度(ESS)、蛋黄比率(YR)和蛋黄蛋白比(YAR)呈显著相关(P<0.05);等位基因T有利于产蛋量和蛋品质的改善。PB位点与本次实验所测的5个产蛋性状相关均不显著(P>0.05),与蛋品质性状中的蛋重(EW)、蛋形指数(ESI)、蛋壳厚度(EST)和蛋比重(ESG)相关显著(P<0.05)。组合效应分析结果表明,对于产蛋性能,GTTT和TTTC组合基因型个体的组合效应显著。  相似文献   

14.
乌骨鸡新品系产蛋性能选育效果及相关分析   总被引:4,自引:1,他引:4  
赵小玲  朱庆 《中国家禽》2004,8(Z1):130-132
本文统计和分析了丝羽乌骨鸡新品系四个世代的产蛋性状,采用SAS系统中GLM模型进行冬世代间产蛋性能的多重比较,用Excel软件描绘了父母系各世代产蛋曲线,并在各开产性状间进行了相关分析。结果表明,各产蛋性状各世代间大部分差异显著;开产日龄与开产体重和开产蛋重呈极显著表型正相关(0.39565,0.19906),与300日龄产蛋量呈极显著负相关(-0.24193);开产体重与开产蛋重呈极显著正相关(0.28654),与300日龄产蛋量和300日龄蛋重呈极显著负相关(-0.64308,-0.28698);开产蛋重与300日龄产蛋量呈极显著负相关(-0.64308)。开产日龄是影响产蛋性能的一个重要因素。  相似文献   

15.
本试验对五龙鹅促性腺激素释放激素(GnRH)、催乳素(PRL)和促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因进行多态性检测,并分析其与产蛋性状的关系。选产蛋高峰期五龙鹅100只,采取个体圈养方式饲养,记录个体产蛋量。结果显示,FSHβ外显子3存在1个SNP位点产生3种基因型AA、AB、BB,产蛋量呈现AA型>AB型>BB型趋势;PRL内含子2上存在1个SNP位点产生3种基因型CC、CD、DD。CC型、CD型、DD型的开产日龄、开产蛋重、平均蛋重之间差异不显著(P>0.05),CD型、DD型的产蛋总量显著高于CC型(P<0.05);GnRH基因5′端调控区存在1个SNP位点产生2种基因型EE、EF型,EF型的开产日龄、开产蛋重、平均蛋重都要高于EE型,但是二者之间差异不显著(P>0.05),EE型的产蛋总量显著高于EF型(P<0.05)。  相似文献   

16.
本研究以蛋肉兼用型地方品种广西麻鸡纯系为实验材料,运用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)检测了与产蛋性状相关的9个候选基因(GnRHR、IGF-1、NPY、PRL、ESRβ、ESRα、PRLR、VIP、GHR)中共18个SNP位点,分析了这些位点与生产性状和蛋品质性状之间的关联性。结果显示:显著影响300日龄体重、瑕疵蛋数的位点各有4个;显著影响300日龄总产蛋数、300日龄体重、蛋重、蛋黄色泽的位点各有3个;显著影响蛋壳强度、蛋形指数的位点各有2个;显著影响开产日龄、300日龄鸡蛋浓蛋白高度、蛋壳比例的位点各有1个。这些SNPs位点可为我国地方品种的标记辅助选择提供参考。  相似文献   

17.
本研究旨在探讨ACSF2和MAGI-1基因多态性对扬州鹅产蛋性状的影响,以期筛选出可用于提高扬州鹅产蛋性能的分子标记。采用PCR扩增结合直接测序的方法对ACSF2和MAGI-1基因内含子区域进行单核苷酸多态性(SNP)检测,分析SNP的遗传多样性及其与产蛋性状的关联性。结果显示,扬州鹅ACSF2基因内含子中有1个与扬州鹅产蛋性能相关的SNP位点,为Record-106582 A>C,包含3种基因型,分别为AA、AC和CC。关联分析结果显示,Record-106582 A>C位点对产蛋量有显著影响,AA基因型扬州鹅的产蛋量显著高于AC和CC基因型个体。本研究中MAGI-1基因Record-106975 A>G突变位点对扬州鹅群体产蛋量、开产体重和蛋重均无显著影响。结果表明,ACSF2基因对扬州鹅部分产蛋性状有显著影响,可作为扬州鹅早期选育的分子标记。  相似文献   

18.
为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考.  相似文献   

19.
VIPR-1基因12个多态位点与鸡早期产蛋性状的相关性   总被引:5,自引:0,他引:5  
以鸡VIPR-1基因作为早期产蛋性状的候选基因,选取了12个多态位点对644只宁都三黄鸡进行基因型检测并分析了其与早期产蛋性状的相关性。研究表明:位于5′调控区的位点A-284G与开产日龄(P〈0.0001)、总畸形蛋数(P〈0.05)呈显著相关,等位基因G有利于产蛋量的提高;位于内含子6的位点C+42913T与300日龄产蛋数和300日龄的总正常蛋数显著相关(P〈0.05),CT基因型为优势等位基因型;位于内含子8的位点C+53327T与开产日龄呈极显著相关(P〈0.01),等位基因C有利于开产日龄的提前。  相似文献   

20.
试验采用PCR-SSCP方法检测五龙鹅催乳素基因(PRL)内含子2上的SNP位点,并分析其与产蛋性状的相关性.研究表明,五龙鹅PRL基因由于内含子2的第38和39位点上GA碱基的插入/缺失产生3种基因型CC、CD、DD;CC型、CD型、DD型的开产日龄、开产蛋重、平均蛋重之间差异不显著(P>0.05),CD型、DD型的产蛋数要显著高于CC型(P<0.05).研究表明,该突变位点对五龙鹅的产蛋量起着重要作用,可以为五龙鹅产蛋性状的分子标记辅助选择提供一定的依据.  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号