番茄种质资源亲缘关系的SSR分析

采用25对SSR特异引物对20份番茄材料进行分析,其中21对引物扩增出条带,18对引物具有多态性,扩增出的66条谱带中有52条具有多态性,多态率为78.8%。遗传距离分析结果表明：20份番茄材料两两间的遗传距离（GD）在1.489 2～9.180 6之间,遗传距离大于7的育种材料共有18份,其中No.1与No.15之间的遗传距离最大,为9.180 6。以遗传相似系数0.67为标准可将20份番茄育种材料划分为4大类。     

苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。     

基于SSR标记的黄桃种质资源亲缘关系分析

利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考.     

甜瓜种质资源亲缘关系的聚类分析

采用数量分类方法，对来源于国内外的48份甜瓜种质资源的17个农艺性状进行了聚类分析，研究其遗传亲缘关系。结果表明，供试材料在生态型上可分为两大类群，即厚皮甜瓜类群和薄皮甜瓜类群，其中厚皮甜瓜与薄皮甜瓜杂交的中间型在亲缘关系上与薄皮甜瓜更为接近，划入薄皮甜瓜类群中。厚皮甜瓜类群和薄皮甜瓜类群又分别划分为2个和6个品种群。     

基于SSR标记的杜鹃品种亲缘关系分析

杜鹃野生种花色多样、种类丰富,在杜鹃杂交育种中具有良好的应用前景,有必要对杜鹃种质资源的亲缘关系进行研究。现以19份野生杜鹃品种为试材,采用SSR分子标记技术,研究了19份野生杜鹃品种间的亲缘关系,以期为合理挖掘和利用杜鹃种质资源提供理论基础,为杂交育种亲本选择提供科学依据。结果表明:10对SSR引物共扩增出138条谱带,其中多态性谱带134条,多态性比率为97.06%。遗传相似系数(GS)在0.502 7~0.918 0,平均值为0.678 9,表明19份杜鹃品种的亲缘关系较远、具有较广泛的遗传基础。当相似系数为0.70时,19份参试材料划分为五大类群,与经典分类学一致。     

基于SSR标记的观赏桃亲缘关系分析

观赏桃种质资源丰富,遗传背景复杂,使用SSR标记进行鉴定评价,以期为观赏桃亲缘关系研究提供借鉴。以34份观赏桃品种、7份桃的近缘种和1份毛桃共42份种质为试材,利用16对位于李属植物参考图谱上的SSR标记进行观赏桃亲缘关系研究。结果表明,筛选出的16对SSR引物共扩增出124个清晰条带,多态性条带百分率为87.99%;...     

20份葡萄种质亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记对20份葡萄材料进行了基因组多态性分析,从245对引物中筛选出19对用于葡萄的SSR扩增。共扩增出144条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,20份葡萄材料的遗传相似系数为0.630～0.900,平均遗传相似系数...     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

基于SSR标记的浙江地方柚类种质资源遗传关系分析

【目的】对浙江地方柚类种质资源进行遗传多样性分析,为其搜集保护和合理利用提供参考。【方法】利用23对SSR引物进行遗传多样性分析并构建种质鉴定图。【结果】23对引物共检测到91个等位变异位点,变异范围为2~7,平均每对SSR引物可检测到4.0个等位位点;23个SSR位点的观察杂合度、期望杂合度和多态性信息含量分别为0.51、0.54和0.47。UPGMA聚类结果显示:18份供试材料在遗传相似性系数为0.71时分成A1~A3、B1、C1和D1共6个组群,其中A1组包括‘四季柚’‘红肉四季柚’和‘佛香柚’等7份种质,A2组包括‘永嘉红心柚2号’‘青田红心柚’和‘木兰柚’3份果肉颜色为粉红色的种质,A3组包括‘处红柚’‘永嘉红心柚1号’‘古磉柚’和‘官南红柚’4份果肉颜色为红色的种质,‘官南土柚’和‘文成红心柚’自成B1和C1组,‘常山胡柚’和‘槾文柑’2个杂种柚类型聚为D1组。【结论】浙江地方柚类种质资源有丰富的遗传多样性,基于AG14、CAG01、CMS-16和CMS-26 4对引物组合构建浙江地方柚类资源的种质鉴定图,可将18份柚类种质进行区分。     

应用SSR标记进行部分黄肉桃种质鉴定和亲缘关系分析

以116份黄肉桃种质和19份其它桃或桃近缘种种质为试材,利用定位于李属参考图谱上的SSR标记,进行遗传多样性评价及亲缘关系分析。SSR扩增结果表明,筛选出的28对SSR引物共扩增出206个等位基因,其中多态性等位基因159个（占76.56%）。聚类结果表明,在相似系数为0.82时,黄肉桃资源在聚类图上呈两组：美洲、欧洲和亚洲育成黄桃品种聚为一组（Ⅰ）,中国地方黄桃品种中唯‘西安杏瓤桃’和‘天津黄肉’出现在这一组;来源于云南、华北、西北地区的中国地方黄桃品种聚为另一组（Ⅱ）。在相似系数为0.87时,育成黄桃品种（Ⅰ）分为8个亚组,美洲育成品种分布在所有8个亚组中,欧洲育成品种分布在Ⅰ-2、Ⅰ-3和Ⅰ-4亚组,而亚洲育成品种仅分布在Ⅰ-3和Ⅰ-4亚组;亲本相同的育成品种在聚类图中临接或出现在较近的位置,育成品种的聚类结果与品种的系谱关系基本吻合。在相似系数为0.87时,中国地方黄桃品种分为7个亚组,西南黄桃和西北黄桃存在一定的组群界限,来自西南的黄桃地方资源主要分布在Ⅱ-1和Ⅱ-5亚组,而来自西北的黄桃地方品种主要出现在Ⅱ-2、Ⅱ-4和Ⅱ-7亚组。品种群的聚类结果表明,亚洲育成品种与美洲育成品种间亲缘关系最近,其次为欧洲育成品种;中国地方黄桃品种与育成品种间亲缘关系较远。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR（Simple Sequence Repeat）标记技术对42份蔷薇属（Rosa L.）种质资源（包括13份野生种、变种、变型及29份栽培品种）的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~14个,平均8.2个。材料间遗传相似系数变化范围为0.282~0.892,表明在分子水平上云南省蔷薇属植物具有丰富的遗传多样性。本研究发现,在相似系数为0.456时,基于SSR标记的聚类分析可以将 13个蔷薇野生种明显分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0.43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群;同时初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的遗传亲缘关系。     

枳属种质遗传多样性及其与近缘属植物亲缘关系的SSR和cpSSR标记分析

 应用核基因组SSR和叶绿体基因组SSR,分析了枳属28份枳及枳杂种种质的遗传多样性及其与近缘属植物的亲缘关系。核基因组SSR分析表明普通枳的遗传差异明显,22个SSR位点的平均多态性信息含量（PIC）为0.51,平均期望杂合度为0.52,表明中国枳种质资源具有较丰富的遗传多样性。在遗传距离约0.16时,22份普通枳可以分成4个类型。叶绿体基因组SSR分析则发现普通枳间基本无差异,表明以母系遗传为特征的枳叶绿体基因组相对保守。富民枳与普通枳无论是在核基因组还是在叶绿体基因组上均存在较大差异,支持富民枳种的地位。SSR和cpSSR结合使用可比较准确地鉴定枳杂种。     

黄瓜23对高多态性SSR标记的筛选与评价

 目前在黄瓜种质研究中仍然缺乏可用的引物。利用黄瓜基因组连锁遗传图谱开发的995对备选SSR引物,挑出在7条染色体上均匀分布且能扩增出清晰稳定单一条带的多态性引物23对,并利用这些引物对黄瓜种质遗传多样性进行了探讨。通过来自不同国家和地区的30份代表性黄瓜种质资源进行SSR扩增分析,从中能够得到153条多态性条带。不同引物分析得到的种质遗传多样性差异较大,供试种质间平均期望杂合度为0.57,平均PIC值（多态性信息量）为0.60。23对引物可以清晰检测出亚洲、欧美和印度群体遗传多样性,较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息。     

金柑属及其近缘属植物亲缘关系的SSR分析

用SSR标记分析了金柑属(Fortunella)及柑橘属(Citrus)植物的亲缘关系。选取的22对柑橘属SSR引物中,有14对能在所有材料中扩增出带纹,表明柑橘属SSR引物在金柑属植物上具有一定的通用性。在18个材料中扩增得到275个位点,平均每对引物扩增出19.7个位点。用NTSYS-PC软件进行分析,结果表明,金柑属植物与宽皮柑橘的亲缘关系很近;SSR聚类结果支持长寿金柑种的地位;支持宁波金弹、融安金弹、蓝山金柑均为金弹的栽培种的结论。为金柑属种质的保存、育种和分类提供了分子水平上的依据。     

柿野生雄性资源调查及其遗传多样性研究

柿（Diospyros kaki Thunb.）雄性种质资源非常稀缺,系统收集和梳理国内外现有雄性资源,阐明其遗传多样性并揭示其与主栽甜、涩柿品种及近缘种的亲缘关系,对雄性种质资源的高效利用有重要意义。在全国范围内开展柿野生种质资源调查,在湖北、广西、江苏等地发现野生雄性种质资源共计90余份。利用15对SSR引物对47份柿完全雄性资源、2份雄全同株资源和11份中国雌雄同株资源进行遗传多样性分析,以67份完全雌性资源、38份日本资源（其中包括25份雌雄同株资源）以及28份近缘种为对照。结果表明：15对引物共获得144个等位基因和316个基因型,平均每个引物获得9.60个等位基因和21.07个基因型,其中位点ssrDK11/DQ097479 遗传变异程度最高。从地理分布来看,柿雄性资源在适生的野外山区普遍存在,其中湖北木兰山来源的雄性资源遗传多样性最高,陕西省来源的雄性资源遗传多样性最低。UPGMA和ME聚类方法分别将193份资源分为16组和12组,两种聚类结果反映的总体规律类似：（1）各来源地间的野生雄性资源存在着一定程度的遗传隔离;（2）湖北木兰山野生雄性资源被分为遗传关系较远的两类,一类与江西、江苏、湖南野柿及‘火晶’等主栽涩柿品种和‘耀县五花柿’等雌雄同株涩柿品种亲缘关系较近,另一类与云架山雄性资源和罗田甜柿（包括‘甜宝盖’）亲缘关系较近;（3）大部分日本来源的柿资源可被单独聚为一类。     

贵州樱桃种质资源的ISSR分析

 以64份贵州地方樱桃（Prunus pseudocerasus L.）种质资源及栽培品种黑珍珠为试材进行ISSR分析。结果表明：用从90条ISSR引物中筛选出的21条稳定性强、条带清晰及多态性丰富的引物进行PCR扩增,共获得228个标记,其中多态性标记为199个,多态性比例为87.28%;采用NTSYS 2.01软件计算,相似系数为0.49 ~ 0.90,表明贵州地方樱桃资源的多样性丰富;UPGMA聚类分析显示,毕节、遵义及黔南等地资源具有丰富的多样性,尤其毕节地区拥有大量品质优良的资源,可作为品质育种的亲本。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定

对中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,发现了7 197个SSR位点,总的发生频率为15.62%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高(58.65%),三核苷酸次之(34.72%)。利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析,结果表明有效等位基因数最大值为2.92(Pp SSR2),最小值为1.09(Pp SSR8),平均值为1.73;香农多样性指数变化范围是0.202~1.290,平均值为0.755。观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083~0.917和0.082~0.671;平均值分别为0.391和0.384。香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点Pp SSR2,最小值出现在位点Pp SSR8。基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致,但聚类结果清晰地划分出5个不同组别,说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富。两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同,它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系,该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料,有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景。     

野生毛花猕猴桃果实表型性状及SSR遗传多样性分析

以江西省武功山境内的70份野生毛花猕猴桃种质资源为试材,对其果实表型性状、SSR遗传多样性及其亲缘关系进行分析和评价。根据UPOV（国际植物新品种保护联盟）公布的猕猴桃属品种测定标准对供试材料的果实表型性状进行观测。参照猕猴桃遗传连锁图谱,选用分布于中华猕猴桃基因组中的70对SSR引物对供试材料进行多态性分析。结果表明,在70对引物中,21对引物成功扩增出多态性片段。随机采集的70份野生毛花猕猴桃种质资源中,其果实表型性状和DNA分子水平均存在丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析将供试的野生毛花猕猴桃资源分为果实圆形和椭圆形混合组、果实椭圆形组以及果实圆柱形组。21对多态性高的SSR引物共检测出127个等位变异位点,变异范围在2 ~ 12之间,平均每对SSR引物可检测到6.04个等位位点。遗传相似系数（GS）变异范围为0.5306 ~ 0.9252。GS值在0.65水平上UPGMA聚类分析可将供试的野生毛花猕猴桃种质资源划分成Ⅰ、Ⅱ和 Ⅲ 共3个组,这与果实表型性状分析的结果基本一致。这些遗传变异丰富的种质资源可为猕猴桃育种提供有价值的材料。