青花菜线粒体基因组组装与序列特征分析

为更好地从分子水平了解青花菜,对青花菜进行线粒体基因组组装,并对其序列特征进行分析。青花菜线粒体基因组大小为219 964 bp,GC含量为45.25%。线粒体基因组注释到61个基因,包括33个编码蛋白基因,23个tRNA基因,3个rRNA基因和2个假基因。其中8个基因的核苷酸多样性较高;24个基因无核酸多样性。变异数量最多的基因是 rrn26、 rrn18和 atp1,其变异数量分别为326、277和136。密码子偏好性分析结果显示RSCU值>1的密码子有29个,大多以A/U碱基结尾,表明其密码子更偏向于A/U结尾。基因组序列中共检测到345个重复序列,包括170个正向重复序列和175个回文重复序列。青花菜与花椰菜的线粒体基因组具有极好的共线性,且基因的位置基本一致。青花菜线粒体和叶绿体基因组中共检测到22条同源片段。同源片段总长度为13 355 bp,平均607 bp。     

灵芝属真菌线粒体基因组特征及进化

【目的】分析灵芝属（Ganoderma）真菌的线粒体基因组特征及进化,为灵芝属物种分类、分子进化和系统发育分析提供理论依据。【方法】基于灵芝属真菌15个线粒体基因组序列,利用MEGA X、MISA、mVISTA、MAFFT、DnaSP、PAML X和IQ-TREE等生物信息学软件对基因组特征、序列多态性、简单重复序列（SSR）、基因进化和系统发育进行分析。【结果】灵芝属真菌线粒体基因组全长为50603~124588 bp,GC含量为25.4%~27.3%,含有15个保守的蛋白编码基因（PCG）、2个rRNA基因和25~29个tRNA基因。SSR主要由AT构成,单核苷酸重复类型比例最高,其次为三核苷酸重复和四核苷酸重复。种间线粒体基因组序列差异较大,非编码区的变异水平高于编码区,nad6、nad3和cob基因编码序列的变异度较高,内含子长度与线粒体基因组大小呈显著正相关。15个保守的线粒体蛋白编码基因主要受纯化选择影响,其中cob、cox1和nad2基因含有正选择位点。基因编码偏好A/T含量高的密码子,27个高频密码子中,13个以A结尾,14个以T结尾。系统发育分析结果显示,灵芝属真菌主要分为2个聚类组,其中紫芝、狭长孢灵芝和G.wiiroense聚为一组;喜热灵芝、白肉灵芝和铁杉灵芝聚成一支,与树舌灵芝、梅氏灵芝、四川灵芝和亮盖灵芝构成姊妹类群,共同构成另一组。【结论】灵芝属真菌的线粒体基因组在进化过程中发生明显的遗传变异,基因组长度主要与内含子插入和删除有关,蛋白编码基因密码子使用偏性强。     

四川阿坝州苹果属植物两种同工酶分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法，测定了阿坝州１８个苹果种及类型的叶片过氧化物酶和酯酶同工酶，结果表明，１８个试材的过氧化物酶同工酶谱有７种表型，同一种不同类型的酶谱基本一致；酯酶同工酶有６种酶谱表型，种内酶谱表型分化明显，由此认为，变叶海棠是花叶海棠与山荆系中某种的杂种后代，而不是原生种：小金海棠和马尔康海棠为姊妹种，起源于于变叶海棠与陇东海棠的杂种后代。     

建昌鸭线粒体基因组全序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计引物15对,用PCR产物直接测序法测得建昌鸭(Arms platyrhychos)线粒体基因组全序列,初步分析其特点和各基因的定位.结果显示:建昌鸭线粒体基因组全长16 606 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为29.21%、22.19%、15.77%、32.83%,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区(D-loop),基因组结构和已知雁形目鸟类的完全相同.基于线粒体13个蛋白质编码基因序列,采用邻接法构建雁形目8个物种的系统进化树,所得结果与传统的系统分类基本一致.

Abstract：

The complete mitochondrial genome of Jianchang duck(Anas platyrhychos)was determined by direct DNA sequencing based on the PCR products amplified with 15 pairs of primers designed on related species.The entire genome was found to be 16 606 bp in length and contain 37 genes(13 protein coding genes,2 rRNA and 22 tRNA)and a non-coding control region(D-loop).The content of the nucleotides A,T,G and C was 29.19%,22.20%,15.80%and 32.81%,respectively.The characteristics of the mtDNA of Jianchang duck appeared to be almost identical to those of the other birds of the Anseriformes known.A phylogenetie tree of 8 bird species based on the 13 protein coding genes was then constructed by neighbor-joining analysis.The results were largely consistent with the conclusion in traditional morphological and taxonomic studies.     

苹果属植物酯酶同工酶分析

对苹果属植物 44个种类叶片酯酶同工酶酶谱的分析表明 ,在 1 6种酶谱类型中 ,台湾林檎、尖嘴林檎、滇池海棠和沧江海棠均为 Ea型 ,其主要酶带 E 34,38,40 广泛存在于苹果属植物中 ,推测 Ea型酶谱应是苹果属植物最原始基因型的次级反应。在苹果系中 ,新疆野苹果、东方苹果和森林苹果 3个野生种为不同的Est谱型 ,栽培种的特征带是 E 39。山荆子系与三叶海棠系的种间有相同的酶谱 ,亲缘关系密切。山楂海棠与意大利海棠同属 En型。褐海棠的酶谱虽为 Em型 ,但归入陇东海棠仍不合适。绿苹果组多数种缺 E 34,38,40 号酶带 ,其中扁果海棠有 E 38带 ,证明它是花冠海棠与苹果的杂交种。三裂叶海棠的酶谱独特 ,值得进一步研究。本文还讨论了苹果属部分种的分类地位以及亲缘演化关系     

几种苹果属（Malus）植物核型研究

采用去壁低渗法，对原产于我国的苹果属植物4个种6个类型的核型进行观察，发现它们有2n=34，51，683种类型，其中河南海棠（M．honanensisRehd）中的四倍体为首次报道．河南海棠属3B型，西府海棠属2A型，不同海拔高度的地理分布的花叶海棠与变叶海棠均有2A和2B型．     

植物细胞质雄性不育与线粒体基因组的分子生物学研究进展

本文综述了植物细胞质雄性不育和线粒体基因组基因及其表达产物的分子生物学研究进展。对细胞质雄性不育遗传因子的细胞器定位、线粒体基因组嵌合基因及其表达产物与细胞质雄性不育的产生的关系、育性恢复基因对线粒体嵌合基因表达的影响、线粒体质粒和RNA 编辑对细胞质雄性不育的影响等细胞质雄性不育的分子生物学研究进展进行了讨论。     

绍兴鸭线粒体基因组全序列测定与分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计15对引物,通过PCR扩增、测序、拼接,获得绍兴鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列并进行序列分析。绍兴鸭线粒体基因组全长16 604 bp,碱基组成为29.20%A,22.19%T,15.78%G,32.83%C,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop),基因组成及排列顺序与其他鸟类相似,表明鸟类线粒体DNA进化上有较高的保守性。     

高等植物线粒体基因组测序和序列分析

线粒体是真核细胞内的重要细胞器,是一种遗传上半自主性的细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,参与生命活动一些过程。植物的线粒体基因组较动物的更为复杂,且与植物细胞质雄性不育和物种进化密切相关。本文概述了植物线粒体基因组测序工作,并在此基础上,综述了植物线粒体基因组的大小、组成形式、基因组序列的结构特征、基因组成,分析表达特点、RNA编辑、序列重组,以及线粒体基因组进化、线粒体相关的雄性不育机理研究的研究进展。     

建昌鸭线粒体基因组全序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列设计引物15对,用PCR产物直接测序法测得建昌鸭(Anas platyrhychos)线粒体基因组全序列,初步分析其特点和各基因的定位.结果显示:建昌鸭线粒体基因组全长16 606 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为29.21%、22.19%、15.77%、32.83%,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码调控区(D-loop),基因组结构和已知雁形目鸟类的完全相同.基于线粒体13个蛋白质编码基因序列,采用邻接法构建雁形目8个物种的系统进化树,所得结果与传统的系统分类基本一致.     

苹果属植物抗旱性评价

【目的】对103种苹果属植物的抗旱性进行综合评价,为抗旱苹果品种的选育及推广利用提供理论依据。【方法】以103种苹果属植物嫁接苗为试验材料,调查自然干旱12 d后植株的萎蔫程度,并测定干旱处理前后叶片相对电导率及可溶性蛋白和丙二醛含量,最后采用隶属函数法计算以上4个生理指标的平均隶属函数值,对103种植物进行抗旱性综合评价。【结果】干旱胁迫12 d后,各苹果属植物的萎蔫程度、相对电导率、可溶性蛋白含量、丙二醛含量均有明显变化。根据综合评价结果可知,在103种苹果属植物中,强抗旱(Ⅰ级)材料有15种,抗旱(Ⅱ级)材料有32种,中等抗旱(Ⅲ级)材料有46种,弱抗旱(Ⅳ级)材料有10种,其中15种强抗旱苹果属植物分别为早红霞、红勋1号、富红早嘎、陆奥、早红1号、皇家嘎啦、太平洋玫瑰、阿莱特、N7、北海道9号、Goldgeld55544、Ce1、K296、福拉瑞娜、T22。【结论】筛选出15个适宜干旱半干旱地区种植的强抗旱苹果属植物。     

线粒体基因组遗传与进化

线粒体基因组是当前生命科学的热门课题之一。根据目前有关线粒体DNA的结构、表达过程和遗传特征方面的最新研究成果，介绍线粒体基因组与核基因组关系、线粒体遗传密码及基因组的进化线索等问题，并说明线粒体基因组遗传分析的要点。     

苹果属植物的分类学研究进展

对苹果属植物从形态学及实验分类学方面的研究进行了概述,认为分子系统分类学方法可作为苹果属植物分类的重要手段。同时还涉及了苹果属植物起源问题,赞同川滇古陆是苹果属植物起源中心的论断。     

苹果属植物叶片角质层厚度与抗旱性

本文研究了7个苹果种类叶片角质层厚度与抗旱性的关系。通过不同时期叶片角质层厚度的测定,发现:春季各供试种苹果叶片角质层厚度均比夏季叶片的薄。变叶海棠春季叶片角质层最厚,显著高于其它种类,抗春旱能力强,夏季,其叶片角质层也明显加厚。湖北海棠、花叶海棠、新疆野苹果和三叶海棠春季叶片角质层较薄,抗春旱能力差;夏季叶片角质层较春季增厚1倍以上,表明其成熟叶抗旱力强。小金海棠和沧江海棠叶角质层春、夏季均较薄,抗春旱和伏旱的能力差。     

稻属植物基因组型与分类研究进展

对稻属的合理分类和种间关系的澄清不仅对稻属遗传资源的高效利用至关重要,而且也与稻属资源的合理保护密切相关。故本文概述了稻属植物的分类、基因组型及基因组型间关系的研究进展。     

云南苹果属植物—新种

本文对采自云南省富宁县的苹果属一新种——富宁林檎(Malus funingensis sp.nov)进行详细描记,并附形态特征图.模式标本存于云南省农业科学院园艺研究所.     

苹果基因组SSR位点分析与应用

 【目的】通过对‘金冠’苹果基因组SSR位点的统计分析,为蔷薇科果树应用SSR分子标记进行高通量的遗传分析提供理论与实践基础。【方法】运用NCBI数据库中‘金冠’苹果基因组数据,分析其SSR位点分布情况,并根据SSR位点的搜索结果,设计68对引物（每条染色体设计4对）,利用苹果品种对所设计引物进行应用性验证并利用梨杂交群体进行通用性检测。【结果】苹果基因组中SSR序列主要是完全重复型,17条染色体共存在163 426个SSR位点,平均每隔3.22 kb存在1个。单核苷酸至三核苷酸重复基序在染色体水平上分布较均匀,而四核苷酸至六核苷酸重复基序的分布差异较大。单核苷酸与二核苷酸重复基序所占比例最大,两者占基因组内SSR位点总数的91.67%,单核苷酸重复基序主要以A/T重复为主,二核苷酸的重复基序主要以AT/TA重复为主。在苹果品种中验证所设计的68对引物,有62对可以扩增出预期目的片段,37对存在扩增多态性。在梨杂交群体上应用所设计的68对引物,有40对具扩增目的片段,其中16对具扩增多态性。【结论】苹果基因组内SSR分布呈现一定的规律性,初步验证SSR位点在亲缘关系较近的物种间高度保守并可以通用,基于基因组数据发掘SSR位点用于后续的相关遗传研究具有可行性。     

5种苹果属植物GAI基因的克隆及生物信息学分析

【目的】研究DELLA家族的成员GAI在调控植物株型形成方面的生物学功能。【方法】从5种苹果属植物(‘国光’、‘武乡海棠’、‘SH6’、‘比利时垂枝’、‘比利时直立’)中分离得到GAI基因,应用多种生物学工具分析其序列特征。【结果】序列分析表明,GAI的CDS序列长度为1 875bp,编码624个氨基酸;GAI的基因组序列长度与其对应CDS序列长度相同;GAI蛋白具有亲水性,主要定位于细胞质;5种苹果属植物的GAI序列相似性极高,都具有DELLA家族和GRAS家族特有的典型结构。【结论】试验结果暗示这5种苹果属GAI基因可能在苹果株型形成方面发挥重要功能。     

线粒体基因组学在乳白蚁属鉴定领域的研究进展

乳白蚁是世界范围内已知的危害严重的白蚁种类,其属下各种传统形态分类学的鉴定非常困难.随着分子生物学技术的发展应用,遵循母性遗传的线粒体基因被越来越多地应用于该属的进化分析和分类中.本文简要介绍了线粒体基因组学在乳白蚁鉴定领域的研究情况,并统计分析了NCBI(美国国家生物技术信息中心)网站已公布的乳白蚁属线粒体基因的最新...