犬瘟热病毒贵州分离株H基因的克隆及其序列分析

根据GenBank中犬瘟热病毒Onderstepoort株序列设计特异性引物,以犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)RNA为模板,应用RT-PCR对病毒H蛋白编码基因进行了扩增、克隆及序列分析.测序结果表明,CDV-GZ1 H基因ORF由1 824 bp组成,可编码607个氨基酸;与已发表23株其它CDV H基因核苷...     

貉源犬瘟热病毒血凝素基因的克隆及序列分析

为了对1例貉源犬瘟热(CD)进行病毒检测并分析其血凝素H基因变异情况,本研究从1只疑似犬瘟热病死的貉采病料进行研磨,利用RT-PCR方法扩增犬瘟热病毒H基因,对扩增出的H基因片段进行克隆测序,并对得到的H基因序列进行分析。结果表明,该貉感染犬瘟热病毒,得到的H基因核苷酸和氨基酸序列与CDV野毒株同源性较高,分别为89.1%~98.0%和85.4%~97.5%。遗传进化分析表明其属于Asia-1型野毒株,N连接糖基化位点分析结果表明,该毒株在542aa处比参考野毒株多了1个潜在的N糖基化位点,在525aa-550aa间多出了1个抗原表位。     

不同宿主来源犬瘟热病毒H基因的克隆测序与分析

应用RT-PCR的方法从2013-2015年来自我国部分地区20份犬、貂、狐和貉源犬瘟热阳性病料中克隆得到犬瘟热病毒(CDV)H基因。序列分析结果表明,20株CDV的H基因核苷酸与推导氨基酸序列的同源性分别为:90.6%~100%和90.5%~100%;相应地,与CDV3、Onderstepoort等传统疫苗株相比,其同源性分为90.4%~99.9%和89.0%~99.8%。基于CDV H基因推导氨基酸序列构建系统进化树的结果显示,除TS1510属于Amecica-1型外,其余全部为Asia-1型。表明Asia-1型犬瘟热病毒仍为目前一些地区流行基因型,弱毒感染动物也可使之产生典型犬瘟热症状。     

犬瘟热病毒山东株的分离及N蛋白基因的克隆与序列分析

本试验采用Vero细胞从临床疑似患犬瘟热的犬组织病料中分离出一株病毒,通过观察细胞病变,提取细胞培养物RNA并扩增克隆分析N蛋白基因部分序列进行了鉴定。结果表明,该毒株接种于Vero细胞后,出现了典型的细胞病变;对接种病料后的Vero细胞培养物提取总RNA进行RT-PCR扩增,得到了287 bp的目的片段;序列分析表明该分离株与犬瘟热病毒弱毒(Onderstepoort和Snyder Hill)的同源性为95.5%~96.9%,与标准强毒株(A75/17和2544/Han95)及野毒株(XJ-4、ZJ7、98-2646等)的同源性较高,为97.2%~99.0%,证明该毒株为犬瘟热病毒野毒株,命名为QD10。     

犬瘟热病毒贵州分离株N基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株N蛋白基因序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的N基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株N基因的ORF全长1572 bp,其编码氨基酸序列与国外Shuskiy株和01-2689株的同源性分别为98.9%和97.1%,与部分国内分离株同源性在95%以上,说明N蛋白是保守性较强的结构蛋白。     

犬瘟热病毒小熊猫株附着蛋白基因的序列分析

为了从基因水平上研究我们分离的犬瘟热病毒（ＣＤＶ）小熊猫（ＬＰ）毒株与疫苗弱毒Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ株的差别,本文对ＬＰ毒株附着蛋白（Ｈ）基因进行了序列测定,我们设计了４对引物,对ＬＰ株进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增,将扩增得到的４个阳性ＰＣＲ片段纯化后,直接进行测序,把所测序列拼接后,去掉侧翼的Ｆ基因和Ｌ基因序列,得到Ｈ蛋白的全基因序列,该基因全长为１９４６ｂｐ,开放阅读框架（ＯＲＦ）始于２１－２３     

济南市犬瘟热病毒H基因遗传进化分析

为了解济南市犬瘟热病毒(CDV)的流行情况,通过随机采集7份济南市2019年1月-6月份宠物医院疑似感染CDV的临床样品,提取病毒RNA,扩增CDV H基因全长序列,连接至载体,测序后进行H基因序列的氨基酸及核苷酸同源性分析、进化树分析、主要氨基酸位点突变分析以及H基因抗原表位预测分析.结果显示,7个野毒株均为Asia...     

北京地区犬瘟热病毒分离株H基因的分型

根据发表的犬瘟热病毒(CDV)参考毒株Onderstepoort的序列设计了一对引物,以感染犬瘟热病毒的犬的粪便总RNA为模板,RT-PCR扩增出17株CDV的H全基因1877bp的片段,将这个片段连接到pGEM-Teasy载体上,经酶切鉴定得到阳性克隆,将阳性质粒进行序列测定,并与国内外毒株进行同源性比较和系统发育分析,结果显示17株均为Asia-1型。北京地区流行的毒株主要是America-1型和Asia-1型,其中2007年主要流行America-1(疫苗型),而2008年主要是Asia-1型。     

犬瘟热病毒疫苗株附着蛋白基因的克隆及同源性比较

根据发表的犬瘟热病毒(CDV)参考株Ondetstepoort的序列设计1对引物,以犬瘟热病毒疫苗株感染Vero细胞总RNA为模板,利用RT-PCR扩增出附着蛋白基因843 bp片段,将这个片段连接到pMD18-T载体上,经过PCR鉴定、酶切鉴定得到1个阳性克隆,将阳性质粒进行序列测定,结果表明,该片段与Onderstepoort株核苷酸同源性为95.9%。从基因角度为犬瘟热的预防、诊断和治疗提供理论依据。     

小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列的克隆及序列分析

本研究对军事兽医研究所病毒二室分离驯化后的小熊猫源犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)基因组进行全序列测定,并对其基因组特征及H基因遗传稳定性进行比较分析。根据GenBank公布的犬瘟热病毒全长基因组序列设计合成17对特异性引物,以小熊猫源犬瘟热病毒总RNA为模板,RT-PCR进行分段扩增,并克隆到pEASY-Blunt Simple载体中,经测序、拼接获得全长cDNA序列。结果显示,小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列与GenBank登录号分别为AF014953、AY445077、AY542312、AY466011、AY386316、AF164967、EU716337、EU726268、AY443350、AB474397、GU138403和AY649446的12个不同毒株全基因序列的同源性分别为86.6%、92.4%、92.5%、92.5%、94.3%、96.3%、95.9%、87.1%、94.5%、92.3%、87.4%和94.6%,与标准强毒株A75/17株(AF164967)的亲缘关系最近,全基因同源性达96.3%,但与疫苗株Onderstepoort(AF014953)亲缘关系相对较远,同源性为86.6%。小熊猫源犬瘟热病毒H基因与其他不同地区具有代表性的30株CDV进化树分析显示,小熊猫源犬瘟热病毒属于Asia Ⅰ型,H蛋白中309－311位氨基酸残基所形成的潜在糖基化位点,为疫苗株没有而野毒株所共有的,并且可能与病毒的免疫原性有关。因此,致弱的小熊猫源CDV在预防免疫的针对性上可能强于已有的疫苗株。     

犬瘟热病毒野毒株H蛋白基因的序列分析

对引起长春某犬场犬死亡的犬瘟热病毒（ Ｃ Ｄ Ｖ）野毒株（ Ｌ Ｉ Ｕ）附着或血凝蛋白（ Ｈ）基因进行了全基因序列测定,并与疫苗弱毒 Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ 株作了比较。用 ４ 对引物对 Ｌ Ｉ Ｕ 株进行了 Ｒ Ｔ Ｐ Ｃ Ｒ 扩增,将扩增得到的 ４ 个阳性 Ｐ Ｃ Ｒ 片段纯化后直接测序。将所测序列拼接后,去掉侧翼的 Ｆ 基因和 Ｌ 基因序列,得到了 Ｈ蛋白的全基因序列。该基因全长为 １ ９４６ ｂｐ,开放阅读框架（ Ｏ Ｒ Ｆ）始于 ２１～２３ 位的 Ａ Ｔ Ｇ,终止于 １ ８４２～１ ８４４位的 Ｔ Ｇ Ａ,编码 ６０７ 个氨基酸。将 Ｌ Ｉ Ｕ 毒株与疫苗弱毒 Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ 株进行比较,二者 Ｈ 基因核苷酸序列的同源性为 ９１．７％ ,推导的 Ｈ 蛋白氨基酸序列的同源性为 ９０．２％ 。 Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ 株的 Ｈ 蛋白潜在的 Ｎ 联糖基化位点为 ４ 个,而 Ｌ Ｉ Ｕ 株 Ｈ 蛋白为 ８ 个。糖基化位点的不同可能对 Ｌ Ｉ Ｕ 株 Ｈ 蛋白的抗原性产生影响。２ 个毒株 Ｈ 蛋白的半胱氨酸残基数目均为 １２ 个,且位置是保守的;疏水性有一定的不同,但推测的穿膜区位置是相同的,位于 ３５～５５ 位氨基酸之间。     

犬瘟热病毒上海株N蛋白编码基因的克隆与序列分析

根据GenBank中犬瘟热病毒(canine distemper virus，CDV)核蛋白（N）基因序列，设计合成1对特异性引物，以CDV上海（SH）株的总RNA为模板，RT-PCR扩增N蛋白基因，并进行克隆与序列分析。结果显示：CDV SH株N蛋白基因序列与CDV TN株、 A75/17 株、2544/Han95株、98-2654 株、5804株、Onderstepoort疫苗株的同源性分别为98.9%、97.6%、96.7%、96.9%、96.6%、93.9%；编码氨基酸的同源性分别为99.0%、98.7%、98.1%、97.9%、97.9%、96.9%。推测N蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。     

犬瘟热病毒SH株N蛋白基因序列分析

根据GenBank中犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)N蛋白基因序列,设计合成1对特异性引物,以CDV SH株的总RNA为模板,RT-PCR扩增N蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示:CDV SH株N蛋白基因序列与CDV TN株、A75/17株、2 544/Han95株、98~2 654株、5 804株、Onderstepoort疫苗株的同源性分别为98.9%,97.6%,96.7%,96.9%,96.6%,93.9%;编码氨基酸的同源性分别为99.0%,98.7%,98.1%,97.9%,97.9%,96.9%。推测N蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。     

犬瘟热病毒上海分离株M蛋白编码基因的克隆与序列分析

本研究以犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)上海分离株的总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV M蛋白基因序列,设计合成1对特异性引物,RT PCR扩增M蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV上海分离株M蛋白基因序列与CDV A75/17 株、Onderstepoort疫苗株等其它7株的同源性在95%以上;编码氨基酸的同源性也高于97%。推测M蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。     

犬瘟热病毒贵州株(CDV-GZ1)F基因的克隆及序列分析

根据GenBank中发表的犬瘟热病毒Onderstepoort株融合蛋白基因(F)序列设计两对特异性引物,采用RT-PCR扩增犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)的F基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV-GZ1株F基因的ORF全长1989 bp,氨基酸序列中具有5个潜在N-糖基化位点,氨基酸同源性与美国00-2601株和国内HL株较高,分别为91.6%和91.1%,表明该分离株与00-2601株和HL株具有较近的亲缘关系。     

犬瘟热病毒A株N蛋白基因编码区的克隆与序列分析

本试验对犬瘟热病毒 ( CDV) A株 N蛋白基因编码区进行了克隆与序列分析。结果表明 :CDV A株 N蛋白基因编码区核苷酸序列与Onderstepoor株。 A75/ 1 7株及 2 544/ han95株的同源性分别为 97.5%、94%及 93 % ,编码氨基酸的同源性分别为 98%、97%和 96%。     

犬瘟热病毒N基因和M基因的克隆与序列分析

以从宠物临床上分离的犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV核蛋白（N）、基质膜蛋白（M）基因序列,分别设计合成1对特异性引物,RT-PCR扩增N、M蛋白编码基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,均扩增出预期大小的片段。扩增片段经核苷酸序列分析,N、M编码基因全长分别为1572、1008 bp,该CDV的N蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为93.9%、97.6%,编码氨基酸的同源性分别为96.9%、98.7%;M蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为94.5%、97.8%,编码氨基酸的同源性分别为97.9%、99.7%,这说明N、M蛋白均是保守性较强的结构蛋白,且同强毒株A75/17的亲缘关系要比Onderstepoort疫苗株更近。