免疫鸡群IBV的分离鉴定及其S1基因序列研究

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)变异情况,对2018—2019年多次发生疑似鸡传染性支气管炎(IB)的广西某公司发病鸡群进行IBV的分离鉴定,并对分离株进行S1基因序列测定、同源性、系统进化树和重组分析。结果显示:共分离到5株IBV,其S1基因核苷酸相似性为85.2%～99.9%;5株IBV中3株S蛋白裂解位点为HRRRR,2株为RRFRR;2018年分离的2株IBV属于LX4型中的QXⅡ亚型,与疫苗株QXL87处于同一个分支;2019年分离的3株IBV为LDT3-A型,且均为重组毒株,来源于分离株GX-YL161022(QXⅡ亚型,主亲本)与参考株CK/CH/LSC/99I(次亲本)的重组。研究表明这5株IBV主要为LX4型毒株及其参与的重组株,未及时免疫与流行株基因型相同的疫苗以及重组导致的变异可能是造成该养殖场免疫失败的主要原因。     

2株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定与S1、M和N基因序列分析

为跟踪了解广东地区鸡传染性支气管炎病流行情况,2019年从广东省清远、惠州两地疑似鸡传染性支气管炎发病鸡群中采集分离到2株传染性支气管炎病毒,并对其进行了鉴定和分析。结果显示,在鸡胚上盲传3代后均出现鸡胚的典型病变,死亡鸡胚全身出血明显,未死亡鸡胚发育受阻,呈明显的侏儒胚、蜷缩。将2个分离株分别命名为CK/CH/GD/QY1119和CK/CH/GD/HZ1225,分别测定其半数感染量(EID_(50)),扩增其S1、M和N基因核苷酸序列,获得相应的推导氨基酸序列并对其分析。分离株CK/CH/GD/QY1119和CK/CH/GD/HZ1225的EID_(50)分别为10~(-7.5)/0.1 mL和10~(-6.75)/0.1 mL,2个分离株S1基因与Mass型等疫苗株同源性为76.2%～82.1%,同源性均较低。与H120疫苗株相比,2个分离株的S1、M和N基因存在若干氨基酸的差异,2个分离株S1基因均存在氨基酸的插入,分离株CK/CH/GD/QY1119的M基因存在氨基酸的缺失,分离株CK/CH/GD/HZ1225的M基因存在氨基酸的插入。进化树分析显示,2个分离株分别属于LDT3型分支和QX型分支,均在S1、M和N基因进化树上的分属上存在差异。结果表明本次分离得到的2个分离株的S1、M和N基因均存在不同程度变异,在临床防控中应引起重视。本试验为鸡传染性支气管炎的有效防控提供了参考依据。     

鸡传染性支气管炎病毒AH1/15株S1基因的克隆与序列分析

2015年1月从安徽省某疑似患鸡传染性支气管炎鸡场中分离到一株鸡传染性支气管炎病毒,命名为AH1/15株,使用特异性引物对AH1/15分离株S1基因进行扩增、克隆及序列测定,并将其与国内外流行株及参考毒株进行比对。结果显示,IBV AH1/15株S1基因全长为1638 bp;同源性分析结果发现,AH1/15株与国内外疫苗毒株核苷酸同源性为57.0%~59.6%;遗传进化分析结果发现,AH1/15株与国内外主要疫苗株以及流行的LX4型毒株亲缘关系较远,与近几年国内分离的CK/CH/GX/NN11-4、CK/CH/GD/CG11、CK/CH/SD09/005等毒株亲缘关系最近。结果表明,AH1/15是一株不同于疫苗株和流行株的变异株。     

1株鸡传染性支气管炎病毒变异株的分子特征和抗原性分析

从山东省发病商品鸡群分离鉴定了1株鸡传染性支气管炎病毒,命名为CK/CH/SD09/005.S1基因序列分析发现,该株和同期分离的16个IBV流行株与疫苗株H120和491同源性分别为65.2％和66.0％.BLAST发现,CK/CH/SD09/005株仅与GenBank中3个广东分离株同源性较高(98.6％～98.8％),并形成独立的进化群.分别以H120和491为参考株,除了广泛的点突变,CK/CH/SD09/005 S1基因在多个位点发生了插入和缺失,CK/CH/SD09/005 N基因仅发生了点突变,没有基因插入和缺失；M基因除了发生点突变之外,分别在16～18和7～18位发生了碱基插入.鸡胚中和试验结果显示,CK/CH/SD09/005与H120和491均有交叉中和性,抗原相关性分别为0.18和0.09,应属于Mass和793/B之外新的血清型.结果表明,IBV S1基因可同时通过点突变、插入和缺失产生变异株,增加了免疫预防的难度.     

传染性支气管炎病毒分离株的生物学特性鉴定及其遗传变异分析

通过鸡胚矮小试验、鸡胚气管环组织培养试验、干扰新城疫病毒复制试验和动物回归试验,将2006-2007年在江苏省分离的7株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）鉴定为嗜肾型毒株。采用RT-PCR扩增IBV分离株的S1基因,并进行克隆和序列分析。结果显示7个IBV分离株S1基因的核苷酸同源性为94．6％-99．4％,处于同一个群,分别属于3个亚群。这些毒株与大多数国内近年分离株的同源性较高,而与Massachusetts、T、4／91和793B血清型毒株（包括H120和H52疫苗毒株）的同源性较低。IBV流行毒株和疫苗毒株的差异是造成免疫鸡群发生传染性支气管炎的重要原因。     

2006年至2010年山东省鸡传染性支气管炎病毒分子变异的研究

为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析.序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代.S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组.本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式.     

一株重组鸡传染性支气管炎病毒的分离及结构蛋白基因变异和血清型分析

为进一步了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)流行株的遗传变异情况,对2013年从免疫失败的广西某鸡场中分离到的一株IBV(GX-NN130048)进行S1、E、M和N基因的扩增、测序、相似性比较、系统进化树绘制和重组分析以及血清型鉴定。基因序列分析结果表明,分离株GX-NN130048的S蛋白裂解位点序列为RRSRR,S1、E、M和N基因与参考株核苷酸相似性分别在60.8%~90.1%、81.0%~94.2%、86.1%~93.8%和86.0%~93.3%;进化树分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因与疫苗毒株4/91同属一群,而E、M和N基因则与毒株LX4属于同一群;重组分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因来源于疫苗毒株4/91和GX-HC1006野毒株(LX4型)的重组;血清型分析表明,该分离株的血清型不同于疫苗株H120和4/91。研究表明分离株GX-NN130048是一株重组毒株,其结构基因和血清型均发生变异。本研究再次提供证据说明,疫苗株4/91越来越多参与到IBV流行株通过基因重组导致的遗传变异事件当中,并可能由此导致新血清型的出现。这可能是现场免疫失败的一个主要原因。有必要继续加强对IBV的监测和新疫苗的研发。     

2012—2014年我国鸡传染性支气管炎分子流行病学调查

为了解近年来我国鸡传染性支气管炎病毒的主要类型,2012—2014年,从华东、华北和华中等地区出现传染性支气管炎（IB）的养鸡场中,采集病料进行病毒分离。从中分离鉴定出IBV流行株69株。对所有分离株进行S1基因扩增、测序和遗传进化分析。结果显示毒株共包含6个基因型,根据各基因型中包含的毒株数量多少依次为：QX型（54株,占78.26%）、Mass型（6株,占8.7%）、4/91型（3株,占4.35%）、TW-I型（2株,占2.90%）、tl/CH/LDT3/03型（2株,占2.90%）和CK/CH/LSC/99I型（2株,占2.90%）。将GenBank中收录的所有2012—2014年间国内分离株S1基因序列下载并构建遗传进化树,结果表明QX型IBV已成为当前国内流行的绝对优势基因型。     

鸡传染性支气管炎病毒分离鉴定及S1基因遗传演化分析

为调查辽宁地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及遗传演化情况,从辽宁某鸡场疑似鸡传染性支气管炎病料中分离得到1株病毒,经分子生物学检测、鸡胚矮小化试验、新城疫病毒血凝特性干扰试验和动物回归试验,确定该毒株为IBV,并命名为CH/LN/2019。扩增该毒株S1基因并进行序列分析发现,分离株S1基因全长1 620 nt,编码540个氨基酸,S1蛋白裂解位点为HRRRR,属于基因Ⅰ型(QX型)毒株;同源性比对发现,分离株与基因Ⅰ型代表毒株QXIBV株的核苷酸和氨基酸序列同源性最高,分别为95.6%和94.8%;与国内常规型疫苗H52、H120和Ma5毒株的同源性较低,核苷酸和氨基酸序列同源性仅为77.2%~76.9%和75.4%~76.2%。本试验为辽宁地区鸡传染性支气管炎的流行病学调查及免疫防控提供了参考。     

1株QX型鸡传染性支气管炎病毒的S1基因序列分析及致病性研究

为跟踪鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及致病特性,2020年从安徽某蛋鸡场采集的发病鸡气管和肾脏组织中分离到1株病毒,对其进行生物学特性鉴定及致病性分析,确定该毒株为IBV,并命名为CK/CH/LAH/20-6。分离毒株可引起鸡胚发育受阻,呈现侏儒胚、蜷缩胚等特征性病变;S1基因检测及遗传演化分析表明,S1基因大小为1 620 bp,属于QX型毒株,与华南地区CK/CH/SHD/GM17-1分离株S1基因同源性高达99.9%;14日龄SPF雏鸡致病性试验结果表明,分离毒株可致雏鸡100%(20/20)发病,20%(4/20)死亡,同时可致气管和肾脏出现不同程度的病理损伤;排毒检测结果表明,攻毒鸡第3天气管及泄殖腔排毒检测率分别为95%(19/20)和85%(17/20),第21天排毒检测率仍达81.25%(13/16)和75%(12/16)。本研究为鸡传染性支气管炎的防控提供了新的流行病学数据,丰富了IBV的生物信息数据库。     

两株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为调查广东地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及其遗传变异情况,本研究通过病料SPF鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2013年从广东湛江地区不同发病鸡场分离到两株IBV,分别命名为CK/CH/GD/ZJ10/2013和CK/CH/GD/ZJ11/2013,并对这两株IBV的S1基因进行序列分析。结果显示,CK/CH/GD/ZJ10/2013株S1基因全长1 626 bp,编码542个氨基酸,其裂解位点为NRFRR,属于基因型Ⅲ,并推测其为基因型Ⅲ毒株(CK/CH/GX/NN11-3)与基因型Ⅰ毒株(GX-NN-6)在S1基因处发生重组而产生的新毒株;CK/CH/GD/ZJ11/2013株S1基因全长1620 bp,编码540个氨基酸,其裂解位点为HRRRR,属于基因型Ⅰ(类QX型);两株IBV的S1基因间核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较低,与位于同一基因型的参考毒株间同源性较高,而与中国使用的Mass型常规疫苗H120和H52之间的同源性最低,仅为75.7%~76.3%和77.1%~77.9%。本研究可为广东省IBV的流行病学调查和分子生物学研究提供参考。     

鸡传染性支气管炎病毒海南分离株S1基因高变区的遗传变异分析

采取RT-PCR方法对7个鸡传染性支气管炎病毒海南分离株的S1基因进行序列扩增、测定及分析,应用DNAStar软件将这些分离毒株与我国常用疫苗毒株、国际上其它血清型的代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析.核苷酸与氨基酸序列分析的结果都表明:这7个分离毒株与CK/CH/LNM/05毒株的亲缘关系比较近,与疫苗株H120和Ma5的亲缘关系比较远.     

自然发生的1株传染性支气管炎病毒S1和N基因之间的重组

本研究从出现典型呼吸道和肾脏病变的患病雏鸡中分离出1株传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis virus,IBV),命名为SC06,旨在探讨该病毒的重组机制.SC06接种10日龄SPF鸡胚可出现明显的"侏儒胚";对5日龄SPF鸡攻毒,可诱发呼吸道症状和肾脏病变.对其S1和N基因分别克隆测序,结合在GenBank中发表的其他IBV参考株序列,对其S1和N基因核苷酸(氨基酸)序列分别进行同源比较,绘制系统发育树.结果表明:SC06与英国4/91株的S1基因核苷酸(氨基酸)同源性最高,为98.7%(98%),而与国内大部分流行株的核苷酸同源性仅为75.6%～76.0%;然而,SC06与国内流行株DY06、SDGE01的N基因核苷酸(氨基酸)同源性达99.3%(99%)、93.4%(93.6%),而与英国的4/91的N基因核苷酸(氨基酸)同源性仅为85.7%(92.4%).S1基因系统发育方面,SC06与英国的4/91和7/93B属于同一基因型,而与作者实验室近年分离的SDGE01等大部分山东流行株及国内流行的LX4等株分属不同的基因型;但其N基因分型时,SC06和DY06与国内部分流行株属于同一个进化分支,而与英国的4/91和7/93B不同.综合上述结果,推测SC06为英国4/91和国内流行株的重组株,其S1基冈来自4/91疫苗,而N基因来自国内DY06类型的IBV国内流行株.     

鸡传染性支气管炎病毒广西流行株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,应用RT-PCR方法对2004-2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核(N)蛋白和膜(M)蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。结果显示广西IBV分离株S1基因存在广泛的基因点突变,部分毒株出现基因插入和缺失,分离株之间氨基酸同源性为74.2%～98.7%;N基因无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为91.7%～99.3%;M基因存在点突变和插入现象,分离株之间氨基酸同源性为90.7%～98.2%。以疫苗株H120为参照,广西IBV分离株的S1、N和M基因都出现了变异,其中S1基因变异程度最大。7株广西IBV在S1、N和M基因氨基酸序列系统进化树中分别集中在2、3和3个基因群中,其中4株的S1、N和M基因分型结果不一致。结果表明广西IBV分离株的S1、N和M基因已发生变异,广西IBV存在广泛的基因突变、缺失或插入现象。研究的结果提示流行株的遗传变异可能是目前影响疫苗免疫效果的主要原因。     

传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异频率的分析

旨在探讨中国北方地区传染性支气管炎病毒(IBV)的流行和分子变异,进而探讨IBV的遗传演变规律。利用生物信息学方法对IBV纤突蛋白(S1)和核蛋白(N)编码基因进行分析比较。结果显示:2012—2013年发生在山东、天津等北方地区的IBV流行株高度同源,其S1基因核苷酸(氨基酸)相似性为94.0%~100%(93.1%~100%),N基因为98.4%~99.1%(98.1%~99.8%),而与经典疫苗株H120相似性均较低,且至少在S1基因的3个高变区产生了较多的点突变、缺失和插入,且变异集中在第53—150和250—290位,以高变区HVR I居多,GM/13在62—65位缺失4个氨基酸。进一步的分析表明:IBV流行株S1基因与1998年在我国北方流行的A2株核苷酸相似性最高,为94.9%~97.2%,年核苷酸(nt)变异频率平均为2.4nt×10-3;而N基因则与LX4株相似性最高,为93.0%~93.5%,年变异频率平均为5.1nt×10-3。IBV流行株可能是A2-like和LX4-like毒株的重组,且N基因的变异频率明显高于S1基因。     

GI-19型(QX型)鸡传染性支气管炎病毒的病原特性分析

为了解GI-19型(QX型)鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)的病原特性,筛选6株GI-19型IBV进行EID₅₀测定以及鸡胚致病力和雏鸡致病性试验,并应用高通量测序技术进行基因组测序,分析病毒基因组和主要结构蛋白编码基因生物特性。结果显示:IBV/Chicken/Hubei/S1402/2021分离株对鸡胚有致病性,导致鸡胚表现胚体蜷缩、矮小等典型病变特征,经SPF鸡胚传代至第5代,表现较为稳定的EID50 (10^-5.33/0.1 mL),但其对雏鸡无致病性;IBV/Chicken/Sichuan/C1452/2021分离株对鸡胚没有致病性,但将其接种1日龄雏鸡,可导致雏鸡出现33.33%(5/15)的发病率,引起的典型病变为雏鸡肾脏尿酸盐沉积。对6株GI-19型IBV分离株的基因组和主要结构蛋白编码基因进行系统进化分析和生物特性分析,发现IBV/Chicken/Hubei/S1402/2021分离株与其他分离株存在明显差异,且在1a和1b基因区域存在重组现象。结果表明:我国流行的部分I...     

传染性支气管炎DN-1分离株S1基因的克隆与序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了1对引物,通过RT-PCR特异性扩增出DN-1株的S1基因,产物为1.7 kb,与设计相符.同源性比较结果显示,DN-1株与H52、H120株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为99.7%、99.2%,表明IBV DN-1分离株与疫苗株的S1基因具有高度的同源性.     

2006-2008年山东鸡传染性支气管炎病毒分离株S1与N基因的分子特征

为了调查2006-2008年山东省鸡传染性支气管炎的分子流行病学特征,应用RT-PCR方法分别扩增了14株传染性支气管炎病毒地方毒株S1基因和N基因,并进行了基因克隆与测序工作.对此14株病毒的S1基因序列利用限制性内切酶HaeⅢ进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析,结果显示可以将IBV毒株分为3种不同的基因型.其中11个毒株与LX4毒株有相同的RFLP分型,2株病毒属于Mass基因型,1个毒株有特异的RFLP分型.并将这些分离毒株与11个参考毒株分别进行了基因与氨基酸系统进化树关系分析.S1基因分析结果显示将这些毒株分成3个基因型,与RFLP分析的分型结果一致.11株病毒同属于LX4类型的毒株,分离毒株核苷酸序列相互之间有95.4%～99.7%的同源性.基因Ⅱ型与疫苗株H120和M41的同源性很高.属于基因Ⅲ型的1个毒株形成了独特的基因型.N基因分析结果表明:12株病毒与LX4属于同一基因型,有着较高的同源性.另2株病毒与疫苗株H120同源性很高.以上分析结果表明:山东省IBV分离株存在较为广泛的基因突变、插入和缺失,同时,IBV毒株间的基因重组也可能是山东省IBV变异株产生的另一主要原因.     

2株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因遗传分析

试验对安徽某蛋鸡场采集的病料进行病毒分离,获得2株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),命名为AH01/2020和AH02/2020.对分离的病毒进行鸡胚接种、S1基因测序以及遗传进化分析.结果 显示,AH01/2020为LSC/99 Ⅰ型,AH02/2020为QX型,2株病毒均可导致鸡胚出现不同程度IBV典型病变,表现为发...     

新疆1株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为了解乌鲁木齐市鸡传染性支气管炎(IB)的流行特征，本研究利用鸡胚培养、RT-PCR、新城疫病毒(NDV)干扰及鸡胚半数感染量(EID₅₀)测定等多种方法分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),将其命名为IBV/CK/CH(XJ)/01/2020。对其S1基因进行序列测定及比对分析发现，该分离株在鸡胚上连传5代出现侏儒胚现象，并且可以抑制NDV在鸡胚中的增殖，经计算其EID₅₀为10^-4.58/0.1 mL,为中等毒力毒株，攻毒组与正常组比较，雏鸡气管内有大量黏液且肺脏肿大，表现为呼吸型毒株特征，且其S蛋白裂解位点序列为HRRKR,与TC07-2、GX-NN0903等毒株形成一个独立的发育进化群，均属于TC07-2/GVI-1型IBV;与国内常用的H120、H52、M41等疫苗株的同源性仅为59%～65%。本研究为新疆地区IB的流行病学提供参考，也为当地IB的防控提供了理论依据。