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近日,中山大学和深圳华大基因研究院联合宣布已共同完成了石斑鱼全基因组测序和组装,绘制了石斑鱼全基因组序列图谱。这是继大黄鱼和半滑舌鳎之后我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目睹科石斑鱼类基因组序列图谱.对石斑鱼的基础理论研究和产业化发展具有极大的推动作用。 相似文献
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近日,中山大学和华大基因在中山大学联合召开新闻发布会,项目负责人林浩然院士宣布"石斑鱼基因组序列图谱"绘制完成。这是我国完成的第三个鱼类基因组测序项目和全基因组序列图谱,也是世界上首个鲈形目、石斑鱼类基因组序列图谱。 相似文献
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为了解赤点石斑鱼(Epinephelus akaara)、斜带石斑鱼(E. coioides)、云纹石斑鱼(E. moara)、棕点石斑鱼(E. fuscoguttatus)和鞍带石斑鱼(E. lanceolatus)全基因组中微卫星的分布特征,本研究使用Micro-Satellite (MISA)软件对公共数据库中获取的5种石斑鱼全基因组序列进行微卫星筛选,分析了微卫星重复类型、重复拷贝类别及核心拷贝数的分布特征。结果显示,在5种石斑鱼全基因组中,均筛选出超过28万个微卫星位点,相对丰度介于271~296个/Mb之间,平均长度在22 bp左右,微卫星数量在全基因组中的占比为0.59%~0.67%,其重复类型数量、占比和相对丰度的分布趋势一致,二碱基重复最多,其次为单碱基,且随着重复单元碱基数目的增加而减少。重复拷贝类别A、AC、AAT、AAG、AGC、AATC、AAAT、AGAT、AATG、AGAGG、AAAAT、AAGAT、ACAGAG、AAANNN和AANNNN (N为除A外其他3种碱基)为优势类别。不同重复类型微卫星的拷贝数变化范围较大,但每种重复类型的拷贝数变化趋势一致,即随着拷贝数增加,微卫星数目随之递减,拷贝数为6和12时微卫星数目出现峰值。其中,各个重复类型中均有拷贝数量尤为突出的位点:鞍带石斑鱼中T、TA和AGACAG分别拷贝502、803和48次,云纹石斑鱼中GAG、CACT和CCACA分别拷贝205、652和111次。5种石斑鱼全基因组微卫星分布特征基本一致,鞍带石斑鱼和云纹石斑鱼中存在与其他3种石斑鱼显著差异的重复拷贝位点。本研究可为5种石斑鱼高质量微卫星分子标记开发提供数据参考,并为其基因组进化、遗传变异、亲缘关系和新品种选育等方面的工作奠定基础。 相似文献
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《渔业科学进展》2019,(6)
为探讨石斑鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化水平的变化,本研究采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitiveamplificationpolymorphism,MSAP)技术检测云纹石斑鱼(Epinephelus moara)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)及云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F_13个群体的基因组DNA甲基化水平,分析杂交F_1与亲本基因组DNA甲基化水平的差异。结果显示,云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的基因组DNA属于甲基化程度较高的类群;云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及其杂交F_1的DNA总甲基化率分别为60.62%、59.38%和55.78%,DNA全甲基化率分别为31.37%、30.67%和29.27%,DNA半甲基化率分别为29.25%、28.71%和26.51%;杂交F_1的DNA总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率均低于双亲,并存在极显著差异(P0.01),3个群体的全甲基化率均大于半甲基化率。研究表明,云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F_1DNA甲基化水平与杂种优势呈负相关,杂交F_1 DNA甲基化水平的降低可能是形成快速生长等杂种优势的原因之一。 相似文献
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为探讨石斑鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化水平的变化,本研究采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism, MSAP)技术检测云纹石斑鱼(Epinephelus moara)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)及云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F1 3个群体的基因组DNA甲基化水平,分析杂交F1与亲本基因组DNA甲基化水平的差异。结果显示,云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的基因组DNA属于甲基化程度较高的类群;云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及其杂交F1的DNA总甲基化率分别为60.62%、59.38%和55.78%,DNA全甲基化率分别为31.37%、30.67%和29.27%,DNA半甲基化率分别为29.25%、28.71%和26.51%;杂交F1的DNA总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率均低于双亲,并存在极显著差异(P<0.01),3个群体的全甲基化率均大于半甲基化率。研究表明,云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F1 DNA甲基化水平与杂种优势呈负相关,杂交F1 DNA甲基化水平的降低可能是形成快速生长等杂种优势的原因之一。 相似文献
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青石斑鱼微卫星DNA 标记的筛选及群体遗传多样性分析 总被引:5,自引:0,他引:5
以中国南海海域青石斑鱼(Epinephelus awoara)为材料,构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物(CA)15,用PCR法对文库进行筛选,共获得96个微卫星序列,分别分布于28个阳性重组克隆中,其中perfect(完美型)共39个(占40.6%),imperfect(非完美型)30个(占31.3%),compound perfect(混合完美型)7个(占7.3%),compound imperfect(混合非完美型)20个(占20.8%)。同时发现(CA/GT)。序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引物扩增青石斑鱼基因组DNA,有26对引物能扩增出目的片段,选用其中13对多态性稳定的引物对19尾青石斑鱼进行遗传多样性分析。结果显示,13个位点共检测到48个等位基因,平均观测杂合度(Ho)为0.5982,平均期望杂合度(He)为0.5080,平均多态信息含量(PIC)为0.4722,平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)为0.1503。实验初步表明中国南海海域青石斑鱼的遗传多样性较为丰富,但在某种程度上受到了人为的干扰。 相似文献
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斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究 总被引:1,自引:0,他引:1
本研究采用LA-PCR扩增和引物步移相结合的方法对我国辽东湾斑海豹的线粒体基因组全序列进行了测定,并完成了基因组成和系统发生学分析。辽东湾斑海豹线粒体基因组长为16 754bp,其基因构成与其他海洋哺乳动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和1个控制区。在其37个基因中,ND6、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNAPro位于L链上,其余均位于H链上。对我国辽东湾、韩国和美国阿拉斯加斑海豹线粒体基因组进行了比较分析,结果显示,三者线粒体基因组长度略有不同,差异主要体现在以重复片段形式存在的控制区序列中。值得注意的是,在编码区中,3个目标群体的线粒体ND5基因核苷酸差异最为显著,共检测到了18个突变位点,造成4处氨基酸序列变异。斑海豹线粒体基因组蛋白编码基因的变异分析及海豹科系统进化分析结果显示,我国辽东湾和韩国斑海豹的序列同源性显著高于美国阿拉斯加斑海豹,说明辽东湾和韩国斑海豹很可能来自同一个种群。 相似文献
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鲂属鱼类线粒体基因组的比较及其系统发育分析 总被引:3,自引:1,他引:2
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信息位点有691个,占总变异位点的91.16%,简约性信息位点有67个,仅占总变异位点的8.84%。22个tRNA基因中只有11个存在种间变异,共23个变异位点,主要发生在tRNA三叶草结构的TΨC和DHU臂环上。13个蛋白质编码基因中共检测出626个变异位点,这些变异主要发生在密码子第三位,占总变异位点的82.59%,其中变异位点数最多的是Cyt b基因,达84个,其次是ND 4基因(83个)。因此,Cyt b和ND4基因可作为备选的分子标记,用于鲂属群体间的遗传学研究。基于4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列构建的ML树和BI树均显示,三角鲂与厚颌鲂的亲缘关系最近,团头鲂与它们的亲缘关系相对较近,而广东鲂与前述3种鲂属鱼类的亲缘关系均较远。 相似文献
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鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析 总被引:3,自引:0,他引:3
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和Tajima’s D检验表明蛋白质编码基因主要受到净化选择(即负选择,purifying selection)的作用;其中12个蛋白质编码基因(ND6除外)有强烈的净化选择(Ka/Ks<1),而ND6基因受正选择(positive selection)影响较大(Ka/Ks>1)。4)ND4、ND2和Cytb是进行鳀科鱼类系统发育分析的较为理想的分子标记。 相似文献