牦牛Toll样受体8和9基因克隆及组织表达分析

为了解牦牛Toll样受体8(TLR8)和9(TLR9)蛋白的结构特征及其基因的组织表达规律,丰富牦牛TLRs基因研究的理论数据,应用RT-PCR方法克隆牦牛TLR8、TLR9基因,并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术构建组织表达谱。结果显示,两个基因cDNA全长分别为3 102bp和3 090bp。牦牛TLR8和TLR9基因与野牦牛、黄牛和绵羊之间的同源性都很高,均在95%以上。牦牛TLR8和TLR9蛋白都具有胞外LRRs功能域、胞内区TIR结构域、低复杂度区;另外,TLR8还具有1个C端富集亮氨酸重复序列(LRRCT)和跨膜结构域。两个基因在10个组织中均有不同程度的表达,在肾脏中表达量最高,而在大肠中表达量最低。本研究成功克隆了牦牛TLR8和TLR9基因的完整编码区,并揭示了它们在各组织器官的表达规律,为进一步研究TLRs在牦牛体内的免疫机制奠定了基础。     

河西走廊荒漠草原白茨粗角萤叶甲发生及生物防治研究

在调查白茨粗角萤叶甲各虫态、虫龄的数量、活动、为害等有关生物学习性的同时,选用1.8%阿维菌素、1.2%烟碱苦参碱乳油、3%高渗苯氧威、25%灭幼脲3号悬浮剂、50000IU/mg-1苏云金杆菌等5种生物药剂,进行防效对比试验,结果表明：白茨粗角萤叶甲在民勤地区1年可发生3代,应在5月中下旬越冬成虫产卵盛期或者7月中下旬2代幼虫期开展防治。综合考虑经济成本和防治效果,实际防治中可轮换使用以上5中药剂。危害程度较高时推荐使用1.2%烟碱苦参碱2000倍液和3%高渗苯氧威3000倍液,危害程度较低时可使用1.8%阿维菌素1000倍液、50000IU/mg-1苏云金杆菌1000倍液或者25%灭幼脲3号1000倍液。     

猪转化生长因子β受体Ⅱ基因克隆与组织表达特征分析

为了研究猪转化生长因子β受体Ⅱ(transforming growth factor beta receptorⅡ,TGFBR2)基因序列特征和组织表达特征,利用克隆测序技术获得二花脸猪TGFBR2基因编码区序列,采用RT-PCR技术分析二花脸猪TGFBR2基因的组织表达特征。结果显示:二花脸猪TGFBR2基因编码区序列长度为1 461 bp,编码蛋白含486个氨基酸残基,含有ec TbetaR2结构域、蛋白激酶结构域等典型的功能域;RT-PCR发现TGFBR2基因在二花脸猪下丘脑、子宫、卵巢和肌肉等12种组织中广泛表达,特别是在卵巢组织中高表达。结果表明:猪TGFBR2基因为进化上相对保守且在卵巢组织中高表达的基因。     

猪GRP78基因克隆、生物信息学分析及组织表达谱研究

本研究旨在克隆猪葡萄糖调节蛋白78（glucose-regulated protein 78,GRP78）基因,并进行生物信息学分析,探讨其在猪不同组织中的表达情况。根据GenBank上公布的猪GRP78基因序列（登录号：XM_001927795.6）设计引物,PCR扩增及测序获得猪GRP78基因CDS序列,使用在线软件分析GRP78的理化性质、跨膜结构、信号肽、疏水性、保守结构域、二级结构和三级结构,并进行同源性比对及系统进化树构建,利用实时荧光定量PCR方法检测猪GRP78基因在各组织中的表达情况。结果显示,猪GRP78基因CDS区长1 965 bp,可编码654个氨基酸。生物信息学分析表明,GRP78理论分子质量为72.3 ku,等电点（pI）为5.06,半衰期为30 h,其水溶液在280 nm处的消光系数为30 495,肽链N端为蛋氨酸（Met）,不稳定系数为32.39,属于稳定蛋白。脂肪系数为85.40,总平均疏水指数为-0.496,无跨膜结构,存在信号肽序列,说明该蛋白属于分泌型蛋白;GRP78蛋白只包含1个超家族保守结构域：HSP70结构域。蛋白二级结构分析显示,GRP78蛋白中α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别为40.06%、20.49%、8.10%和31.35%。同源性比对结果显示,猪GRP78基因与人（登录号：NM_005347.4）、小鼠（登录号：NM_001163434.1）、大鼠（登录号：NM_013083.2）、山羊（登录号：XM_005687138.3）、牛（登录号：NM_001075148.1）核苷酸序列的同源性分别为93%、91%、90%、95%、95%,氨基酸序列的同源性分别为99%、98%、98%、99%、99%,各个物种之间GRP78基因保守性较高。实时荧光定量PCR结果显示,GRP78基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、胃、卵巢、输卵管、乳腺、小脑、大脑、垂体等组织中均有表达,在心脏、脾脏、肺脏中相对高表达。本研究结果为今后深入研究GRP78基因的生物学功能提供了基础材料。     

猪DNM2基因克隆、序列分析与组织表达谱研究

本研究旨在对猪发动蛋白2（dynamin-2,DNM2）基因进行克隆和生物信息学分析,并探讨DNM2基因在猪不同组织中的表达情况。利用RT-PCR结合RACE方法克隆猪DNM2基因cDNA部分序列,与猪表达序列标签进行拼接,获得猪DNM2基因cDNA全长,并对其进行生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR检测DNM2基因在猪不同组织中的表达情况。结果表明,猪DNM2基因的开放阅读框（open reading fram,ORF）为2 616 bp,共编码871个氨基酸。DNM2相对分子质量为98 071.30,等电点（pI）为7.04;无信号肽和跨膜结构域,即该蛋白不属于分泌蛋白;DNM2蛋白的二级结构预测发现,构成α-螺旋、β转角、无规则卷曲、延展链的氨基酸数量分别为361、53、335和122个。多重分析结果显示,猪DNM2基因与牛、人、小鼠、大鼠的序列同源性分别为92.6%、91.8%、88.6%和89.3%;进化树分析表明,DNM2基因在物种间具有较高的保守性,不同物种间DNM2基因序列的差异符合物种间的进化性。实时荧光定量PCR结果显示,DNM2基因在脾脏中表达量较高,在乳腺、腿肌、输卵管、卵巢和子宫中表达量均较低。本研究结果为今后深入研究DNM2基因的生物学功能奠定了基础。     

山羊组织蛋白酶L基因克隆、序列分析及组织表达研究

试验旨在克隆山羊组织蛋白酶L(cathepsin L,CTSL)基因,并进一步探讨该基因结构与功能的关系,揭示其组织表达规律。本研究以天府肉羊为试验材料,运用同源序列克隆技术,对山羊CTSL基因进行克隆,并对其进行生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,山羊CTSL基因编码区(CDS区)长1005 bp,共编码334个氨基酸;山羊CTSL氨基酸与绵羊的同源性最高(99.10%),其次是牛(96.71%)、猪(90.12%)、人(76.95%)、大鼠(76.12%)、小鼠(75.82%)、青鳉鱼(66.17%)和斑马鱼(61.42%);经预测山羊CTSL可能含有1个Inhibitor_129结构域和1个Pept_C1结构域;山羊CTSL基因在11个组织中均有表达,但在肺脏和肾脏中的表达量显著高于在心肌、肝脏、脾脏、胸肌、腹肌、腿肌、膈肌、眼肌和比目鱼肌中的表达量（P<0.05）。     

牦牛性激素结合蛋白基因克隆及组织表达研究

试验旨在阐明牦牛性激素结合蛋白（SHBG）基因CDS序列及其在母牦牛生殖轴中的表达特点,为探讨该基因在牦牛繁殖中的调控作用奠定基础。试验分别采集5头健康成年母牦牛和母黄牛的下丘脑、脑垂体前叶、输卵管、卵巢和子宫组织,根据NCBI公布的黄牛SHBG基因设计特异性扩增引物,分别采用RT-PCR技术、生物信息学方法和实时荧光定量PCR技术进行牦牛SHBG基因克隆、序列分析和组织表达检测。结果显示,牦牛SHBG核苷酸序列的编码区（CDS）全长为1 206 bp,共编码401个氨基酸,其中,亮氨酸（L）、甘氨酸（G）、脯氨酸（P）和丝氨酸（S）较多,含量分别为16.5%、9.7%、8.7%和9.0%。蛋白质分子式为C₁₉₄₄H₃₀₆₁N₅₃₅O₅₆₆S₁₀,分子质量为43.30 ku,理论等电点5.63,与黄牛核苷酸和氨基酸同源性分别为99.0%和97.5%。SHBG蛋白为亲水不稳定蛋白,存在跨膜结构和信号肽;二级结构中主要包含无规则卷曲和延伸链,与三级结构分析一致。系统进化树表明牦牛与黄牛亲缘关系最近。SHBG基因在牦牛输卵管的表达量显著高于其他组织（P<0.05）,其他组织之间差异不显著（P>0.05）。SHBG基因在黄牛输卵管表达量极显著高于牦牛（P<0.01）,在黄牛卵巢表达量显著高于牦牛（P<0.05）,两物种的其他组织中表达量差异不显著（P>0.05）。本研究探讨了牦牛SHBG基因序列及其在生殖轴的表达特性,为进一步研究SHBG基因对牦牛繁殖调控作用提供了一定理论依据。     

山羊RPL27A基因克隆及组织表达特性分析

为研究山羊核糖体蛋白L27A （ribosome protein L27A,RPL27A）基因结构及其相关的生物学功能,试验采集简州大耳羊的14种组织样品（心脏、肝脏、脾脏、背最长肌、皮下脂肪等）,利用RT-PCR扩增并克隆获得山羊RPL27A基因序列,通过在线工具进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR技术检测RPL27A基因在各个组织及不同分化阶段的皮下前体脂肪细胞中的表达水平。结果显示,山羊RPL27A基因CDS区长447 bp,可编码148个氨基酸。生物信息学分析表明,RPL27A基因在不同的物种间具有较高的保守性,RPL27A蛋白是不稳定的亲水碱性蛋白,其与脂代谢及脂肪沉积相关的RPS18、RPL26、RPL34、RPL32、RPL37A等核糖体蛋白存在相互作用,RPL27A蛋白没有跨膜结构域,且无信号肽,亚细胞定位表明其主要存在于细胞质中。实时荧光定量PCR结果显示,RPL27A基因在山羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、背最长肌、皮下脂肪等14种组织中均有广泛表达,且在瘤胃中表达水平最高,在臂三头肌和股二头肌中也存在较高的表达水平,均显著高于其他组织（P<0.05）;RPL27A基因在成脂诱导60 h的山羊皮下脂肪细胞中的表达水平显著高于分化前（P<0.05）。本研究成功克隆了山羊RPL27A基因CDS序列,并揭示了RPL27A基因在山羊14种组织中的表达特性,研究结果可为阐明RPL27A基因对山羊脂肪细胞分化的调控机制提供材料。     

凉山半细毛羊MEF2C基因克隆及组织表达

为研究凉山半细毛羊MEF2C基因在组织发育过程中的表达模式,本研究参考GenBank中牛的序列设计引物,首次克隆羊MEF2C全编码区序列。根据克隆序列,利用实时荧光定量PCR技术(QRT-PCR),分析MEF2C基因在凉山半细毛羊的组织相对表达量。结果表明:凉山半细毛羊MEF2C全编码区长度为1 302 bp,编码434个氨基酸,与牛、小鼠、人、猩猩、猪的同源性分别为99.5%、93%、99.8%、99.8%、99.5%,包含特定保守碱基序列MADS和MEF2结构。MEF2C基因在各组织中都有广泛的表达,大脑和背肌中表达值显著高于心脏、肝脏、皮肤,断奶期间表达值显著降低(P<0.05)。     

山羊FTL基因克隆、序列分析和组织表达研究

为了探讨山羊体内铁蛋白轻链(ferritin light chain, FTL)的结构及生物学功能,试验利用RT-PCR技术克隆得到山羊FTL基因序列,通过在线软件分析其生物学特性,构建物种进化树揭示物种间亲缘关系;根据克隆获得的FTL基因序列,通过实时荧光定量PCR技术检测山羊FTL基因在不同组织中表达水平;复苏前期保存的山羊肌内前体脂肪细胞,利用实时荧光定量PCR技术检测FTL基因在诱导分化各时间点的相对表达量。结果表明：克隆获得的山羊FTL基因编码区(CDS)序列全长为745 bp,其中包括完整的大小为528 bp的ORF,共编码173个氨基酸;FTL蛋白有6个丝氨酸磷酸化位点,4个苏氨酸磷酸化位点,有23个带正电荷的赖氨酸和精氨酸残基,26个带负电荷的谷氨酸和天冬氨酸残基,无跨膜结构域;山羊FTL基因与牛进化亲缘关系最近;FTL基因在山羊体内各器官/组织中均有不同程度的表达,其中在肝脏中的相对表达量最高;FTL基因在24小时时相对表达量最高,24 h后的表达量呈不断下降的趋势。说明山羊FTL蛋白与脂肪代谢具有一定直接或间接关系。     

隆林山羊SMPX基因克隆及其组织表达谱分析

为了探究小肌肉蛋白(Small Muscle Protein X-link,SMPX)在隆林山羊中的蛋白结构和组织表达水平,本研究克隆隆林山羊SMPX,并进行生物信息和组织表达谱分析.从NCBI查找山羊SMPX基因序列设计引物,根据TRlzol法提取1月龄隆林山羊心、肝、脾、肺、肾、背肌的总RNA,反转录成cDNA,并...     

绵羊WNT5A基因克隆及其组织表达分析

WNT5A(Wnt family member 5A)参与了多种细胞的增殖、凋亡和分化等生物学过程,在乳腺形态发生、毛囊发育等方面发挥了重要作用.该试验利用RT-PCR获得绵羊WNT5A基因的CDS区,分析WNT5A蛋白的结构特征并利用RT-qPCR检测WNT5A基因在9个组织中的表达情况.绵羊WNT5A基因的CDS区...     

巴马香猪CIDEa基因克隆及组织表达分析

本试验旨在对巴马香猪CIDEa基因序列进行克隆,预测其蛋白结构和功能,并进行组织表达分析。根据NCBI已经公布猪的CIDEa基因序列(登录号:NM_001112696.2),利用Oligo 7.0软件设计引物,采用RT-PCR法扩增并克隆巴马香猪CIDEa基因序列,利用生物信息学软件分析其核苷酸序列及编码蛋白的疏水性、理化性质、跨膜结构域、二级结构、三级结构及互作蛋白,并采用实时荧光定量PCR方法检测CIDEa基因在巴马香猪皮下脂肪、肝脏、肾脏、肺脏、脾脏、背最长肌及心脏的表达规律。结果显示,试验成功获得巴马香猪CIDEa基因CDS区序列,全长660 bp,编码219个氨基酸,与GenBank中猪、牛、马、犬、人、猕猴和家鼠的核苷酸相似性分别为99.4%、84.7%、81.5%、80.9%、79.7%、78.9%和76.1%。与GenBank中野猪CIDEa基因核苷酸序列比对发现,发生4处碱基突变,其中A609G和T627C位点为同义突变,C173T(Pro→Leu)和C631T(Arg→Cys)位点为错义突变。巴马香猪CIDEa蛋白分子质量为24 483.57 u,等电点为9.48,不稳定指数为52.86,属于不稳定蛋白;该蛋白中亮氨酸(Leu)含量最高(13.2%),色氨酸(Trp)含量最低(0.5%)。巴马香猪CIDEa蛋白为膜外亲水性蛋白,包含1个超家族结构域(CIDE-N)。二级结构预测发现,巴马香猪CIDEa蛋白包含α-螺旋(45.66%)、β-转角(5.94%)、延伸链(14.61%)和无规则卷曲(33.79%),三级结构预测结果与二级结构一致。蛋白互作分析结果表明,巴马香猪CIDEa蛋白与PPARG、PPARGC-1、COX8H、PRDM16、DIO2、TMEM26、ELOVL3、COX7A1、CIDEC、DFFB蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,CIDEa基因在巴马香猪皮下脂肪中表达量最高,且显著高于其他组织(P<0.05),心脏中表达量最低。研究结果为进一步探讨CIDEa基因对巴马香猪脂肪沉积的调控机制提供理论依据。     

广灵驴FTO基因克隆、序列分析及组织差异表达

【目的】对广灵驴脂肪和肥胖相关基因(fat mass and obesity-associated gene, FTO)进行克隆及序列分析,同时检测其在广灵驴各组织中的表达差异,以探究广灵驴FTO基因结构对其生理代谢功能的影响。【方法】运用RT-PCR技术扩增并克隆广灵驴FTO基因CDS序列,进行基因及蛋白质功能分析,同时运用实时荧光定量PCR方法检测FTO基因在广灵驴7种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌及皮下脂肪)中的差异表达。【结果】广灵驴FTO基因CDS区序列长1 518 bp,编码505个氨基酸,序列提交至NCBI,登录号:MZ169553。广灵驴FTO基因与马、猪、牛、人、羊驼、绵羊和山羊的相似性为99.3%、90.3%、89.5%、90.8%、90.7%、89.2%和89.2%;系统进化树分析发现,广灵驴与马的亲缘关系最近。FTO蛋白分子质量为58.35 ku,理论等电点为5.07,脂肪系数为80.36,不稳定系数为48.82,平均疏水指数为-0.550,为不稳定的酸性亲水蛋白。FTO蛋白无信号肽和跨膜区,主要定位于细胞质中,具有34个磷酸化位点与5个糖基化位点...     

广西麻鸡kpna3基因克隆、生物信息学及组织表达分析

为了探究广西麻鸡核转运蛋白α3(karyopherin subunit alpha 3, kpna3)的结构和组织表达谱,试验采集了6只120日龄广西麻鸡的大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胰腺、睾丸、肾脏、腺胃、肌胃、胸肌、腿肌、腹脂、背部皮脂组织,克隆了kpna3基因并进行生物信息学和组织表达谱分析。结果表明：kpna3基因全长1 572 bp,共编码523个氨基酸。kpna3基因序列与原鸡、雉鸡、绿头鸭、鸽、人和小鼠的相似性分别为99.6%、98.3%、95.9%、95.4%、88.1%和88.5%;与原鸡的亲缘关系最近,其次是雉鸡,然后依次绿头鸭和野鸽;kpna3蛋白分子质量为35.86 ku,等电点为9.43,为不稳定的亲水碱性蛋白,不含跨膜结构和信号肽。kpna3基因在广西麻鸡大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胰腺、睾丸、肾脏、腺胃、肌胃、胸肌、腿肌、腹脂、背部皮脂14个组织中均有表达,在肌胃中表达量显著高于其他组织(P<0.05)。说明成功克隆广西麻鸡kpna3基因的编码区(coding sequence, CDS)序列,在肌胃组织中表达量高可能与基因功能有关。     

广西麻鸡STMN2基因克隆、生物信息学及组织表达分析

为了探究Stathmin-like 2(STMN2)在广西麻鸡中的蛋白结构和组织表达水平,本研究克隆了广西麻鸡STMN2基因并进行生物信息和组织表达谱分析。通过克隆获得STMN2基因CDS序列全长,利用qRTPCR分析STMN2基因在不同组织中的表达水平。结果显示,STMN2基因编码区序列全长540bp,共编码179个氨基酸。生物信息学分析表明,广西麻鸡STMN2氨基酸序列与原鸡、雉鸡、绿头鸭、鸽、人、小鼠的同源性分别为99.3%、98.8%、96.1%、97.8%、85.7%、87.9%。进化树分析结果显示,STMN2基因在禽类和哺乳类之间存在明显的遗传距离,其中广西麻鸡与原鸡的亲缘关系最近,与雏鸡的亲缘关系较近,鸽和绿头鸭次之。STMN2蛋白的分子质量20.88 ku,等电点为8.72,是不具有跨膜结构和信号肽的不稳定亲水碱性蛋白。qRT-PCR结果显示,STMN2基因在脑中表达量最高,显著高于其他组织或器官。本实验结果为进一步研究鸡STMN2基因功能提供了理论参考。     

广灵驴ADSL基因克隆、序列分析及组织表达研究

本研究旨在对广灵驴腺苷琥珀酸裂解酶（adenylosuccinatelyase,ADSL）基因进行克隆及生物信息学分析,并检测其在不同组织中的表达情况,为探究ADSL基因在广灵驴肌苷酸合成及风味形成中的作用机制提供理论参考。根据GenBank中公布的马（登录号：XM_001917207.5）、牛（登录号：NM_001102377.2）、猪（登录号：GU249574.1）等物种的ADSL基因mRNA序列,通过Primer Premier 3.0在线工具设计同源引物,RT-PCR法扩增并克隆ADSL基因序列,对编码序列进行结构与功能分析,最后用实时荧光定量PCR检测ADSL基因在广灵驴心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌组织中的表达水平。结果显示,广灵驴ADSL基因CDS长1 473 bp,编码490个氨基酸,提交至NCBI,登录号：MW037837,其核苷酸序列与马、牛、双峰驼、猪、绵羊、人、小鼠的相似性分别为99.5%、90.8%、92.3%、90.4%、90.7%、90.5%和86.0%。进化树分析结果表明,广灵驴与马的种属关系最近,与小鼠的亲缘关系最远。ADSL蛋白分子质量为55.44 ku,等电点为6.52,平均疏水指数为-0.243,是一种不稳定的酸性亲水蛋白。ADSL蛋白有41个磷酸化修饰位点,6个糖基化修饰位点,没有信号肽和跨膜结构,有1个卷曲螺旋。ADSL蛋白主要定位在细胞质,α-螺旋（68.98%）是主要的二级结构。ADSL基因在广灵驴6个组织中都有表达,其中肺脏中的表达量最高,显著高于其他组织（P<0.05）,其次是心脏和肝脏,脾脏、肾脏和背最长肌中的表达量最低。本研究结果为今后探究ADSL基因在广灵驴肌苷酸合成及风味形成的分子机制奠定基础。     

美仁牦牛MYL9基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

【目的】克隆美仁牦牛肌球蛋白轻链9(myosin light chain 9,MYL9)基因CDS区并对其进行生物信息学分析,检测MYL9基因的组织表达特征,为探究该基因功能提供一定理论依据。【方法】以美仁牦牛肌肉组织cDNA为模板,利用PCR扩增并克隆美仁牦牛CDS区序列,与其他物种进行相似性比对及系统进化树构建;通过在线软件对MYL9蛋白进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测MYL9基因在美仁牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪和睾丸组织中表达情况。【结果】美仁牦牛MYL9基因CDS区长516 bp,共编码171个氨基酸。系统进化树结果显示,美仁牦牛与野牦牛、普通牛亲缘关系最近,与高山倭蛙亲缘关系最远。MYL9蛋白分子式为C₈₅₈H₁₃₂₄N₂₃₄O₂₇₄S₁₂,原子数为2 702,理论等电点为4.85,不稳定系数和总平均亲水性分别为37.22和―0.772,属于稳定亲水性蛋白。MYL9蛋白无信号肽和跨膜螺旋结构,属于非分泌性蛋白;主要定位于线粒体、细胞核、...