基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析

为了解中国菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum野生苗种产区的群体和潜在可作修复用途的日本、朝鲜群体的种质遗传基础,以中国山东莱州(LZ)、广西北海(BH)、辽宁营口(YK)、天津(TJ)4个野生群体,以及日本北海道(JH)和朝鲜新义州(NKS)野生群体(各10个)为材料,通过线粒体16S rRNA基因片段扩增测序,比较了各群体的遗传结构和遗传多样性。结果表明:菲律宾蛤仔16S rRNA序列扩增片段为535 bp,基因片段的T、C、A、G含量分别为33.3%、10.9%、33.8%和22.0%,A+T含量为67.1%,60个个体共确定了20个单倍型,不同个体间存在单倍型共享现象;6个群体的单倍型多样性(H_d)为0.378～0.911,核苷酸多样性(P_i)为0.000 75～0.010 60,核苷酸差异数(K)为0.400～5.578;菲律宾蛤仔中国天津、营口、莱州及北海4个群体具有较丰富的遗传多样性,朝鲜新义州和日本北海道群体遗传多样性(H_d<0.5,P_i<0.005)较低。研究表明,中日朝菲律宾蛤仔野生群体可划分为南、北方谱系,即北海群体为南方谱系,其他5个群体为北方谱系,中国北方的3个群体(营口、天津和莱州)及日本、朝鲜群体间存在距离隔离模式基因流,中国人工异地移养菲律宾蛤仔活动对本地野生群体基因资源产生一定影响,本研究结果可为菲律宾蛤仔种质资源保护和可持续利用提供参考。     

基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析

为了解中国菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum野生苗种产区的群体和潜在可作修复用途的日本、朝鲜群体的种质遗传基础,以中国山东莱州(LZ)、广西北海(BH)、辽宁营口(YK)、天津(TJ)4个野生群体,以及日本北海道(JH)和朝鲜新义州(NKS)野生群体(各10个)为材料,通过线粒体16S rRNA基因片段扩增测序,比较了各群体的遗传结构和遗传多样性。结果表明:菲律宾蛤仔16S rRNA序列扩增片段为535 bp,基因片段的T、C、A、G含量分别为33.3%、10.9%、33.8%和22.0%,A+T含量为67.1%,60个个体共确定了20个单倍型,不同个体间存在单倍型共享现象;6个群体的单倍型多样性(H_d)为0.378～0.911,核苷酸多样性(P_i)为0.000 75～0.010 60,核苷酸差异数(K)为0.400～5.578;菲律宾蛤仔中国天津、营口、莱州及北海4个群体具有较丰富的遗传多样性,朝鲜新义州和日本北海道群体遗传多样性(H_d<0.5,P_i<0.005)较低。研究表明,中日朝菲律宾蛤仔野生群体可划分为南、北方谱系,即北海群体为南方谱系,其他5个群体为北方谱系,中国北方的3个群体(营口、天津和莱州)及日本、朝鲜群体间存在距离隔离模式基因流,中国人工异地移养菲律宾蛤仔活动对本地野生群体基因资源产生一定影响,本研究结果可为菲律宾蛤仔种质资源保护和可持续利用提供参考。     

烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684 bp的COⅠ基因片段序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,无明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析(英文)

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684bp的序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,没有明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

不同地理群体的鲇线粒体DNA 16S rRNA基因序列比较分析

对长江中上游主要支流5个野生群体鲇[舞阳河群体(WYH)、乌江群体(WJ)、雅砻江群体(YLJ)、岷江群体(MJ)、金沙江群体(CS)]中的27个样品的16S rRNA基因进行PCR扩增,并对扩增产物测序.用CLUSTAL X v 1.81软件对所得的27个16SrRNA序列进行比对,并用Dna SP 5.10软件进行比较分析,共检测出74个变异位点、8种单倍型.舞阳河、乌江、雅砻江、岷江、金沙江等5个野生群体的单倍型多样性(H)分别为0.600、0.857、0.600、0.600、0.667,核苷酸多样性(π)分别为0.00072、0.1754、0.00036、0.00072、0.01871.对5个野生群体的16S rRNA序列进行Tajima's D和Fst分析发现,所有群体符合中性进化模型,且有一些单倍型的分化,只有金沙江群体的遗传差异显著.对5个群体进行分子变异等级分析的结果表明,群体间分子变异不显著.对5个群体构建分子系统树发现,乌江、雅砻江、岷江、金沙江群体之间的亲缘关系较近,舞阳河群体与其他群体间的亲缘关系较远.     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响,降低了种质资源的丰富度。     

豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析

为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性,以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料,利用PCR技术扩增其线粒体16S rRNA和12S rRNA基因的部分序列,利用 Clustalw 2．0和DNAsp 4．10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。结果表明：16S rRNA和12S rRNA基因种内个体间的差异分别为0．25％和0．97％,二者的分化程度较低;16S rRNA的进化速度约为12S rRNA基因的4倍。16S rRNA和12S rRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.0027、0.0016,单倍型多样度指数分别为0.873、0.327,核苷酸多样性指数分别为0.00265和0.00081,平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。可见,豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。     

太湖流域河川沙塘鳢线粒体12S和16S rRNA基因序列分析

作为东南亚所特有的小型经济鱼类之一的太湖流域河川沙塘(Odontobutis potamophila)长期被归为河川沙塘鳢.为明确太湖流域河川沙塘鳢在沙塘鳢属中的分类地位,克隆测定了其线粒体12S和16S rRNA基因部分序列.在同源的658 bp长的12S rRNA基因序列中,有变异位点187个,简约信息位点133个;在同源的528 bp 的16SrRNA基因同源序列中,有变异位点98个,简约信息位点45个.通过与其他沙塘鳢属鱼类的12S rRNA基因 列比较发现,太湖流域河川沙塘鳢与福建河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.114,大于种内的遗传距离(0.00 ～0.024),且在16S rRNA基因序列分析中发现,太湖流域河川沙塘鳢与中国河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.123,大于种内的遗传距离(0.00～0.016).12S和16S rRNA系统发育分析也表明,太湖流域河川沙塘鳢有别于其他类别的沙塘鳢,且与已知的河川沙塘鳢存在分子遗传进化差异.     

基于线粒体16S rRNA基因序列的鳢属鱼类系统进化探讨

对4种鳢属(Channa)鱼类共108个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp(C.striata)和573bp(C.argus,C.maculata,C.asiatica)的基因片段,共检测到10个单倍型,4种鳢所有单倍型之间共存在1个插入/缺失;此外有63个变异位点,其中简约信息位点60个,序列表现出明显的A偏倚;多态位点比例为11.2%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.021[乌鳢(C.argus)与斑鳢(C.maculata)之间]到0.079[乌鳢(C.argus)与线鳢(C.striata)之间、斑鳢(C.maculata)与线鳢(C.striata)之间]。以非洲真副鳢(Parachanna insignis)为外群构建的NJ树和ML树中,线鳢位于进化树的基部,表明线鳢是最早分化出来的种;进化树显示乌鳢和斑鳢亲缘关系最近,表明2个种分化较晚。     

不同地理群体菲律宾蛤仔生长发育的比较

于2007年6月—11月,对菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum莆田群体(PT)、大连群体(DL)和东京群体(DJ)的生长发育情况进行了比较。结果表明:菲律宾蛤仔3个群体的受精率、孵化率无显著差异(P>0.05);卵径、D形幼虫大小、单水管稚贝大小差异显著(P<0.05);附着规格、亲贝形态,PT群体与DL、DJ群体间差异显著(P<0.05)。浮游期间,幼虫生长速度依次为PT>DJ>DL,分别为(9.37±0.44)、(9.28±0.59)、(8.70±0.51)μm/d,PT、DJ群体与DL群体差异显著(P<0.05);9日龄时,PT、DL、DJ群体幼虫的存活率分别为(95.08±1.87)%、(85.22±3.34)%、(75.32±3.49)%,彼此间差异显著(P<0.05)。变态期间,3个群体幼虫的生长速度依次为PT>DJ>DL,分别为(2.54±0.39)、(2.37±0.52)、(2.05±0.45)μm/d,彼此间差异显著(P<0.05);变态率、变态时间、变态规格,PT群体与DL、DJ群体间差异显著(P<0.05)。室内培育阶段(20⁴0日龄),3个群体稚贝的生长速度依次为PT>DL>DJ,分别为(22.60±4.04)、(20.67±4.74)、(18.74±5.15)μm/d,PT、DL群体与DJ群体间差异显著(P<0.05);40日龄时,PT、DL、DJ群体稚贝的存活率分别为(87.07±4.29)%、(66.73±6.43)%、(35.75±4.84)%,彼此间差异显著(P<0.05)。室外养成阶段(8040日龄),3个群体稚贝的生长速度依次为PT>DL>DJ,分别为(22.60±4.04)、(20.67±4.74)、(18.74±5.15)μm/d,PT、DL群体与DJ群体间差异显著(P<0.05);40日龄时,PT、DL、DJ群体稚贝的存活率分别为(87.07±4.29)%、(66.73±6.43)%、(35.75±4.84)%,彼此间差异显著(P<0.05)。室外养成阶段(80¹60日龄),3个群体稚贝的生长速度依次为PT>DL>DJ,分别为(86.94±21.72)、(75.23±16.91)、(67.25±18.26)μm/d,彼此间差异显著(P<0.05);160日龄时,PT、DL、DJ群体幼贝的存活率分别为(90.21±4.68)%、(66.73±4.94)%、(56.98±6.58)%,彼此间差异显著(P<0.05)。     

菲律宾蛤仔凝集素的分离纯化及抑菌活性研究

采用Cellulose DE52离子交换层析、Sephadex G-100分子筛层析及TSK G3000PWXL凝胶色谱柱HPLC从菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum中分离纯化出具有N-乙酰半乳糖酰胺(N-acetyl-D-galac-tosamine,GalNAc)和猪胃黏蛋白(Mucin from porcine stomach,PSM)特异性的菲律宾蛤仔凝集素(简称为MCL-T)。SDS-PAGE分析结果表明,MCL-T的相对分子量为148 000,含有62 000和36 000的亚基。抑菌试验结果表明,MCL-T对金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus和枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis有较高的抑菌活性。对MCL-T中Trp残基、-S-S-、-SH以及Tyr残基进行化学修饰后,MCL-T对金黄色葡萄球菌的抑菌活性丧失;对其-S-S-进行化学修饰后,MCL-T对枯草芽孢杆菌的抑菌活性影响不大,而对其-SH、Trp残基和Tyr残基进行化学修饰后,MCL-T对枯草芽孢杆菌的抑菌活性丧失。研究表明,MCL-T肽链上的氨基酸残基状态与其抑菌活性有关。     

蛤仔橙色和白色背景壳色的遗传分析及杂种优势的研究

以海洋橙品系(O)和珍珠白品系(W)蛤仔Ruditapes philippinarum为试验材料,采用双列杂交方法建立自交组OO、WW和杂交组OW、WO,研究了子一代蛤仔在不同发育时期生长、存活、变态的杂种优势及壳色遗传机制。结果表明:杂交组WO获得了一定程度上的单亲生长优势,杂交组OW在浮游期和变态期表现出生长优势,在稚贝期却表现出生长劣势,但正反交组总体上获得了一定程度的中亲生长优势;在存活率方面,正反交组的中亲存活优势和杂交组WO的单亲存活优势均表现出积极的一面,杂交组OW除了在3、6日龄时表现出一定的单亲存活劣势外,在其他日龄时均表现出存活优势;在变态期,正反交组的变态率表现出一定的中亲及单亲杂种优势;综合生长、存活率和变态率三方面来看,正反交组的杂种优势大小顺序均为WO>OW。研究表明,杂交组蛤仔生长和存活的杂种优势主要受到卵源(母本)效应的影响,且卵源(母本)效应不仅存在于幼虫期,还贯穿于变态期和稚贝期。橙色品系自交组后代壳色分离比(橙色∶白色)符合3∶1,与壳面颜色为隐性纯合子的珍珠白品系杂交的后代壳色分离比(橙色∶白色)符合1∶1,遵循孟德尔遗传定律,说明橙色对白色为显性,壳色是由简单的遗传基因控制,且与控制壳面花纹或条带的遗传基因不在同一对同源染色体上,彼此之间无基因连锁。     

蛤仔橙色和白色背景壳色的遗传分析及杂种优势的研究

以海洋橙品系( O)和珍珠白品系( W)蛤仔Ruditapes philippinarum为试验材料,采用双列杂交方法建立自交组OO、 WW和杂交组OW、 WO,研究了子一代蛤仔在不同发育时期生长、存活、变态的杂种优势及壳色遗传机制。结果表明：杂交组WO获得了一定程度上的单亲生长优势,杂交组OW在浮游期和变态期表现出生长优势,在稚贝期却表现出生长劣势,但正反交组总体上获得了一定程度的中亲生长优势;在存活率方面,正反交组的中亲存活优势和杂交组WO的单亲存活优势均表现出积极的一面,杂交组OW除了在3、6日龄时表现出一定的单亲存活劣势外,在其他日龄时均表现出存活优势;在变态期,正反交组的变态率表现出一定的中亲及单亲杂种优势;综合生长、存活率和变态率三方面来看,正反交组的杂种优势大小顺序均为WO>OW。研究表明,杂交组蛤仔生长和存活的杂种优势主要受到卵源(母本)效应的影响,且卵源(母本)效应不仅存在于幼虫期,还贯穿于变态期和稚贝期。橙色品系自交组后代壳色分离比(橙色.白色)符合3.1,与壳面颜色为隐性纯合子的珍珠白品系杂交的后代壳色分离比(橙色.白色)符合1.1,遵循孟德尔遗传定律,说明橙色对白色为显性,壳色是由简单的遗传基因控制,且与控制壳面花纹或条带的遗传基因不在同一对同源染色体上,彼此之间无基因连锁。     

菲律宾蛤仔凝集素的分离纯化及抑菌活性研究

采用Cellulose DE52离子交换层析、Sephadex G- 100分子筛层析及TSK G3000PWXL凝胶色谱柱HPLC从菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum中分离纯化出具有N-乙酰半乳糖酰胺(N- acetyl- D- galactosamine,GaINAc)和猪胃黏蛋白(Mucin from porcine stomach,PSM)特异性的菲律宾蛤仔凝集素(简称为MCL-T).SDS-PAGE分析结果表明,MCL-T的相对分子量为148000,含有62000和36000的亚基.抑菌试验结果表明,MCL-T对金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus和枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis有较高的抑菌活性.对MCL-T中Trp残基、-S-S-、-SH以及Tyr残基进行化学修饰后,MCL-T对金黄色葡萄球菌的抑菌活性丧失;对其-S-S-进行化学修饰后,MCL-T对枯草芽孢杆菌的抑菌活性影响不大,而对其-SH、Trp残基和Tyr残基进行化学修饰后,MCL-T对枯草芽孢杆菌的抑菌活性丧失.研究表明,MCL-T 肽链上的氨基酸残基状态与其抑菌活性有关.     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。     

菲律宾蛤仔硒依赖性谷胱甘肽过氧化物酶基因克隆、表达及其对脂多糖和肽聚糖的刺激响应

为探究菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum硒依赖性谷胱甘肽过氧化物酶(Se-GPx)基因的序列特征、组织表达模式及其在不同壳色蛤仔免疫应答中的作用,利用RACE方法获得分析菲律宾蛤仔两个Se-GPx基因(Se-GPx-a和Se-GPx-b)全长序列,采用RT-qRCR方法分析基因表达规律。结果表明:RpSe-GPx-a和RpSe-GPx-b基因开放阅读框(ORF)长度分别为582 bp和633 bp,分别编码193和210个氨基酸,在3′非翻译区(UTR)均含有保守硒代半胱氨酸插入序列(SECIS)元件;氨基酸序列分析发现,RpSe-GPx-a和RpSe-GPx-b序列中含有与酶结构和功能至关重要的特征,包括终止密码子UGA编码的硒代半胱氨酸,GPx标签序列(GKVVLVENVASLUGTT)和活性位点序列(WNFEKF)均高度保守;系统进化分析发现,RpSe-GPx与其他软体动物物种具有较近的亲缘关系;组织表达分析发现,RpSe-GPx在肝胰腺中表达量最高(P<0.05),在外套膜、鳃组织中表达量次之,在闭壳肌中表达量最低(P<0.05);用脂多糖(LPS)和肽聚糖(PGN)分别注射3种壳色蛤仔(白蛤、白斑马、橙蛤),LPS刺激后,白蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在12、6 h时达到最大值(P<0.05),白斑马蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在48、6 h时达到最大值(P<0.05),橙蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在3、24 h时达到最大值(P<0.05);PGN刺激后,白蛤、白斑马蛤和橙蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在24、24、48 h时达到最大值(P<0.05)。研究表明,3种壳色蛤仔黑色素形成过程的差异可能是导致其GPx基因对LPS和PGN刺激表现出不同响应的重要原因之一。     

菲律宾蛤仔硒依赖性谷胱甘肽过氧化物酶基因克隆、表达及其对脂多糖和肽聚糖的刺激响应

为探究菲律宾蛤仔Ruditapesphilippinarum硒依赖性谷胱甘肽过氧化物酶(Se-GPx)基因的序列特征、组织表达模式及其在不同壳色蛤仔免疫应答中的作用,利用RACE方法获得分析菲律宾蛤仔两个Se-GPx基因(Se-GPx-a和Se-GPx-b)全长序列,采用RT-qRCR方法分析基因表达规律.结果表明:R...     

菲律宾蛤仔硒依赖性谷胱甘肽过氧化物酶基因克隆、表达及其对脂多糖和肽聚糖的刺激响应

为探究菲律宾蛤仔Ruditapes philippinarum硒依赖性谷胱甘肽过氧化物酶(Se-GPx)基因的序列特征、组织表达模式及其在不同壳色蛤仔免疫应答中的作用,利用RACE方法获得分析菲律宾蛤仔两个Se-GPx基因(Se-GPx-a和Se-GPx-b)全长序列,采用RT-qRCR方法分析基因表达规律。结果表明:RpSe-GPx-a和RpSe-GPx-b基因开放阅读框(ORF)长度分别为582 bp和633 bp,分别编码193和210个氨基酸,在3′非翻译区(UTR)均含有保守硒代半胱氨酸插入序列(SECIS)元件;氨基酸序列分析发现,RpSe-GPx-a和RpSe-GPx-b序列中含有与酶结构和功能至关重要的特征,包括终止密码子UGA编码的硒代半胱氨酸,GPx标签序列(GKVVLVENVASLUGTT)和活性位点序列(WNFEKF)均高度保守;系统进化分析发现,RpSe-GPx与其他软体动物物种具有较近的亲缘关系;组织表达分析发现,RpSe-GPx在肝胰腺中表达量最高(P<0.05),在外套膜、鳃组织中表达量次之,在闭壳肌中表达量最低(P<0.05);用脂多糖(LPS)和肽聚糖(PGN)分别注射3种壳色蛤仔(白蛤、白斑马、橙蛤),LPS刺激后,白蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在12、6 h时达到最大值(P<0.05),白斑马蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在48、6 h时达到最大值(P<0.05),橙蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在3、24 h时达到最大值(P<0.05);PGN刺激后,白蛤、白斑马蛤和橙蛤Se-GPx-a和Se-GPx-b基因表达量分别在24、24、48 h时达到最大值(P<0.05)。研究表明,3种壳色蛤仔黑色素形成过程的差异可能是导致其GPx基因对LPS和PGN刺激表现出不同响应的重要原因之一。