牛TLR4基因的遗传多态性与乳房炎的关联分析

TLR4通过识别病原体而激活免疫细胞，在先天免疫和适应性免疫防御中起着重要作用。以中国荷斯坦奶牛、三河牛和中国西门塔尔牛共397头为研究对象，利用创造酶切位点PCR法扩增243bp的目的片段，通过限制性内切酶HinfⅠ酶切来检测TLR4第3外显子的多态性，结果发现扩增产物的27bp处C到T的突变使得多态位点产生，编码的氨基酸由苏氨酸变为异亮氨酸。A、B2个等位基因在3个群体中均有分布，A等位基因占优势（大于78％），经χ^2适合性检验，三河牛在该位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0．05）。运用SAS8．2软件采用最小二乘法拟合线性模型，将该基因座不同基因型与奶牛乳房炎进行了关联分析，结果表明：AA基因型为乳房炎抗性基因型（P〈0．05），A等位基因为乳房炎抗性的有利基因。     

南阳牛IGF2基因第2外显子多态性及其与生长发育相关性研究

以126头纯种南阳黄牛为研究材料，利用PCR-RFLPs技术对胰岛素样生长因子2（IGF2）第2外显子的多态性及其与生长发育的相关性进行了分析。结果表明：南阳牛在该位点的遗传多态性丰富。检测到2种等位基因A和B，频率分别为0．6865和0．3135，A等位基因在群体中是优势等位基因；BB型个体的6、12、18、24月龄体斜长和胸围，12、18和24月龄的坐骨端宽，初生、6月龄和24月龄体重等体征性状显著地优于AA型；6月龄体斜长、12月龄的胸围、18月龄和24月龄坐骨端宽也显著优于杂合型。初步推断JGF2基因是非常有价值的辅助选择标记，可为南阳牛肉用型方向选择提供理论依据。     

秦川牛CEBPA基因遗传变异对体尺和胴体性状的影响

试验以CCAAT增强子结合蛋白A(CEBPA)为候选基因,采用直接测序的方法寻找秦川牛CEBPA基因SNP,筛查到一个新的多态位点T963G,该突变位于基因的编码区。运用PCR-RFLP方法验证并分析该位点在215头秦川牛群体中的多态性。结果表明:在秦川牛群体中分布A、B 2个等位基因,处于中度多态。经过χ2适合性检验,秦川牛群体在该位点达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。将该T963G位点的基因型与体尺、胴体性状进行关联分析,表明该位点与胴体重显著相关(P0.05),BB为有利基因型,B等位基因为有利等位基因,提示该位点有可能作为秦川牛胴体性状标记辅助选择的标记之一。     

新疆褐牛，中国荷斯坦POUIF1基因第六外显子多态性与产奶量关联分析

[目的]为了研究POUIF1基因第六外显子多态性与产奶量的关系。[方法]以新疆褐牛,中国荷斯坦为研究对象,利用PCR—RFLP对POU1F1基因第六外显子的多态性及其与产奶量的相关性进行了分析。[结果]表明：新疆褐牛,中国荷斯坦牛的群体在该位点分别检测到2种等位基因A／B,频率分别为：0．4a／0．57,0．aa／0．67,B等位基因是优势等位基因。[结论]在新疆褐牛群体中,BB型个体的产奶量显著高于AA型,在荷斯坦奶牛中BB型比AA,AB型的产奶量高,但差异不显著。     

甘肃马鹿MyoG基因5'UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号:FJ746497)5'UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析.结果表明:①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5'UTR-237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型,等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC<0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子.②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(-46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型,基因型频率分布为CC>CD>DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25相似文献   

牛BoLA-DRB3基因的多态性与乳房炎相关性初探

利用PCR—RFLP技术对易感乳房炎的奶牛血样24份，不易感染乳房炎的2个黄牛品种南阳牛、秦川牛血样66份共计90个个体进行牛BoL A—DRB3基因第2外显子多态性分析。结果表明：扩增大小为252bp的片段经限制性内切酶BstUI酶切后表现多态，且奶牛AA型个体显著高于黄牛品种，提示BoLA等位基因A作为母牛乳房炎易感性的候选标记具有潜在的有效性。     

7个牛品种PON2基因第9外显子SSCP分析及其外显子多态性扫描

对氧磷酶2（Paraoxonase-2,PON2）产物是脂肪代谢过程中的抗氧化酶,被确定为影响相关重大心血管疾病和人类寿命的重要候选基因。本研究利用直接测序法对PON2基因所有外显子进行多态位点扫描,利用PCR-SSCP技术对中国西门塔尔牛、鲁西牛、秦川牛、晋南牛、荷斯坦牛、摩拉水牛和尼里-拉菲水牛7个品种的478头个体PON2基因第9外显子T98C位点进行多态性分析。结果表明,PON2基因外显子上共发现4个单核苷酸突变位点,但均未引起氨基酸的改变;第9外显子扩增大小为167bp的片段存在单链构象多态性。除鲁西牛和荷斯坦牛外,其它5个品种牛在该基因座位都处于Hardy—Weinberg平衡状态（P〉0．05）。鲁西牛、南阳牛、晋南牛和荷斯坦牛4个群体处于中度多态（0．25〈PIC〈0．50）,其它3个牛种为低度多态。除摩拉水牛和尼里-拉菲水牛不存在AA基因型外,其它5个牛品种中均存在AA、AB、BB3种基因型,但优势等位基因在7个品种牛群体中存在差异,基因型频率在鲁西牛和南阳牛中AA〉AB〉BB;晋南牛则3种基因型频率之比约为1：1：1;中国西门塔尔牛则出现严重的偏态,B等位基因为绝对优势等位基因;2种水牛中,BB基因型为优势基因型,B等位基因为优势等位基因。利用SAS9．1软件GLM过程分析基因型均值,用邓肯法（Duncan’s）进行基因型间的多重比较,将该基因座不同基因型与7个牛品种间和鲁西牛6个年龄组（n=238）进行了差异分析,结果表明,不同基因型在品种间存在极显著的差异（P〈0．01）;鲁西牛各年龄组与各基因型间差异不显著（P〉0．05）,但各种基因型间存在有着极显著的差异（P〈0．01）。结合各种基因型个体在不同年龄组间的变化趋势,AA型个体可能具有相对较长的使用寿命。     

新疆褐牛和中国荷斯坦牛POU1F1基因第六外显子多态性与产奶量的关联分析

以新疆褐牛和中国荷斯坦牛为研究对象.应用PCR-RFLP方法对POU1F1基因第6外显子的多态性及其与产奶量的相关性进行了分析.结果表明,新疆褐牛和中国荷斯坦牛的群体在该位点分别有2种等位基因(A/B),频率分别为0.43/0.57和0.33/0.67.B等位基因是优势等位基因.在新疆褐牛群体中,BB型个体的产奶量显著高于AA型(P<0.05).     

甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。     

牛肌肉生成抑制素基因第一内含子部分序列的遗传变异分析

应用PCR-SSCP分析方法,对88头肉牛的肌肉生成抑制素基因(MSTN)的第1内含子部分序列进行了多态性分析.结果发现,在MSTN基因第1内含子819～1 127bp处存在6种基因型,即AA、BB、CC、AB、BC和AD.对该多肽片段克隆测序,结果共存在4种等位基因A、B、C和D.经统计发现,在夏洛莱牛群体中,等位基因A出现的频率较高,达到78.37%,等位基因C的频率为0;在西门塔尔牛群体中,等位基因B的频率较高,为54.90%,而等位基因D的频率为0.     

南阳黄牛TLR2基因扩增及序列分析

根据GenBank中发表的牛TLR2基因序列设计引物,通过PCR方法对南阳黄牛的TLR2基因进行分段扩增并测序,拼接后得到包含TLR2完整编码区以及5′端和3′端非编码区的2399bp的全序列。序列分析结果表明,南阳黄牛TLR2基因开放阅读框全长2 355bp,共编码784个氨基酸。南阳黄牛的TLR2基因编码区与荷斯坦牛的相比发生了16个碱基突变,其中9个发生在胞外区,2个发生在跨膜区,5个发生在胞内区,没有引起氨基酸的改变。与GenBank已发表的其他动物TLR2基因参考序列进行比较,结果显示南阳黄牛与荷斯坦牛、野牛、水牛、山羊、绵羊、猪、大猩猩和人的同源性分别为99.3%、99.3%、98.0%、96.3%、95.5%、85.4%、83.2%和83.1%。TLR2N末端存在信号肽且可能在21位氨基酸处存在裂解位点,蛋白分子结构预测TLR2蛋白含1个跨膜结构域。     

牛肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性分析

应用PCR-SSCP分析方法,对94头肉牛(公牛45头:西门塔尔34头,夏洛来11头;母牛49头:西门塔尔24头,夏洛来25头)的肌肉生长抑制素(MSTN)3个外显子进行了多态性分析.结果显示,第1外显子存在2种基因型,分别为AA型和AB型.经测序发现,第1外显子4 bp处存在C→G的碱基突变,导致编码的氨基酸由谷氨酰胺(Gln)→谷氨酸(Glu).统计结果表明,等位基因B的含量低,而且只在西门塔尔品种内含0.026 6.利用SPSS软件作最小二乘分析,结果表明,B等位基因与西门塔尔牛的成年体质量和犊牛出生体质量呈显著正相关.     

Genetic differentiation among geographically isolated populations of Criollo cattle and their divergence from other Bos taurus breeds

The microsatellites HEL5, HEL9, INRA063, and BM2113 were used to analyze genetic similarities and differences of geographically isolated Criollo cattle herds in Mexico. Criollo cattle from five counties within the state of Chihuahua and one county from the state of Tamaulipas (n = 60) were sampled. The five counties in Chihuahua included Cerocahui (n = 14), Chinipas (n = 10), Guachochi (n = 15), Morelos (n = 30), and Temoris (n = 9). Samples of DNA were amplified by PCR and separated on a 7% polyacrylamide gel. Microsatellite size was established by comparison to M13mp18 DNA ladder and a documented set of four bovine controls. Allele frequencies and genotypic deviations from Hardy-Weinberg equilibrium were tested using the GENEPOP program. Eleven alleles were generated at HEL5 for the populations sampled (149 to 169 bp). Allele frequencies were greatest for the 163-bp allele in Criollo cattle from Cerocahui, Chinipas, Moralos, and Tamaulipas (0.23 to 0.5). Cattle from Guachochi had an allele frequency of 0.38 for the 151-bp allele, and cattle from Temoris had an allele frequency of 0.25 for the 149- and 167-bp alleles, with no 163-bp allele. Amplification with HEL9 produced 12 alleles (145, 149 to 169 bp) and showed common high-frequency alleles at 149, 157, and 159 bp for animals from all regions. The Chinipas population showed a moderate allele frequency at 145 bp; no other regions contained this allele. For INRA063 there were five alleles with 182 and 184 bp in low frequency. For BM2113 there were 10 alleles in the Criollo cattle (125 to 143 bp), with an equal distribution of frequencies for all alleles. In two regions, Guachochi and Morelos, genotypic frequencies deviated from Hardy-Weinberg equilibrium. Cattle from the Temoris region were genetically most distant from Criollo cattle of the other five regions.     

不同导血水平对夏南牛生长发育的影响

本研究把夏南牛各代次、各年龄段牛与南阳牛之间体重做了比较分析;同时与原保留对比试验组的含夏洛来牛血50%和25%的两组横交牛进行比较,结果表明:新品种牛公牛的0、6、12、18月龄四个年龄段与南阳牛相比,体重差异均为极显著(P<0.01).母牛在O、6、12、18、24、30、36月龄各年龄段与南阳牛相比,体重差异均为极显著(P0.05).     

南阳牛mtDNA D-loop序列多态性分析

本文以3头南阳牛线粒体DNA D-loop区910bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现，3头南阳牛D－loop区的核苷酸序列有3种单倍型。南阳牛1、2和3号D－loop区的平均核苷酸变异率分别为0.44%、4.84%和0.44%，其高变区的平均核苷酸变异率分别为0.81%、7.57%和0.00％。南阳牛1号的核苷酸变异类型只有转换一种式，南阳牛2号的核苷酸变异类型有转换、颠换、插入和缺失四种形式，南阳牛3号的核苷酸变异类型有转换和插入两种形式。在3头牛的核苷酸变异类型中，均以转换最常。说明南阳牛mtDNA D-loop区表现出丰富的核苷酸变异多态性。从线粒体D－loop区核苷酸序列的3种单倍型分析，提出南阳牛可能有两种不同的母系起源。     

夏南横交牛与南阳牛肉用性能对比试验

对10头18月龄左右未经育肥的夏南横交牛（含外血50.0%的3头,37.5%的4头,25.0%的3头）进行了屠宰试验,试验结果：屠宰率60.13%,净肉率48.84%,胴体产肉率82.63%,眼肌面积117.7cm^2,熟肉率58.66%,肌肉剪切力值2.61,肉骨比4.81:1,优质肉切块率38.37%,高档牛肉率为14.35%。与未经育肥的南阳牛相比,屠宰率和净肉率分别提高了7.93%和5.24%。表明：夏南横交牛产肉性能优于南阳牛,可用于生产高档牛肉。     

南阳牛生长性状相关基因组区域全基因组关联分析

本研究旨在筛选和鉴定与南阳牛生长性状相关的基因组区域和候选基因,从而更好地了解牛生长性状的遗传机制。试验共采集71头南阳牛母牛血样并提取基因组DNA,利用SLAF-seq（specific-locus amplified fragment sequencing）技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。对每头个体初生重及不同月龄（6、12、18、24、36）的体重、体高、体斜长、胸围和坐骨端宽及每6个月体增重等生长性状进行全基因组关联分析;获得显著相关的基因组区域后,对其中基因进行功能注释以筛选候选基因。结果显示,共获得141 755个筛选后的SNPs,通过全基因组关联分析鉴定出5个分别与12月龄体重（8号染色体：17 320 634~17 347 720 bp）、12月龄胸围（2号染色体：15 063 190~15 155 309 bp）、24月龄体斜长（11号染色体：60 727 342~81 425 987 bp）、36月龄坐骨端宽（14号染色体：15 635 762~15 643 272 bp）和12~18月龄体增重（26号染色体：40 456 192~40 456 477 bp）等生长性状显著相关的基因组区域（LOD≥6.35）。通过对5个基因组区域内的186个基因进行功能注释,共筛选得到11号染色体上的8个基因（BMP10、IFT172、SDC1、TCF23、TRIM54、RAB1A、VPS54和GDF7）与骨生长、肌肉发育和生长调控有关,建议其可优先作为牛生长性状相关候选基因进行进一步验证。     

两品种鹌鹑IGF-1基因的克隆测序及序列分析

根据GenBank中鸡胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因序列设计1对引物,对北京白羽蛋用鹌鹑和法国沙维玛特肉用鹌鹑IGF-1基因部分序列进行PCR扩增及克隆测序,获得的序列长度分别为806和804 bp。结果表明,所测的两段序列经GenBank中的BLAST分析与鸡(Gallus gallus)IGF-1基因同源性均为93%;在IGF-1基因核苷酸水平上,北京白羽蛋用鹌鹑与法国沙维玛特肉用鹌鹑的同源性为99.38%。     

应用灰色系统理论综合评估外来牛改良本地牛生长性能的研究

[目的]科学便捷地评价外来牛改良本地牛生长性能效果,为科学的引种改良提供依据.[方法]本文应用灰色系统理[结论] 分别对相同生长条件下的12月龄德南F1、皮南F1、夏南F1、利南F1的体高、体长、胸围、管围、体重5项指标进行分析,建立综合评估模型,并对其生长性能进行了综合评估.[结果]夏南F1、德南F1得分最高,综合生长性能最好.[结论]德国黄牛和夏洛来牛改良南阳本地牛效果最好,适宜在本土推广.