霸王密码子偏好性分析

为了解霸王密码子使用特征及形成原因,本研究以NCBI网站中霸王的EST数据为材料,从中选取637条高质量基因为研究对象,利用Codon W、Excel等软件分析密码子使用特征。结果表明：霸王密码子的平均ENC为51.594,平均CAI为0.179,平均GC_3s为41.14%,密码子使用偏好性较弱,密码子第3位偏好使用以A/T结尾的碱基;ENC绘图分析、中性分析、偏倚分析结果说明自然选择是引起霸王密码子偏好使用的主要因素,但同时还受突变压力和其他因素的影响;偏倚分析中,大部分基因都分布在中心点的左下方,说明密码子第3位上A的使用频率小于T的使用频率,G的使用频率小于C的使用频率。以ENC值和RSCU值为参考标准,确定了28个高频密码子(RSCU>1),以A/U结尾的占82.14%;确定了27个高表达密码子(△RSCU≥0.08),最终筛选出UAU、UGU、UGA、CAU、AGC、GUG为最优密码子。本研究为霸王密码子优化以及基因工程中外源基因的改良和表达提供理论依据。     

茶树密码子使用偏性分析方法及其研究进展

茶是含有多种生物活性物质而具有抑菌、抗病毒、防癌抗癌等多种保健功效的健康饮品。近年来由于传统茶树育种与繁殖技术自身的局限性以及消费者对茶叶产品品质需求的日益提高,许多用传统茶叶技术无法解决的问题需要用到现代茶树生物技术去解决。其中,探究茶树基因密码子使用偏性对指导后续茶树研究工作,如茶树遗传转化所需的高效异源表达系统的选择及对目的基因加以修饰后提高在茶树上的转化效率有重要意义。本综述对衡量密码子使用偏性的绘图分析方法及常用参数进行介绍并概述了在茶树相关基因密码子使用偏性上的研究进展,提出茶树相关基因密码子使用偏性研究可多样化使用不同的衡量参数和分析方法以得到更加全面客观的研究结果,以及了解茶树基因密码子使用偏性以提高茶树原位转化效率将成为的新的研究方向。     

荨麻叶绿体基因组密码子偏好性分析

以荨麻(Urtica fissa L.)叶绿体基因组为研究对象,筛选出56条CDS序列,通过中性绘图分析、ENC绘图分析和PR 2绘图分析,探究其密码子的使用模式.结果表明,荨麻叶绿体基因组中密码子第3位偏好以A/T碱基结尾,密码子使用模式主要受自然选择的影响,最优密码子分析中确定GCT、CGT等15个最优密码子,且大...     

中国古老月季“月月粉”的叶绿体基因组密码子偏好性分析

本研究基于“月月粉”月季叶绿体全基因组图谱,对其密码子偏好性进行分析。结果表明,月季的叶绿体基因组总长为156 591 bp,具有典型的四分体结构。共筛选到49条基因序列用于密码子偏好性分析,GC₁,GC₂,GC₃的平均值分别为47.74,39.38,29.16,密码子第一位的GC含量最大,第三位的最小,具有明显的差异;有效密码子数(ENC)与第三位密码子的GC含量显著相关;中性绘图结果说明GC₃与GC₁₂的相关性不显著,且密码子的偏好性受自然选择的影响;ENC-plot及ENC比值频数分布结果表明,大多数基因的ENC值低于预期值,大多数基因位于-0.05～0.05区间外,说明大部分基因受到了突变的影响;同义密码子相对使用度(RSCU)分析表明,RSCU值大于1的密码子大多数以A/U结尾,同时选取RSCU值大于1且ΔRSCU值大于等于0.08的密码子作为最优密码子,即UUU、CUU、AUA、CAU、GAU、UCA、ACA、CGA、AGU、AGA、CGA,共计11个最优密码子,且...     

藿香叶绿体基因组密码子偏好性分析

为确定中药藿香叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对藿香叶绿体基因组中的53条基因编码序列密码进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明：RSCU>1的密码子有29个,其中有28个以A/U结尾,说明叶绿体基因组的同义密码子中偏好以A/U结尾。藿香叶绿体基因组密码子的GC含量GC₁(46.95%)>GC₂(39.39%)>GC₃(28.98%),ENC值平均值大于45,其中大于45的有40个,说明藿香叶绿体基因组存在较弱的偏性。通过中性绘图分析、ENC-plot分析以及PR2-plot分析发现,藿香叶绿体基因组密码子的偏好性受到选择作用的影响为主要因素。通过构建目标基因的高低基因表达库,最终确定19个最优密码子：UUU、UUA、UUG、AUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GCU、UAU、CAU、AAU、AAA、GAU、GAA、UGU、CGA、GGU。本研究为通过外源基因密码子改造后以藿香叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴...     

裸果木叶绿体基因组密码子使用偏性分析

密码子的偏好性由突变、自然选择进化而来,研究叶绿体基因组密码子偏性可进一步明确基因表达效率,对理解物种的系统发育和分子进化具有重要的参考价值。本研究利用Codon W和CUSP软件分析了裸果木植物叶绿体基因组中50个候选基因的密码子使用偏好模式及其形成原因。研究结果显示裸果木叶绿体基因组的密码子碱基组成表现为GC₁>GC₂>GC₃,表明密码子偏爱以A和T结尾;G和C在密码子各位置中的占比较低,平均值为37.98%;有效密码子数(ENC)的平均值为47.55,表明密码子的偏好性较弱;中性绘图、ENC-plot、PR2-plot显示裸果木叶绿体基因组密码子使用偏好主要受突变和自然选择共同影响。另外,联合使用高频密码子和高表达密码子的方法共筛选出裸果木叶绿体基因组中均是由A和U结尾的最优密码子共14个。本研究深入探讨了裸果木叶绿体基因组的最优密码子及成因,可为旱生植物叶绿体基因组的应用与研究提供理论参考。     

永椿香槐叶绿体基因组密码子偏好性分析

为分析永椿香槐叶绿体基因组密码子偏好性使用模式,以永椿香槐叶绿体基因组中的40条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和CUSP在线软件对永椿香槐叶绿体基因组进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明,永椿香槐叶绿体基因组密码子不同位置上的GC含量依次是GC₁(46.33%)>GC₂(39.81%)>GC₃(29.58%),表明叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和U结尾;其ENC的范围为34.93～55.78,有27个ENC值>45,表明其密码子的偏好性较弱;RSCU>1的密码子中有29个以A、U结尾。中性分析显示,GC₁₂和GC₃的相关系数和回归系数分别为0.126 0和0.224 3,相关性不显著;ENC-plot分析显示ENC频数比值在-0.05～0.05间的有12个,这部分基因密码子偏好性主要受选择的影响;PR2-plot分析中,T>A、G>C,说明永椿香槐叶绿体基因组密码子偏好性受多种因素...     

湖北山楂叶绿体基因组密码子偏好性分析

为探究湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性及偏好性的成因,本研究以湖北山楂叶绿体基因组中的53条CDS为研究对象,具体使用了Codon W 1.4.2和在线软件CUSP进行ENC-plot、PR2-plot和中性绘图等进行分析。结果表明,湖北山楂叶绿体基因组中密码子GC含量为GC₁(46.99%)>GC₂(39.45%)>GC₃(28.37%),有效密码子数(ENC)值大于45的有40个。相对同义密码子使用度(RSCU)分析结果表明,有32个密码子的RSCU>1,其中以A和U结尾的有29个,说明湖北山楂叶绿体基因组A/U使用的频率较高。中性绘图分析发现,GC₃与GC₁、GC₂的相关性不显著,说明密码子偏好性的成因主要是受选择因素的影响。通过中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析得到主要结论：选择作为主要因素影响着湖北山楂叶绿体基因组密码子的偏好性。此外,通过构建的高低基因表达库最终确定12个最优密码子：UAG、UUC、GU...