香蕉果实果胶裂解酶基因cDNA克隆及序列分析

利用已报道果胶裂解酶基因的保守序列设计简并引物,进行RT-PCR,得到1个大约1300bp的香蕉果胶裂解酶基因cDNA片段,命名为MA-pl。DNA序列分析表明:MA-pl片段全长1277bp,包含1个882bp的开放读码框(ORF),编码294个氨基酸;其具有所有果胶裂解酶共有的保守区域:钙协调部位(Asp72,Asp74,Asp96,andAsp100)、酶活性位点(Arg152,Pro154,Arg157)及3个重要的结构域(motifI:WVDH,motifII:DGLVDAVMGSTAITVSNNYF,motifIII:LYQRMPRCRHGYFHVVWNDY);MA-pl氨基酸序列与草莓-1、葡萄、草莓-2、拟南芥、苹果、香蕉(banana-1)的相似性分别为85.8%、74.2%、79.7%、78.6%、72.4%和71.4%。     

铁皮石斛热激蛋白HSP70家族基因鉴定及温度胁迫下的表达分析

为研究铁皮石斛(Dendrobium catenatum Lindl.)应对温度胁迫的响应机制,利用生物信息学方法对其热激蛋白HSP70家族基因进行鉴定。荧光定量PCR技术分析它们的组织表达特性,以及在高温(42℃)和低温(4℃)胁迫下的表达模式。从其基因组中鉴定出10个家族成员,其编码的氨基酸数在628～702之间,分子量在69.65～75.15 k D,理论等电点在5.12～6.18之间。进化树分析可将这10个蛋白分为4个亚族,且每个亚族蛋白的保守基元相似。基因结构分析表明,HSP70的内含子数量为1～7不等。HSP70在铁皮石斛中的表达具有组织特异性,在合蕊柱中最高。低温处理铁皮石斛组培苗后,DcHSP70-1和DcHSP70-7呈上调表达,推测其响应低温胁迫;高温胁迫下,Dc HSP70-2、DcHSP70-3、DcHSP70-5和DcHSP70-7的表达量上调比较明显,推测它们在响应高温胁迫中起主要作用。     

香蕉抗逆相关基因MaERF的克隆与表达分析

 根据已获得的AP2/ERF基因片段,通过RACE方法获得一个香蕉ERF基因完整编码区序列,命名为MaERF。该基因cDNA全长1 611 bp,其中开放阅读框1 128 bp,编码376个氨基酸,包含一个保守的AP2/ERF结构域,基因组序列全长2 881 bp,含有一个内含子,剪切位点符合“GT-AG”规则;系统进化树表明该基因属于植物ERF转录因子家族的B2亚群。半定量RT-PCR分析表明,该基因在香蕉各个器官中均有表达,其中在根和叶中的表达量较低,而在果实和花中的表达较高;实时荧光定量Real-time PCR检测表明,受尖孢镰刀菌侵染及低温胁迫后,香蕉中该基因表达明显上调,推测其在香蕉胁迫反应中可能发挥重要作用。     

香蕉果实MaGBSSI基因家族的克隆及表达分析

以"巴西"蕉(Musa acuminata L.AAA group cv.Brazilian)为试材,利用同源克隆法获得4个颗粒结合淀粉合成酶I(Granule-Bound Starch Synthase I,GBSSI)基因家族成员的cDNA全长,运用MEGA 5.05软件进行聚类分析,并通过quantitative real-time PCR(qPCR)技术检测MaGBSSI基因家族成员在香蕉果实不同发育时期及成熟阶段和不同组织中的表达情况。结果表明:香蕉4个MaGBSSI基因家族成员MaGBSSI-1、MaGBSSI-2、MaGBSSI-3、MaGBSSI-4的cDNA全长分别为1 851、1 851、675、1 845bp,登录号分别为KF512020、KF512021、KF512022、KF512023。聚类分析发现,香蕉MaGBSSI基因家族与其它植物GBSSI基因同源性达65%。qPCR分析发现,MaGBSSI-1、MaGBSSI-2、MaGBSSI-4在香蕉根、球茎、叶片和苞片等营养器官中明显上调表达,而MaGBSSI-3在花、果皮、果肉等生殖器官中表达量比较高,在根、球茎及叶片中几乎不表达。香蕉果实发育过程中,MaGBSSI-1、MaGBSSI-2、MaGBSSI-4在0~30d明显上调表达,而MaGBSSI-3在香蕉果实发育30~60d表达量比较高,在0~30d几乎不表达,且随着果实的成熟,MaGBSSI-3表达量逐渐下降。研究结果为阐明香蕉果实的直链淀粉生物合成及降解机制并对其进行表达调控奠定了基础。     

香蕉束顶病毒DNA组分的克隆及其重要特征序列分析(英文)

克隆得到1条新的香蕉束顶病毒(BBTV)6核苷酸全序列,对其进行序列分析发现,该序列含有2个主要的特征序列CR-SL(Stem-loop common regions)和CR-M(Major common regions)。BBTV6氨基酸进化树结果显示其分成2大类。将6种BBTV组分的序列进行比较发现,6种组分内核苷酸和氨基酸的最高相似性分别为96.10%和98.27%,6种组分间核苷酸和氨基酸最高相似性分别为70.78%和56.24%。6种BBTV组分的核苷酸及其氨基酸进化树将所有分离物按照组分类别分成6组,而6种BBTV组分的CR-M核苷酸序列进化树将所有的分离物按照地域分成2大类。对BBTV的6种组分的蛋白质进行分析,结果表明,各种组分蛋白质的二级结构和理化性质有明显的差异。     

香蕉谷胱甘肽过氧化物酶基因MaGPX 的克隆和表达分析

 谷胱甘肽过氧化物酶（glutathione peroxidase,GPXs）是机体内广泛存在的一种重要的过氧化物分解酶,是植物体清除活性氧的一种主要酶,与植物抗逆性密切相关。本研究中从香蕉根中克隆了一个编码谷胱甘肽过氧化物酶的cDNA,命名为MaGPX（GenBank 登录号为：JX094345）。序列分析结果表明,该基因全长989 bp,存在一个完整的开放阅读框504 bp,编码168 个氨基酸。氨基酸序列分析表明其具有GPX 家族典型的保守结构域。与其他植物的谷胱甘肽过氧化物酶基因相比,具有较高的相似性。与水稻、谷子、小麦、大麦、玉米和甜橙编码的氨基酸序列的同源性分别为85.12%、84.82%、83.93%、83.33%、82.14%和80.36%。利用荧光定量PCR 技术分析了该基因在香蕉不同器官中的表达特异性及不同胁迫条件下的表达特性,结果表明,MaGPX 在香蕉的根、球茎、叶片、花和果实中均有所表达,其中在花和根中表达量较高,而在叶片中的表达量最低。在盐、涝害、干旱和枯萎病胁迫下MaGPX 表达量升高,表明该基因表达具有器官差异性和受胁迫的诱导。本研究为进一步研究MaGPX 的生物学功能及其应用奠定了基础。     

黄瓜液泡膜H+-PPass基因CuPPase的cDNA克隆、序列分析与表达

 利用GenBank 登录的植物液泡膜焦磷酸酶氨基酸保守区序列设计简并引物,利用RT-PCR 和RACE-PCR 技术从黄瓜叶片中获得了一个液泡膜H⁺-PPase 基因,命名为CuPPase,GenBank 注册号为GQ223786。CuPPase 蛋白与南瓜、绿豆同源性最高,分别为94%,92%。生物信息学分析表明,该基因全长2 650 bp,开放阅读框（ORF）2 307 bp,编码768 个氨基酸;CuPPase 蛋白大小约80 kD,理论pI值为5.32。该基因有14 个强的跨膜螺旋结构,PlantCare 分析结果显示该基因序列具有脱落酸诱导、生长素诱导、赤霉素诱导、水杨酸诱导、低温诱导、干旱诱导的顺式作用元件。RT-PCR 表明,CuPPase 在叶和根中表达较高,茎中表达较低。CuPPase表达受盐胁迫以及高温、低温胁迫诱导,但与处理时间有密切关系,其表达均表现先升高后降低的趋势。     

香蕉ACC氧化酶基因(MAO3)的克隆及其表达特性分析

 根据同源扩增得到香蕉(Musa acuminata) ACC氧化酶基因(MAO3) 的核心部分, 再通过3'和5'RACE扩增上、下游序列以及Genome-Walker的方法得到启动子部分, 共获得3 718 bp长度的序列。将所得结果进行聚类分析, 发现香蕉中ACC氧化酶的氨基酸序列非常保守, 各序列间的同一性高达99% ,与单子叶植物和双子叶植物中ACC氧化酶的氨基酸序列的同源性在66.7%～71.8%之间。组织原位杂交试验表明MAO3基因的表达具有组织特异性, 初步认为是在韧皮部筛管组织中特异表达。运用实时荧光定量PCR技术, 实时监测到了MAO3基因和香蕉乙烯受体基因ERS2受机械伤诱导的定量变化。     

萝卜过氧化物酶基因片段的cDNA克隆及花期表达谱分析

通过研究过氧化物酶(POD)活性在心里美萝卜花期的变化以及萝卜POD基因的结构,探讨POD的基因结构和功能之间的关系。测定了萝卜花期 不同时间各个部位中POD活性,用改进的半定量RT-PCR分析了过氧化物酶基因(Rsprx)的表达谱,并通过RT-PCR克隆过氧化物酶基因的cDNA片段。结 果表明,心里美萝卜花期不同器官中的POD活性具有明显的变化,地上部分和地下部分POD活性差异显著,在结荚期的木质部II中达到峰值（17.53± 0.35）×10³ U•g^-1(FW)。不同器官中Rsprx的表达差异明显,花蕾和荚中表达最强。从花蕾和荚中得到4个长度为400 bp左右的cDNA克隆片段,序列 比对结果显示,与棉花的花器官过氧化物酶基因Ghpod具有较高的同源性和结构相似性。因此认为POD与萝卜花期生长发育有一定的关系,且有多种 过氧化物酶基因在该过程中表达。     

石榴果皮DAHPS基因的克隆与生物信息学分析

以‘泰山红’石榴果实为试材,利用RT-PCR技术克隆石榴果皮DAHPS部分基因并对其进行了生物信息学分析。结果表明:获得1 373bp的DAHPS基因cDNA片段编码393个氨基酸,其氨基酸序列与甜橙(XP_006472576.1)、白梨(XP_009372963.1)、葡萄(NP_001268096.1)、苹果(XP_008386115.1)的相似性分别为94%、93%、92%、92%;预测蛋白质理论分子量约为44kDa,等电点为9.00,具有Cys-Ser-Ala-His保守区和典型的DAHP_synthe_2超家族保守结构域,为亲水性和跨膜蛋白,不是分泌蛋白;蛋白质二级结构主要由无规则卷曲(40.97%)、α?螺旋(38.17%)、伸展链(12.47%)和β?转角(8.40%)组成。GenBank登录号为KU198932。该研究结果为揭示石榴果实中没食子酸的代谢机理奠定了理论基础。     

柑橘钙调蛋白cDNA的克隆及序列分析

 以温州蜜柑(Citrus unshiu Marc. ) 幼果cDNA第1链为模板, 参照大麦钙调蛋白基因序列(Accession No. M27303) 合成5p端和3p端引物, 以PCR的方法扩增得到柑橘钙调蛋白cDNA, 将其克隆到PMD182T载体上并进行测序。序列分析表明, 柑橘钙调蛋白cDNA全长453 bp, 共编码148个氨基酸, 与大麦和大豆钙调蛋白基因的同源性均高达83%以上, 所编码氨基酸序列同源性达97%以上。以该cDNA作探针进行点杂交, 得到良好的杂交信号。     

Cloning and expression of mouse canstatin cDNA in E.coli

AIM: To clone and express mouse canstatin (m canstatin) cDNA and provide a basis for the further research on its anti-angiogenic activity and potential application for cancer therapy. METHODS: Total RNA was extracted from mouse liver tissue by Trizol Reagent, and mouse canstatin cDNA was amplified by RT- PCR, then cloned into vector pMD18-T for sequencing. pET30a(+)-m canstatin recombinant plasmid was constructed and expressed in E.coli BL21 with induction of IPTG. RESULTS: Mouse canstatin cDNA is 684 bp coding 227 amino acids. The sequences of both cDNA and amino acid share high homology with human canstatin, with cDNA identity at 89% and amino acids identity at 96% to human canstatin. In the present study, pET30a(+)-m canstatin recombinant plasmid was expressed in E.coli BL21. CONCLUSION: Mouse canstatin cDNA has been cloned for the first time. Constructed pET30a(+)-m canstatin recombinant plasmid is highly expressed in E.coli BL21.     

桃叶片β- 半乳糖苷酶基因全长cDNA克隆及原核表达

 利用RT-PCR和RACE技术, 从蟠桃(Amygdalus persica var. compressa Bean) 中克隆出3 285 bp的β - 半乳糖苷酶基因cDNA全长, GenBank登录号为AY874412。该cDNA 2 559 bp, 编码853个氨基酸。将其插入到大肠杆菌表达载体pET-32a ( + ) 中, 转化BL21 trxB (DE3) , 筛选重组菌株。经IPTG诱导表达后, SDS-PAGE呈现约115 kDa特异表达条带。并通过体外酶促反应分析表达的融合蛋白的生物活性。     

翠冠梨PG基因家族两成员的克隆及其表达与货架期果实软化的关系

以早熟砂梨翠冠果实为材料,克隆了多聚半乳糖醛酸酶（PG）基因家族中的两成员功PGj和PpPG2。PpPGI cDNA序列全长1793bp,开放阅读框为287-1666bp,DNA序列长2757bp,包括8个外显子和7个内含子,编码一个含有459个氨基酸残基的蛋白,预测的等电点（pI）为8．47,估计的相对分子质量为49...     

香蕉WAT1基因的鉴定及表达分析

【目的】基于香蕉基因组数据筛选Walls are thin 1(WAT1)基因,分析它们的序列及表达特性。【方法】以拟南芥WAT1为参考序列,通过本地Blast筛选获得香蕉WAT1基因,分析其核苷酸、启动子及编码蛋白特性,并利用实时定量PCR技术研究其在不同组织部位、不同激素和逆境胁迫处理下的表达情况。【结果】筛选获得5个香蕉WAT1基因(命名为MaWAT1-1~5)。蛋白亚细胞定位预测结果显示,MaWAT1-1、MaWAT1-2、MaWAT1-4主要定位在液泡和细胞膜上,MaWAT1-3主要定位在细胞质和细胞膜,MaWAT1-5定位在细胞膜和叶绿体。基因结构分析和系统进化树分析均将MaWAT1s分为两组,MaWAT1-1、MaWAT1-2、MaWAT1-4聚为一组(含6个外显子和5个内含子),MaWAT1-3和MaWAT1-5归为一组(含7个外显子和6个内含子)。启动子顺式作用元件分析结果显示:MaWAT1s启动子含有大量激素和胁迫响应相关元件。实时定量PCR结果显示,MaWAT1-4在叶片中表达量最高,MaWAT1-1在根和假茎中表达量最高,其余均在根中表达量最高;大多数MaWAT1s的表达受GA3、SA、盐胁迫和干旱等显著诱导,受高温显著抑制,同时部分成员的表达受IAA、ABA、JA、低温、机械损伤和枯萎病影响显著。【结论】MaWAT1s的表达受多种激素和逆境影响显著,可能在香蕉生长发育和抗逆防御反应中发挥着重要作用。     

荔枝胚败育差异表达基因cDNA 片段的克隆及序列分析

 利用抑制消减杂交(Suppressive subtraction hybridization , SSH) 克隆荔枝败育胚的差异表达基因cDNA 片段。分别以荔枝‘桂味’正常发育胚为driver (驱赶子) , 败育胚为tester (检测子) , 建立差异表达cDNA 文库, 代表桂味败育胚特异表达的cDNA。经Virtual Northern 检测, 在桂味正常发育胚/ 败育胚差异表达cDNA 文库中得到3 个阳性克隆, 序列分析表明这3 个克隆对应的两个序列在荔枝中为首次报道。     

甜菜BvCK2基因全长cDNA的克隆和序列分析

甜菜M14品系在细胞胚胎学和遗传学特征上具有鲜明的无融合生殖现象。为了寻找在这一特殊的生殖过程中的相关基因及其调控作用．实验通过同源克隆及cDNA末端快速扩增（RACE）的方法,首次从甜菜M14品系中克隆了与生殖相关的基因ByCK2（Beta vulgaris casein kinase2）的全长cDNA序列．长度为1501bp,开放阅读框为1002bp,编码333个氨基酸。根据氨基酸序列计算蛋白分子量为39．28kDa,pI=8．16。同源比对表明,ByCK2与烟草CK2（Ge．nBankNo．A1437635）的相似度为64.22％,与百合CK2（GenBankNo．AF517838）的相似度为65．18％。通过细胞内定位分析．ByCK2所编码的蛋白主要存在于细胞核中。     

荔枝FLOWERING LOCUST(FT)同源基因cDNA全长克隆及其表达

应用RT-PCR方法在首次克隆获得荔枝AP1同源基因cDNA全长基础上,又得到2个荔枝FT同源基因cDNA全长,分别命名为LcFT1和LcFT2(基因登录号分别为:JN214350、JN214351)。LcFT1基因开放阅读框522 bp,编码174个氨基酸,推测蛋白质分子质量为19.65 ku,等电点为8.68。LcFT2基因开放阅读框522 bp,编码174个氨基酸,推测蛋白质分子质量为19.56 ku,等电点为7.34。蛋白质二级结构预测表明,LcFT1和LcFT2蛋白都具有4个α螺旋,10个β折叠区。同源分析表明,LcFT1和LcFT2基因在不同植物中的一致性为72%～82%。半定量RT-PCR分析表明,三月红荔枝花芽分化期LcFT1和LcFT2基因只在叶中表达,并且在成熟叶中表达量最多。研究将有助于进一步了解荔枝开花的分子机理及其成花的生物学发育过程。     

Cloning,molecular analysis,and developmental expression of 3 oleosin cDNA isoforms in coconut (Cocos nucifera L.)

Coconut stores its lipid reserves in the endosperm, specifically in oil bodies that contain proteins called oleosins which stabilise their structure. This study reports the complete cDNA sequences of 3 genes for 3 isoforms of oleosin termed CnOLE500a, CnOLE500c, and CnOLE300a with 396, 375, and 381 nucleotides, respectively. Their predicted amino acid sequences were 131, 124, and 126 residues in length, respectively, with molecular weights of 13,787, 12,982, and 12,988 Da, respectively. The complete CnOLE500a cDNA sequence had 83.1% similarity with that of CnOLE500c, while CnOLE300a cDNA had only 50.7% and 46.5% similarity with CnOLE500a and CnOLE500c, respectively. None of the 3 coconut oleosins had the 18 amino acid insertion characteristics of H-class oleosins, thus they belonged to the L-class of oleosins. However, phylogenetic analysis showed that CnOLE300a was more related to H-class oleosins from dicots. All 3 isoforms were highly expressed at all stages of coconut endosperm development. CnOLE500c exhibited 6% higher expression than CnOLE500a and 15% higher than CnOLE300a at all stages of coconut endosperm development. However, oleosin proteins were barely detectable in the solid endosperm of coconut at 5–6 months, but this increased 20-fold at 6–7 months, and increased by a further 2- and 12-fold, at 7–8 and 8–9 months, respectively.