PRRSV美洲型经典株、变异株和疫苗株多重RT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的快速鉴别检测方法,本研究针对PRRSV美洲型经典株、高致病性变异株以及TJM-F92疫苗株的Nsp2基因序列特点,设计2对特异性引物。经优化反应条件后,建立了能同时检测并区分PRRSV美洲型经典株、变异株及疫苗株的多重RT-PCR方法。该方法特异性强,与猪其他病毒间不存在交叉反应;敏感性高,对重组质粒标准品的检出下限为1.13×10³拷贝/μL。应用所建立的方法对349份临床疑似病料进行检测,结果检出PRRSV阳性119份,其中美洲型经典株5份、变异株107份、TJM-F92疫苗株7份,且有变异株和TJM-F92疫苗株混合阳性7份。表明本研究成功建立了PRRSV美洲型经典株、变异株及TJM-F92疫苗株的多重RT-PCR鉴别检测方法,可用于PRRSV的临床检测及流行病学调查。     

鉴别欧洲型和美洲型PRRSV荧光定量RT-PCR方法的建立

为了建立鉴别欧洲型和美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的荧光定量RT-PCR方法,根据欧洲型和美洲型PRRSV的M基因保守序列设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,通过优化反应体系和扩增条件,建立了能够鉴别欧洲型和美洲型PRRSV的双重双色荧光定量RT-PCR方法。该方法的重复试验表明其组内和组间的变异系数最高分别为1.30%和1.96%;灵敏性及特异性试验表明其检测下限为1×101copies/μL,而且与其他一些猪源病毒无交叉反应,具有良好的特异性。该检测方法的建立为不同型别的PRRSV快速诊断提供了有效手段,能够应用于临床样品检测。     

多重实时荧光定量PCR鉴别欧洲型、美洲型和高致病性PRRSV检测方法的建立

根据欧洲型N基因、美洲型M基因和高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)nsp2基因的各自保守序列设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,通过优化反应体系和扩增条件,建立了能够检测欧洲型、美洲型和高致病性PRRSV的多重实时荧光定量PCR方法。该方法的重复试验表明其批内和批间的变异系数最高值分别为1.84%和1.76%;灵敏性试验表明其检测下限为10copies/μL;特异性试验表明与其他一些猪源病毒无交叉反应,具有良好的特异性;临床试验表明,该方法能够快速准确地检测出临床组织样本中美洲型及高致病性PRRSV的核酸;此外,本研究用欧洲型PRRSV质粒进一步验证了该方法可以检测出欧洲型PRRSV的目的基因。该方法的建立为不同类型的PRRSV快速检测提供了有效手段,可用于猪繁殖与呼吸综合征疫情的监测及防控。     

CSFV及美洲型、欧洲型PRRSV多重qRT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

根据猪瘟病毒(CSFV)以及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因组序列特点,设计3对特异性引物和3条TaqMan探针,经过反应条件的优化,建立了能同时检测并区分CSFV以及美洲型、欧洲型PRRSV的多重TaqMan荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法。该方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,可以特异扩增CSFV和PRRSV,而与猪的其它常见病毒无交叉反应;对CSFV及美洲型、欧洲型PRRSV3种重组质粒标准品的检出下限均为2.68拷贝/μL;组内及组间重复试验的变异系数均小于1.5%。应用该方法对253份临床疑似样品进行检测,结果病原阳性106份,其中20份为CSFV阳性,86份为美洲型PRRSV阳性,11份为CSFV和美洲型PRRSV混合感染,未检测到欧洲型PRRSV。试验表明,研究建立的多重qRT-PCR方法可用于CSFV和PRRSV的快速鉴别检测及流行病学调查。     

一步法RT-PCR同时检测CSFV和PRRSV方法的建立及应用

猪瘟(CSF)和猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是严重危害云南养猪业的传染病,为了建立一种能快速诊断猪瘟和猪繁殖与呼吸综合征混合感染的方法,根据NCBI上已发表的猪瘟病毒(CSFV)保守基因Erns和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)保守基因M基因的核苷酸序列,利用Oligo 6.0设计了2对特异性引物,经过PCR反应...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒一步多重RT-PCR检测方法的建立及应用

本研究旨在建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的一步多重RT-PCR检测方法.通过多序列比对以及反应条件的优化,从4对引物中精选了3对特异性和敏感性较好、扩增片段分别为228、345和490 bp的引物,并应用所建立的方法对4种分离株的细胞毒和组织毒、田间样品及临床症状相似的疾病猪瘟和猪伪狂犬病毒做了检测;并对田间及实验室样品进行符合率试验,对阳性样品进行重复性试验.与常规RT-PCR法进行比较,证明该方法比常规RT-PCR法敏感性提高了10倍;而且利用该方法可使检测时间大大缩短;特异性试验证实该方法无交叉反应;阳性和阴性样本的符合率均为100％;3次阳性样品重复性检测结果完全相同;稳定性试验显示该试剂盒至少可保存1年以上.本研究所建立的PRRSV一步多重RT-PCR检测方法的敏感性高、特异性强、操作简便、省时、结果重复性好,不仅适用于临床病例尤其低微含量样品的诊断,而且在筛查隐形带毒动物及兽医检疫方面具有重要的应用价值.     

CSFV与PRRSV双重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立能同时检测猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的RT-PCR方法,根据CSFV和PRRSV的保守区域各设计1对特异性引物,预期扩增片段大小分别为356和546 bp,通过对反应条件的优化及特异性、灵敏性和重复性试验,建立了CSFV和PRRSV的双重RT-PCR方法。结果显示:该方法能特异检测CSFV和PRRSV的cDNA最低量分别为0.96、1.48 ng,而对猪伪狂犬病毒(PRV)和猪圆环病毒(PCV)检测结果均为阴性;利用建立的双重RT-PCR对云南省部分地区送检的174份疑似CSFV及PRRSV感染的病料进行检测显示,CSFV感染率为24.14%,PRRSV感染率为47.70%,CSFV与PRRSV的混合感染率为16.67%,检测结果与单一RT-PCR结果相一致,且具有良好的可重复性;利用免疫组织化学方法对部分检测结果加以验证,验证结果与检测结果均一致。本研究成功建立了CSFV和PRRSV双重RT-PCR检测方法,为二者的快速检测和分子流行病学调查提供了一种有效手段。     

欧洲型PRRSV RT-PCR检测方法的建立及ORF7基因序列比较

根据PRRSV(LV株)ORF7基因设计一对引物,建立了欧洲型PRRSV的RT-PCR检测方法.通过对50份组织病料检测及其ORF7基因序列分析,结果表明,有4份组织病料扩增出欧洲型PRRSV 576bp特异性片段,阳性率为8%,其ORF7基因序列和氨基酸推导序列与欧洲型PRRSV弱毒疫苗株(AMERVAC-PRRS)的同源性分别在99.0%～99.7%和98.5%～100%之间,而与标准毒株(LV)的同源性分别在95.9%～96.6%和96.9%～97.7%之间.表明该PT-PCR体系适合组织病料中欧洲型PRRSV的直接检测,同时也证实了欧洲型PRRSV在我国的存在,并且与疫苗株之间具有较高的同源性.     

实时荧光RT-PCR鉴别检测美洲型PRRSV及其变异株

本研究建立了美洲型猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)通用实时荧光RT-PCR和PRRSV变异株特异性实时荧光RT-PCR检测方法,对方法的灵敏度和特异性进行了验证,并对24个临床可疑样品进行检测.结果显示,实时...     

检测CSFV、JEV、PRRSV三种RNA病毒多重RT-PCR方法的建立

猪瘟病毒(CSFV)、流行性乙型脑炎病毒(JEV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)是引起严重的种猪繁殖障碍的病原,而且经常混合感染,及时准确诊断是防治的前提。根据GenBank发表序列选取3对引物建立检测CSFV、JEV和PRRSV病毒的多重RT-PCR方法,扩增产物分别为508 bp、380 bp、263 bp。经与IDEXX商品化的检测CSW抗原试剂盒比较,二者的符合率为96.7%;扩增JEV和PRRSV PCR产物分别经EcoR V和Sau3A I酶切得到预期的片段。建立的多重RT-PCR检测JEV、PRRSV和CSFV敏感度分别为12.5个TCID_(50)、10个TCID_(50)和10~(-3)ng总RNA。结果表明该多重RT-PCR方法具有很好的特异性和敏感性,可用于临床三种病毒核酸的检测。     

猪繁殖与呼吸综合征3种毒株多重PCR检测方法的建立

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因序列设计2对特异性引物,第1对通用引物扩增美洲型经典毒株和变异毒株Nsp2基因(466bp/376bp),第2对引物特异性扩增欧洲型毒株ORF7基因(580bp)。反应条件优化后,建立了能够同时检测美洲型经典毒株、美洲型变异毒株和欧洲型毒株的多重PCR检测方法。该方法可以特异性扩增3种毒株的基因,目的基因片段大小差异在90bp以上便于电泳观察,重组质粒标准品检测下限为1.93×103拷贝。应用该方法检测183份临床疑似病例,结果 PRRSV阳性35份,其中美洲型经典株2份,美洲型变异株31份,欧洲型毒株3份,美洲型变异株和欧洲型毒株混合感染1份。表明建立的多重PCR检测方法具有快速、准确、敏感等优点,对PRRSV 3种毒株的快速诊断有十分重要的意义。     

Establishment of a multiplex RT-PCR assay for the rapid detection of fish cytokines

To monitor the expression of cytokine genes in Japanese pufferfish, a novel platform for quantitative multiplexed analysis was developed. This custom-designed multiplex RT-PCR assay was used to analyze the expression profiles of 19 cytokine genes, including pro-inflammatory (IL-1β, IL-6, IL-17A/F3, IL-18, TNF-α, TNF-N), anti-inflammatory (IL-4/13A, IL-4/13B, IL-10), T-cell proliferation/differentiation (IL-2, IL-15, IL-21, TGF-β1), B-cell activation/differentiation (IL-7, IL-6, IL-4/13A, IL-4/13B), NK cell stimulation (IL-12p35 and IL-12p40), induction of anti-viral activity (I-IFN-1 and IFN-γ), and monocyte/macrophage progenitor cell proliferation (M-CSF1b) cytokines in head kidney cells under immune stimulatory conditions. The expression profiles were dissimilar in the unstimulated control and immune-stimulated cells. Moreover, increased expression profile was observed due to different stimulations for IL-1β, IL-6, IL-10, IL-12p35, IL-12p40, IL-21, TNF-α, TNF-N, I-IFN-1 and IFN-γ genes. These results suggest that cytokine genes could be used as biomarkers to know the immune status of fish. The constructed multiplex RT-PCR assay will enhance understanding on immune regulation by cytokines in fish.     

PCV2、PRV和PRRSV多重PCR方法的建立及其应用

根据GenBank登录的猪伪狂犬病毒（PRV）、猪圆环病毒2型（PCV2）和猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的参考基因序列,设计3对引物分别用于扩增PCV2的ORF2基因、PRV的gE基因、PRRSV的N基因的目的片段,通过优化反应中各个影响因素,建立了PRV、PCV2、PRRSV的多重PCR（mPCR）检测方法。敏感性和特异性的结果表明,该方法对这3种病毒的最低核酸检出量分别为32.5（PRV）、25.2（PCV2）、35.9pg（PRRSV）。该方法对猪流感病毒（SIV）、猪圆环病毒1型（PCV1）、大肠杆菌、猪瘟病毒（CSFV）、猪流行性腹泻病毒（TGE）等病毒的检测结果均为阴性。200份临床样品的多重PCR结果表明,PCV2感染率为80%（160/200）,PRV感染率为21%（42/200）,PRRSV的感染率为78%（156/200）。200份临床样品主要为PCV2和PRRSV混合感染,阳性率达56.0%（112/200）。该方法的建立对这3种病毒病的早期快速检测和指导临床实践具有十分重要的意义。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒与非典型瘟病毒双重RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立同时快速简便地检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)与非典型瘟病毒(APPV)两种病毒的方法,本研究根据GenBank中登录的PRRSV、APPV的基因序列,选取PRRSV的ORF2基因和APPV的NS2基因分别设计特异性引物,通过优化反应条件,建立了能够同时检测PRRSV与APPV的双重RT-PCR方法。利用该方法对PRRSV、APPV重组质粒、猪瘟病毒、乙型脑炎病毒、猪流行性腹泻病毒的cDNA和阴性对照进行检测,结果显示除PRRSV和APPV重组质粒扩增结果为阳性外,其余均为阴性,表明其特异性良好;该方法对APPV和PRRSV质粒标准品的最低检出量分别为2.17×10~4拷贝/μL、3.13×10~3拷贝/μL,敏感性较高;同时批间和批内重复性试验表明该方法重复性好。利用该方法对四川地区临床73份疑似仔猪颤抖病与猪繁殖与呼吸综合征病的病料样品进行检测,结果与单一RT-PCR的检测符合率为100%。本研究建立的双重RT-PCR方法具有良好的实用性,可用于临床样品的检测,对临床早期诊断具有重要意义。     

北美型猪蓝耳病病毒鉴别RT-PCR检测方法的建立及应用

参考Genbank发表的美洲型猪蓝耳病病毒(porcine reproductive and respiratory syndrone virus,PRRSV)CH-1a(北美型经典PRRSV)、JXA1(北美型HP-PRRSV)等毒株的的主要结构蛋白基因序列,应用Primer5.0软件设计了一对特异性的北美型PRRSV鉴别检测引物,其对经典PRRSV的扩增片段为511bp,对HP-PRRSV的扩增目片段为421bp。进行了该方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了美洲型PRRSV鉴别RT-PCR检测方法。应用此法对2010年1—12月收集的126份临床样品进行了检测,总体检出率达53.17﹪。结果表明该方法具有特异、敏感、重复性好等优点,可用于北美型PRRSV的临床发病鉴别检测及流行病学监测等工作。     

鸭甲肝病毒基因A型和C型双重RT-PCR检测法的建立

为建立同时检测基因A型和C型鸭甲肝病毒(DHAV-A,DHAV-C)的双重RT-PCR方法,本实验根据GenBank中DHAV-A和DHAV-C全基因组序列,针对DHAV-A的3C、3D和DHAV-C的2C区域分别设计了2对引物,通过对反应体系和反应条件的优化及特异性、灵敏度评价,建立了检测DHAV-A和DHAV-C的双重RT-PCR方法.该方法能够分别从DHAV-A、DHAV-C阳性样本中扩增出DHAV-A (259 bp)和DHAV-C (194 bp)的特异片段,而不与其它被检的无关病原发生非特异反应;对DHAV-A和DHAV-C的最低检出限分别为4.98×104拷贝/μL、1.68×104拷贝/μL;对2009年8月至2011年7月送检病料检出DHAV-A和DHAV-C的阳性率分别为20％(14/70)、70％(49/70);随机抽取的DHAV-CPCR阳性样本的病毒分离结果与双重RT-PCR检测结果的符合率为100％(16/16).本研究结果显示,建立的双重RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可用于临床DHAV的快速鉴别诊断.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒细胞受体Sn和CD163TaqMan荧光定量RT-PCR方法的建立

为建立检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)允许细胞表面的Sn和CD163受体的方法,本研究设计针对Sn和CD163基因的特异性引物和荧光探针,建立了检测PRRSV Sn和CD163受体的荧光定量RT-PCR方法.结果显示,该方法在检测101 copies/μL～108 copies/μL模板范围内具有良好的线性关系.标准曲线的相关系数r值均大于0.996,扩增效率分别为100％和107％;该检测方法对Sn和CD163的检测下限均为10拷贝,敏感性高;批内重复试验和批间重复试验的变异系数均小于5％,具有良好的重复性.利用该方法对PRRSV感染肺泡巨噬细胞(PAM) 72 h后Sn和CD163受体mRNA的转录水平进行了检测,结果表明Sn和CD163受体的转录 水平显著上调.本研究为PRRSV病毒感染后两种主要受体变化趋势的研究提供了有效的检测方法.     

基因2型牛病毒性腹泻病毒RT-PCR检测方法的建立和初步应用

根据已发表的牛病毒性腹泻病毒基因1型(BVDV-1)和2型(BVDV-2)5非编码区(5-UTR)的序列,分别设计了针对BVDV-1型、BVDV-2型以及针对BVDV-1和BVDV-2两型的特异性引物和通用引物,以标准参考株BVDV-1 NADL株和BVDV-2890 株为对照,建立了分别能检测BVDV-1、BVDV-2和BVDV-1/BVDV-2的RT-PCR 检测方法.在此基础上,进一步对疑似BVDV-2感染牛的临床病料组织(脾、淋巴结、心肌、血液等)检测结果表明,在所检测的18份样品中,BVDV-2阳性8份(44%).经RT-PCR鉴定为阳性的组织病料,进一步通过MDBK 细胞进行病毒分离,病毒分离率为100%;结合感染细胞病变观察,间接免疫荧光试验RT-PCR和序列测定鉴定,所分离的病毒均为BVDV-2.上述研究表明,该RT-PCR检测方法敏感、特异;并证实我国牛群已存在BVDV-2的污染或感染.     

PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立鉴别检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)和猪轮状病毒(PRoV)的方法,本研究分别针对PEDVN基因、TGEVM基因、PDCoVM基因和PRoVVP6基因设计特异性引物和TaqMan探针,经过优化反应条件,建立了同时检测4种病毒的多重TaqMan荧光定量RT-PCR方法。结果显示,该方法仅特异性扩增PEDV、TGEV、PDCoV和PRoV,与猪其它主要病毒无交叉反应,特异性较强;对PEDV、TGEV、PDCoV和PRoV的质粒标准品的最低检出限分别为2.06×10^2拷贝/μL、2.06×10^2拷贝/μL、2.06×10^1拷贝/μL、2.06×10^3拷贝/μL,具有较高敏感性;组内与组间变异系数均小于1.1%,具有良好的重复性。应用该方法和普通多重RT-PCR检测临床采集的243份腹泻病料样品,两者的符合率为96.71%。本研究建立的方法为临床PEDV、TGEV、PDCoV、PRoV的鉴别检测及流行病学调查提供了一种快速、特异、敏感、高效的技术手段。     

北美H7亚型禽流感病毒RT-PCR检测方法的建立

本研究通过分析NCBI数据库中H7亚型禽流感病毒HA基因序列,根据该基因设计引物,建立了针对北美H7亚型禽流感病毒HA基因的一步法RT-PCR检测方法,并对反应条件进行了优化。该方法可特异地检出北美H7亚型禽流感病毒HA基因,而未检出欧亚分支H7亚型禽流感病毒H7N2和H7N9、其他亚型流感病毒(H1N1、H3N2、H5N1、H5N8和H9N2),以及新城疫病毒和鸡传染性支气管炎病毒;检测方法的灵敏度可达0.1 pg/μL。该检测方法的建立为监测北美H7亚型禽流感病毒提供了良好的技术支撑,可用于外来禽流感病毒的检测。