猕猴桃EST-SSR引物筛选及通用性分析

应用SSRHunter软件对NCBI公共数据库中的猕猴桃EST序列进行筛查,利用Primer5．0软件设计引物并进行筛选,同时对其在部分柑橘类植物的通用性进行分析。以漓江猕猴桃DNA为模板,对所设计的97对EST-SSR引物进行筛选,结果表明其中77对引物能扩增出清晰条带,有效扩增率为79-38％。随机选取20对引物对...     

天山樱桃EST-SSR引物开发及PCR反应体系优化

以新疆天山樱桃叶片为试材,从NCBI数据库中搜索天山樱桃EST序列,利用SSRHunter 1.3软件查找SSR位点,结合Primer 6.0设计引物,通过正交实验和单因素试验优化天山樱桃SSR-PCR反应体系,并用最佳体系对所开发的引物进行验证,以期为研究天山樱桃遗传多样性、构建遗传连锁图谱奠定基础。结果表明:从58对备选引物中随机挑选30对引物进行试验,有21对引物能够扩增出特异性条带,有效扩增率为70%。20μL天山樱桃SSR-PCR最佳反应体系为dNTP 0.2mmol·L~(-1)、引物0.4μmol·L~(-1)、Taq酶0.75U、模板DNA 60ng。     

百合部分种及品种系统进化关系的EST-SSR 标记分析

 从新开发的百合EST-SSR标记引物中筛选了19对多态性较高的引物,对百合22个原生种和74个品种进行了标记分析,依据各样品间的Jaccard’s遗传距离,用MEGA 5.05构建系统树,并用主坐标分析对试验样品进行类群划分。系统树显示：原产中国的原生种首先分化为两个类群：类群Ⅰ包括卷丹（Lilium lancifolium）、渥丹（L. concolor）、毛百合（L. dauricum）、川百合（L. davidii）、大花卷丹（L. leichtlinii var. maximowiczii）、大花百合（L. concolor var. megalanthum）、淡黄花百合（L. sulphureum）、山丹（L. pumilum）、百合（L. brownii var. viridulum）、兰州百合（L. davidi var. unicdor）等,其中一些为亚洲百合杂种系的起源亲本及麝香百合杂种系的亲本,推测由这些种杂交衍生出亚洲百合杂种系、麝香百合杂种系及LA系;类群Ⅱ包括宜昌百合（L. leucanthum）、湖北百合（L. henryi）、岷江百合（L. regale）等喇叭百合杂种系及东方百合杂种系的亲本,分别衍生出喇叭百合杂种系、东方百合杂种系及OT系,与已有文献记载基本相符。用NTSYS-pc 2.11a作主坐标分析,结果将供试材料分为亚洲百合杂种系、东方百合杂种系、OT系、LA系、原生种等类群,与已知分类关系基本相符。     

青菜品种亲缘关系AFLP分析

利用AFLP技术对市场上主栽的10个青菜主要品种进行了遗传多样性及聚类分析.结果表明:最终筛选出的5对引物共扩增出多态性位点454个,多态性位点占总扩增位点的比例平均为57.5%,系统聚类分析将供试材料分为4组,基于分子标记的分类与材料的表现基本吻合,为以后品种的鉴定和分子辅助育种提供一定的参考.     

部分矮牵牛品种亲缘关系的SRAP分析

本文首次利用分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)对部分矮牵牛品种进行亲缘关系分析。采用88对引物对我国栽培的58个矮牵牛品种进行扩增,从中筛选得到20个多态性较高的引物组合,共产生389条多态性条带,平均每个引物组合产生19.5个多态性条带,每个引物组合分别产生13～40个扩增带,Jaccard's相似系数在0.55～0.87之间。在遗传距离(GD)为0.67处,可将58个矮牵牛品种分为4个类群,第一类群主要为暖色系列的品种,第二类群为黄色花品种,第三、四类群为冷色花品种,白色花品种聚类较散。本研究结果为开展矮牵牛新品种保护、种子纯度检测以及分子育种提供了分子生物学资料。     

苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。     

苹果属部分观赏品种与中国野生种的亲缘关系

 采用AFLP分子标记技术对47种苹果属植物进行遗传多样性和亲缘关系分析，其中24个为国外引进的观赏海棠品种。结果表明，筛选出的10对分辨率强的引物共扩增出589条带，其中多态性带534条，多态位点百分率达90.66%。观赏海棠品种在DNA分子水平上表现出极为丰富的遗传多样性。基于Jaccard系数对AFLP扩增结果进行UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean)聚类，以相似系数0.60为标准，将供试材料分为8组，以相似系数0.59为标准，将观赏海棠品种分为4组。分析认为，供试的24个观赏海棠品种中有22个品种与我国原产的苹果属植物亲缘关系较近。     

部分杧果品种亲缘关系的ISSR分析

ISSR技术分析了38个杧果(Mangifera indica L. ) 品种的亲缘关系。从60条ISSR引物中筛选出10条重复性好、扩增带型清晰的引物, 共扩增出79条可重复性带, 多态性带比例为86.7%。扩增结果可区分38个品种中的37个(含红金龙或贵妃之一) 。各品种间遗传距离在0～0.682之间, 平均为0.393。UPGMA聚类将供试品种分成了5类。对分类结果进行了讨论。     

利用RAPD分析部分茄子品种的亲缘关系

茄子 (ＳｏｌａｎｕｍｍｅｌｏｎｇｅｎａＬ .)在植物学上可分为3个变种 :圆茄、长茄和矮茄〔1〕。本研究借助ＲＡＰＤ技术 ,对不同地区茄子材料间亲缘关系进行鉴定 ,为茄子种质资源的进一步评价提供依据。1　材料与方法1.1　材料　本试验共用 35份材料 ,其中包括中国农业科学院蔬菜花卉研究所资源库内来自 14个省市的 30份材料 ,亚洲蔬菜研究与发展中心来自两个不同国家的 5份材料。1.2　ＤＮＡ提取　ＤＮＡ提取参照Ｍｕｒｒａｙ〔2〕和Ｓａｇｈａｉ ｍａｒｏｏｔ〔3〕的方法。1.3　引物选择　均用Ｏｐｅｒｏｎ公司产 10ｂｐ随机引物 ,筛选…     

苹果属植物嫁接后的表现与亲缘关系初探

本文根据苹果属植物４４个种类嫁接在小金海棠砧木上的表现，探讨了苹果属植物不同组，系及种类间的亲缘关系。     

苹果属植物嫁接后的表现与亲缘关系初探

本文根据苹果属植物44个种类嫁接在小金海棠砧木上的表现,探讨了苹果属植物不同组、系及种类间的亲缘关系.     

利用苹果SSR引物分析山楂属植物遗传关系

SSR引物在不同物种间具有通用性,从141对苹果属(Malus spp.)SSR引物中筛选出10对适合于山楂属(Crataegus spp.)植物的SSR引物,并对8个种37份山楂种质资源的遗传关系进行了分析。10对SSR引物共检测到91个多态性谱带,每个位点的等位基因数为3～13个,平均为9.1个。位点杂合度为0.432～0.790,平均为0.688。10对SSR引物可以将20份山楂资源区分开,17份不能区分的资源分为3组,第1组为3个伏山楂品种,第2组和第3组分别包括大果山楂的2个和12个品种。基于SSR标记构建的聚类树状图将供试37份山楂资源分成2个类群,第1类群包括6个山楂野生种,第2类群包括供试的所有伏山楂、山楂和大果山楂资源。该聚类结果与传统形态学分类一致。     

山东省黄瓜地方品种资源亲缘关系的AFLP 分析

 利用AFLP 技术对包括80 份山东黄瓜地方品种和24 份其他地区品种的遗传亲缘关系进行了研究。用11 对引物进行选择性扩增, 21%的扩增条带表现多态性。聚类分析结果显示: 山东黄瓜地方品种与日本品种和欧美品种分属不同类群或亚类群, 山东地方品种分为8 组, 各组内生态类型基本一致。试验得到不同生态型黄瓜的特征差异带和它们之间的遗传距离。     

大葱部分种质资源亲缘关系的RAPD分析

从36个大葱品种成株幼嫩叶片中提取基因组DNA,筛选出10个扩增较稳定的RAPD引物,进行PCR扩增,共扩增出89条带,其中多态性条带65条,多态率为73.03 %,应用UPGMA进行聚类分析,36个大葱品种间的遗传距离在1.732～4.727之间,在遗传距离3.883处,可将36份材料划分成3个复组合和1个独立组,同时建立了稳定的大葱品种RAPD标记体系。     

17个苹果属野生植物种的RAPD亲缘关系研究

采用RAPD标记技术,对17个苹果属野生植物种的亲缘关系进行了分析。对RAPD标记结果聚类分析表明,17个苹果属野生植物种的亲缘关系基本与前人的分类一致,只有山楂海棠1个种与前人的分类不一致。     

核桃属种质资源的EST-SSR标记研究

 用18对EST-SSR引物对核桃属（Juglans L.）中的6个黑核桃组（Sect. Rhysocayon）样品、14个核桃楸组（Sect. Cardiocaryon）样品、28个核桃组（Sect. Juglans）样品和山核桃属（Carya Nutt）中的4个长山核桃（C. illinoinensis Koch.）样品进行了PCR扩增。在18个EST-SSR位点上共获得110个等位基因,每个位点扩增等位基因3 ~ 10个,平均6.1个;各位点的观察杂合度为0.057 ~ 0.574,平均为0.323;各位点PIC值在0.3723 ~ 0.8795之间,平均为0.6890。18对EST-SSR引物在长山核桃、黑核桃组、核桃楸组、铁核桃和核桃样品中,EST-SSR位点平均有效扩增率分别为87.5%、96.3%、98.8%、100%和99.8%,说明核桃EST-SSR在种、属间具有良好的通用性。聚类分析表明：在属间和核桃属内组间的聚类清晰,结果与传统分类一致。在核桃种内,参试样品可分为新疆、华北和西藏3个地理生态型,来自陕西的核桃样品与来自北京、山东、河南的样品混聚在一起,表明陕西核桃与华北核桃应属于同一地理生态型。在铁核桃种内,‘金沙江铁核桃1’、‘金沙江铁核桃2’与‘永平铁核桃1’聚为铁核桃种。‘三台’和‘丽江铁核桃1’铁核桃样品,还有‘丽江核桃1’与西藏核桃聚在一起,说明‘丽江核桃1’应属于西藏核桃地理生态型,并且部分铁核桃与西藏核桃的亲缘关系较近。这可能是由于铁核桃与核桃混生,自然杂交使一些铁核桃后代含有了核桃基因。     

胡萝卜品种资源遗传多样性及亲缘关系研究

结合表型和SSR标记对29份中国胡萝卜地方资源、40份橘色栽培品种以及1份土耳其紫色品种进行遗传多样性和亲缘关系研究。田间农艺性状多样性分析表明,除叶长、根长、根粗外,春秋两季胡萝卜橘色栽培品种的多样性指数平均值低于地方资源。主成分分析结果表明,中国橘色地方资源和橘色栽培品种表型在秋季较为相似,但在春季差异较大。利用38对SSR引物对胡萝卜品种进行扩增,共扩增出133个多态性位点,其中中国地方资源与橘色栽培品种的平均多态性位点数分别为4.2和2.9个。中国地方资源的多态性信息含量值(0.74±0.06)明显高于橘色栽培品种(0.42±0.03)。聚类分析将供试胡萝卜材料分为2组,第I组包括所有橘色栽培品种和橘色地方资源B0241,第Ⅱ组包含其他地方资源和紫色品种L1。     

利用RAPD标记研究部分葡萄品种的亲缘关系

对47个葡萄品种进行RAPD分析。从100条随机引物中筛选出30个多态性引物用于DNA扩增,共扩出216条DNA带,121条具有多态性,多态性比例为56.01%。通过聚类分析结果表明,供试品种分成5大类,巨峰、红瑞宝、龙宝等巨峰系品种聚为一类。其中龙宝和红瑞宝优先聚在一起。表明葡萄品种间的遗传多样性有明显差异,即使父母本相同的品种,利用RAPD技术也可以分开。聚类图显示,品种间遗传一致度与品种的遗传背景有关,如高妻与红井川,红瑞宝与龙宝优先聚在一起;有的品种虽属同一杂交组合却未能表现最大遗传一致度,如京玉与奥古斯特,在聚类图中处于相邻的位置,说明无性繁殖的葡萄在双亲基因型杂合条件下,有性杂交通过基因重组,杂种后代也可呈现出有较大遗传差异。     

荔枝品种亲缘关系的AFLP分析

 应用AFLP技术，对39个荔枝品种进行了遗传多样性分析及分类研究。筛选出适于荔枝AFLP分析的最佳引物组合3对，分别为EcoRI AAC+MseI CTG，EcoPd AGC+MseI CAT，EcoRI ACC+Msel CAT。在分子水平上，荔枝品种的遗传多样性并非形态学性状所体现的那样丰富。AFLP分析将39个荔枝品种分成了6组，与传统的以果皮龟裂片隆起类型为分类标准的分类没有一致性。初步建立起荔枝主要栽培品种的分子标记标准图谱。应用AFLP技术对来自两个不同地方的两个荔枝品种(桂味、妃子笑)进行了鉴别。