利用SSR标记分析云南保山玉米遗传多样性

本研究利用农业标准(NY/T1432-2014)推荐的SSR核心引物,以云南保山推广种植的15个玉米品种为研究材料,进行遗传多样性分析.结果表明,共有17对引物在玉米品种间产生72个多态性片段,每对引物扩增出3～6个多态性片段,平均每个引物4.3个;有效等位基因数为1.219～1.750,平均为1.448;Nei's遗...     

利用荧光SSR标记分析元宝枫种质资源遗传多样性

为了研究元宝枫种质资源遗传的多样性,本研究对所采集的元宝枫无性系群体DNA进行荧光PCR扩增,利用毛细管电泳法检测PCR产物,分析元宝枫的集中分布区域之间及同源无性系间的遗传差异和遗传多样性。用11对荧光标记SSR引物对250个元宝枫无性系进行分析,数据显示共102个等位基因,每个位点的等位基因数值4～16个不等,平均等位基因数为9.27;观测杂合度(Ho)为0.42～0.94,平均观测杂合度为0.66,期望杂合度(He)为0.45～0.88,平均期望杂合度为0.73。Shannon’s多样性指数(I)为0.916～6.875,平均值为2.078。多态性信息含量(PIC)为0.136～0.771,平均值为0.457。有2个SSR位点的Ho/He值大于1,说明其杂合度较高。对元宝枫9个主要分布区的250个无性系进行遗传多样性分析,结果表明：种源间存在着11%的遗传变异,同源内无性系之间具有85%的遗传变异。聚类分析和主坐标分析结果一致,9个主要分布区的元宝枫聚为3大类群：赤峰和泰安两个分布区的亲缘关系较近,聚为一大类群;北京、泗水、淄博、滕州、海阳和蒙山亲缘关系次近,聚为一类;四川的单独...     

豇豆种质资源SSR标记遗传多样性分析

从46对备选的豇豆SSR引物中鉴定筛选出扩增带单一、稳定清晰且多态性强的13对引物。用这13对引物,对来自中国、非洲和亚洲其他国家的共316份栽培豇豆[Vigna unguiculata (Linn) Walp.]资源的DNA进行SSR扩增,以研究其遗传多样性。结果共检测到47个等位位点,平均每对引物扩增出3.692个等位位点,有效等位基因平均2.003个;5对SSR引物VM16、VM26、VM20、VM25和VM23,对于检测豇豆遗传变异最为有效。UPGMA聚类图显示,13对SSR引物即能将其中的260份参试资源区分开,其中国内、外资源差异明显,被划为2大类群;国内资源类群又可分为与地理来源的气候生态区明显关联的2个北方组群、4个南方组群和2个混合组群,8个组群间相对独立又相互渗透;国内育种高代材料的遗传多样性狭窄。     

利用SSR标记评价普通菜豆种质遗传多样性

利用36对SSR引物对332份国内普通菜豆、16份国外普通菜豆和29份野生菜豆的遗传多样性进行了分析,等位变异数和多样性指数的计算结果显示,3种生态型普通菜豆遗传多样性由大到小的顺序为国内普通菜豆、野生菜豆和国外普通菜豆;我国贵州、云南、黑龙江等省普通菜豆的遗传多样性较为丰富。基于SSR数据,对377份普通菜豆种质资     

利用SSR分子标记进行海岛棉遗传多样性研究

中国农科院棉花所陈光等利用SSR分子标记，对20世纪50年代我国引入海岛棉以来培育的45个国内品种（系）及8个国外品种的遗传多样性进行研究。通过256对SSR引物的筛选，选择24对扩增效果好的引物对53个海岛棉种质资源进行遗传多样性的检测分析，共检测出106个等位位点，每对引物等位位点数在2～8之间，平均为4.4。     

基于SSR标记的冬瓜种质资源遗传多样性分析

为了加强冬瓜种质资源的保护和评价,明确资源间的亲缘关系,本研究利用SSR标记在分子水平上对111份冬瓜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,19对SSR引物共扩增出182条条带,其中多态性条带169条,多态率92.86%;通过POPGENE 1.31软件计算每对引物的平均有效等位基因数(Ne)为1.393 2,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.260 1,平均Shannon's信息指数(I)为0.418 7。采用Jaccard相似系数进行种质间的聚类分析,在遗传距离为0.70的位置可将全部种质分为6个类群。通过聚类结果可知,种质材料未按照地理来源划分,但相同果型、籽型的种质资源间亲缘关系较近。本研究基于SSR标记分析冬瓜种质资源遗传多样性并进行亲缘关系的聚类,将为冬瓜种质的保存和利用提供理论依据。     

基于SSR标记的苔草种质遗传多样性分析

苔草属(Carex L.)植物为莎草科多年生草本,在园林绿化、畜牧业生产、生态修复等方面发挥着越来越重要的作用.为了了解新西兰苔草品种间的遗传多样性及与国内苔草的地域差异,对其进行分子标记分析.本研究利用筛选得到的10对SSR引物对12份苔草材料(包括10份新西兰引进品种)进行遗传多样性分析,结合聚类分析等揭示苔草材料...     

贵州地方高粱种质资源遗传多样性分析

为了解贵州省地方高粱种质资源的遗传差异和亲缘关系,对26份高粱种质进行了SSR分子标记和表型性状分析.结果表明,13对SSR引物在供试材料中共检测出26个等位基因,有效等位基因数为21.84.在遗传相似系数0.457处将26份参试材料聚为四类,供试高粱亲缘关系的远近与来源机构相关性不大.参试材料的表型性状变异系数范围在...     

82份瓠瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

为了明确不同瓠瓜种质资源之间的遗传关系,本研究采用SSR分子标记对82份瓠瓜种质材料的遗传多样性进行了分析.结果表明,21对SSR引物共扩增出73条多态性位点,多态性比率为93.59％,说明引物的多态性丰富;等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)的均值分别为3.71、3.09、0.63,表明...     

基于SSR标记的云南腾冲水稻的遗传多样性分析

利用中国农业行业标准（NY/T 1433-2014）推荐的SSR核心引物分析腾冲本地糯谷和推广种植的多个品种间的遗传多样性。结果表明：18对SSR引物在20个品种间具有多态性,共扩增出了82个多态性片段,平均每对引物检测到4.6个多态性片段,变幅为2~8个;Nei′s多样性指数为0.155~0.384,平均为0.248;Shannon′s信息指数为0.280~0.567,平均为0.398;SSR多态性指数（PIC）平均值为0.63,变幅为0.26~0.84。遗传相似系数平均0.710,变幅为0.410~0.976。聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.70处可将20个品种划分为4类,其中第Ⅰ类和第Ⅱ类分别包括4和5个品种,腾冲糯谷为第Ⅲ类,第Ⅳ类包括10个品种。研究结果表明腾冲糯谷与推广种植水稻品种间遗传基础丰富,多态性好,为腾冲市水稻种质改良和新品种选育提供了参考依据。     

贵州省部分大豆种质资源SSR遗传多样性分析

利用微卫星分子标记(SSR)对来自贵州省32个县(市)的115份大豆地方种质资源的遗传多样性进行了研究.结果表明,参试的115份大豆种质在8个位点共检测到56个等位变异,等位变异数在5～9个之间,平均每个位点的等位变异数为7个.聚类分析表明,115份大豆种质资源间的遗传距离变异范围为0.07～0.58,可将其分为11个类型,并发现其中5个材料与其它种质有明显差异.通过本研究为进一步开展贵州省大豆种质资源的遗传多样性研究提供了参考.     

贵州马铃薯引进品种SSR分子标记及遗传多样性分析

为了鉴定马铃薯品种间的亲缘关系,采用5对SSR分子标记引物,对18个贵州马铃薯生产品种进行SSR分子标记及遗传多样性分析.结果表明:5对SSR引物共扩增出77个多态性条带,每个组合的多态性条带数为10～24不等,平均每个引物组合产生15.4个多态性条带.18个马铃薯材料之间的遗传距离范围在0.376 6～0.909 0之间,平均为0.701 1.经聚类分析,18个马铃薯材料在遗传距离0.57水平上全部聚为一类,以遗传距离0.60为基准,可明显聚为4个类群.第Ⅰ类包括5个材料;第Ⅱ类仅1个材料;第Ⅲ类包括4个材料;第Ⅳ类包括8个材料.     

基于SSR标记的贵州野生白三叶遗传多样性分析

采用SSR分子标记技术,对贵州22份野生白三叶(Trifolium repens)样品遗传多样性及亲缘关系进行了研究.结果表明,利用20对SSR引物共扩增出202条带,其中169条带具有多态性,多态性位点达83％;根据SSR标记的多态性计算不同采样地野生白三叶样品之间的遗传距离(GD),22份样品之间遗传距离介于0.140 6～0.630 4之间,说明样品间遗传差异较大;聚类分析结果,当相似系数为0.64时,22份白三叶被分成3类:第1类只有W14,表明W14与其余材料的亲缘关系较远;第2类包括W2、W4、W8、W18居群,表明这4个居群相似性较大,遗传距离较近;第3类包括17个居群,居群间有着复杂的遗传关系.研究结果表明,22份贵州野生白三叶的遗传多样性十分丰富.     

20份特异玉米地方品种的SSR遗传多样性分析

利用28对稳定的SSR引物分析了20份玉米地方品种的遗传多样性,共检测到124个等位基因,平均每个位点4.43个,每对引物可以稳定检测到2～9个多态性片断,遗传相似系数为0.56～0.85.聚类分析将此材料划分为3个大群,其中来自山西地方品种划分在一个类群内,而来自河南的地方种质分布在3个类群中,多样性较高.据此结果,可对这些地方品种进行针对性的保存和改良利用.     

辣椒遗传多样性的SSR分析

采用109对SSR特异引物对89份辣椒材料进行分析,其中87对引物扩增出条带,52对引物具有多样性,扩增带分子量在150～2 000 bp之间,231条谱带中175条谱带具有多态性,多态率占75.76%,平均每个引物可扩增出2.66条带,说明辣椒材料的遗传多样性相对较小.89份材料经过NTSYS2.1.0软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记聚类图.结果显示,89份材料在遗传相似系数0.60处分为两类,可以将栽培种和野生种区分开来,在遗传相似系数0.80处可以分为四类,总体上看,将果实类型相似的种质基本都聚在一起,说明用SSR标记进行辣椒遗传多样性的分析是可行的.     

利用SSR标记分析橡胶草种质资源的遗传多样性

为了解橡胶草种质的遗传背景和遗传多样性,为今后橡胶草育种提供理论依据。利用23对SSR引物对96份橡胶草材料进行遗传多样性分析。结果显示,23对SSR引物通过扩增得到71个等位变异,等位变异范围2-6个,平均等位基因数为3.09个。通过聚类分析,俄罗斯材料和美国材料与新疆7个居群材料被分为2大类群,类群I包含所有俄罗斯和美国材料以及5份新疆野生材料,类群II包含其余新疆7个居群的材料;俄罗斯和美国材料同属于亚群A,平均遗传相似度为0.88,说明它们存在紧密的亲缘关系;新疆7个居群的材料被分为5个亚群,显示丰富的遗传多样性,而且相互之间存在复杂的遗传关系。本研究结果证明了SSR标记能够有效地用于橡胶草的遗传多样性研究,为以后的橡胶草种质收集和遗传育种提供重要依据。     

云南糯稻遗传多样性的SSR分析

用24对单序列重复（simple sequence repeat,SSR）引物分析云南省63个糯稻品种的遗传多样性,结果显示云南糯稻总体遗传多样性水平较高。24个SSR位点共检测到153个等位基因,均为中度或高度多态位点。总群体平均香农指数为1．4493,平均Nei’s基因多样性指数为0．7187。滇西南、滇南和滇东南是目前云南省糯稻遗传多样性中心,是保护糯稻资源时应重点关注的区域。AMOVA分析表明糯稻的遗传变异主要存在于地区内品种间（79％）,只有5％遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占16％,保护糯稻遗传多样性需要保护较多的品种。聚类分析显示Nei’s遗传相似系数为0．22时云南糯稻品种分为籼糯和粳糯2个类群,但是不能区分地理组。     

15份葡萄种质遗传多样性的SSR分析

本研究利用SSR标记对15份葡萄种质进行了遗传多样性分析。从30对SSR引物中筛选出11对多态性引物,共扩增出107条带。每对引物可检测到等位位点数为4～22,多态率为75%～100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,15份葡萄种质的遗传相似系数在0.20～0.98,平均遗传相似系数为0.398。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.29处,15份葡萄材料可分为2大类群。第一类包含7份山葡萄资源,2个山欧杂交品种,第二类包含3个欧亚种品种、2个欧美杂种品种和1个美洲杂种品种。由此可见,山葡萄与欧亚种、美洲杂种的亲缘关系较远,欧亚种与美洲种之间亲缘关系较近。此外,引物Vmc9a2.1、VMC4F3、VMC4A1、Scu14vv分别在欧亚种‘无核白’、‘山葡萄雄株’(雄1-2,雄1-3)、山葡萄‘左山二’、山葡萄‘双丰’扩增出一条特性条带,这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据。     

用SSR标记对云南爆裂玉米地方种遗传多样性的研究

本文利用SSR标记分析了14份代表云南不同生态地区的爆裂玉米种质的遗传多样性.从96对SSR引物中筛选出分布于玉米基因组10条染色体上的43对引物,每对引物可以稳定地检测到1～13个多态性片段,共232个,平均为5.40个,片段大小介于65～490bp之间.检测出1个等位基因(allele)的引物有3对,占所筛选引物的7.0%;检测出12个和13个等位基因的引物也有3对,占所筛选引物的7.0%;其余37对引物检测出的等位基因一般在2～9个,占所筛选引物的86.0%.结果表明云南爆裂玉米地方种质具有较高的遗传多样性.通过聚类分析将云南爆裂玉米分为3个类群,4个亚群,聚类结果与云南不同海拔地势的变化走向基本相符.