多浪羊IL-1β基因的克隆及序列分析

[目的]进行多浪羊IL-1β基因的克隆及序列分析,为多浪羊IL-1β的功能研究及多浪羊免疫应答基因的筛选奠定基础.[方法]根据GenBank中NM_001009465.2的mRNA序列设计引物,以新疆多浪羊淋巴细胞的总RNA为模板,用RT-PCR扩增多浪羊IL-1β基因序列.[结果]IL-1β基因序列包含了一个862 bp的开放阅读框,成熟蛋白编码的氨基酸序列长度为286个氨基酸.通过IL-1-β核苷酸多序列比对发现,第70、163、180、269位上四个相对保守的碱基处出现了四个突变;通过IL-1-β氨基酸多序列比对,第24、36位上两个氨基酸发生突变.通过G enBank中的Blastn序列比较分析,多浪羊的IL-1β基因与普通绵羊的同源性高达99;.[结论]在进化树体系中,多浪羊与反刍动物集成一束,它们与其它哺乳动物源于共同的祖先,但分别处于进化树上不同的分支.     

新疆多浪羊IFN-γ基因地高辛探针的标记与敏感性检测

为获得多浪羊IFN-γ地高辛探针,并对其标记效率进行检测。将多浪羊pMD-18T-IFN-γ克隆菌进行PCR扩增,经切胶回收及目的基因浓缩后获得目的基因IFN-γ,然后用地高辛标记和检测试剂盒对IFN-γ基因进行标记,获得IFN-γ地高辛探针。IFN-γ的PCR扩增产物经8g/L琼脂糖电泳分离后转移至Hybond N+膜,膜上显影后进行敏感性检测并计算探针质量浓度,结果显示,IFN-γ地高辛探针在杂交液中的质量浓度为30μg/L。Southern杂交显示,Hybond N+膜上有IFN-γ基因的双链DNA,且浓缩后的DNA(2.5μg)标记的特异性探针质量浓度较高,可以在Hybond N+膜上呈现出清晰的杂交条带,证明获得的探针质量浓度符合要求。     

常年性和季节性发情绵羊品种HIOMT基因的PCR-SSCP分析

【目的】探讨季节性与常年性发情绵羊品种在HIOMT基因序列上的差异,为培育常年性发情绵羊品种提供辅助选择标记(MAS)。【方法】采用基因克隆测序及PCR-SSCP技术,分析小尾寒羊、新疆细毛羊、多浪羊和阿勒泰羊共计179个个体的羟基吲哚-氧-甲基转移酶(HIOMT)的3′非翻译区部分序列及其遗传多样性。【结果】在HIOMT基因的3′非翻译区存在PCR-SSCP多态,共发现AA、BB、CC、AB、AC和BC 6种基因型,在小尾寒羊群体中发现以上6种基因型,在新疆细毛羊群体中发现除CC基因型外的其他5种基因型,在阿勒泰羊群体中发现AA、BB、AB和BC 4种基因型,在多浪羊群体中只发现了AA、CC和AC 3种基因型。与AA基因型相比,BB基因型在第94,95,96和201 bp 4处发生了突变,CC基因型在第94,201和217 bp 3处发生了突变。Hardy-Weinberg平衡检验显示,小尾寒羊和多浪羊群体处于平衡状态,新疆细毛羊和阿勒泰羊群体处于非平衡状态。小尾寒羊、新疆细毛羊和阿勒泰羊群体多态信息含量为高度多态(PIC>0.5),多浪羊群体为中度多态(0.25相似文献   

藏獒犬α-干扰素全基因的克隆与序列分析

根据GenBank发表的犬α-干扰素(IFN-α)基因核酸序列(AB102731),设计并合成1对引物,利用PCR技术从藏獒犬肝脏基因组DNA中扩增犬α-干扰素全基因,并进行克隆和测序.结果表明,获得了犬IFN-α全基因序列,其大小为564 bp,包含1个完整阅读框,编码187个氨基酸残基.序列比较分析发现,克隆的藏獒犬IFN-α基因序列与GenBank中5条犬IFN-α基因序列核苷酸同源性在96.8%～99.3%之间,氨基酸同源性在94.7%～98.9%之间,并无插入和缺失变异,但是存在氨基酸点变异.藏獒犬与人和其他8种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化分析表明,IFN-α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高.犬IFN-α基因的成功克隆为进一步研究藏獒犬IFN-α基因表达、生物学活性和应用奠定基础.     

金黄色葡萄球菌纤连结合蛋白信号肽的生物信息学分析及其真核分泌表达

参考GenBank中收录的金黄色葡萄球菌FnBPA(fibronectin-binding protein A)基因和牛IFN-γ序列进行了信号肽序列的分析。分析结果显示,牛IFN-γ信号肽序列相关指标优于金黄色葡萄球菌FnBPA基因自身的信号肽序列。在此基础上利用重叠延伸PCR法以牛IFN-γ信号肽序列取代金黄色葡萄球菌FnBPA基因的信号肽序列,并构建分泌型真核表达载体PV-SFn。该重组表达载体转染BHK-21细胞后经ELISA及Western-blot检测证实可有效分泌表达目的蛋白。     

新疆南疆羊蜱蝇基于12S rDNA,16S rDNA和18S rDNA基因的分子生物学鉴定

旨在建立羊蜱蝇的分子生物学鉴定方法,从新疆南疆库车县的绵羊体表采集样品,形态学鉴定初步确定为羊蜱蝇,随后进行羊蜱蝇12SrDNA、16SrDNA和18SrDNA基因的扩增和测序,将所得序列进行Blast在线分析和MEGA 5.0分析。结果表明,12SrDNA序列与云南2016年提交的相似性为100%,16S rDNA序列与丹麦2007年、捷克2017年和新疆2017年提交的相似性均为99%,18SrDNA序列与新疆2016年提交的相似性为99%。羊蜱蝇16SrDNA和18SrDNA序列均能与GenBank数据库中已知羊蜱蝇基因序列聚类,且羊蜱蝇种内K2P遗传距离为0～2.3%,通过12SrDNA、16SrDNA和18SrDNA基因的扩增和测序可准确鉴定羊蜱蝇。     

广西鹅γ干扰素基因的克隆与序列分析

为进一步研究鹅干扰素（IFN）的分子生物学特性及抗病毒作用机理,提取经刀豆素（ConA）刺激培养的鹅外周血淋巴细胞总RNA,采用RT-PCR技术扩增获得鹅IFN-γ基因,将其克隆至pMD18-T载体并进行序列测定分析。结果表明,克隆获得的广西鹅IFN-γ基因与GenBank上已公布的鹅IFN-γ基因核苷酸序列的同源性均高于99.2%、氨基酸同源性均高于98.2%;与其他动物的IFN-γ基因核苷酸及氨基酸序列比较,亲缘关系越远,同源性越低。     

新疆南部部分绵羊品种血液遗传标记特征及聚类分析

利用血液蛋白多态性标记新疆南部三种绵羊遗传结构 ,证实了它们相互间的遗传差异。结果表明 :Tf位点 ,多浪羊和卡拉库尔羊具有A、B、C等显性基因控制 ,巴音布鲁克羊还检测出D基因。Hb位点 ,多浪羊和卡拉库尔羊具有A、B等显性基因控制 ,巴音布鲁克羊还检测出C基因。以上两个位点各种显性基因频率因品种而有差异。按照Nei’s遗传距离法 ,计算了三品种间的遗传距离 ,证明新疆南部三种绵羊品种的遗传距离以多浪羊和卡拉库尔羊为最小 ,多浪羊与巴音布鲁克羊的遗传距离为最大。用类聚法分析表明 :多浪羊与卡拉库尔羊首先相聚 ,然后再与巴音布鲁克羊相聚。     

3个品种鸡α干扰素基因的克隆与序列分析*

 根据GenBank中鸡α干扰素（IFN-α）基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从鸡肝组织基因组中扩增罗曼鸡、海兰鸡及固始鸡α干扰素基因,并进行克隆和测序。结果表明,获得了3个品种鸡IFN-α全基因序列,长度均为582bp,编码193个氨基酸残基。3个品种鸡IFN-α基因及推导的氨基酸序列比较结果显示,海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因序列完全一致,而固始鸡与海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因核苷酸同源性99.3%,有4个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为97.9％。克隆的3个品种鸡IFN-α基因序列与GenBank上发表的7条鸡IFN-α基因序列进行比较分析发现,核苷酸同源性在98.1%～100%之间,氨基酸同源性在96.9%～100%之间。     

南疆三种绵羊品种血液蛋白遗传标记特征及聚类分析

利用血液蛋白多态性标记新疆南部三种绵羊遗传结构，证实了它们相互间的遗传差异。结果表明：Tf位点，多浪羊和卡拉库尔羊具有A，B，C等显性基因控制，巴音布鲁克羊还检测出D基因。Hb位点，多浪羊和卡拉库尔羊具有A，B等显性基因控制，巴音布鲁克羊还检测出C基因。以上两个位点各种等显性基因频率因品种而有差异。按照Nei‘s遗传距离法（1987），计算了三品种间的遗传距离，证明新疆南部三种绵羊品种的遗传距离以多浪羊和卡拉库尔羊为最小，多浪羊与巴音布鲁克羊的遗传距离为最大。用类聚类法分析表明：多浪羊与卡拉库尔羊首先相聚，然后再与巴音鲁克羊相聚。     

3个品种鸡α干扰素基因的克隆与序列分析

根据GenBank中鸡α干扰素(IFN-α)基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从鸡肝组织基因组中扩增罗曼鸡、海兰鸡及固始鸡α干扰素基因,并进行克隆和测序.结果表明,获得了3个品种鸡IFN-α全基因序列,长度均为582bp,编码193个氨基酸残基.3个品种鸡IFN-α基因及推导的氨基酸序列比较结果显示,海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因序列完全一致,而固始鸡与海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因核苷酸同源性99.3%,有4个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为97.9%.克隆的3个品种鸡IFN-α基因序列与GenBank上发表的7条鸡IFN-α基因序列进行比较分析发现,核苷酸同源性在98.1%～100%之间,氨基酸同源性在96.9%～100%之间.     

京巴犬α-干扰素全基因的克隆与分子进化分析

根据基因库(CenBank)中收录的犬α-干扰素(IFN-α)基因核苷酸序列(AB102731),设计并合成了1对引物,PCR扩增京巴犬IFN-α全基因,并克隆、测序.结果表明,犬IFN-α基因全基因序列为564 bp,包含1个开放阅读框,编码187个氨基酸的多肽,推导氨基酸序列有3个潜在的N-糖基化位点,有10个与二硫键形成有关的半胱氨酸.序列比较分析发现,京巴犬IFN-α基因序列与GenBank发表的其它品种犬IFN-α基因序列核苷酸同源性为96.3%以上,氨基酸同源性为94.1%以上,其中与AB102731核苷酸同源性最高,为99.5%.仅有3个碱基差异.京巴犬与人和其他8种动物的IFN-α基因序列分析和系统进化分析表明,IFN-α基因存在种属的差异性,亲缘关系越近,同源性越高.京巴犬IFN-α基因的成功克隆为进一步研究犬IFN-α基因表达、生物学活性和应用奠定基础.     

新疆卡拉库尔羊Fas基因的克隆及核苷酸序列分析

为了分析新疆卡拉库尔羊的Fas基因,根据普通绵羊的碱基序列和相关文献设计引物,用RT-PCR扩增并测定了卡拉库尔羊Fas基因的cDNA序列。结果表明,Fas基因cDNA序列包含了一个750 bp的开放阅读框,通过GenBank中的Blastn序列比较分析,卡拉库尔羊的Fas基因与普通绵羊的同源性高达99.69%。这为将来制备卡拉库尔羊Fas基因探针及卡拉库尔羊分子免疫学的发展提供了理论依据。     

狐IFN-γ、IL-2基因在我国首次扩增成功

中国农业科学院特产研究所野生动物人兽共患病研究室应用RT-PCR方法在国内首次扩增出狐IFN-γ、IL-2基因序列。研究人员应用植物血凝素(PH A)诱导北极狐外周血淋巴细胞(PBM C)产生IFN-γ和IL-2,通过RT-PCR方法扩增出两个基因片段,测序结果分析得出,北极狐IFN-γ基因序列含501bp的开放阅读框,     

麻鸭γ-干扰素基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR技术,直接从成年麻鸭脾淋巴细胞提取的总RNA中扩增出麻鸭γ-干扰素基因(duIFN-γ),并克隆、测序。测序结果表明,麻鸭IFN-γ全序列大小为515 bp,包含一个完整阅读框(495 bp),编码164个氨基酸残基,推导的氨基酸有3个潜在的N-糖基化位点,有5个与二硫键形成有关的半胱氨酸。麻鸭IFN-γ基因序列与AF087134、AF100929、AJ012254的序列完全一致,而与北京鸭(AY166850)核苷酸同源性为99.6%,有2个碱基差异,为非同义突变,氨基酸同源性为98.8%。麻鸭IFN-γ基因与鸡、火鸡和鹌鹑IFN-γ基因核苷酸序列同源性分别为77.2%、78.0%、78.8%,氨基酸序列同源性均67.1%,而与人、狒狒、猪、牛、绵羊、犬、猫IFN-γ核苷酸序列同源性为39.7%～42.1%,氨基酸序列同源性在28.0%～31.7%之间。     

徐淮山羊PPAR基因cDNA的克隆和生物信息学分析

为克隆徐淮山羊过氧化氢酶体激活增殖受体(PPAR)基因的cDNA,探讨徐淮山羊PPAR基因的生物信息学功能.根据GenBank中发表的绵羊PPAR基因序列,设计并合成1对引物,采用RT-PCR方法克隆徐淮山羊脂肪组织中PPAR基因cDNA,提交GenBank,并运用DNAStar软件及在线工具进行生物信息学分析.成功克隆出徐淮山羊PPAR基因的编码区全序列cDNA,大小为1 428 bp,GenBank登录号为GU082382,有起始密码子ATG和终止密码子TAG,编码475个氨基酸;徐淮山羊PPAR基因序列与鸡、鼠、猪、牛、绵羊相应编码区(CDs)的同源性分别为81%、89%、92%、98%、99%,徐淮山羊PPAR氨基酸序列与鸡、鼠、猪、牛、绵羊的PPAR氨基酸序列同源性分别为92.9%、97.3%、98.3%、99.6%、99.8%;PPAR蛋白无信号肽区域,属于非分泌型蛋白.     

新疆多浪羊白细胞介素8 cDNA的克隆测序及其变异SNP的分析

采集多浪羊的血液,分离白细胞,提取总RNA,用白细胞介素8（IL-8）的引物进行两步法的RT-PCR扩增、克隆与酶切鉴定,测序后进行序列比对,与NM_001009401.1同源性高达99%,初步判定为多浪羊的IL-8编码全长cDNA。通过序列比对,发现多浪羊IL-8的基因起始密码子上游第七个碱基发生突变,在NM_001009401.1中是T,而在测序的多浪羊的IL-8中是C。对该测序序列进行数据库搜索和序列比对,发现该碱基变异很独特,并对该变异可能对mRNA蛋白翻译的影响进行了初步的分析。     

FSHβ基因PCR-SSCP多态性及其与多浪羊高繁殖力的关系研究

[目的]研究促卵泡素β亚基(follicle - stimulating hormone β,FSHβ)基因在多浪羊群体中的单核苷酸多态性,并检测该基因对多浪羊繁殖力的影响.[方法]采用PCR - SSCP技术,采集产双羔及以上的多胎多浪羊血样310份,研究FSHβ基因在多浪羊群体中的多态性,同时检测基因型频率以及等位基因频率.[结果]FSHβ基因在多浪羊群体中检测到AA、AB和BB三种基因型;基因型频率分别为0.36、0.6和0.04.多浪羊A和B等位基因频率为0.66和0.34.BB型与AA型相比有6处核苷酸发生了突变,该突变导致5个氨基酸的改变.BB基因型多浪羊产羔数分别比AB和AA基因型多1.1071只(P＜0.01)和1.017只(P＜0.01),AB与AA基因型之间的产羔数差异不显著(P＞ 0.05).[结论]FSHβ基因首次在新疆多浪羊群体中发现了BB基因型,绵羊FSHβ基因座位可能与多浪羊高繁殖力相关.     

日本百脉根γ-生育酚甲基转移酶基因的电子克隆及进化分析

根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学方法,以拟南芥-γ生育酚甲基转移酶cDNA序列为信息探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的日本百脉根基因组DNA序列——LjT44D21克隆。通过GENSCAN分析及序列拼接得到日本百脉根"γTMT基因的cDNA序列,GenBank的登陆号为DQ013360。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了44条日本百脉根的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长为1 077 bp,具有完整的开放阅读框架(1～1 077 bp)。推测编码蛋白为358个氨基酸,该蛋白序列与大豆、水稻、小麦、拟南芥、油菜、苜蓿和衣藻等物种的-γTMT蛋白质序列进行了同源性比较分析,具有很高的同源性。     

多浪羊PRLR基因克隆测序及不同组织差异表达分析

【目的】克隆多浪羊催乳素受体基因（PRLR）CDS区序列，并检测不同组织中PRLR基因在初情期前后表达差异，为PRLR基因在初情期启动过程中发挥的主要作用提供参考依据。【方法】利用RT-PCR技术和使用相关的生物学信息软件预测其编码蛋白的结构和功能，通过qPCR检测多浪羊初情期前后各组织中的PRLR基因的表达水平。【结果】获得了多浪羊PRLR基因的CDs区序列长1 746 bp。多浪羊的3个时期5个组织中均有PRLR基因的表达。PRLR基因在初情期前多浪羊垂体组织中的表达量显著高于其他组织（P<0.05）；初情期垂体组织中PRLR基因的表达量仍显著高于其他4个组织（P<0.05），初情期后下丘脑和垂体组织中PRLR基因的表达量显著高于其他3个组织（P<0.05）；初情期垂体和输卵管组织中PRLR基因的表达量升高，初情期后显著高于初情期前和初情期后（P<0.05）。【结论】揭示了PRLR基因可能在多浪羊初情期启动的过程中参与了调控。