牦牛MSTN基因第2外显子的遗传变异分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了牦牛MSTN基因第2外显子遗传变异特征.结果表明:在第2外显子以及80bp的部分第1内含子和102bp的部分第2内含子,共556bp的区域中存在5处点突变,表现AA、BB、AB、AC 4种基因型,由A、B和C 3个复等位基因控制.各基因型频率分别为0.884 0、0.001 4、0.106 0和0.008 6.序列分析表明等位基因B在位于第2外显子411bp处发生A→G突变,导致编码的第235位氨基酸由组氨酸突变为精氨酸,其余4处突变位于等位基因C上,即位于第1内含子31bp处的G→A突变和65bp处的核苷酸缺失以及第2内含子529bp处的A→G突变,还有一处是位于第2外显子第121bp处的T→C沉默突变.     

FSHR基因第10外显子多态性及其与小梅山猪产仔数的相关性

【目的】研究猪FSHR基因第10外显子的多态性及其与小梅山母猪产仔数的相关性。【方法】采用 PCR-SSCP和直接测序方法检测基因多态性,利用最小二乘法分析其对母猪产仔数的关系,同时对多态位点的方差组分进行分析,并预测选择反应。【结果】在小梅山猪、枫泾猪和大白猪这3个群体中,引物P1和P3上分别检测到1个多态位点,其中P1位点可导致氨基酸的改变;引物P6仅在大白猪中检测到1个多态位点;对小梅山猪而言,P1位点的A等位基因和P3位点的D等位基因为优势基因;在P1位点上,两胎以上小梅山母猪中,AA型个体的总产仔数（total number born,TNB）和产活仔数（number born alive,NBA）比BB型分别高出1.95和1.66头（P＜0.01）;在P3位点上,在两胎以上及所有胎次的母猪中,DD型个体的TNB和NBA均极显著高于CC型（P＜0.01）;小梅山母猪的TNB和NBA在P1和P3位点上的遗传主要受到加性效应的影响。【结论】FSHR基因第10外显子P1和P3位点的A和D等位基因对小梅山猪产仔数有显著影响。     

两个西南马种GHR基因第10外显子SSCP分析

通过PCR-SSCP检测10匹宁强矮马和12匹贵州马GHR基因第10外显子的多态性分析,结果表明,宁强矮马和贵州马GHR基因外显子10的第2和第4区域的保守性较高,基因多样性相对较低,第1和第3区的遗传变异较大,基因多样性水平较高。分析比较发现宁强矮马GHR基因外显子10的多态性比贵州马稍高,首次表明宁强矮马在GHR10上存在较大的遗传多态性。     

黄牛Gli3基因第10外显子多态性及其与生长性状相关性

利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究708头黄牛Gli3基因第10外显子的多态性,发现此外显子存在SSCP多态。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现2个新的SNP多态位点(NW_001494928:g.205649TC,205754AC),这2个SNP完全连锁。南阳牛不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示,CC基因型个体的24月龄平均日增体质量指标显著大于TT基因型个体(P0.05),其余各项指标基因型间差异不显著(P0.05)。因此,该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。秦川牛和郏县红牛群体中没有发现与该基因座多态显著相关的性状。     

中国小尾寒羊FSHR基因部分序列的克隆与分析

利用PCR技术扩增了中国小尾寒羊FSHR基因5′端调控区和部分结构区序列，并通过克隆进行了序列测定。比较研究结果：中国小尾寒羊与澳洲绵羊的FSHR基因在5′端有4个位点发生了单碱基插入／缺失（或缺失／插入）突变，序列间的保守性为97．99％；碱基变异率相应为2．01％。而二者在结构基因扩增区域的碱基变异率仅0．36％。有2个位点的减基变异引起了氨基酸密码改变。     

FSHR基因第10外显子SNP的筛选及其与兔体质量性状的关联性分析

【目的】近年来,研究发现FSHR基因在非性腺组织中也有表达,能够介导FSH信号参与调控机体内多项生理活动。FSH-FSHR信号与脂肪沉积、体质量存在一定关联,但有关FSHR基因与兔体质量性状的关联还未见报道。【方法】本研究以天府黑兔为研究对象,采用PCR产物直接测序的方法对其FSHR基因第10外显子进行SNP筛选,并将基因型与兔各日龄体质量做关联性分析。【结果】测序结果经比对,在兔FSHR基因第10外显子发现突变g.163537 G>A和g.163619 A>G。其中g.163537 G>A为同义突变,处于低度多态(PIC<0.25),群体处于Hardy-Weinberg平衡;g.163619 A>G为错义突变,编码氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸,同样处于低度多态(PIC<0.25),群体处于Hardy-Weinberg平衡。对单位点基因型间体质量差异进行分析发现,g.163537 G>A位点对兔体质量影响不显著,但GG基因型个体的49、56及70日龄体质量高于GA和AA基因型个体,表明GG基因型增重速度较快;g.163619 A>G的AA基...     

贵州黑山羊FSHR基因第1外显子遗传多态性分析

以贵州黑山羊为对象,研究促卵泡素受体（FSHR）基因的遗传多态性。测定表明FSHR基因第1外显子,没有任何突变,显示在15只母羊中的FSHR基因第1外显子661bp核苷酸系列中不存在多态性,本研究为探索该受体基因在繁殖中的作用打下基础。     

金定鸭FSHR基因第1～7外显子的克隆及SNP位点的筛查

动物的繁殖活动主要受内分泌生殖激素的调控,FSHR存在于卵泡颗粒细胞膜上,属于G蛋白偶联受体家族,对动物卵巢细胞的发育、成熟和排卵具有重要的作用。本研究以高产和低产金定鸭基因组为模板,通过PCR扩增、目的基因片段克隆和测序等方法,获取金定鸭FSHR基因1~7外显子序列,并对基因序列进行比对分析。结果显示,序列a包含第1外显子(185bp)的完整序列,第1内含子(145bp)的部分序列;序列b包含第2(75bp)、3外显子(75bp)、第2内含子(463bp)的完整序列,第1(40bp)、3内含子(47bp)的部分序列;序列c包含第4外显子(75bp)的完整序列,第3(180bp)、4内含子(55bp)的部分序列;序列d包含第5外显子(78bp)的完整序列,第4(232bp)、5内含子(56bp)的部分序列;序列e包含第6(69bp)、7外显子(75bp)、第6内含子(117bp)的完整序列,第5(133bp)、7内含子(146bp)的部分序列。根据基因序列特征,对获取的5段金定鸭FSHR基因序列进行扩增序列测序比对。结果发现:在外显子1第50bp处存在A/G突变;在外显子2第30bp处存在A/G突变;在外显子4第33bp处存在C/T突变;在外显子5第45bp处存在A/G突变,第19bp处可能存在A/T突变,33bp处可能存在C/T突变。金定鸭FSHR基因序列的克隆及SNP突变位点的发现可为后续开展FSHR基因的多态性与金定鸭产蛋性能的相关研究奠定一定的基础。     

牦牛PIT-1基因第5、6外显子部分序列的克隆测序

利用PCR方法扩增了麦洼牦牛PIT-1基因第5、6外显子的部分序列,扩增片段长度为1 285 bp,克隆到PND-18载体中进行测序,结果牦牛与普通牛的PIT-1基因有97%的同源性,共有28处不同,其中在内含子5的347处有18个碱基的缺失,565处有4个碱基的插入;外显子6有一个碱基突变,并导致氨基酸由普通牛的Thr变为牦牛的Arg。对61头麦洼牦牛和30头九龙牦牛PIT-1基因部分序列进行PCR-RFLP分析,均未检测到多态性。     

文昌鸡MHC B-G基因第2外显子序列多态性分析

根据GeneBank上红色原鸡的MHC B-G序列设计特异性引物,利用PCR-SSCP和测序方法对文昌鸡18只个体的MHC B-G基因第2外显子序列332 bp区域进行序列多态性分析.通过PCR-SSCP分型得到16种基因型;测序检测到21个变异位点,其中20个位点导致16个氨基酸位点发生变异.结果表明:所有序列均未发生长度变化;文昌鸡群体内MHC B-G的多态性较丰富,主要体现在氨基酸多态性上,与其抗原多样性有密切关系.     

牦牛生长激素基因分子特性分析

设计特异性引物,利用RT-PCR方法从牦牛脑垂体中扩增出生长激素基因(YGH)编码区全序列,并进行分子特性分析.结果表明:牦牛生长激素基因编码区全长654 bp,包含一个完整的阅读框,编码217个氨基酸.采用生物信息学方法对分子特性进行分析表明:动物生长激素基因在进化上非常保守,牦牛生长激素基因氨基酸序列与黄牛、山羊、绵羊、马、猪、猫和犬的同源性分别为100%、99.1%、98.6%、88.9%8、8.5%、88.9%和89.4%.牦牛生长激素蛋白有2个明显的疏水区域,存在2个强跨膜区和信号肽,是一种分泌型蛋白质,二级结构主要以α-螺旋和不规则卷曲为主,三级结构包含第28-215位氨基酸残基;牦牛生长激素蛋白有较高的抗原指数和抗原表位,这与YGH编码蛋白具有良好的抗原性相一致.     

绵羊GnRHR基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术,用两对引物分析了GnRHR基因外显子2和外显子1部分序列在小尾寒羊、多赛特羊2个绵羊品种中的多态性.结果表明,对于引物1扩增片段,2个绵羊品种均只检测到AA基因型.对于引物2扩增片段,2个绵羊品种均检测到AA、AB基因型;小尾寒羊AA、AB基因型频率分别为0.83和0.17,多赛特羊AA、AB基因型频率分别为0.60和0.40.引物2的多态片段测序分析表明,位于GnRHR基因cDNA第230处发生了碱基的改变(G→C),该突变导致了氨基酸的改变(甘氨酸→半胱氨酸).     

褪黑激素受体1A基因外显子2与小尾寒羊高繁殖力的关联

以褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A,MTNR1A)基因为候选基因,通过2种限制性内切酶(MnlⅠ、RsaⅠ),采用PCR-RFLP技术检测MTNR1A基因第2外显子主要序列在高繁殖力绵羊品种小尾寒羊中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响.结果表明,MTNR1A基因外显子2的605位碱基处表现出MnlⅠ酶切多态性,在小尾寒羊中检测到3种基因型:MM(236 bp/236 bp)、Mm(236 bp/303 bp)、mm(303 bp/303 bp),MM和Mm基因型频率明显高于mm基因型频率.MTNR1A基因外显子2的604位碱基处表现出RsaⅠ酶切多态性,在小尾寒羊中检测到3种基因型:RR(267 bp/267 bp)、Rr(267 bp/290 bp)、rr(290 bp/290 bp),RR和Rr基因型频率明显高于rr基因型频率.复合基因型MMRR、MMRr、MmRR、MmRr的频率明显高于MMrr、mmRR、mmRr的频率,没有检测到mmrr复合基因型.小尾寒羊产羔数在MnlⅠ和RsaⅠ酶切复合基因型之间没有显著差异,但至少携带一个拷贝等位基因M的小尾寒羊比不携带M的具有稍微较高的产羔数,基因型为mm的小尾寒羊产羔数比其他基因型的小尾寒羊平均低0.26只.     

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对天祝白牦牛和青海高原牦牛的生长激素基因(GH基因)5个外显子及部分内含子序列进行遗传变异分析,以探讨牦牛GH基因的遗传特性.结果表明:2个牦牛群体GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子1694bp处均发生T→C转换,形成A、B2个等位基因,并检测到AA、AB和BB共3种基因型;天祝白牦牛第5外显子2373bp处发生G→T碱基颠换,形成C、D2个等位基因,检测到CC和CD2种基因型,但碱基改变并未引起氨基酸变化,因此这种碱基转换为沉默突变;天祝白牦牛和青海高原牦牛均为低度多态,经Hardy-Weinberg平衡检验2个牦牛群体均处于非平衡状态.     

湖羊促黄体素受体基因（LHR）外显子11多态性 与繁殖性能相关性研究

通过聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析方法检测湖羊促黄体素受体(luteinizing hormone receptor,LHR)基因外显子11核酸序列的单核苷酸多态性。结果表明,在6对引物扩增产物中,只有引物P2和P6的扩增片段具有多态性,引物P2扩增区存在AA和AB两种基因型,在1147位发生G→A的突变;引物P6扩增区存在3种基因型,CC、CD和EE型,经序列检测,CC型与CD型间存在T→A的突变,CC型与EE型间存在C→A的突变。将各基因型湖羊的产羔性状进行统计分析,结果表明,P2位点AB型湖羊产羔数较AA型高,平均为2.05±0.76,P6位点CD基因型湖羊产羔数较CC和EE型高,为2.50±0.55,经SPSS分析,不同基因型个体产羔数间差异不显著(P>0.05)。     

黄淮山羊FSHβ基因第2外显子SSCP多态性研究

采用PCR-SSCP技术检测分析黄淮山羊FSHβ(follicle-stimulating hormone β)基因第2外显子多态性.结果显示,黄淮山羊FSHβ基因有AA、AB和AC 3种基因型,基因型频率分别为O.851 4,0.121 6和0.027 0:AB型与AA型相比在47 bp和147 bp两处发生C→T突变,AC型与从型相比在147 bp和156 bp两处分别发生C→T和G→A突变.     

GHR基因exon 9和exon 10多态性与西农萨能奶山羊产奶性能的相关分析

针对GHR基因exon 9和exon 10设计了2对引物,采用PCR-SSCP技术检测该基因这2个位点在西农萨能羊群上的单核苷酸多态性,同时研究其对产奶性能的影响.结果表明:exon 9具有多态,exon 10不存在多态性.Exon 9位点在西农萨能山羊中检测到NN型和NT型,纯化测序发现有1个SNP位点,NN型与NT型相比在该片段第241 bp处有1个G→T的突变;NN和NT基因型之间产奶量的最小二乘均值差异显著(P＜0.05):NN基因型在各胎次产奶量和平均产奶量等指标上均好于NT基因型,其中在第3胎的产奶量和第4胎产奶量2项指标上都达到显著水平(P＜0.05).研究结果提示:GHR基因exon 9对奶山羊产奶量有显著影响,因此认为GHR基因exon 9位点可作为奶山羊高产奶量的标记辅助选择的有效分子标记.     

不同季节牧草营养成分与牦牛血液激素含量变化的研究

对青海环湖地区三角城种羊场暖季(6月份)和冷季翌年(2月份)天然牧草营养成分和牦牛血液中生长激素(GH)、胰岛素(Ins)、三碘甲状腺素(T3)、四碘甲状腺素(T4)水平变化进行了分析,结果为:暖季牦牛血液中Ins、T3、T4的含量高于冷季,呈季节性动态变化(P<0.01=,GH变化不明显;Ins与T3、T4间表现出显著正相关(P<0.01,r =0.735 2;P<0.05,r =0.354 4)。天然草场牧草中粗蛋白含量冷季(4.74 %)比暖季(15.22 %)损失68.9 %,粗脂肪冷季(2.85 %)比暖季(3.83 %)下降34.4 %;而干物质、粗纤维、无氮浸出物、灰分和Ca的含量暖季低于冷季。     

孕酮受体基因多态性及其与小尾寒羊产羔数的关系

设计15对引物,采用PCR-SSCP技术检测孕酮受体(progesterone receptor,PGR)基因全部9个外显子在小尾寒羊、湖羊、特克塞尔和多赛特中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊产羔数的影响.只有引物P9扩增片段具有多态性.对于P9扩增片段,在小尾寒羊、湖羊和多赛特中均检测到AA、AG和GG型,...