东南亚与南亚稻属AA基因组种间的遗传多样性差异

选用36对水稻微卫星（SSR）引物,对稻属428份东南亚及南亚AA组种进行遗传多样性分析。试验结果显示选取的SSR标记均具有多态性,多态性位点百分率（P）达100%。36个多态位点共扩增出311个等位基因,每个位点3～17个,平均8.6。Nei基因多样性指数（He）平均为0.650,变幅为0.337（RM455）～0.865（RM169）。东南亚稻属AA组的SSR多样性大于南亚,两地区又以普通野生稻的多样性指数（He）最大。种（类型）间遗传分化东南亚小于南亚,其中以尼瓦拉野生稻与亚洲栽培稻的遗传分化程度最大。特异等位基因的数量、涉及的位点数及频率均表明东南亚及南亚稻属AA组间具有较大的遗传差异,而某些特异位点（如RM161）等位基因所显示的较高频率,则表明该位点较高的鉴别效率。     

稻属(Oryza L.)植物染色体组命名的历史回顾

 稻属约25种，分别属于AA、BB、CC、BBCC、CCDD、EE、FF、GG、HHJJ和HHKK等10类染色体组。早在20世纪30年代，日本学者Morinaga及其同事开创性地开展了稻属染色体组的鉴定和命名工作。他们采用的常规方法是，根据两物种之间的形态和生理差异，尤其是人工杂交产生的种间杂种F1的染色体配对行为来鉴定新的染色体组。其后，不少学者对此进行了补充和完善。然而，对于一些靠人工杂交难以产生种间杂种的稻种来说，就无法利用上述常规方法鉴定其染色体组。最近，人们利用分子标记和荧光原位杂交等分子生物学技术，对这些难以与稻属其他种之间实现有性杂交的个别野生种的染色体组进行了鉴定和命名。由于稻属染色体组的鉴定主要是在20世纪40~60年代间开展的工作，为使人们在今后使用时更加明确其本质含义，对稻属各个种的染色体组定名过程进行了概述和总结。     

利用SSR分子标记研究花生属种间亲缘关系

以5份花生栽培种资源和花生属六个区组的19份野生种资源为研究材料，通过SSR分子标记技术分析其DNA多态性并进行聚类分析。大多数从栽培种基因组分离出的SSR引物能在野生种中扩增出DNA片段，共筛选出21对多态性SSR引物；每对引物在花生基因组中扩增出的条带数为1～13条，在供试材料中扩增出的总条带数为5～40条，平均18.1条，其中多态性条带为4～40条，平均18.0条；SSR引物的多态性指数为0.92～9.04；供试材料间的遗传距离为0.33～0.91，平均0.76。结果表明，大多数花生SSR引物为多位点引物，花生属种间种质存在丰富的DNA多态性， A. duranensis是花生栽培种（A. hypogaea L.）的野生种亲本之一，与花生区组野生种亲缘关系最近的是异形花区组，最远的是大根区组。     

湖北巴东县野生茶树种质资源遗传多样性及种群结构亲缘关系分析

野生茶树种质资源具有较高的遗传多样性,是开展茶树品种选育的优质基因库。收集了来自湖北省巴东县的26份野生茶树资源,利用简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记并结合对照栽培型茶树品种对野生茶树资源的遗传多样性及种群结构等进行分析。结果如下：（1）16对引物在供试材料中共扩增得到82个等位位点,每对引物扩增所得的等位基因范围为3～8个,平均检测出等位位点5.12个,有效位点数量3.65个,香农多样性指数平均值1.378。（2）从16对引物中筛选出6个核心引物位点,可对26份野生茶树进行有效检测并鉴别。（3）UPGMA进化树将48份材料分为7个类别,野生茶树与栽培型茶树能通过SSR标记进行有效划分;进一步种群遗传结构分析发现26份野生茶树可分为2个亚群。（4）依据生化成分含量,筛选得出2份高EGCG含量的茶树种质资源及2份适制红茶的茶树种质资源。研究结果显示,巴东野生茶树多样性丰富,种群内部遗传变异高,为进一步保护、开发和利用巴东野生茶树种质资源奠定了基础。     

稻属植物染色体组多倍化的研究进展

综述了稻属植物染色体组多倍化的理论研究和应用研究的进展情况,讨论了稻属植物染色体组多倍化研究中存在的局限性,提出了今后进一步深入研究的一系列技术思路。     

水稻育种中的稻属种间远缘杂交

野生稻种中有一些优良性状,是目前栽培稻品种所不具备的。为了充分利用自然界的有利基因,进一步提高水稻新育成品种的产量潜力、品质与抗性,进行稻属种间远缘杂交研究是很有必要的。本文论述了野生稻种中目前已知的可利用性状,栽培稻与ＡＡ染色体组和非ＡＡ染色体组的种间杂交技术原理、方法及研究进展,提出了进行稻属种间远缘杂交应注意的几个问题,即目标的明确性、选材的精确性和技术路线的可行性。     

稻属植物染色体组多倍化的潜在价值

稻属植物的物种资源丰富,其染色体组多倍化的潜在价值大。同源多倍体水稻在生殖发育上有其特殊性,这有助于寻找水稻遗传改良的新的研究方向。物种间远缘杂交的生物学效应证实了染色体组多倍化的应用前景。基于稻属植物染色体组多倍化的研究难度和现状,提出了多倍体水稻研究的技术思路。     

大麦基因型间SSR标记的多态性及其亲缘关系分析

为了解大麦种质资源的遗传多样性,利用位于大麦7条染色体上的42对SSR引物对42个大麦种质多态性及其亲缘关系进行了分析,结果表明,42对SSR引物在42个大麦品种间均有多态性,共检测到112个等位基因,每一对引物的等位基因个数在2～5之间,平均为2.591个。42对SSR引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.321～0.857,平均为0.433。聚类结果表明,这些大麦基因型间的遗传相似系数分布范围较小,为0.321～0.857,在遗传相似系数值0.550水平上,这些品种聚成4大类。SSR标记揭示多数二棱啤酒大麦和多棱饲料大麦品种分别聚在不同类群中,表明其遗传距离较远,遗传基础较广泛;同一类品种(系)间的分布范围相对较近,表明其遗传基础较狭窄;大麦地方品种遗传背景相对复杂。     

利用酯酶同工酶分析花生属种间亲缘关系

本文采用聚丙烯酰胺凝胶电泳,对花生属植物进行了酯酶同工酶的测定。结果表明:花生属植物有共同的特征酶带,不同种之间的酶带差异较大;与栽培种最相似的野生种是Amonticola;A.batizocoi是花生区组内与栽培种很不相似的野生种;二倍体野生种之间;A.stenosperma与A.cardenasii之间的关系很近,A.villosa与A.batizocoi之间的关系很远     

亚洲栽培稻程氏指数与SSR标记分类的比较分析

 选取具有代表性的100份亚洲栽培稻品种,应用程氏指数和109个SSR分子标记对它们进行分类。结果表明,等位酶Ⅰ群（典型籼稻）和Ⅵ A群（温带粳稻）程氏指数和SSR标记亚结构特征均十分明显,拟合度较高（73.3%～100%）。Mantel检测揭示,程氏指数与SSR分子标记进行栽培稻分类存在明显的正相关,两种方法各个材料间遗传距离的相关达极显著水平（r＝0.466,P<0.01）。遗传结构和聚类分析表明,在籼粳亚种水平上,程氏指数和SSR标记分类结果趋于一致,但在亚种内亚结构分析中,程氏指数偏差较大,SSR标记具有更高的准确性。 同时, SSR分析表明混合型材料多存在于Ⅱ群和Ⅵ群内部。     

SSR Analysis on Diversity of AA Genome Oryza Species in the Southeast and South Asia

To investigate genetic diversities among the AA genome Oryza species in the Southeast and South Asia, a total of 428 accessions of the AA genome Oryza species were genotyped using 36 simple sequence repeats (SSR) markers distributed throughout the rice genome. All of the 36 SSR markers generated polymorphic bands, revealing 100% polymorphism. The number of alleles per locus ranged from 3 to 17 with the mean of 8.6. The Nei’s genetic diversity index (He) ranged from 0.337 at RM455 to 0.865 at RM169 with an a...     

海南普通野生稻自然居群间遗传多样性的微卫星分析

采用48个SSR标记分析了海南11个普通野生稻自然居群的遗传多样性。结果显示海南普通野生稻自然居群具有较丰富的遗传变异（Na=8.3,He=0.716）。居群内多数等位基因（77.6％）频率较低,其中,70个等位基因仅出现在1个居群中。62.9％的等位基因显著偏离哈迪 温伯格平衡,多数居群及等位基因实际杂合度大于期望杂合度,表明居群内自交率低、杂合体过剩。居群间遗传变异差异明显,在11个自然居群中,崖城居群遗传多样性最低（Na=1.7,He=0348）,和庆、椰林B两居群遗传变异最为丰富（和庆：Na=4.0,He=0.577;椰林B： Na=4.0,He=0.531）。Mantel测验表明,居群间Nei遗传距离与地理距离呈极显著相关（r=0.386,P=0004）。东、西海岸居群间遗传分化显著但较小（Fst=0.048,P=0024）,而居群间遗传分化则较大（Fst=0.335,P < 0.001）。11个自然居群间基因流非常有限（Nm=0.404）,表明居群间隔离程度较大。基于居群等位基因数目、基因多样性指数以及基因频率特点,认为海南11个自然居群中和庆和椰林B居群应是优先保护对象。     

云南疣粒野生稻34个居群遗传多样性的ISSR分析

应用13个ISSR引物对云南省分布的疣粒野生稻 (Oryza meyeriana Baill.) 34个居群的遗传多样性进行了分析。检测到135个多态性位点,多态性位点百分率(PPB)为80.36%。在居群水平上,基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.2666和0.4028。把云南疣粒野生稻34个居群分别按照行政区、经纬度、河流流域和海拔划分成不同类型,计算它们的 Na、Ne、H、I和 PPB各项数值,发现疣粒野生稻遗传多样性以思茅市最高,临沧、西双版纳次之,保山、德宏最低;太平洋水系澜沧江中下游海拔较高的疣粒野生稻居群多样性较丰富。可将云南疣粒野生稻分为两大群,一大群是思茅地区的材料,另一大群包含德宏、临沧、西双版纳地区的材料。最后讨论了疣粒野生稻种质资源保护的相关问题.     

ISSR Analysis on Genetic Diversity of the 34 Populations of Oryza meyeriana Distributing in Yunnan Province,China

The genetic diversity of the 34 populations of wild rice Oryza meyeriana Baill. distributed in Yunnan Province, China was analyzed using 13 inter-simple sequence repeat （ISSR） markers. A total of 168 bands were amplified, of which 135 polymorphic bands were discovered and the percentage of polymorphic bands （PPB） was 80.36%. A genetic diversity was revealed as Nei＇s gene diversity （H） = 0.2666 and Shannon information index （I） = 0.4028 at population level. The 34 populations were divided into different groups based on administrative regions, latitude and longitudes, river areas, altitudes of their origins, and their indexes such as Na （number of alleles）, Ne （effective number of alleles）, H, I and PPB were calculated. Richer genetic diversity was found in the wild rice populations distributed in Simao Prefecture than that in Lingcang Prefecture or Xishuangbanna Prefecture whereas the least genetic diversity was in Baoshan Prefecture or Dehong Prefecture. Rich genetic diversity was also discovered in the wild rice populations originated from higher than 710 m altitude around the middle and lower reaches of the Lancang River belonging to the Pacific Ocean drainage system. The 34 populations could be classified into two groups, one group covered the wild rice distributing in Simao Prefecture only while the other group covered ones in Lingcang, Xishuangbanna and Dehong Prefectures. The issue on how to effectively conserve the wild rice germplasm was discussed.     

ISSR Analysis on Genetic Diversity of the 34 Populations of Oryza meyeriana Distributing in Yunnan Province,China

The genetic diversity of the 34 populations of wild rice Oryza meyeriana Baill.distributed in Yunnan Province,China was analyzed using 13 inter-simple sequence repeat(ISSR)markers.A total of 168 bands were amplified,of which 135 polymorphic bands were discovered and the percentage of polymorphic bands(PPB)was 80.36%.A genetic diversity was revealed as Nei's gene diversity(H)=0.2666 and Shannon information index(η)=0.4028 at population level.The 34 populations were divided into different groups based on administrative regions,latitude and longitudes,river areas,altitudes of their origins,and their indexes such as Na(number of alleles),Ne(effective number of alleles),H,I and PPB were calculated.Richer genetic diversity was found in the wild rice populations distributed in Simao Prefecture than that in Lingcang Prefecture or Xishuangbanna Prefecture whereas the least genetic diversity was in Baoshan Prefecture or Dehong Prefecture.Rich genetic diversity was also discovered in the wild rice populations originated from higher than 710 m altitude around the middle and lower reaches of the Lancang River belonging to the Pacific Ocean drainage system.The 34 populations could be classified into two groups,one group covered the wild rice distributing in Simao Prefecture only while the other group covered ones in Lingcang,Xishuangbanna and Oehong Prefectures.The issue on how to effectively conserve the wild rice germplasm was discussed.     

亚洲栽培稻遗传变异分析最少SSR引物数的研究

以69份类型明确的亚洲栽培稻品种为材料,选用120对SSR引物,通过评估遗传多样性和群体结构,研究分析其遗传变异对SSR引物数的要求。结果表明:1)120对引物在69份试验材料中共检测到1256个等位变异,每个位点的等位基因数差异较大,变化范围为2~27,平均为10.5;平均Nei基因多样性指数变化范围为0.4058~0.9452,平均为0.7616;2)分析亚洲栽培稻遗传多样性时,至少需要72对SSR引物;3)分析亚洲栽培稻群体结构时所需最少引物数可降低至60对。     

湖南江永普通野生稻原位和异位保存种质的SSR多样性差异

用48对SSR引物对湖南江永普通野生稻异位保存和原位保存居群进行了遗传多样性分析。48对SSR引物在异位保存和原位保存群体中分别检测出166和119个等位基因,平均每对引物检测到的等位基因数分别为3.55和2.60,多态位点百分率为99.4％和95.2％, 平均等位基因观察数为1.99和1.95,平均有效等位基因数为1.428和1.508, Nei基因多样性指数为0.272和0.304;原位保存居群遗传变异大,但异位保存样本中发现新的变异单株。江永野生稻原位保存4个亚居群（G4 1、G4 2、G4 3、G4 4）的遗传分化系数为0.156～0.935,平均0.434,江永野生稻4个亚居群间变异量占总变异量的比值差异较大, 总变异的43.4%存在于亚居群之间。除G4 2亚居群外,原位保存各亚居群内基因多样性大于亚居群间基因多样性,4个亚居群内基因多样性水平从高至低的顺序为G4 1＞G4 3＞G4 4＞G4 2。     

利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性

 利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。