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1.
为了研究Smad1/5基因在泥蚶生长、发育过程中的调控作用,本文利用SMART RACE方法克隆得到泥蚶Smad1/5基因(Tg-Smad1/5)的cDNA全长序列,该序列全长2 424 bp,开放阅读框有1 386 bp,编码462个氨基酸。Tg-Smad1/5蛋白与合浦珠母贝Smad5、太平洋牡蛎Smad5和大西洋舟螺Smad1的同源性分别达到了92.3%,91.2%和80.4%,与脊椎动物的同源性都在70%以上;该蛋白包含MH1和MH2区两个较为保守的结构域,此结构与高等动物Smad1和Smad5蛋白极为相似,表明该基因在物种进化过程中比较保守。利用qRT-PCR技术,研究了Smad1/5基因在泥蚶6个组织和9个发育时期中的表达情况,结果显示,Tg-Smad1/5基因在泥蚶成贝6个组织中均有表达,而在斧足中的表达量最高,极显著地高于其他组织;在各发育时期中,Tg-Smad1/5表达量随发育进程呈逐渐升高的趋势,在眼点幼虫期达到最高,极显著高于其他时期,而在变态至稚贝时,表达量又极显著地下降。研究结果表明,Tg-Smad1/5具有类似于高等动物的分子结构,并在泥蚶不同组织、不同发育时期表达有所差异,这为进一步研究该基因在贝类中的功能和作用机制奠定了重要基础。 相似文献
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为探索贝类乙二醛酶Ⅰ基因的结构及功能特征,实验利用RACE技术首次克隆获得泥蚶乙二醛Ⅰ基因(Tg-GLOI)的cDNA全长序列,并对其氨基酸序列特征及时空表达特征进行了研究。结果发现,Tg-GLOI基因的cDNA全长序列为1 807 bp,开放阅读框为540 bp,编码180个氨基酸,在27~169 aa处具有典型的乙二醛酶系保守序列;成熟的乙二醛酶Ⅰ由2个相同的亚基组成,每个亚基由乙二醛Ⅰ基因编码,其二级结构由18个α-螺旋、20个β-折叠片和36个转角组成,每个亚基各含1个Zn2+;氨基酸序列比对发现,Tg-GLOI氨基酸序列与太平洋牡蛎的同源性达到86.1%,与其他脊椎动物的同源性也都在70%以上,表现出高度保守性。qRT-PCR结果显示,Tg-GLOI基因在泥蚶成贝8个组织中均有表达,在内脏团中的表达量最高,极显著地高于其他组织(P0.01);在各发育时期中,Tg-GLOI表达量随发育进程呈逐渐升高的趋势,在眼点幼虫期达到最高,极显著高于其他时期(P0.01),而在幼虫变态至稚贝时,表达量又极显著地下降(P0.01)。研究表明,Tg-GLOI具有类似于高等动物的分子结构,并在泥蚶不同组织、不同发育时期表达差异显著,这为进一步研究该酶在贝类中的功能和作用机制奠定了重要基础。 相似文献
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本研究采用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)IGF-IR基因全长cDNA序列, 并对该基因在草鱼不同时期胚胎和成鱼不同组织中的表达进行了分析。序列分析表明, 草鱼IGF-IR基因cDNA序列全长5 741 bp, 包括5′端非翻译区822 bp, 3′端非翻译区581 bp, 开放阅读框4 338 bp, 共编码1 445个氨基酸。序列比对结果显示, 草鱼IGF-IR可能属于a型, 该基因编码的氨基酸序列与鲤(Cyprinus carpio)IGF-IRa、斑马鱼(Danio rerio)IGF-IRa和人类(Homo sapiens)IGF-IR的相似性分别为95%、93%和66%, 具有较高的同源性, 表明该基因在长期进化中具有较高的保守性。RT-PCR结果表明, 该基因从16 hpf(hours post fertilization)胚胎期到出苗期都有表达, 在成鱼大部分组织中均有表达。原位杂交结果显示, 草鱼IGF-IR mRNA在不同时期胚胎组织中广泛存在, 其中在脑部、脊索和尾部等生长旺盛组织的细胞中表达量较高。本研究为进一步探索草鱼IGF-IR基因在生长发育信号通路中的作用和育种提供了基础资料。
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泥蚶基质金属蛋白酶组织抑制因子3基因的克隆及镉免疫表达研究 总被引:1,自引:1,他引:1
通过已构建的泥蚶转录组文库EST,利用SMART RACE技术扩增得到泥蚶Tg-TIMP-3基因全长c DNA序列,并对其进行生物信息学和组织表达相关分析。结果显示,泥蚶Tg-TIMP-3 c DNA全长为804 bp,其中开放阅读框为570 bp,编码189个氨基酸;氨基酸序列比对发现其氨基酸序列与其他动物的相似性并不高,与长牡蛎的相似性仅为35.8%,但TIMP基因的两个功能域(N端和C端)相对保守。qRT-PCR检测结果显示:Tg-TIMP-3 mRNA在鳃中表达最高,外套膜和肝胰腺次之,表达量最低的是血液。在不同浓度重金属镉(Cd)攻毒后,泥蚶鳃中的Tg-TIMP-3 mRNA表达量先略微下调后显著上调达到最高,其中25μg/L和250μg/L镉攻毒后在6 h时表达量达到最高(P<0.01),500μg/L镉攻毒后在9 h时表达量达到最高,48 h后各浓度组Tg-TIMP-3基因表达受到不同程度抑制。研究表明,Tg-TIMP-3对重金属Cd免疫防御或解毒中可能起重要作用,而泥蚶鳃组织中的Tg-TIMP-3 mRNA表达对不同浓度Cd的抗逆免疫反应的灵敏度和时序上存在一定差异。 相似文献
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通过cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of c DNA ends,RACE)技术克隆得到魁蚶(Scapharca broughtonii)C型凝集素(C-type lectin,Sb-Lec1)基因,该基因全长为700 bp,其中,5′-UTR为29 bp,3′-UTR为167 bp,开放阅读框长度为504 bp,编码167个氨基酸,包括长度为23个氨基酸的信号肽序列、129个氨基酸的糖识别结构域(CRD)以及参与二硫键形成的6个半胱氨酸。预测蛋白分子量为19.11 k Da,理论等电点为4.74。多序列比对结果显示,Sb-Lec1基因CRD编码的氨基酸序列与长牡蛎(Crassostrea gigas)、紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)和海湾扇贝(Argopecten irradians)C型凝集素的同源性分别为38%~40%、34%~35%和38%~39%,Sb-Lec1基因编码的氨基酸序列与其他物种的凝集素基因具有相似的结构,均含有形成二硫键的4个保守半胱氨酸。系统进化分析结果显示,魁蚶先与贝类聚为一支,再与脊椎动物聚在一起,表明魁蚶Sb-Lec1基因在进化树上的位置与其传统分类所处位置一致。采用荧光定量PCR技术,检测了Sb-Lec1基因在组织中的表达情况,发现其在肝胰腺、血淋巴、鳃、外套膜、闭壳肌、斧足中均有表达,其中,肝胰腺表达量最高。同时,分析了Sb-Lec1基因在鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激下的mRNA表达量变化情况。结果显示,与对照组相比,菌刺激组Sb-Lec1基因mRNA在各检测组织中的表达量均显著上调(P0.05),随着刺激时间的延长,表达量呈先升高后降低的趋势。本研究表明,魁蚶Sb-Lec1基因在机体免疫防御方面发挥重要功能。 相似文献
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栉孔扇贝wnt4基因cDNA克隆及表达分析 总被引:2,自引:0,他引:2
由栉孔扇贝(Chlamys farreri)转录组数据库获得wnt4基因的一段表达序列标签(EST)序列,利用SMART-RACE技术克隆了wnt4基因cDNA全长序列,该序列长1 239 bp,其中开放阅读框为1 068 bp,可以编码355个氨基酸,推导的氨基酸序列含有WNT家族特有序列,且与沙蚕(Platynereis dumerilii)、海胆(Heliocidariserythrogramma)、人(Homo sapiens)等物种WNT4同源性都在60%以上。半定量RT-PCR结果显示,除肾脏外,wnt4基因在栉孔扇贝的精巢、卵巢、闭壳肌、肝胰腺、鳃、外套膜组织中均有表达,但表达量较低。定量RT-PCR结果表明:wnt4基因在成熟期的精卵巢中表达量最高,增殖期和休止期表达量次之,生长期表达量最低;整个生殖周期中精巢表达量高于卵巢。该基因在栉孔扇贝多个组织中的表达特性,暗示其参与了多样的生物学过程;在性腺中的表达特征表明其可能参与两性性腺的发育并在生殖细胞成熟过程中发挥作用。 相似文献
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乳山湾泥蚶繁殖期及蚶苗的生长与分布 总被引:1,自引:2,他引:1
本文报道了对山东乳山县乳山湾泥蚶(Tegillarca granosa)的繁殖期、蚶苗的生长和分布等所调查的结果。调查表明,7月初、7月中旬和8月上旬是乳山湾泥蚶的繁殖盛期;蚶苗入冬时的壳长可达5毫米左右,甚至超过8毫米,蚶苗生长的适宜温度是23-28℃,其月增长可达1.3-1.4毫米;蚶苗的分布与潮位呈明显的负相关,蚶苗集中在低潮线至中潮区下部的狭长地带,在这地带潮位越高蚶苗个体越大;蚶苗分布与底质的关系密切,当底质中直径为190微米的颗粒占65-85%时,蚶苗的分布量较大。文中对采苗预报和采苗时间的确定等提出了建议。 相似文献
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胭脂鱼生长激素基因cDNA的克隆和原核表达 总被引:1,自引:0,他引:1
从脑垂体中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增并克隆到了胭脂鱼的生长激素(GH)基因cDNA。胭脂鱼生长激素基因的开放阅读框(ORF)均包括633个核苷酸,编码210个氨基酸,其中包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。把GH成熟肽的cDNA克隆入表达载体pET-28 a,用IPTG诱导重组蛋白的表达,其表达量超过细胞蛋白总量的50%,主要为不溶性的包含体。细菌裂解液沉淀溶于8M尿素后,用固定化金属配体亲和层析纯化,获得了相对分子质量为24kDa的单一蛋白带。 相似文献
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采用RT-PCR方法扩增、克隆和鉴定了泥蚶(Tegillarca granosa)的金属硫蛋白(Metallothionein,MT)基因(TgMT)的开放阅读框(ORF)。基于金属硫蛋白氨基酸序列构建的系统进化树表明,泥蚶和魁蚶(Scapharca broughtonii)的亲缘关系最近。利用ORF序列,构建原核重组表达质粒。重组质粒经PCR、酶切鉴定及测序验证后转化大肠杆菌(Escherichia coli)BL21(DE3),经IPTG诱导,表达重组蛋白,重组蛋白的分子量约为28.3 kD。可溶性分析表明重组蛋白主要以可溶性形式存在。用His-tag柱亲和纯化重组蛋白,并利用重组蛋白制备了兔抗血清。Real-time PCR和Western blot实验表明,金属硫蛋白在泥蚶的各个组织中都有表达,并且在消化腺中的表达量最高。采用激光共聚焦显微镜,对泥蚶的消化腺进行免疫组化定位分析,发现泥蚶的MT主要存在于消化腺腺管上皮细胞的胞质中。泥蚶MT的克隆和表达研究为进一步研究该蛋白在环境监测中的作用、探讨细胞解毒的分子生物学机制奠定了基础。 相似文献
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利用RACE技术克隆得到了斑马鱼(Danio rerio)白三烯B4受体样(BLT1-like)基因BLT1-like1和BLT1-like2的全长cDNA序列,其分别编码339和356个氨基酸。序列和结构分析发现,其编码的两个蛋白均属于G蛋白偶联受体家族视紫红质蛋白亚族,并具有典型的G蛋白偶联受体的特征,与人的BLT1同源度达31%以上。进一步将两基因与绿色荧光蛋白融合表达,发现其具有较好的细胞膜定位功能;Western印迹检测也证实,重组表达细胞的全细胞蛋白可与人源BLT1的多克隆抗体发生特异性相互作用。此外,荧光定量PCR分析结果显示,在斑马鱼幼鱼发育过程中,BLT1-like1基因在胚胎发育12 h显著上调,mRNA表达量上升至1 h的18倍,而BLT1-like2基因在胚胎发育24 h发生显著上调,表达量上升至1 h的34倍;而在斑马鱼成鱼中两个基因在心脏和肝脏中表达量相对较高,而肠、皮和眼睛中表达量相对较低。本研究的结果说明斑马鱼中可能存在多个BLT1基因,并为鱼类BLT1基因的克隆和功能鉴定提供基础。 相似文献
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泥蚶生长性状属于数量性状,为了筛选与泥蚶生长性状位点连锁的分子标记,本研究以150颗选育品系F4泥蚶为对象,利用12个SSR位点进行生长性状关联分析。对生长性状的相关分析表明,各数量性状之间的相关系数均达到极显著水平,其中壳高与活体质量的相关系数最大(0.930),壳长与活体质量次之(0.927);但通径分析显示,对活体质量直接影响最大的是壳宽(0.431),壳长次之(0.332),决定系数与以上通径分析结果的变化趋势一致。应用SSR位点对选育品系F4泥蚶进行遗传多样性分析,共检测到61个等位基因,等位基因数(Na)为3~8个,平均等位基因和有效等位基因(Ne)分别为5.083和3.038;平均观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态性信息含量(PIC)分别为0.528、0.646和0.594,表明该群体遗传多样性处于较高水平。SSR位点与生长性状相关性分析,结果获得3个标记与生长性状具有显著相关性,其中标记3012-2与壳长、壳宽、壳顶宽显著相关,标记3564与壳高、放射肋宽显著相关,标记2692与壳长显著相关,据此初步确定为与生长性状相关的候选标记。本研究旨在为泥蚶的遗传改良和... 相似文献
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为了研究含Armadillo重复蛋白8在凡纳滨对虾抗病感染过程中所起的免疫作用,本实验采用RACE-PCR技术首次克隆得到凡纳滨对虾ARMC8基因(LvARMC8,Gen Bank注册号:KX058562)的c DNA序列全长,并利用在线软件进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(Rt-PCR)技术对LvARMC8基因在凡纳滨对虾不同组织及感染白斑综合征病毒和副溶血弧菌过程中的表达变化特征进行分析。结果显示,LvARMC8基因全长为2917bp,其中开放阅读框长2046 bp,编码681个氨基酸,5′非编码区长49 bp,3′非编码区长822 bp。预测分析显示LvARMC8编码的蛋白质含有6个ARM结构域。同源性分析发现,LvARMC8基因与内华达古白蚁ARMC8基因的相似度最高,为71%。系统进化分析结果显示,LvARMC8和多种无脊椎动物ARMC8聚为一支,其中与昆虫类动物赤拟谷盗、致倦库蚊和柑橘凤蝶的亲缘关系最近。Rt-PCR分析发现,LvARMC8基因在凡纳滨对虾多个组织中均能检测出,在表皮中表达量最高,眼柄中表达量最低。WSSV感染后12 h,LvARMC8基因在凡纳滨对虾血液中的表达量显著降低,但48 h后显著升高,72 h达到最高水平。除副溶血弧菌感染后24 h外的时间点,LvARMC8基因在凡纳滨对虾血液中的表达量均显著升高。研究表明,LvARMC8基因可能参与凡纳滨对虾抗病免疫应答途径。 相似文献
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泥蚶4个快速生长家系的遗传变异分析 总被引:1,自引:2,他引:1
利用AFLP分子标记技术对泥蚶4个快速生长家系(J5♂×Z19♀、Z7♂×J26♀、S1♂×Z3♀、S6♂×Z22♀)的遗传结构及遗传差异进行了分析。用筛选出的9对引物组合在4个家系共124个个体中扩增出506个位点,多态位点比例72.53%。遗传结构分析表明,4个家系的多态位点比例为51.14%~60.75%。从Nei基因多样性指数和Shannon’s信息指数反映的遗传多样性来看,4个家系的遗传多样性由大到小依次为J5♂×Z19♀>S6♂×Z22♀>S1♂×Z3♀>Z7♂×J26♀。基因分化系数GST和AMOVA分子方差分析表明,遗传变异主要来源于家系内个体间。4家系间总遗传分化指数FST=0.383 7,说明家系间已发生了一定程度的遗传分化。遗传距离和聚类分析表明,J5♂×Z19♀与其它3个家系间的遗传距离均较大(0.120 1~0.125 4),单独分出一支,而S1♂×Z3♀与S6♂×Z22♀间的遗传距离最小(0.089 6),首先聚在一起。另外,在4个家系的指纹图谱中找到了40个特征性标记,可作为家系鉴别的分子标记。依据家系的遗传多样性和遗传差异分析,可有效预测快速生长家系选育的最佳亲本配组,为分子标记辅助泥蚶家系选育提供科学理论依据。 相似文献
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谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidase,GPX)是植物活性氧(ROS)清除酶促系统的重要成员之一,在植物逆境胁迫应答中发挥着重要作用。本研究以坛紫菜(Pyropia haitanensis)为研究材料采用RACE技术克隆获得了一条坛紫菜的GPX全长基因序列,命名为PhGPX(Gen Bank收录号:JX673908)。该基因序列全长1027 bp,包含555 bp的开放阅读框,所编码的多肽包含184个氨基酸,分子量为19.9 k D,等电点为8.76。多序列比对和系统进化树分析结果表明Ph GPX属于植物GPX基因家族成员。基因表达水平的q PCR分析结果表明Ph GPX基因在坛紫菜叶状体和丝状体世代中的表达水平没有显著差异;高温胁迫不同时间水平下,Ph GPX基因的表达水平呈现为先上调后下调的趋势;不同失水胁迫条件下,Ph GPX基因的表达不受低水平的失水胁迫影响,但可被高水平(40%)的失水胁迫所抑制,且在复水30 min后仍然无法恢复失水胁迫前的水平。由此推测坛紫菜体内的GPX也可能存在多种家族成员,不同的逆境胁迫条件、甚至不同的逆境胁迫水平可能需要不同家族成员的GPX参与ROS的清除和防御。 相似文献
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重金属离子Cd2+对泥蚶鳃及肝脏细胞显微和超微结构的影响 总被引:1,自引:2,他引:1
研究了镉(Cd)的各个不同暴毒浓度(5,15,45,90μg/L)对泥蚶鳃和肝脏组织显微结构的影响,及高浓度暴毒情况下对泥蚶鳃和肝脏组织超微结构的影响。实验处理时间为96 h。结果发现,随着暴毒浓度的升高,鳃丝内腔隙肿胀,内有血细胞堆积,最后鳃丝出现断裂融合,其上的呼吸上皮细胞脱落,超微结构发现鳃上皮细胞中出现黑色嗜锇性物质,且次级溶酶体和线粒体数量都增加,最后细胞内出现空泡现象;Cd对肝脏显微结构的影响不大,仅出现了黄色沉积物,超微结构表明,肝细胞内亦出现了嗜锇性物质,次级溶酶体亦大量增加,这些现象与鳃丝内出现的情况一致,且肝细胞核还出现变形皱缩,甚至产生空泡,细胞出现了不可逆的损伤。最为敏感的线粒体和内质网没有出现损伤现象,研究推测可能是由于机体内Cd诱导产生的抗氧化活性酶作用的结果。 相似文献
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泥蚶34个EST-SSR标记的开发及在格粗饰蚶中的通用性检测 总被引:1,自引:0,他引:1
利用泥蚶转录组高通量测序、拼接获得的大量EST序列开发SSR标记,在1123条EST序列里筛查到73条含有SSR位点的EST序列,其中54个位点适合设计引物,在位点两侧设计引物并进行PCR扩增.结果显示,46对引物获得稳定扩增的位点,引物在泥蚶奉化群体的多态性检测中发现,有34对引物表现出多态性,共扩增出122个等位基因,各位点的等位基因数Na为2~7个,平均每个位点产生3.59个等位基因,观测杂合度Ho、期望杂合度He、多态信息含量PIC范围分别为0.000 ~ 0.600、0.078 ~0.771、0.106~0.718;Hardy-Weinberg平衡检测显示,13个位点偏离了平衡状态;用Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库对含有多态性SSR的EST进行了基因注释,25个SSR位点来自注释基因序列.将34对泥蚶多态性SSR引物在格粗饰蚶中进行了通用性检测,结果有1 1对成功扩增,8对表现为多态,通用率为23.53%,这些通用引物可用于两种蚶的遗传多样性评价、系统进化分析、比较作图和基因发掘等研究. 相似文献
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为了探究TLR6(Toll like receptor 6)在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得了马氏珠母贝TLR6基因(Pm-TLR6)c DNA全长序列,并且运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了Pm-TLR6在马氏珠母贝各组织中的表达情况、哈维氏弧菌刺激后和植核移植后血淋巴中的表达模式。结果显示:Pm-TLR6c DNA全长2295 bp,其中5′非编码区(UTR)长94 bp,3′UTR长89 bp,开放阅读框(ORF)长2112 bp,编码703个氨基酸;多序列比对结果表明物种间TLR6具有较高的保守性;PmTLR6具有跨膜域、富含亮氨酸的重复序列(LRRs)和TIR域,符合TLRs家族特征。q RTPCR数据分析表明,Pm-TLR6在马氏珠母贝肝胰脏、血细胞、鳃、性腺、闭壳肌、外套膜中均有表达,其中肝胰脏中表达量最高;哈维氏弧菌刺激后,Pm-TLR6在2 h表达上调,约为对照组(0 h)的9倍,随后的6 h恢复至正常水平,直至16 h表达水平开始回升并于24 h达到最大表达量,是对照组的29.4倍,具有显著性差异;植核移植实验结果显示PmTLR6在植核后5和10 d表达水平没有显著性变化,15和20 d表达量出现上升趋势,但差异不显著,最后于30 d达到最大值,约为空白对照组(0 d)的5倍,具有显著性差异。研究表明,Pm-TLR6可能在马氏珠母贝免疫防御反应中担任着重要的角色。 相似文献
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甲壳动物高血糖激素家族目前仅被发现存在于节肢动物中,在血糖水平调节、蜕皮、应激反应等多种生理代谢活动中发挥着重要的作用。为了解这个家族中的重要一员--甲壳动物高血糖激素(crustacean hyperglycemic hormone, CHH)如何调节河蟹体内的血糖水平,我们前期进行了转录组和表达谱分析,最终选取Esflol(Eriocheir sinensis flotillin-1 like,Esflol)作为我们的研究对象。根据转录组数据提示,结合RACE方法首次从中华绒螯蟹肝胰腺组织中克隆得到Esflol基因并进行了序列及组织表达分析。结果显示Esflol基因开放阅读框(ORF)1281bp,编码426个氨基酸,具有典型的SPFH超家族和PHB结构域,不含信号肽序列。多重序列比对分析表明,Esflol氨基酸序列与中华绒螯蟹flotillin-1相似度最高,达到57%。荧光定量PCR结果显示成熟中华绒螯蟹Esflol基因在肝胰腺组织中的表达量最高,其次为肌肉,另外在心,鳃,肠,胸神经节和胃中均有一定量表达,在脑中表达量较低。上述实验结果为下一步继续研究中华绒螯蟹糖代谢的生理机制奠定了基础,也为其他养殖类甲壳动物糖类代谢的研究提供了重要参考。 相似文献