基于16SrDNA比较研究混养三角帆蚌和鲢鳙对池塘养殖水体微生物群落结构的影响

为了研究混养三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)和鲢(Hypophthalmichthys molitrix)鳙(Aristichthys nobilis)对池塘养殖水体微生物群落结构的影响,分别在浙江海盐、江西九江、上海浦东开展了罗氏沼虾-三角帆蚌混养、草鱼—三角帆蚌混养、罗氏沼虾-三角帆蚌-鲢鳙鱼混养三组系列实验。利用DGGE技术对养殖水体的16S r DNA进行指纹图谱分析。三组实验共鉴定出57条不同条带,每组实验中混养三角帆蚌或鲢鳙实验组的平均条带数均高于单养水体水样平均条带数。Shannon多样性指数分析结果显示,各养殖水体混养三角帆蚌、鲢鳙后,多样性指数均有所增加。PCA分析和DGGE聚类结果显示,在无鲢鳙的情况下,蚌与主养物种(罗氏沼虾、草鱼)混养实验组的16S r DNA图谱聚为一类,显示出蚌对于微生物群落结构影响的贡献;在同时引入鲢鳙和蚌的情况下,16S r DNA指纹图谱则是按照有无鲢鳙聚为两类,提示在本实验中鲢鳙对于水体微生物的影响要大于蚌。对DGGE图谱其中20条显著条带进行回收、测序和系统发育分析,结果表明,所获序列主要分属于放线菌门(Actinobacteria,25%)、蓝藻门(Cyanobacteria,25%)、α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria,15%)、β-变形菌亚门(Betaproteobacteria,15%)、γ-变形菌亚门(Gammaproteobacteria,10%)、ε-变形菌亚门(Epsilonproteobacteria,5%)、裸藻叶绿体(Euglenales,5%)。     

应用DGGE技术分析流清河湾扇贝养殖海区细菌群落结构的季节变化

细菌是海区生态环境的重要组成部分,为了解扇贝养殖海区细菌群落结构的季节性变化,连续11个月(2009年5月—2010年4月,2月除外)定期采集青岛流清河湾扇贝养殖海区水深0.5 m处水样,过滤收集粒径0.22～3.00μm的微生物,采用CTAB法提取样品总DNA,PCR扩增细菌16S rDNA V3-V5可变区序列,并通过DGGE技术对所得序列进行分离,结果共得到36条不同位置的条带,1月份水样细菌群落条带数最为丰富,3月份水样的细菌群落条带数最少。基于各月份DGGE条带数目和相对光密度,对11个月份样品的细菌群落多样性进行UPGMA聚类分析,结果表明,3、4和5月份细菌群落多样性具有较高的相似性,优先聚为一支,其余月份中,7月和8月,9月和12月,10月和11月分别优先聚为一支,而1月份和6月份均单独分为一支。剪切DGGE图谱中的20条主要谱带重扩增、测序,并进行BLAST比对。结果表明,20条序列与已知序列的相似性均在94%以上,这20条序列所代表的细菌分属于α-变形菌亚门(α-Proteobacteria)、β-变形菌亚门(β-Proteobacteria)、γ-变形菌亚门(γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。     

不同地区稻虾综合种养系统的微生物群落结构分析

为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异,为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据,采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结构,并对水体、肠道菌群与环境因子之间的关系进行了分析。结果显示,武汉地区稻虾综合种养系统的水体、底泥及克氏原螯虾肠道细菌群落的多样性均大于永州地区和韶关地区。武汉地区的稻虾综合种养系统的水体及底泥的细菌群落结构与永州地区和韶关地区均相似,其中水体的优势菌门均为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门;底泥的优势菌门均为变形菌门。武汉地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter,10.85%)、气单胞菌属(Aeromonas,9.88%)和[Anaerorhabdus]＿furcosa＿group (8.43%)等。永州地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和放线菌门;优势菌属为ZOR0006 (9.78%)、拟杆菌属(Bacteroides,5.41%)和[Anaerorhabdus]＿fur...     

两种三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)养殖塘中浮游细菌的季节变化

结合基于细菌16S rRNA基因的T-RFLP技术与克隆测序技术,对象山港三疣梭子蟹、脊尾白虾混养模式下改良塘M1(塘底铺网四周铺砂)以及传统塘M2(土塘)水体不同季节细菌群落结构和多样性进行分析。结果显示,M1、M2养殖塘水体细菌群落主要由变形纲门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)组成。养殖过程中,细菌群落结构随时间发生了显著变化,不同养殖塘水体细菌群落结构变化的方向不同。M1养殖塘水体由放线菌门主导的群落结构向蓝藻菌门以及变形菌门主导的群落结构发展,M2养殖水体由蓝藻菌门主导的向变形纲门主导的群落结构发展,说明养殖后期改良塘水体有利于蓝藻细菌的生长。无论是M1还是M2,拟杆菌门在8-9月含量最高,且养殖过程中在M2水体的含量始终高于M1。随着养殖时间的推移,M1养殖塘水体细菌群落由多样性指数高的稳定性结构向多样性指数低的不稳定性结构转变,而M2水体养殖后期仍保持较高的多样性指数。PCA分析结果显示,M1养殖塘水体细菌群落差异性大于M2,说明M2水体细菌群落对环境变化的抵御能力大于M1。相关性分析结果显示,不同养殖塘水体细菌群落分布受环境的影响效应不同。     

暗纹东方鲀不同养殖模式下的微生物群落结构

为探究暗纹东方鲀不同养殖模式下的细菌群落结构特征，本实验采用Illumina Miseq 高通量测序方法对传统养殖与立体种养2种模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌的16S rRNA基因的2个高变区(V3-V4)进行测序分析，利用冗余分析(redundancy analysis, RDA)水体菌群与环境因子的关系，典型关联分析(canonical correlation analysis, CCA)肠道菌群与环境因子的关系。结果显示：立体种养模式下水体、底泥及暗纹东方鲀肠道细菌群落的丰富度及多样性大于传统养殖模式。立体种养模式下水体及底泥的细菌群落结构与传统养殖模式的较为类似，其中水体的优势菌门为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门；底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门。传统养殖模式下肠道的主要优势菌属为红球菌属Rhodococcus，立体种养模式下肠道主要优势菌属为葡萄球菌属Staphylococcus、弓形杆菌属Arcobacter、norank_f_norank_o_Chloroplast、Elizabethkingia和支原体属Mycoplasma。环境因子关联分析结果显示：pH对水体细菌群落具有显著影响。不同养殖模式下水体的优势菌属红球菌属与总悬浮固体(TSS)、总磷(TP)、总氮(TN)、pH和硝酸盐呈正相关。总氨氮(TAN)对暗纹东方鲀肠道细菌群落影响最大，暗纹东方鲀肠道的优势菌属红球菌属、弓形杆菌属与TSS、TP呈正相关；不动杆菌属Acinetobacter、支原体属与TAN、亚硝酸盐、硝酸盐呈正相关；魏斯氏菌属Weissella、葡萄球菌属与TSS、COD、TP、TN、硝酸盐、亚硝酸盐和TAN呈负相关。研究表明，采用立体种养模式可提高养殖系统的细菌多样性，降低病害爆发风险，有助于抑制蓝细菌生长，减小养殖对象的氧化应激损伤。此外，养殖模式能够通过改变水体中氮、磷的含量对水体和暗纹东方鲀肠道的微生物群结构产生一定的影响。     

精养团头鲂池塘沉积物微生物群落的结构特征及组成多样性分析

为了研究精养团头鲂池塘冬季不投饵期间沉积物不同层次细菌群落结构的特征,实验分层次采集池塘沉积物,采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳技术)及基因测序技术,对池塘沉积物垂向空间分布的微生物群落特征及多样性的组成进行分析。结果显示:精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物微生物群落的丰富度(平均为38)和多样性指数(平均为3.18)均较高,说明精养池塘沉积物中微生物数量多、种类丰富。上层(0~10 cm)和中层(10~20 cm)沉积物的微生物群落Shannon指数(3.29、3.27)略高于下层(20~30 cm)的Shannon指数(3.17),底层沉积物样品的指数最小(2.96),说明在底层沉积物中微生物群落结构趋于稳定,菌群多样性变化较小。精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物样品中上层(0~10 cm和10~20 cm)微生物的群落结构相似性较高(80%以上),而底下层(20~30 cm和30~40 cm)与中上层微生物的群落结构相似性较低(63%以上),说明通过微生物群落结构的相似性程度可以大致看出样品的空间顺序。微生物群落组成多样性的结果显示:精养团头鲂池塘沉积物在整个停饵期间包含的菌群分属于8个门:变形菌门(β-、γ-、δ-亚群)(33.33%)、绿弯菌门(19.05%)、拟杆菌门(14.29%)、蓝细菌门(9.52%)、螺旋体门(9.52%)、硝化螺旋菌门(4.76%)、酸杆菌门(4.76%)、厚壁菌门(4.76%);结果表明变形菌门为精养团头鲂池塘沉积物在停饵期间的优势菌群,δ-变形菌亚群(14.29%)是变形菌门中的优势菌群。本实验以期得到不同种类微生物的分子信息从而为以后筛选有益菌群奠定基础,并为团头鲂精养池塘微生态环境的人工调控提供依据,从而为适时监测养殖生态环境运营状况建立快速的分子生物学分析方法。     

中华绒螯蟹生态育苗池塘细菌群落分析

为探究江苏省射阳地区沿海滩涂中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)生态育苗池塘细菌群落结构,分别对养殖池塘水体(S7,S8,S9)和池塘底泥(N7,N8,N9)细菌群落16SrDNA的V3、V4、V5可变区进行扩增,检测合格的文库进行高通量测序;利用Qiime(v1.7)软件,对序列阈值97%相似性水平进行聚类分析;分别以门、纲、目、科和属的分类水平对样本进行α-多样性指数分析;以Chaol指数和Shannon指数评估菌种丰富度和多样性。结果表明,3个生态育苗池塘得到OTU分别为8 881、7 406、8 566个。S7微生物归属于16门、29纲、58目、97科、191属;S8为9门、18纲、38目、68科、132属;S9为17门、32纲、60目、111科、227属。N7为41门、103纲、198目、325科、572属;N8为42门、103纲、203目、318科、534属;N9为40门、99纲、196目、323科、578属。养殖水体优势菌群以变形菌门(Proteobacteria)为主,其次是拟杆菌门(Bacteroidetes);池塘底泥优势菌群以变形菌门为主,其次为拟杆菌门、绿弯菌门(Chloroflexi)和浮霉菌门(Planctomycetes)。养殖池塘底泥中细菌群落的丰富度和物种多样性明显高于养殖水体,水体中细菌群落的丰富度S9S7S8,物种的多样性S7S9S8。池塘底泥中细菌群落的丰富度N7N9N8,物种的多样性N7 N9N8。     

养殖鳖的引入对稻田土壤细菌群落结构的影响

农业—水产复合生产体系(integrated agri-aquaculture system,IAAS)因其具有良好的生态环境效应及能生产满足市场对食品安全需求的绿色稻米而成为了农业可持续发展的主要方向之一。了解这种农水复合系统中土壤细菌群落结构特征对于种养工艺的改进和生态调控的实现具有重要意义。实验采用高通量测序技术比较稻鳖共作(R-T)和稻田单作(R-M)2种模式下稻田表层和根系土壤微生物的群落结构,旨在为稻鳖种养生态学积累资料和为稻鳖综合种养的生产技术优化提供理论依据。高通量测序结果显示,两种模式下稻田表层及根系土壤中主要细菌门类为变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、硝化螺旋菌门和绿弯菌门。与R-M相比,R-T表层土壤中绿弯菌门、硝化螺旋菌门和酸杆菌门的相对丰度增加,变形菌门和拟杆菌门的相对丰度减少;而其根系土壤硝化螺旋菌门、拟杆菌门和变形菌门的相对丰度增加,绿弯菌门和酸杆菌门的相对丰度减少。主要优势菌属为酸杆菌属、亚硝化单胞菌属、硝化螺旋菌属、地杆菌属、芽单胞菌属、黄单胞菌属6类。其中亚硝化单胞菌属、硝化螺旋菌属、芽单胞菌属和酸杆菌属在两种模式的表层土壤中的相对丰度存在显著差异;硝化螺旋菌属和地杆菌属在根系土壤中的相对丰度存在显著差异。引入养殖鳖(R-T)后,稻田根系和表层土壤的细菌Chao指数及Shannon指数均增加。PCA以及聚类分析结果显示,养殖鳖引入后,稻田表层土壤的细菌群落结构产生明显变化,同时也在一定程度上对水稻根系的菌群产生了影响。研究初步揭示了稻鳖共作复合生态系统优于稻田单作系统的微生物生态基础。     

光合细菌对水产养殖环境细菌群落结构的影响

为了解光合细菌(Photosynthetic bacteria)在水产养殖应用中的作用机制,采用PCR-DGGE技术研究不同浓度光合细菌对养殖水体和底泥两个微环境细菌群落的影响。结果显示:水样菌群和底泥菌群有显著差异,各聚为一簇,水样菌群多样性比底泥丰富且波动性更大,泥样菌群则相对稳定,受外源菌群影响较小;添加光合细菌可显著增加水体菌群多样性,促使SAR11族未培养α-变形菌等固有菌群数量增加,从而影响水样菌群结构;同一阶段不同处理水样菌群多聚在一起,显示出较高结构相似性,不同处理并未造成组间菌群结构明显差异;光合细菌投加12 d后出现浓度减少。鉴定分析发现水样中46个菌群归属21个属,底泥11个菌群归属6个属,其中水样和底泥共同含有3个属,水样和底泥菌群主要隶属于蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和绿弯菌门(Chloroflexi)。     

黄岛近海岸贝类养殖区细菌群落结构多样性及与环境因子响应

为了研究近海贝类开放养殖水域中细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系,本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本,分析不同水质因子(水温、盐度、pH、DO、叶绿素、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化,并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样和栉孔扇贝组织样本中微生物群落结构和多样性的差异,探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示,水样本中细菌群落结构共检测到42个门,94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成,其中变形菌门为优势菌门,主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份,细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月;弧菌OTU水平多样性分析结果显示,弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化,与水温的变化趋势一致,8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明,叶绿素含量(μg/L)和亚硝酸盐的浓度(mg/L)对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量(mg/L)和DO (mg/L)对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落...     

冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构特征及其影响因素

本研究以我国北方典型岸基半开放刺参(Apostichopus japonicus)养殖池塘为对象,利用高通量测序技术构建冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群16S rRNA基因测序文库,解析封冰期、融冰期和化冰期刺参养殖池塘沉积物菌群结构特征,并查明影响菌群结构的主导环境因子。结果显示,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群丰度和多样性表现为整体下调趋势,在融冰初期呈现显著性波动(P<0.05)。冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构呈现显著性差异,封冰期、融冰期和化冰期差异菌群分别隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)和软壁菌门(Tenericutes)。尽管不同阶段微生物相对丰度比例不同,但第一优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria),相对丰度高于49.04%;次优势菌门则呈现出显著性变化,其中,封冰期为拟杆菌门(Bacteroidetes),融冰期为绿弯菌门(Chloroflexi)和放线菌门(Actinobacteria),化冰期为浮霉菌门(Planctomycetes)。环境因子与菌群相关性分析表明,冻融期刺参养殖池塘沉积物菌群结构与环境因子具有显著相关性(P<0.05),温度、盐度、总氮和总有机碳是沉积物菌群的主导环境因子。本研究将为刺参养殖池塘精细化管理提供理论依据。     

高密度杂交鳢养殖围隔沉积物微生物群落结构垂直变化规律及其与理化因子的关系

为研究高密度养殖系统沉积物微生物群落结构垂直变化规律以及与其对应深度的环境因子的关系,实验选取了华南地区高密度养殖的典型模式——杂交鳢养殖模式,使用PCR-DGGE技术分析了养殖围隔不同深度(0~50 cm)沉积物中的微生物群落结构,同时使用透析装置采集对应沉积物的原位间隙水,并使用微量分光光度法测定间隙水中理化指标,从而探讨高密度养殖系统微生物群落结构垂直变化规律及其与沉积物间隙水理化因子的关系。结果显示,①不同深度的养殖围隔沉积物微生物群落结构通过聚类分析可分3个差异显著的类群:上层(0~6 cm)、中层(7~38 cm)和深层(39~50 cm),其中中层微生物多样性最为丰富。②DGGE电泳共获得46个条带,其中中层条带最多,深层沉积物条带最少。主要微生物类群归属于拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、疣微菌门和浮霉菌门。③测定的沉积物间隙水中离子,NO_3~--N、SO_4~(2-)-S和Fe~(2+)在沉积物中垂直分布均匀,无明显梯度变化;而NH_4~+-N、NO_2~--N和PO_4~(3-)-P浓度变化较大。NH_4~+-N浓度随深度增加而逐渐增加,在15~18 cm后趋于稳定,为10.98~77.87 mg/L,PO_4~(3-)-P浓度随深度增加而减少,在9~10 cm后趋于稳定,为0.01~0.14 mg/L。④微生物群落结构与理化因子的相关性分析结果表明,NH_4~+-N和PO_4~(3-)-P为影响微生物群落结构垂直分布最大的理化因子组合,其中NH_4~+-N对微生物群落结构垂直分布的影响稍大于PO_4~(3-)-P。NH_4~+-N、PO_4~(3-)-P为影响微生物群落结构的主要理化因子,是杂交鳢养殖系统环境调控的主要控制指标。     

养殖刀鲚与生长环境菌群PCR-DGGE指纹图谱及多样性分析

为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物聚为一支,相似度为38%。回收测定所有显示条带,主要包含变形菌、放线菌、拟杆菌、柔膜菌、蓝藻细菌、厚壁菌、梭杆菌及少量未定义菌种。研究表明,PCR-DGGE技术能区分养殖刀鲚主要部位及水体微生物的结构差异和多样性,澄清养殖刀鲚及生长水体微生物区系,可为定植益生菌的开发提供参考。     

强天气干扰条件下粤西凡纳滨对虾养殖池塘细菌群落动态特征

于暴雨频发的华南雨季（2009年5月-8月）对粤西凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖池塘水体和底泥进行调查,研究在强天气干扰条件下养殖池塘细菌数量动态及多样性指数变化情况。结果发现,水体异养细菌在104-106 cfu？mL-1间波动,弧菌数量在养殖初期高达105 cfu？mL-1, 虾池301# 和404# 自6月18日开始施用芽孢杆菌（Bacillus subtilis）等微生态制剂后,其弧菌（Vibrio sp.）数量维持在104 cfu？mL-1以下,403# 和305# 波动较大且多次超过105 cfu？mL-1;4口虾池水体弧菌与异养细菌的数量比值在养殖初期均超过20%,之后301# 和404# 保持在12%以下,403#和305# 在养殖后期分别达到21%和33%。底泥异养细菌先升高后稳定,弧菌数量除305# 较稳定外,其他虾池波动较大（103-107 cfu？g-1）。施用微生态制剂池塘301#和404#水体微生物群落多样性较前期降低,305#和403#较前期升高;底泥微生物群落多样性则呈现相同的变化规律,群落的丰富度、常见种的优势度和群落均度较前期有所降低。结果表明,施用微生态制剂的虾池可在气候多变的情况下保持养殖水体细菌群落的相对稳定,抑制弧菌滋生,降低微生态环境风险。     

Microbial community in a multi-trophic aquaculture system of <Emphasis Type="Italic">Apostichopus japonicus</Emphasis>, <Emphasis Type="Italic">Styela clava</Emphasis> and microalgae

An integrated multi-trophic aquaculture (IMTA) system consisting of the ascidian Styela clava and the sea cucumber Apostichopus japonicus with microalgae was grown in a seawater mesocosm. Microbial populations in the water, sediment and shelters were monitored over time. The composition of the water microbial community in the IMTA system did not differ significantly from that of the traditional culture system without ascidians. Bacterial populations in the water, sediment and shelters were low in the traditional A. japonicus aquaculture system, and lower in the IMTA system. The number of Vibrios in the water, sediment and shelters in the IMTA system was significantly lower than in the traditional culture (p < 0.05), while the quantity of Bacillus was higher in the sediment and shelters. All of these results indicate that the IMTA system effectively inhibited the growth of harmful bacteria, an important positive function in the health of the culture. The bacterial diversity index in the water in the IMTA system was between those of the baited and non-baited traditional aquacultures and was slightly reduced in the shelters. Over time, the bacterial diversity index in the sediment gradually dropped, especially in summer and autumn, when it was significantly lower than in the traditional culture. In winter, the diversity index increased to some extent, approaching that of the traditional culture.     

湛江官渡近江牡蛎养殖水细菌群落的DGGE指纹分析

2011年3月-12月利用变性梯充凝胶电泳（denatured gradient gel elctrophoresis, DGGE）技术对湛江官渡地区近江特蛎（Crassostrea ariakensis）养殖水细菌群落花流水组成进行了监测研究。UPGAMA聚类分析显示3月-12月的样品细菌主要分属2大类群;多样性指数结果显示3月-7月细菌多样性高于8月-12月;系统发育分析显示牡蛎养殖区水体优势菌群主要由以下种群组成：未可培养的变形菌门（Proteobacteria）（α、γ、δ、ε）、未可培养的拟杆菌门（Bacterioidetes）、未可培养的疣微菌门（Verrucomicrobiae bacterium）、未可培养的放线菌门（Actinobacteria）和未可培养的蓝细菌门（Cyanobacter bacterium）。最优势菌群为α-变形菌纲和拟杆菌门的黄杆菌属（Flevobacterium）。     

Assessment of the bacterial community diversity associated with the queen conch Strombus gigas (Linnaeus, 1758) from the Caribbean coast of Colombia using denaturing gradient gel electrophoresis and culturing

The biotic diversity of Strombus gigas has not been thoroughly studied despite the status of the queen conch as an important ecological resource. The bacteria associated with the conch influence their host in several ways, including through the metabolism of nutrients, protection against invasive bacteria and the regulation of the physical conditions. In this study, conventional microbiological methods and molecular tools such as denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) were used to assess the composition of the bacterial communities associated with the queen conch (S. gigas) in wild and captive habitats in Colombia. A genetic analysis of the bacterial communities revealed a high level of diversity based on the large number of bands detected using DGGE. In addition, differences in bacterial community structure were found between the conchs in captivity and the wild populations. The dominant phylogenetic affiliations of the bacteria, as determined using 16S rRNA gene sequencing, were grouped into four classes, namely, Betaproteobacteria (16%), Gammaproteobacteria (70%), Firmicutes (7%) and Actinobacteria (2%). These groups are related to host defence processes and the decomposition of organic matter. The 16S rDNA sequence analysis of the cultured bacteria and the resulting DGGE profiles are useful tools for characterizing the diversity of the bacteria associated with the analyzed conchs.     

应用RFLP和DGGE技术分析工厂化养殖凡纳滨对虾肠道微生物群落特征

本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性的覆盖率分析结果表明,所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为97.5%。10月样品中克隆子为8个,其中以不可培养细菌、芽孢杆菌属Bacillus spp.和弧菌属Vibrio spp.为主要优势菌属,其次为Photobacterium spp.和Neptunomonas spp.;所构建16S rDNA克隆文库的覆盖率为90.8%。应用DGGE分析8月和10月对虾肠道样品,菌群以不可培养细菌和弧菌属为主,其次为Streptomyces spp.、Ruegeria spp.、Enterococcus spp.和Photobacterium damselae。     

微生物制剂对养殖池塘细菌群落影响的PCR-DGGE分析

为了解微生物制剂在水产养殖环境修复中的作用机制,采用聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)方法,研究不同微生物制剂对养殖池塘上覆水和沉积物中细菌群落的影响。结果显示,施用微生物制剂前后,试验塘上覆水样品中细菌的DGGE优势条带无明显变化,细菌群落组成没有明显差异,提示微生物制剂对试验塘上覆水中的细菌群落组成影响很小。相对而言,施用过微生物制剂的池塘相对于对照池塘其细菌群落结构发生的变化较大;泼洒EM菌原粉3 000 g/hm2加芽孢杆菌原粉750 g/hm2的试验塘沉积物中细菌群落2 d内发生了较大变化,之后相对稳定,对照池塘和泼洒EM菌原粉3 000 g/hm2加光合细菌原粉1 500 g/hm2的试验塘沉积物中细菌群落组成变化很小。