脆化草鱼与氹仔草鱼的肠道细菌群落PCR-DGGE指纹图谱及多样性分析

确定地理来源是水产品跟踪和追溯的一个重要指标,基于鱼类肠道细菌16S核糖体rRNA基因(16S rDNA)构建的PCR-DGGE指纹图谱可标示鱼类来源.本研究采用PCR-DGGE技术构建了中山脆化草鱼和茂名氹仔草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道内容物和肠道壁群落的PCR-DGGE指纹图谱.肠道内容物DGGE图谱显示,脆化草鱼和氹仔草鱼分别有17条和15条可鉴别的条带;脆化草鱼特异条带代表3种未培养细菌GU301246.1、FJ675051.1和GU293197.1,氹仔草鱼特异条带代表未培养细菌AY578409.1和GU301246.1.脆化草鱼的肠道壁前肠与中肠、中肠与后肠、前肠与后肠的DGGE图谱相似性依次为50.5％、54.3％和33.2％,氹仔草鱼的肠道壁前肠与中肠中肠与后肠、前肠与后肠的DGGE图相似性分别为36.1％、47.7％和15.4％.脆化草鱼的前肠、中肠和后肠的DGGE图谱的相似性远大于氹仔草鱼.脆化草鱼和氹仔草鱼的肠道群落PCR-DGGE指纹图谱有助于这2种草鱼产品的跟踪和销售.     

不同脆化阶段草鱼肠道菌群动态变化、血清酶指标及生长性能

本研究旨在探讨草鱼(Ctenopharyngodon idellus)不同脆化阶段的肠道菌群组成结构、血清酶活性及生长性能,进而衡量脆肉鲩形成过程中的生理生化变化,以期为脆肉鲩的健康养殖提供科学数据.脆化不同阶段(30、60、90和120 d)的草鱼,在脆化结束后转投喂人工配合饲料30 d(第150天),鉴定整个过程中草鱼肠道菌群组成、血清酶活性和生长性能的变化.结果表明,60～150 d蚕豆组草鱼体重均低于对照组(P＜0.05,P＜0.01),90～120 d蚕豆组草鱼头肾体指数(head kidney somatic index,HKBI)和肝体指数(hepatosomatic index,HSI)均低于对照组(P＜0.05或P＜0.01),150 d时蚕豆组草鱼肝体指数与对照组无显著差异(P＞0.05);蚕豆组草鱼血清碱性磷酸酶、溶菌酶和补体C3(第30天除外)活性均低于对照组的,在转投喂饲料后,3种血清酶活性均出现回升趋势;与对照组相比,蚕豆组草鱼肠道菌群多样性降低,芽胞杆菌属(Bacillus)和鲸杆菌属(Cetobacterium)等有益菌数量减少,维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)、温和气单胞菌(Aeromonas sobria)和鳗弧菌(Vibrio anguillarum)等条件致病菌数量增多.两组草鱼肠道核心菌群主要为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和梭杆菌门(Fusobacteria).本研究结果提示,随着脆化时间的增加,摄食蚕豆改变草鱼肠道菌群组成、抑制血清酶活性和生长性能,在转投饲料后其肠道菌群、血清酶活性及生长性能均有所改善.本研究结果对脆肉鲩的健康养殖具有重要的科学指导意义.     

中国生态农业十大模式和技术 七、生态渔业模式及配套技术

(接上期)播途径。③鱼与贝混养技术。一般有淡水鱼类与三角帆蚌、海水鱼类与贝类(缢蛏、泥蚶)混养模式。在三角帆蚌育珠中,配以少量的上层鱼类鲢、鳙和底栖鱼类罗非鱼,可以清洁水域环境,减少杂物附着,提高珠层质量。在缢蛏、泥蚶等贝类养殖池塘中放入少量的鲈、大黄鱼进行混养,由于鲈、大黄鱼的残饵与排泄物可以起到肥水作用,促进浮游生物的生长,同时摄食体质较弱的贝肉。肥水增加的浮游生物又被滤食性的贝类所利用,从而达到生态平衡。④鱼与蟹混养技术。通常指梭子蟹与鲈、鲷或对虾和青蟹与遮目鱼混养。梭子蟹为底栖生物,以动物饵料为食性,…     

油井采出液中微生物群落结构的T-RFLP分析

应用末端标记限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)和克隆文库分析,以微生物群落16SrRNA基因(16S rDNA)为目标,对大庆油田过渡带油井采出液(于2005年7月和10月取样)中的微生物群落结构进行了解析和比较。T-RFLP分析表明,2005年7月和10月油井采出液中古菌群落结构较为单一,随时间变化不大;而细菌群落结构较为复杂,不同时间群落中的优势菌有明显的差别。古菌和细菌16S rDNA片段测序和系统发育分析表明,大庆油田过渡带油井采出液古菌群落中的优势菌均为产甲烷菌;细菌群落中的优势菌则与β、γ、δ、ε变形杆菌(Proteobacteria)、拟杆菌(Bacte-roidetes)和脱铁杆菌(Deferribacteres)有较高的相似性,细菌群落中检出了大量的未培养微生物(Deep-branching lineages)。     

免疫应激对肉鸡肠道微生物区系的影响

微生物区系的平衡是确保肠道健康的重点,本研究对不同免疫状态下肉仔鸡消化道内微生物变化规律进行了研究。选用 180 只 AA 肉公鸡随机分 4 个处理,每个处理 5 个重复,每个重复 9 只肉公鸡。实验分为无免疫组、常规免疫组、免疫亢进和免疫抑制 4 个处理组。于 21、28、35 和 42 日龄肠段的内容物,提取总 DNA,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的肠杆菌基因间重复序列 -PCR(ERIC-PCR)指纹图谱,比较各 DNA 样品指纹图谱的相似性指数。ERIC-PCR 扩增产物大部分为 200～2 000 bp 的基因片段,聚类分析显示,各日龄阶段,处理组间十二指肠细菌种群结构的相似性最高(75%),其次是盲肠(40%),回肠(39%)和空肠(38%)的相似性较低。图谱的条带数目为十二指肠>回肠>盲肠>空肠。28 和 35日龄,十二指肠和空肠脂多糖(LPS)组条带都低于 21 日龄,而回肠和盲肠的未见显著变化。21 日龄,回肠环磷酰胺(CYP)组的条带低于其他处理组。不同免疫状态影响回肠、空肠和盲肠道微生物区系,42 日龄,不同免疫状态对微生物数量和种群的影响不明显。     

龙门山地震带土壤细菌多样性的研究

采用16S r DNA变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术,结合不同土壤样品的理化性质差异,分析龙门山地震带土壤细菌多样性。结果表明,不同的土壤样品其理化性质存在着明显的差异,三种植被类型的土壤(杂木林、竹林和松树林)中,杂木林的土壤pH值和全氮含量最高,竹林最低;而土壤碱解氮、速效磷、速效钾和有机质含量则是杂木林比竹林高,松树林最低。对DGGE优势条带测序分析表明,回收的11个优势条带(条带A~K)中,条带A、C、D、F、G和H属于变形菌门,条带E、J和K属于酸杆菌门,条带B属于放线菌门,条带I属于装甲菌门,变形菌门占细菌总类群的54.55%,说明龙门山地震带土壤优势菌群为变形菌门细菌。细菌群落多样性与土壤理化性质相关性的统计分析结果显示,影响细菌群落多样性的主要环境因子在杂木林土壤中为速效钾(r=0.80,P>0.05),竹林为有机质(r=0.97,P>0.05),松树林则是pH值(r=0.35,P>0.05),说明龙门山地震带不同植被类型土壤中的细菌群落对土壤理化性质的需求不同。由于地震能够破坏土壤结构,改变土壤理化性质,从而导致土壤细菌群落多样性发生改变,因此,研究龙门山地震带土壤细菌多样性为震后灾区重建工作和维持龙门山地震带生态系统的可持续性提供了科学依据。     

覆盖和埋置白三叶对黄土高原苹果园土壤细菌多样性的影响

[目的]探究白三叶在不同降解时期果园土壤细菌多样性的变化,为果园白三叶的利用及果园生草模式的推广提供理论依据。[方法]在陕西省洛川县苹果园内分别以覆盖和埋置两种方式将白三叶(Trifolium repens)返园,通过高通量测序研究两种返园方式下白三叶降解1,3,6,12个月时土壤细菌的多样性、丰度及群落结构。[结果]①白三叶返园处理下,土壤微生物优势菌群种类未表现出显著变化,丰度存在差异,返园处理组土壤中出现梭杆菌门(Acidobacteria)、广古菌门(Euryarchaeota)、泉古菌门(Crenarchaeota)、螺旋体门(Spirochaetes)和硝化螺旋菌(Nitrospira)门等特有菌群。②白三叶返园对苹果园土壤细菌群落分布存在显著影响(p0.05),且不同降解时期存在差异。两种返园处理组中酸杆菌门(Acidobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)丰度增高,厚壁菌门(Firmicutes)丰度降低。③随着白三叶降解时间增加,芽单胞菌(Gemmatimonas)、黄杆菌(Flavobacterium)、Opitutu和Arenimonas属的细菌相对丰度增高,硝化螺旋菌属(Nitrospira)、奈瑟菌属(Neisseria)、Pirellula和Steroidobacter的丰度降低。[结论]覆盖和埋置白三叶均能改善土壤菌群结构,提高有益菌丰度,促进土壤微生物生态系统物质循环。     

天目山毛竹入侵阔叶林后土壤细菌群落16S rDNA V3区片段PCR的DGGE分析

天目山国家级自然保护区是公认的基因库。毛竹入侵天然林并替代原天然林,导致地上植物多样性下降。为了解毛竹入侵天然林后地下土壤微生物多样性的变化,分别采集了毛竹纯林、竹阔混交林和原始天然阔叶林下的土壤样品,应用建立于16S rDNA V3区片段的变性梯度凝胶电泳(DGGE)和克隆测序比对来研究土壤细菌结构的变化。结果表明,3块林地土壤16S rDNA V3区片段高达30条以上,不同林分下土壤16SrDNAV3区片段的DGGE带谱差异不大,但各有特征条带。毛竹林与阔叶林土壤的细菌结构相似度高于其与竹阔混交林的相似度。通过DGGE条带的克隆测序比对发现,调查区土壤细菌主要属于变形菌门(Proteobacterium)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线细菌属(Actinobacterium)和一些未命名的菌种,并且多数属无法纯培养的物种。本试验结论为:天目山自然保护区内土壤细菌多样性丰富,不同林分下的土壤细菌有各自的特征种,但非优势种;毛竹入侵未导致土壤细菌结构以及多样性发生显著变化。     

种植水稻和长期施用无机肥对红壤氨氧化细菌多样性和硝化作用的影响

以中国科学院红壤生态试验站发育于第四纪红黏土的植稻红壤为研究对象,研究了长期种植水稻和施用无机肥对土壤β-变形杆菌纲中氨氧化细菌多样性和硝化作用的影响。原始红壤改种水稻13年后,氨氧化细菌16SrDNA的DGGE条带数量增加,条带谱与原始红壤的差异较大,相似性为61%,说明种植水稻后土壤氨氧化细菌群落结构发生了变化。PCR-DGGE方法研究结果也显示,长期施用无机氮肥的处理(NP、NPK和NK),DGGE带谱相似性较高,达到73%,硝化率和硝化势均高于未施用氮肥的处理。逐步回归分析显示硝化率和硝化势均随着土壤脲酶活性的提高而显著增加。推测尿素可提高土壤水解氮含量,使土壤脲酶活性提高,促进硝化细菌的生长,进而提高硝化率和硝化势。     

Effect of Mannan-oligosaccharide on Bacterial Community of Piglet after Weaning

来自6窝健康、体重相近的杜长大哺乳仔猪34头随机地分为两组，分别于断奶后饲喂基础日粮或基础日粮＋甘露寡糖(MOS)，收集仔猪断奶当天（实验前）及断奶后7、14、21和28 d粪样，利用PCR/DGGE技术对粪样细菌16S rDNA的V6～V8可变区进行了分析，以研究日粮中添加MOS对断奶仔猪粪样菌群稳定性及多样性的影响。结果表明，断奶前同窝仔猪带谱相似性较高(81%~88%)，但存在个体差异；断奶后同窝仔猪的相似性下降(61%～70%)；断奶后7、14、21和28 d相邻时间段之间，基础日粮组仔猪菌群相似性维持在61%左右，MOS组菌群相似性在断奶第一周下降后，逐渐增加至70%，说明断奶可引起菌群发生变化，而MOS具有使菌群快速稳定的作用。多样性结果显示，断奶7 d后MOS组菌群多样性增加，基础日粮组下降，14 d后两组的差异增加，28 d时基础日粮组多样性为1.52，MOS组为1.38，差异由断奶当天的0.09上升至28 d的1.14，但差异不显著（P >0.05）；条带数分析获得类似结果，即断奶7 d时两组条带数均减少，14 d后MOS组条带数增加，对照组的条带数却减少，实验期内MOS组条带数均高于对照组。 结果提示，断奶导致了菌群的变化，日粮中添加MOS可加速菌群多样和稳定。     

基于近红外光谱技术的淡水鱼品种快速鉴别

为探索淡水鱼品种的快速鉴别方法,该文应用近红外光谱分析技术,结合化学计量学方法,对7种淡水鱼品种的判别分类进行了研究。采集了青、草、鲢、鳙、鲤、鲫、鲂等7种淡水鱼,共665个鱼肉样品的近红外光谱数据,经过多元散射校正(multiplicative scatter correction,MSC)、正交信号校正(orthogonal signal correction,OSC)、数据标准化(standardization,S)等20种方法预处理,在1 000~1 799 nm范围内分别采用偏最小二乘法(partial least square,PLS)、主成分分析(principal component analysis,PCA)和BP人工神经网络技术(back propagation artificial neural network,BP-ANN)、偏最小二乘法和BP人工神经网络技术对7种淡水鱼原始光谱数据进行了鉴别分析。结果表明,近红外光谱数据,结合主成分分析和BP人工神经网络技术建立的淡水鱼品种鉴别模型最优,模型的鉴别准确率达96.4%,对未知样本的鉴别准确率达95.5%。模型具有较好的鉴别能力,采用该方法能较为准确、快速地鉴别出淡水鱼的品种。     

基于蜂群优化多核支持向量机的淡水鱼种类识别

为了准确地进行淡水鱼种类自动识别,利用计算机视觉技术,提出了一种基于Krawtchouk矩、灰度共生矩阵、蜂群优化多核最小二乘支持向量机（least squares support vector machine,LS-SVM）的识别方法。首先获取淡水鱼样本的灰度图像,计算淡水鱼鱼体的长宽比、鱼头鱼尾的Krawtchouk矩不变量形状特征,求得鱼身的灰度共生矩阵纹理特征,将上述形状与纹理特征组合成高维特征向量,并输入到多核LS-SVM,通过人工蜂群（artificial bee colony,ABC）算法对多核LS-SVM中的待定参数进行寻优,ABC算法中的适应度函数为测试样本的识别精度;最后输出识别精度达到最高时的最优参数。利用该方法对鳊鱼、鳙鱼、鲫鱼、草鱼、青鱼5种淡水鱼进行了分类识别,对鳊鱼、鳙鱼、鲫鱼、草鱼4种鱼识别时,各类鱼的识别精度均达到95.83%以上,对鳊鱼、鳙鱼、鲫鱼、青鱼4种鱼识别时,各类鱼的识别精度均达到91.67%以上,对鳊鱼、鳙鱼、鲫鱼、草鱼和青鱼 5种鱼识别时,各类鱼的识别精度均达到83.33%以上;与近年来提出的淡水鱼识别方法、BP（back propagation）神经网络方法、单核LS-SVM方法相比,该方法的识别精度更高,从而可快速准确地识别淡水鱼的种类,提高水产养殖的自动化水平。     

淡水鱼鱼鳞生物结合力与去鳞特性的试验研究

为研究影响淡水鱼去鳞难易程度的因素,以鲤鱼、草鱼、鲫鱼、鳊鱼4种淡水鱼为试验对象,利用TMS-PRO质构仪对鱼鳞与鱼体的生物结合力进行了测量,研究了鱼鳞所处部位、加载速率、死亡时间对鱼鳞生物结合力的影响。同时,测量了淡水鱼单位面积内的鱼鳞数目,淡水鱼的滑动摩擦角,进行了去鳞试验。在此基础上分析并验证了单位面积鱼鳞生物结合力对去鳞的影响,表明淡水鱼单位面积鱼鳞生物结合力越大,去鳞越难,为去鱼鳞设备的研制提供参考。     

Bacterial communities in manganese nodules in rice field subsoils: Estimation using PCR-DGGE and sequencing analyses

Abstract

The phylogenetic positions of bacterial communities in manganese (Mn) nodules from subsoils of two Japanese rice fields were estimated using polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) analysis followed by sequencing of 16S rDNA. The DGGE band patterns and sequencing analysis of characteristic DGGE bands revealed that the bacterial communities in Mn nodules were markedly different from those in the plow layer and subsoils. Three out of four common bands found in Mn nodules from two sites corresponded to Deltaproteobacteria and were characterized as sulfate-reducing and iron-reducing bacteria. The other DGGE bands of Mn nodules corresponded to sulfate and iron reducers (Deltaproteobacteria), methane-oxidizing bacteria (Gamma and Alphaproteobacteria), nitrite-oxidizing bacteria (Nitrospirae) and Actinobacteria. In addition, some DGGE bands of Mn nodules showed no clear affiliation to any known bacteria. The present study indicates that members involved in the reduction of Mn nodules dominate the bacterial communities in Mn nodules in rice field subsoils.     

鱼类乳酸脱氢酶同工酶A_4性质的研究

本文报道草鱼(Cteno phar yngodon idellus)骨骼肌中纯化的乳酸脱氢酶同工酶LDH-A_4(E.C.1.1.1.27)的理化性质,并利用A_4的抗体IgG对几种鱼的组织和器官的LDH进行免疫化学分析,利用生化遗传指标鉴定鱼类A4基因产物的表达情况。     

白洋淀鱼类体内多氯联苯积累特征及其毒性评价

针对持久性有机污染物在水生生物体内易于积累的特性,利用气相色谱与质谱联用技术（GC-MS）,检测了白洋淀8种鱼类体内多氯联苯（PCBs）含量,并分析了同系物组成特征。根据白洋淀鱼类检测到同系物情况,计算毒性当量（TEQ）并进行评价。白洋淀8种鱼类体内PCBs平均含量范围是55.85~1 485.74 ng.g-1脂肪重,从高到低的顺序依次为黄颡〉黄鳝〉乌鳢〉泥鳅〉鲤鱼〉鳙鱼〉鲫鱼〉鲇鱼。在8种鱼类PCB同系物组成中,四氯联苯和五氯联苯是主要的同系物,其相对百分含量为52.0%~84.3%。这种组成模式反映了白洋淀地区有多氯联苯工业品的使用历史。8种鱼类体内PCBs的毒性当量（TEQ）范围是0.09~1 412.87 pg TEQ.g-1脂肪重,其大小顺序依次为鳙鱼〉鲫鱼〉鲇鱼〉黄颡〉黄鳝〉鲤鱼〉乌鳢〉泥鳅。结果表明,白洋淀淀区部分鱼类已经受到PCBs一定程度的污染,应引起重视。     

纳米TiO2对黄瓜叶围细菌群落的影响

利用可培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法,对经不同浓度TiO2处理黄瓜(Cucumis sativus)叶围细菌群落结构的变化进行了分析。研究发现,TiO2处理后黄瓜叶围可培养细菌数量较对照显著降低。随着TiO2浓度从0.02 mg/mL提高至20 mg/mL,黄瓜叶围可培养细菌数量从1.8×107 cfu/g降低至3.1×106 cfu/g。DGGE指纹图谱分析表明,当TiO2的喷雾浓度超过0.02 mg/mL时,黄瓜叶围细菌的多样性显著降低。对DGGE条带克隆测序结果显示,在黄瓜叶围至少存在7种不同属的细菌,其中只有一种叶围细菌不受TiO2喷雾浓度影响。     

草鱼过氧化氢酶全长cDNA的克隆、序列同源分析与组织表达

过氧化氢酶（catalase,CAT）是生物体内抗氧化防御系统的关键酶之一,在清除过氧化氢而避免机体产生氧化应激的过程中起重要作用。本研究从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肝胰脏中克隆了CAT完整编码序列（complete coding sequence,CDS）。该CAT序列（GenBank登陆号：FJ560431）全长2263bp,包括完全开放阅读框（ORF）1575bp、5＇非编码区（UTR）118bp和3＇UTR570bp。其ORF编码525个氨基酸残基,理论分子量为59.59kD,等电点为7.02。在草鱼CAT cDNA的终止密码子附近,其3＇UTR具有长且完整的AC重复序列,与斑马鱼、鲢鱼及啮齿类动物CAT的3＇UTR AC重复序列相似。序列比较表明,草鱼CAT的核苷酸及推测氨基酸序列与其它多种物种的一致性均较高,其一致性分别为93.4%～43.0%和98.1%～63.3%。同时,草鱼CAT cDNA的推测氨基酸序列具有与其它动物高度保守的特征性基序,包括亚铁血红素结合信号序列＂RLFSYPDTH＂、酶活性中心序列＂FDRERIPERVVHAKGA＂及3个催化位点残基His74、Asn147和Tyr357。此外,草鱼CAT还具有保守的亚铁血红素结合口袋与NADPH结合位点。根据草鱼CAT基因的上述特征,推测其属于CAT基因家族中的单功能或典型CAT基因亚群。采用实时荧光定量PCR（Q-PCR）检测草鱼CAT的组织表达特征。结果显示,草鱼CATmRNA在所检测的11种组织器官中均有表达,其中在肝中表达水平量较高,在红肌、白肌和脂肪中表达量较低。本研究结果将有助于进一步探讨鱼类CAT基因的结构与功能,并为研究其抗氧化分子机理奠定基础。     

不同种植模式背景下栽植生姜对紫色土细菌多样性的影响

为了解栽植生姜对岷江下游紫色丘陵区不同种植模式背景下典型紫色土微生物多样性的影响,采用PCR-DGGE与DNA序列分析方法,研究了紫色丘陵区玉米+红薯间作、大豆单作、生姜连作、水稻-紫云英轮作等4种典型种植模式背景下栽植生姜前后土壤细菌多样性变化特征。PCR-DGGE分子指纹图谱结果表明,同一种植模式下栽种生姜前后DGGE条带数目、位置和亮度差异明显。栽种生姜均降低了各模式下土壤细菌群落丰富度和Shannon-Wiener指数,明显改变了土壤细菌群落结构,其中生姜连作模式背景下土壤细菌丰富度和Shannon-Wiener指数下降幅度最大,玉米+红薯间作模式下降幅度最小,但栽植生姜后4种种植模式之间土壤细菌群落结构相似度明显增加。DGGE特征条带的序列分析表明,栽植生姜后,土壤细菌中的部分绿弯菌门类群消失,部分硝化螺旋菌门类群仅在水稻-紫云英轮作模式中发现、玉米+红薯间作模式中出现了短波单胞菌门的细菌。这些结果为了解栽植生姜对土壤环境的影响以及生姜种植模式的优化提供了一定的科学依据。     

Identification of uncultured bacteria tightly associated with the intestine of the earthworm Lumbricus rubellus (Lumbricidae; Oligochaeta)

The bacteria associated with the intestine and casts of the earthworm Lumbricus rubellus Hoffmeister, 1843, were examined by direct counts, culturability studies, 16S rRNA gene clone libraries, and fluorescent in situ hybridization (FISH). A significant fraction, 24-47%, of the total numbers of prokaryotes remaining in the intestine after casting were tightly associated with the intestinal wall. Bacterial 16S rRNA gene clone libraries constructed from washed earthworm intestinal tissue suggested that the bacterial community was dominated by a few phylotypes that were either absent from, or in low abundance, in the casts. The specific phylotypes present depended on the date of sampling and included representatives of the Acidobacteria, Firmicutes, β-Proteobacteria, and one phylogenetically deep, unclassified group. Juvenile earthworms subsequently collected contained three of the four phylotypes observed in the intestine clone libraries. The Firmicutes phylotype was examined by FISH and was found to be a short rod that represented only a small fraction of the total population of the juvenile samples. These results suggested that the microbial community tightly associated with the intestine was dominated by a small number of phylotypes and that this association was opportunistic rather than obligate.