影响微卫星分析家禽遗传多样性有关因素的探讨

 微卫星现为我国家禽分子生物学研究领域中的一大热点,在利用微卫星分析家禽遗传多样性时,其试验结果会受到采样、引物选择及数据分析等因素的影响。本文结合自身用30个微卫星对我国76个地方鸡种进行遗传多样性分析时的具体情况分别进行阐述。并指出要克服这些因素的影响,采样时尽量选择有品种代表性的群体,采样数达60羽,公母比1:4;选择的引物应分散在不同的染色体上,引物的个数应不低于25对;在凝胶条带判型时最大限度的减少认为因素;数据分析应用规范、大家广泛使用认可的生物学软件。     

六个绵羊品种遗传距离的微卫星分析

利用30个微卫星DNA标记对乌珠穆沁羊、苏尼特羊、内蒙古细毛羊、宁夏滩羊、小尾寒羊和无角多赛特羊共237个体进行遗传距离分析,结果表明：（1）苏尼特羊和乌珠穆沁羊遗传距离为0．0833最小,无角多赛特羊与其它5个绵羊品种的遗传距离在1．0146-1．2876之间,滩羊、内蒙古细毛羊和小尾寒羊彼此之问及与乌珠穆沁羊和苏尼特羊的遗传距离为0．3623-0．6020;（2）聚类图将6个绵羊品种划分为4个分支,即苏尼特羊和乌珠穆沁羊,内蒙古细毛羊和小尾寒羊,宁夏滩羊,无角多赛特羊。（3）6个绵羊品种间遗传距离和聚类图与品种的历史演化和资料记载基本符合,为绵羊种质资源的利用和保护提供了科学依据。     

务川黑牛微卫星座位遗传多样性分析

以贵州地方牛优良品种务川黑牛为研究对象,选取分布于其7条染色体上的ETH10、ILSTS033、CSSM66、BM2113、ETH225、BM1818和CSRM60共7对微卫星引物进行遗传多样性分析。结果共检测到21个等位基因,每个微卫星座位等位基因数为2～5个,7个微卫星座位均未达到Hardy-Weinberg平衡。7个位点的平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.000 0±1.154 7、2.377 3±0.585 4、0.558 4±0.101 6、0.475 9±0.125 1,说明务川黑牛具有良好的遗传多样性。为务川黑牛种质资源保存和改良提供了试验基础。     

陆地棉主要品种的遗传距离估测与聚类分析

本文通过主成分分析,对40个常用陆地棉亲本进行了遗传距离分析,并采用最短、最长、类平均及重心法等对供试材料进行了系统聚类。主成分分析表明,以产量,重量与比强度、纤维细度、纤维成熟度及衣分为代表的5个主成分累计贡献率可达到91°。以上聚类分析证明,40个供试品种可分5类,最长距离聚类法比较适宜,亲本起源与血缘关系及类型划分无必然联系。亲本必须根据性状表现及主成分值综合选择后,再根据遗传距离进行选择,不宜过分强调遗传距离远(如本研究之Ⅰ/Ⅳ类间杂交)。根据主成分值选配的9个理想亲本为:鲁棉六号、鲁棉四号、邢台6871、岱字16号、PD0113、冀棉八号、冀合3016、徐州514及鄂荆92。     

利用18个微卫星座位对剑尾鱼RR-B系遗传质量的分析

[目的]为进一步了解剑尾鱼RR-B系的遗传质量,探讨微卫星标记技术在水生实验动物遗传监测中应用的可行性。[方法]选择18个在野生剑尾鱼群体中有多态性的微卫星座位,通过PCR扩增对剑尾鱼RR-B系（红眼红体）遗传质量进行分析。[结果]18个座位在RR-B系30尾个体中均为单态,且都是纯合子,基因纯合率达100％。[结论]18个微卫星座位可作为剑尾鱼RR-B系遗传监测的分子标记;剑尾鱼RR-B系经20多代的近交培育已具有很高的遗传均一性。该研究为水生实验动物分子监测标准的制定提供了基础数据。     

冬小麦数量性状的遗传距离估测与聚类分析

本文对50个冬小麦品种的6个性状进行主成分分析。估算主成分公式如下: g_(ij)=1/(λ_i)~(1/2)sum from k=1 to n I_(Kj)g_(iK) 根据聚类分析把50个品种分成8个生态型。类群内的品种具有基本相似的生态特征和遗传基础。类间遗传距离大于类内遗传距离。选择类群间遗传距离大的、优缺点可互补的品种作为亲本,进行杂交,在其后代中可以选育出优良品种。为了改良某一品种的某一不良性状,也可以在类群内进行品种间杂交,但不能育出新品种。     

微卫星DNA的研究进展

微卫星DNA技术是现有分子标记中最有价值的一种,同时也提供了家禽遗传育种研究一种新的手段.综述了微卫星DNA研究的现状,并对该技术在以后的运用与发展进行了探讨.     

利用微卫星标记分析4个番鸭品系的遗传多样性

为研究番鸭的遗传多样性以及品系间的遗传关系,选用3对微卫星引物对4个番鸭品系(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ)的等位基因数、等位基因频率、群体多态信息含量、基因杂合度和遗传距离进行了分析。结果表明,3个微卫星基因座共检测到8个等位基因,基因频率分布在0.033 4~0.766 6;平均杂合度为0.485 2~0.559 6,品系Ⅰ平均基因杂合度最高,为0.559 6,品系Ⅲ平均基因杂合度最低,为0.485 2;平均多态信息含量为0.295 4~0.338 8,4个品系均属于中度多态。聚类分析表明,品系Ⅲ和Ⅳ的遗传距离最远,为0.419 5,表明两者的亲缘关系较远;品系Ⅰ和Ⅱ的遗传距离为0.307 1,两者的亲缘关系较近。     

微卫星标记遗传多样性的度量指标与应用

本研究对微卫星标记分析畜禽遗传多样性的方法、步骤、度量指标与影响因素及解决对策进行分析讨论,并对微卫星标记在绵、山羊遗传多样性上的应用与研究进展作了概述,为遗传育种工作提供参考依据。     

5个重庆地方猪种遗传多样性的微卫星分析

目的通过微卫星标记评估8个安徽地方猪品种的遗传多样性。方法采用PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳对FAO-ISAG联合推荐的15个微卫星标记进行分型,并计算有效等位基因数 (N_e)、期望杂合度 (H_e)、多态信息含量 (PIC)、F统计量和遗传距离等参数,探讨品种间的遗传多样性和遗传关系。结果15个微卫星标记共检测到272个等位基因,平均有效等位基因数9.561 2个。8个品种的有效等位基因数在2.445 1~3.786 6之间,期望杂合度在0.532 0~0.714 8之间,多态信息含量在0.369 8~0.890 6之间。F统计量和基因流 (N_m) 分析表明：安徽地方猪品种间存在一定程度的近交和基因流动。基于Nei氏遗传距离 (D_s) 构建系统发生树显示：8个地方猪种可分为两类：一类为皖南花猪;另一类又聚为两小支,一小支为安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪,另一小支为皖北猪、皖南黑猪、枞阳黑猪和定远猪。结论8个安徽地方猪种遗传多样性丰富,群体内存在一定程度的近交和基因流动。结果为安徽地方猪种的保护和利用提供了理论依据。     

南江黄羊4个微卫星位点遗传多态性研究

南江黄羊是我国育成的第一个肉用山羊品种,肉用性能好且具有较高的繁殖力,平均产羔率为205%。利用与绵羊高繁殖性状主效基因FecB连锁的4个微卫星标记穴OarAE101熏BM1329、BMS143、和OarHH35雪对100只南江黄羊母羊进行了遗传研究,计算了4个微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度。检测到OarAE101和BM1329有7个等位基因,BMS143有6个等位基因,OarHH35有4个等位基因。4个位点上的平均杂合度为0.9775,平均多态信息含量为0.9436,平均有效等位基因数为4.7955,这些数据可为南江黄羊的种质资源评定和新品系培育提供依据。     

利用18个微卫星座位对剑尾鱼RR-B系遗传质量的分析(英文)

[Objective] The study aimed to further understand the genetic quality of Xiphophorus helleri RR-B strain and estimate the feasibility of microsatellite markers in genetic monitoring of aquatic laboratory animals.[Method] Eighteen microsatellite loci which had polymorphism in wild X. helleri were used for genetic quality analysis of RR-B strain (red eyes and red body) by PCR. [Result] All these 18 microsatellite loci displayed single allelic gene band in 30 individuals of X. helleri RR-B strain and the average homozygote rate reached 100%. [Conclusion] These loci could be used as markers in genetic monitoring of X. helleri RR-B strain, which had obtained fairly high genetic homozygosity by inbreeding for more than 20 generations. This study provided basic data for establishing the molecular genetic monitoring standard of aquatic laboratory animals.     

洪山鸡20个微卫星座位的DNA多态性分析

[目的]对洪山鸡进行20个微卫星座位的多态性分析,为对其有效保护和开发利用提供科学依据。[方法]利用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术,对随机抽取的50只洪山鸡进行20个微卫星标记的多态性检测。[结果]在20个微卫星座位中共检出176个等位基因,平均每对引物可检出8.8个等位基因,基因频率在0.011 1～0.555 6间分布,平均有效等位基因数为5.755 5,平均杂合度为0.791 3,平均多态信息含量为0.781 9。[结论]该研究表明被检测的洪山鸡群遗传变异大,具有丰富的遗传多样性。     

中国大、中型驴种遗传多样性的微卫星分析

[目的]为分析我国大、中型驴品种遗传多样性。[方法]利用24个微卫星标记,对我国8个大、中型驴品种遗传多样性进行了检测。[结果]24个微卫星位点在8个驴品种中的多态信息含量除NVHEQ18为中度多态外,其余23个微卫星均为高度多态,8个驴种的平均PIC（0.6940）、H（0.7119）和E（3.94）,表明基因多态性和遗传多样性相对较高。[结论]这24个微卫星可作为有效的遗传标记用于各驴品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。我国大、中型驴品种的分子系统发生关系与其育成史和地理分布基本一致。     

利用微卫星标记分析4个猪品种的遗传结构

利用5个微卫星标记对4个猪品种(山西马身猪、大白猪、长白猪和太原花猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数,得到了由Nei氏标准遗传距离为基础的NJ聚类图。结果表明:大白猪与马身猪以及大白猪与太原花猪的遗传关系较远,而山西马身猪与太原花猪的遗传关系较近;山西马身猪与太原花猪的进化历史相近,大白猪与山西马身猪组合及大白猪与太原花猪的组合,可能产生较大的杂种优势。     

用微卫星标记评估中国水稻主栽品种的遗传多样性

【目的】为正确评估中国水稻(Oryza sativa L.)主栽品种的遗传多样性提供依据。【方法】应用位于水稻)12条染色体上已筛选的24个微卫星(simple sequence repeats, SSR)标记组合（每条染色体2个），分析63个主栽常规稻品种和杂交稻组合亲本(2002年推广面积达6.67×104 ha（100万亩）)的遗传变异。【结果】共检测到135个等位基因，平均每个标记5.6个；多态性频率（frequency of polymorphisms, FP）变动范围为0.486～0.840，平均0.682。水稻恢复系比保持系/不育系遗传差异大；与常规籼稻品种相比，常规粳稻品种的遗传多样性较低。聚类分析表明，中国籼稻品种主要来自华南稻区和长江流域稻区，粳稻品种则分布于北方稻区和太湖流域(江苏和浙江省)，表现出明显的地域分布特点。【结论】作者认为，应用微卫星标记所作的中国水稻品种聚类分析与传统系谱分析趋势一致，结果更为精确。     

SPF莱航鸡种群的微卫星多态性分析

【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。     

SSR标记技术在植物遗传多样性研究上的应用

微卫星(microsatellites)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs)是以1～6个碱基为基本单元的串联重复序列,具有含量丰富、多态性高、共显性和检测方法简单等优点,是研究植物遗传多样性的优异的分子标记之一,已被用于多种植物的遗传多样性研究。概述了微卫星DNA标记的原理及特点,介绍了其实验技术方法及发展,探讨了其在植物遗传多样性中的应用和发展前景。     

伏牛白山羊6个微卫星标记的遗传多样性分析

选取位于绵羊第6号染色体上与牛多胎基因FecB紧密连锁的2个微卫星基因座OarAE1 01、BM1329,牛第3号染色体上的微卫星基因座BMS1248,绵羊第4号染色体上的2个微卫星基因座MAF70、OarHH35及牛第8号染色体上的微卫星基因座BM1227,对伏牛白山羊遗传多样性进行检测。结果表明,6个微卫星基因座在伏牛白山羊中共检测到50个等位基因,其中平均多态信息含量(PIC)为0.789,且每个微卫星基因座的PIC>0.5,平均有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(H)分别为5.165、0.903。由此表明,6个微卫星标记均具有高度多态性,可用于伏牛白山羊遗传多样性的分析。