鹅星状病毒XX株的分离鉴定及遗传特征分析

为研究引起雏鹅痛风疫情的鹅星状病毒(Goose astrovirus,GAstV)河南流行株的基因组特征,从患有痛风的雏鹅样品中分离了1株GAstV,命名为XX株,并对分离毒株进行了全基因组测序和遗传特征分析.结果显示,GAstV XX株可在LMH细胞上稳定传代,但无明显的细胞病变;该毒株基因组全长7252 bp,与代...     

新型鹅星状病毒FJ-NP株的分离鉴定

[目的] 确定福建某鹅场雏鹅以痛风为主要病征导致高死亡率的病原.[方法] 2019年8月福建省南平市某鹅场暴发一种以痛风为主要特征的疾病,该病在5～20日龄的雏鹅中发病率高达40％,死亡率为80％,对该场采集的3份样品进行实验室检测和病原分离鉴定.[结果] PCR检测结果显示3份样品新型鹅星状病毒均为阳性;细菌分离结果...     

安徽省5株新型鹅星状病毒的分离鉴定与遗传进化分析

为研究近年来引起雏鹅痛风病的新型鹅星状病毒流行毒株的病原学和遗传学特征,于2018—2021年从安徽省疑似感染新型鹅星状病毒的雏鹅中采集病料,使用健康鹅胚进行病毒分离,并对分离到的毒株进行全基因组测序和序列分析。结果表明,共分离鉴定到5例新型鹅星状病毒感染样品,利用鹅胚盲传3代成功分离到5株新型鹅星状病毒,均可在鹅胚上稳定传代,分别将其命名为AHAU2018、DY-19、ZY02、HR2105/2和HR2110/1株。全基因组测序结果表明,5株分离毒株的基因组全长均为7 175 nt。系统进化树分析结果表明,5株分离毒株均属于致雏鹅痛风的新型鹅星状病毒,但2019年前的毒株与2019年后的毒株处于不同的进化亚分支上。新型鹅星状病毒在我国已发生变异,出现了新的进化亚分支,但优势基因型是否发生变化还有待进一步研究。     

白狐源星状病毒RdRp基因的鉴定及遗传演化分析

目的 探究广州动物园一例死亡白狐Alopex lagopus肾脏中鉴定出的星状病毒的遗传变异情况。方法 对死亡白狐进行剖检,利用半巢式RT-PCR对内脏器官进行病原学检测,对扩增出的病毒株的RdRp基因序列进行相似性分析。结果 死亡白狐的肾脏苍白肿大,被膜难以剥离,肾脏中检测出的星状病毒RdRp基因呈阳性。RdRp基因与9株参考毒株的核苷酸相似性为67.5%～96.2%,其中与香港猫源星状病毒1637F的核苷酸相似性(96.2%)最高。结论 本研究为星状病毒在野生哺乳动物间的跨种传播及肠外器官中的感染提供了依据。     

新型鹅星状病毒ORF2蛋白纳米抗体的筛选及鉴定

【目的】由新型鹅星状病毒(novel goose astrovirus, nGAstV)引起的雏鹅痛风病对我国养鹅业造成了重大经济损失。通过构建nGAstV纳米抗体(nanobody, Nb)噬菌体展示文库,获得识别nGAstV ORF2蛋白的特异性Nb,可为建立nGAstV抗体检测方法及研究nGAstV ORF2蛋白结构和功能奠定基础。【方法】使用蔗糖密度梯度离心方法纯化在LMH细胞中增殖的nGAstV,RT-PCR鉴定nGAstV并通过细胞病变测定nGAstV滴度。用0.06%甲醛溶液灭活纯化的nGAstV作为免疫原,免疫两周岁羊驼。首次免疫时用灭活纯化的nGAstV与等量弗氏完全佐剂乳化后免疫,第2—5次免疫用灭活纯化的nGAstV与等量弗氏不完全佐剂乳化。每间隔两周免疫一次,每次免疫剂量均为50μg。第5次免疫14 d后,通过间接ELISA方法测定羊驼血清中针对nGAstV的IgG抗体效价。待IgG抗体效价达到构建噬菌体抗体展示文库标准时,分离羊驼外周血淋巴细胞(peripheral blood lymphocyte, PBL),然后提取PBL总RNA将其反转录为cDNA,利用...     

一株雏鹅痛风型鹅星状病毒的分离鉴定及其生物学特性研究

[目的]2017年以来,在中国东部地区的许多鹅场中,4—16日龄雏鹅暴发了严重的痛风,导致2%～20%的死亡率,给养鹅场带来巨大经济损失,本试验旨在分离、鉴定导致此次雏鹅痛风的病原并分析其生物学特性。[方法]将发病雏鹅病料接种10日龄鹅胚,分离病毒,通过PCR、基因测序和系统进化分析对分离的病毒进行鉴定;病毒尿囊液接种鹅肾脏上皮细胞测定病毒滴度;攻毒扬州白鹅雏鹅进行动物回归实验,观察剖检和组织病理变化,PCR方法检测肛拭子和各脏器病毒含量,ELISA方法检测血清中尿酸含量。[结果]从第3代鹅胚尿囊液中分离到一株鹅星状病毒(GAstV),命名为JSHA株。对星状病毒ORF2基因氨基酸进化树的分析结果表明,JSHA毒株与2018年从患痛风的鹅上分离得到的星状病毒毒株(SD01、SDPY、GD)具有99%以上的同源性,而与其他禽星状病毒同源性仅为27.3%～57.0%。阳性尿囊液感染鹅胚肾脏上皮细胞后出现变圆、聚团和脱落等细胞病变,病毒滴度为10~(4.25) TCID_(50)·mL~(-1)。动物回归实验结果显示,该病毒可致雏鹅25%的死亡率,发病鹅体质量减轻、肾脏发白肿胀、脏器表面和关节腔内尿酸盐沉积以及血清尿酸升高;组织病变表现为肾小管上皮细胞变性坏死,尿酸盐结晶形成,大量炎性细胞浸润,肝脏和脾脏中出现坏死区和炎性细胞浸润;组织病毒载量结果显示肾脏、肝脏和脾脏的病毒载量高于其他组织;雏鹅从感染后3 d开始排毒,排毒高峰出现在6～9 d。[结论]鹅星状病毒JSHA毒株是此次雏鹅发生痛风的主要原因。     

新型鹅细小病毒四川株的全基因组扩增及遗传进化分析

【目的】了解四川地区新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)的分子生物学特征及遗传变异情况。【方法】根据Gen Bank中发表的新型鹅细小病毒的全基因组序列,设计5对兼并引物采用PCR方法分段扩增新型鹅细小病毒四川株的全基因组序列,并利用DNAstar等生物信息分析软件对获得的基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】获得的新型鹅细小病毒四川株(命名为SC16)全长5 109 nt,5′端ITR长408 nt,3′端ITR长407 nt,NS基因长1 884 nt,VP基因长2 199 nt。序列比对和遗传进化分析显示,SC16株与山东分离株SDLC01(KT343253.1)及QH15(KT751090.1)的基因组核苷酸同源性高达99%,与两者的亲缘关系最近,基于NS及VP蛋白的氨基酸序列系统进化树分析结果与此一致。但SC16株的5′端ITR还是发生了一定的变异:与SDLC01及QH15相比,多了几个14 nt的插入片段。【结论】研究结果丰富了NGPV的分子生物学资料。     

鹅星状病毒的流行病学及研究进展

鹅星状病毒（Goose astrovirus, GAstV）是小型无包膜病毒,其基因组由单股正链 RNA 分子组成,基因组长度为 7.1~7.3 kb。GAstV 是星状病毒科禽星状病毒属的新成员,根据基因同源性及遗传距离可将其分为2 个基因群（GAstV-1、GAstV-2）,目前尚未参与官方分类系统。GAstV 感染可导致鹅腹泻、生长抑制,出现以关节尿酸盐沉积和内脏尿酸盐沉积为主的临床症状,被认为是导致鹅痛风的主要病原。目前缺少针对 GAstV的商品化疫苗或治疗药物,主要依靠生物安全措施进行防控。2017 年,我国研究人员于首次在山东省的痛风鹅群中检测并分离到 GAstV 毒株。GAstV 传播速度快,辐射地区广,同年在广东、福建、安徽等地均有相关病例报道,造成高达 12 亿 ~15 亿元的经济损失。GAstV 发病率可达 80%,死亡率可达 50%,GAstV 可导致鹅免疫抑制,在饲养过程中易感染其他病原,造成更严重的临床症状,加大了病原防控难度。GAstV 不仅感染天然宿主鹅,还具有跨越物种屏障的能力,能引起鸡和鸭腹泻、生长抑制,并引发内脏或关节尿酸盐沉积。这提示我们 GAstV 或具有人畜传播的潜力,后续应加强对 GAstV 的流行病学监测,密切关注其传播特性的变化。目前GAstV 的病原检测已取得一定研究进展,且建立了多种能够高效准确地检测 GAstV 的技术方法。但对 GAstV 致病机制的研究尚未深入,疫苗制备方面的研究较为薄弱,且 GAstV 尚无统一有效的体外培养方法,严重阻碍了病原的基础研究。为更好地了解 GAstV 对我国鹅养殖业的影响,本文从 GAstV 的病原学、流行病学、宿主免疫应答和 GAstV 与痛风的关联 4 个方面进行综述,为 GAstV 的后续研究及科学防治提供参考。     

鹅细小病毒LH株的分离鉴定

采用鹅胚接种方法从南京六合具典型鹅细小病毒病病变的死亡雏鹅体内分离到1株鹅细小病毒(LH 株).在电镜下观察到该病毒液具细小病毒样粒子;8 日龄健康易感雏鹅人工感染后100%发病、死亡,且具有典型鹅细小病毒病临床症状和剖检特征.在琼脂扩散试验中,用感染鹅胚液制备的待检沉淀抗原,能与鹅细小病毒阳性血清发生特异性反应.应用针对GPV VP3特异性引物对LH毒液进行PCR检测,扩增出的片段为1.6 kb,与目的条带大小相符.序列分析发现,扩增产物与已发表的GPV的VP3片段相比较,同源性达99%以上,表明所分离到的LH株是一株鹅细小病毒.     

Identification of S-RNase genotype and analysis of its origin and evolutionary patterns in Malus plants

Identification of the S genotype of Malus plants will greatly promote the discovery of new genes, the cultivation and production of apple, the breeding of new varieties, and the origin and evolution of self-incompatibility in Malus plants.In this experiment, 88 Malus germplasm resources, such as Aihuahong, Xishuhaitang, and Reguanzi, were used as materials.Seven gene-specific primer combinations were used in the genotype identification.PCR amplification using leaf DNA produced a single S-RNase g...     

雏鹅曲霉菌病的诊治

曲霉菌病是幼禽常见的一种霉菌病。各种禽都能感染,发病率高,可造成大批死亡,临床上表现以呼吸困难为主的症候群。雏鹅发生该病时,多呈急性发生。2004年兴化市某养鹅专业户饲养的雏鹅发生曲霉菌病,请笔者诊治,现将诊治结果报道如下。1发病情况2004年7月13日购入1 200只雏鹅。购     

小鹅瘟的诊断及其病理组织学观察

对3例疑似小鹅瘟感染病禽进行临床观察和病理解剖,结果均发现小肠中后段膨大,小肠末端形成特征性的"肠栓"。针对鹅细小病毒VP3基因设计1对引物,对3例病死鹅的肝脏组织进行PCR检测,结果均扩增出与预想结果一致的331 bp鹅细小病毒特异片段;取病死禽的十二指肠、回肠、心、肝、脾、肾等组织制作石蜡切片,HE染色,进行病理组织学观察,结果显示其十二指肠肠绒毛脱落,回肠粘膜大片坏死脱落并与纤维素性渗出物混杂形成栓子,其他部位病变不明显。皖西白鹅还表现肝组织淤血、肝细胞脂肪变性,肾脏肾上皮细胞变性、坏死,淋巴细胞浸润。     

利用小鹅瘟病毒增殖制备GPV沉淀抗原

将小鹅瘟病毒（GPV）通过家禽胚胎传代增殖，取感染胚尿囊液制备了GPV沉淀抗原。其抗原在琼脂扩散反应和对流免疫电泳的试验中能够与小鹅瘟阳性血清出现沉淀线，而且与小鹅瘟标准抗原的沉淀线相吻合。所形成的沉淀反应能够被小鹅瘟阳性血清特异性地抑制，与其它常见的禽病血清不发生交叉反应。本次制备的GPV沉淀抗原可以用于兽医免疫效果监测和流行病学调查。     

全基因组范围禾本科植物GPX基因家族的进化分析和表达模式研究

【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列特点、基因结构和系统进化关系;采用反转录PCR(RT-PCR)方法,分析18个GPX基因在正常生长以及1-氯-2,4-二硝基苯(CDNB)、双氧水(H2O2)、莠去津(Atrazine)和水杨酸(SA)处理后,水稻、短柄草和高粱的根、茎、成熟叶、幼叶、叶鞘,以及正常生长条件下发芽2d后幼苗根和芽中的表达情况。【结果】从水稻、短柄草和高粱基因组中分别鉴定出6,5,7个GPX基因,这些基因编码长度为168~251个氨基酸的蛋白,分子质量介于18.44~27.42ku。系统发生分析发现,3个物种至少有7个最近的共同祖先GPX基因,物种分化之后水稻和短柄草分别丢失1个和2个GPX基因。序列相似性分析发现,3个物种GPX蛋白具有较高的序列相似性,介于38.0%~95.2%,且不同基因簇中GPX序列的分化速率不同。3个物种GPX基因具有保守的基因结构,但SbGPX7发生了内含子插入事件,预示着其与其他GPX基因之间功能的分化。表达模式分析发现,3个物种的18个GPX基因中有15个在所有检测样品中均为组成型表达,3个GPX基因(水稻2个、高粱1个)为选择性表达,表达模式的分化预示着功能的分化。【结论】作为植物保护细胞免受氧化损伤的重要酶类,禾本科3个物种的GPX基因在进化过程中发生了功能分化。     

高蛋白饲粮致雏鹅痛风的临床病理学研究

【目的】研究高蛋白饲粮对1～14日龄雏鹅生长性能、血液生化指标及肝脏、肾脏组织的影响,并对其痛风致病机理进行初步探讨。【方法】选用体质量相近的1日龄雏雁鹅72只,随机分成3组:A、B和C组分别饲喂粗蛋白质量分数为16%、20%和24%的饲粮,每组3个重复,每个重复8只。【结果】A组鹅的生长性能高于B、C组;血清总蛋白、白蛋白和球蛋白的水平随着饲料蛋白水平增加而升高,但差异不显著;C组血清尿酸、丙氨酸氨基转移酶、尿素氮、乳酸脱氢酶的水平显著高于A、B组,而C组总胆红素水平显著低于A、B组。C组肝脏组织中的白细胞介素–1β、白细胞介素–8、黄嘌呤氧化酶活性和肾脏中肿瘤坏死因子–α活性显著高于A、B组。A组肝脏、肾脏组织正常;B组肝脏组织有轻微炎性细胞,肾脏组织正常;C组肝脏细胞出现坏死、水肿和炎性浸润,肾小管空泡变性,肾小球萎缩。C组鹅出现痛风症状。【结论】在饲养条件相同的情况下,饲喂粗蛋白质量分数为24%的饲粮影响雏鹅的生长性能和血清尿酸等部分血液生化指标,引起肝脏和肾脏组织一定程度的损伤以及输尿管有尿酸盐沉积等痛风变化。     

Phylogeny-aware gap placement prevents errors in sequence alignment and evolutionary analysis

Genetic sequence alignment is the basis of many evolutionary and comparative studies, and errors in alignments lead to errors in the interpretation of evolutionary information in genomes. Traditional multiple sequence alignment methods disregard the phylogenetic implications of gap patterns that they create and infer systematically biased alignments with excess deletions and substitutions, too few insertions, and implausible insertion-deletion-event histories. We present a method that prevents these systematic errors by recognizing insertions and deletions as distinct evolutionary events. We show theoretically and practically that this improves the quality of sequence alignments and downstream analyses over a wide range of realistic alignment problems. These results suggest that insertions and sequence turnover are more common than is currently thought and challenge the conventional picture of sequence evolution and mechanisms of functional and structural changes.     

尖裸鲤染色体核型分析及进化地位研究

【目的】对尖裸鲤（Oxygymnocypris stewartii）的染色体核型进行分析,为其进化生物学、种质标准制定及杂交育种亲本选择提供细胞遗传学依据。【方法】以西藏自治区农牧科学院水产科学研究所和中国水产科学研究院黑龙江水产研究所联合驯养的尖裸鲤为试验对象,取其头肾采用冷滴片法制备染色体标本,PI染色,荧光显微镜下拍照,使用Photoshop和曲线测量工具E ruler对染色体进行测量和配对,获得染色体核型,并与已报道的19种（或亚种）裂腹鱼亚科鱼类的中部着丝粒染色体（m）+亚中部着丝粒染色体（sm）和亚端部着丝粒染色体（st）+端部着丝粒染色体（t）的数量比进行比对,分析尖裸鲤的进化地位。【结果】尖裸鲤染色体数目为2n=92,核型公式为26m+28sm+20st+18t,臂数（NF）=146,进化地位在裂腹鱼亚科中处于中等水平。【结论】明确了尖裸鲤的染色体核型和进化地位,其特化程度为高度特化等级。     

国内主要绵羊品种基于染色体核型进化距离的聚类分析

收集国内10个主要绵羊品种包括藏系绵羊、乌珠穆沁羊、青海细毛羊、河南小尾寒羊、蒙古羊、东北细毛羊、同羊、兰州大尾羊、湖羊、滩羊(贺兰山及盐池)等的染色体核型数据,进行核型进化距离的计算,并采用最短距离聚类分析法进行聚类分析.结果表明:10个绵羊品种可分为2大类群,即蒙古羊系和藏羊系,两大类群在最短距离为1.131 2处相聚.归人蒙古羊系的有8个品种.蒙古羊与兰州大尾羊在最短距离为0.095 2处首先聚为一类;贺兰山滩羊、盐池滩羊、河南小尾寒羊在最短距离为0.120 0处相聚;湖羊在最短距离为0.242 4处与前述品种相聚而成为一小类,东北细毛羊、同羊、乌珠穆沁羊分别在最短距离为0.339 8、0.339 8、0.568 7处与前述品种聚为一大类.归入藏羊系的有青海细毛羊和藏系绵羊,青海细毛羊在最短距离为0.967 5处与藏系绵羊聚为一大类.所得结果与品种起源进化、产地分布大致相同,为国内主要绵羊品种的分类和演化提供了细胞学依据.     

木质素生物合成酶4CL基因的遗传进化分析

【目的】4CL是木质素生物合成途径中的关键合成酶,通过对4CL基因的遗传进化分析,为其研究和利用提供理论依据。【方法】利用生物信息学手段,对4CL基因完整cDNA和编码氨基酸序列进行数据挖掘,利用Mega软件、ExPASy的Prosite数据库、NCBI的Conserved Domains数据库,进行4CL基因核酸和蛋白质水平上的遗传进化分析。【结果】构建了4CL基因的系统发生树,揭示出植物中的4CL基因聚类与植物分类大体一致,主要以基因家族的形式存在,但基因家族中部分基因存在着结构和功能的分化,4CL基因中存在着GC含量偏高和偏低两大类基因。4CL基因编码的氨基酸序列保守区高度相似,但是在单、双子叶两大类植物之间,其氨基酸平均含量存在着较大差异。【结论】在植物的进化过程中,虽然4CL基因较保守,但部分4CL基因发生了分化,体现在基因的结构和功能方面,在4CL基因的研究中必须充分考虑到这种分化。