盐碱池塘养殖鲤肠道菌群的分子分析

为了了解盐碱池塘养殖鲤肠道细菌群落组成及多样性,提取鲤(Cyprinus carpio L.)肠道细菌基因组DNA,选用细菌通用引物对16S rRNA基因进行了PCR扩增,构建了细菌16S rRNA基因克隆文库。通过对阳性克隆子进行限制性片段长度多态性分析(RFLP),选出有代表性的克隆子进行测序、BLAST比对分析和构建系统发育树。本研究从16S rRNA基因文库中共筛选出176个阳性克隆,经RFLP分析得到28个不同分类操作单元(operational taxonomic unite,OTU)(GenBank登录号:JX262557~JX262584),文库覆盖度为88.6%。16S rRNA序列系统发育分析发现,盐碱塘养殖鲤肠道细菌归属于变形细菌门(Proteobacteria)(包含Alpha和Gamma亚群)、厚壁细菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和梭杆菌门(Fusobacteria)4个门,分别占克隆总数的89.9%、7.9%、1.1%和1.1%。其中,变形细菌门的α-变形菌纲(占克隆总数的88.1%)为优势类群,气单胞菌属为优势菌属。本研究揭示了盐碱池塘养殖条件下健康鲤肠道细菌群落组成。     

山麻鸭不同部位肠道形态和肠道微生物区系特点及受日粮鱼油的影响

本研究旨在通过16S rDNA V3-V4区测序了解山麻鸭(Anas platyrhynchos)5个不同肠道部位(十二指肠,空肠,回肠,盲肠和直肠)形态及微生物区系特点,并分析日粮添加鱼油对该特征的影响.实验鸭随机分为2组,分别饲喂基础日粮和基础日粮+2％鱼油,实验周期为28 d.分别通过组织染色和16SrDNA V3-V4区测序技术检测山麻鸭肠道形态和肠道微生物区系.回肠中的绒毛高度/隐窝深度(VH/CD)最大,直肠其次.直肠杯状细胞数目(GCC)最多,而其他肠道部位差异不显著.十二指肠所获OTUs(operational taxonomic units)数目最少,而回肠最多,日粮添加鱼油整体上减少了各肠段OTUs数目.α多样性分析表明十二指肠中微生物丰度最低,而鱼油显著降低直肠微生物多样性.通过对乳杆菌属、梭菌纲、巨单胞菌属和弯曲菌目的进一步LefSe(linear discriminant analysis coupled with effect size)分析发现,在所有肠道部位中,回肠除肠道形态最佳外,相关微生物数量最多,因此是山麻鸭进行消化吸收的主要部位.日粮添加2％鱼油整体上对肠道形态造成了不利影响,并降低了肠道微生物多样性.本文为全面了解山麻鸭不通肠道部位组织形态及微生物组成提供了可靠依据,并为研究鱼油在山麻鸭生产中的添加效果提供了肠道的研究基础.