O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR/Cas系统结构的生物信息学分析

为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列（clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR）分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列、CRISPR位点位置、CRISPR的侧翼序列及cas基因簇的序列范围,利用多序列比对、启动子预测和RNA二级结构预测等方法分析细菌中CRISPR系统的特点。结果显示,O157∶H7型大肠埃希菌的基因组存在3个CRISPR位点（CRISPR1、CRISPR2和CRISPR3）,每个CRISPR位点上的序列一致;CRISPR1和CRISPR2的重复序列可形成茎环状结构,环上的碱基易发生变化;CRISPR2中存在一段长451 bp的序列（命名为序列X）,该序列X将CRISPR2分为2个部分CRISPR2a和CRISPR2b,其碱基A和T比例为74%,在91株O157∶H7型大肠埃希菌中均存在该序列,在该序列中可预测出至少有1个启动子和9个转录因子结合位点;侧翼序列中的疑似前导序列位于CRISPR2下游,序列长340 bp,其碱基A和T比例为69%,在92株O157∶H7型细菌中均存在该序列,其可预测出至少有1个启动子和3个转录因子结合位点;在20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列中,有15株具有完整的cas基因簇,有5株缺乏cas3基因。本试验结果表明,O157∶H7型大肠埃希菌的CRISPR系统结构稳定,序列具有较高保守性,cas基因簇也相对保守。CRISPR2的结构与其他类型大肠埃希菌有较大差别。本研究发现的序列X在O157∶H7型大肠埃希菌分布广泛且序列保守,可作为鉴定O157∶H7型大肠埃希菌的潜在分子靶标。     

O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR/Cas系统结构的生物信息学分析

为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列、CRISPR位点位置、CRISPR的侧翼序列及cas基因簇的序列范围,利用多序列比对、启动子预测和RNA二级结构预测等方法分析细菌中CRISPR系统的特点。结果显示,O157∶H7型大肠埃希菌的基因组存在3个CRISPR位点(CRISPR1、CRISPR2和CRISPR3),每个CRISPR位点上的序列一致;CRISPR1和CRISPR2的重复序列可形成茎环状结构,环上的碱基易发生变化;CRISPR2中存在一段长451 bp的序列(命名为序列X),该序列X将CRISPR2分为2个部分CRISPR2a和CRISPR2b,其碱基A和T比例为74%,在91株O157∶H7型大肠埃希菌中均存在该序列,在该序列中可预测出至少有1个启动子和9个转录因子结合位点;侧翼序列中的疑似前导序列位于CRISPR2下游,序列长340 bp,其碱基A和T比例为69%,在92株O157∶H7型细菌中均存在该序列,其可预测出至少有1个启动子和3个转录因子结合位点;在20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列中,有15株具有完整的cas基因簇,有5株缺乏cas3基因。本试验结果表明,O157∶H7型大肠埃希菌的CRISPR系统结构稳定,序列具有较高保守性,cas基因簇也相对保守。CRISPR2的结构与其他类型大肠埃希菌有较大差别。本研究发现的序列X在O157∶H7型大肠埃希菌分布广泛且序列保守,可作为鉴定O157∶H7型大肠埃希菌的潜在分子靶标。     

肠出血性大肠埃希菌O157:H7多重PCR检测方法的建立

为建立肠出血性大肠埃希菌O157:H7的多重PCR检测方法,针对O157菌特异性eaeA基因、fliC基因、志贺毒素基因(stx1和stx2)及rfbE基因设计5对引物,构建多重PCR反应体系,优化反应的引物浓度和温度检测其特异性和敏感性,并对牛、猪、鸡及犬等不同动物来源的样品进行了大肠埃希菌O157检测。结果显示,该方法具有良好的特异性和敏感性,敏感性达到5×10~3CFU。从检测阳性样本中均分离到目的菌。应用建立的方法在确定样品中是否含有大肠埃希菌O157的同时,还能对菌株毒力进行初步判定。成功建立了肠出血性大肠埃希菌O157:H7多重PCR检测方法,为该病原菌感染的预防和监测提供了简便、快速的技术手段,具有良好的应用前景。     

新疆伊犁某肉牛场大肠埃希菌及其毒力基因的检测

为了解新疆伊犁某肉牛场潜在的致病性大肠埃希菌,对新疆伊犁地区某养殖场2013年秋季和2014年夏冬两季的饲草料和粪样及定点屠宰场2013年和2014年秋季屠宰加工环节的样品进行大肠埃希菌的分离鉴定,采用PCR方法检测大肠埃希菌毒力基因(stx1和stx2、eae)存在的数量。结果表明,该养殖场饲草料样品在夏季、秋季、冬季的大肠埃希菌分离率分别为44.8%、31.4%和6.0%,其毒力基因的检出率为3.6%;该养殖场粪样样品在夏季、秋季、冬季的大肠埃希菌分离率分别为70.7%、75.0%和74.4%,其毒力基因的检出率为23.5%;定点屠宰场在加工环节样品中2013年和2014年秋季的大肠埃希菌分离率为32.4%和32.5%,只有1株菌株携带有毒力基因stx1和stx2,检出率为4.2%。新疆伊犁地区不同季节对饲草料中大肠埃希菌的污染分布具有影响,粪样中具有比较稳定的大肠埃希菌数量,其毒力基因的检出率最高。     

屠宰场分离大肠埃希氏菌O157:H7药敏试验及耐药基因分析

为了解2018年-2019年从广东省内生猪屠宰场分离的19株大肠埃希氏菌O157:H7耐药情况,采用微量肉汤稀释法测定阿莫西林等16种抗菌药物对分离菌株的最小抑菌浓度(MIC),并用普通PCR法检测blaNDM-1等10种耐药基因。结果表明,19株大肠埃希氏菌O157:H7分离菌株对不同抗生素存在耐药差异,其中对阿莫西林、氨苄西林、青霉素、氯霉素和恩诺沙星的耐药率均为100%,对头孢哌酮的耐药率最低为5.26%,其余10种抗菌药物的耐药率位于31.58%～84.21%之间;mcr-1、tetM、floR和rmtB 4种耐药基因未检出,blaNDM-1等6种耐药基因检出率范围为5.26%～89.47%。生猪屠宰场大肠埃希氏菌O157:H7耐药且多重耐药严重,分离株携带丰富的耐药基因。     

大肠埃希菌O157∶H7 eae A基因的克隆及其表达质粒的构建

采用自行设计的引物,应用PCR方法直接从广东分离株大肠埃希菌O157∶H7021210的染色体DNA中扩增出eaeA基因的完整阅读框,得到了一条大小约为2 800 bp的基因片段。T-A克隆后将其亚克隆至原核表达载体pET-28a( ),经PCR鉴定、酶切鉴定及核苷酸序列测定,证实成功构建原核重组表达质粒pET-eaeA。大肠埃希菌O157∶H7 eaeA基因的克隆及原核表达质粒的成功构建,为下一步进行诱导表达、活性鉴定及eaeA基因表达蛋白诊断抗原的研制奠定了基础。     

奶牛犊牛腹泻源大肠埃希氏菌耐药情况及LEE相关基因的检测

为了明确宁夏地区奶牛犊牛腹泻源性大肠埃希氏菌的分离率、耐药情况和LEE毒力岛eaeA和ler基因的携带情况,采集宁夏5市16个规模化奶牛场1～2月龄犊牛病理性腹泻样本157份,采用微生物学方法培养、VITEK 2 Compact生化鉴定和PCR鉴定,应用PCR方法进行分离株LEE相关基因检测。结果分离鉴定到大肠埃希氏菌62株,对四环素耐药率为100%,对阿莫西林、氟苯尼考、哌拉西林等9种药物的耐药率大于90.00%,对阿米卡星较为敏感,耐药率为11.29%;LEE毒力岛eaeA基因的检出率为11.29%(7/62),ler基因的检出率为79.03%(49/62),二者同时检出率为3.23%(2/62)。结果表明,LEE的存在,可能是某些奶牛场犊牛腹泻大肠埃希氏菌病的原因之一,建议临床治疗犊牛腹泻大肠埃希氏菌病可以首选阿米卡星。     

动物及动物产品中大肠埃希氏菌O157带菌情况的调查

大肠埃希氏菌O157（Escherichia coli O157）是一种出血性致病性大肠杆菌,能引起人类出血性腹泻和溶血性尿毒综合征,其感染已成为世界性公共卫生问题。1982年美国首次报道了大肠埃希氏菌O157：H7引起的出血性肠炎暴发,此后世界各地相继有由该菌所致疫情的报道,尤其在1996年5～8月日本发生了迄今为止最大的一起O157：H7大肠埃希氏菌的流行,累积患者近万人。     

蛋源大肠埃希菌的分离鉴定及毒力基因和耐药基因检测

为了调查鸡蛋中大肠埃希菌的感染情况,为生产实践提供参考,从昆明市区鸡蛋中分离出了3株大肠埃希菌,并对其毒力基因、耐药基因、动物致病性及药物敏感性进行了研究。结果表明,菌株KM1携带的毒力基因检出率75%,耐药基因检出率77.3%;菌株KM2携带的毒力基因和耐药基因检出率居中;菌株KM3毒力基因检出率91.7%,耐药性基因检出率50%。动物毒力检测结果 KM1为不致病菌株,KM2为低致病菌株,KM3为中度致病菌株。药敏试验结果显示,分离菌株对头孢噻肟、头孢曲松钠敏感,对庆大霉素、氨苄西林等具有不同程度的耐药性。中草药对3株大肠埃希菌的抑制效果各有所不同,相比之下连翘与松针的效果较好。本试验为研究昆明市区鸡蛋中大肠埃希菌污染与防控提供了理论依据。     

奶牛粪样中致病性大肠埃希菌的分离与鉴定

大肠埃希菌血清型众多,一些具有特殊血清型的大肠埃希菌对人和动物有致病性。本试验从包头市侯家营奶牛场77头外表健康成年泌乳荷斯坦奶牛采集新鲜粪样,进行细菌分离培养,共分离到疑似大肠埃希菌69株,经过形态观察、生化鉴定、动物致病性试验和血清型鉴定,其中12株为致病性大肠埃希菌,均为强毒株,占分离菌数的17.4%,另57株为非致病性大肠埃希菌,占分离菌数的82.6%。同时对12株致病性大肠埃希菌进行了"O"血清型鉴定,分属7种血清型O78、O6、O9、O98、O1、O8、O149,分别占定型菌株的25.0%(3/12)、8.3%(1/12)、16.7%(2/12)、8.3%(1/12)、8.3%(1/12)、8.3%(1/12)、25.0%(3/12)。