基于COⅠ基因对南海鱼类鉴定的可行性分析

为研究DNA条形码技术在南海海域鱼类分类鉴定中的可行性,采集了南海6目28科43属65种鱼类进行COⅠ基因序列扩增,获得序列与NCBI数据库进行比对,结合形态学信息,对鱼类分类鉴定进行分析.利用MEGA5.0软件计算各物种序列信息、遗传距离以及构建分子系统进化树,结果显示:所得65种鱼类COⅠ基因同源序列633 bp,与NCBI数据库比对,可搜索出相似率99%以上的样品,可以鉴定到种的水平.序列中A、T、G、C碱基平均组成为:A:23.8%、T:28.6%、G:18.8%、C:28.8%.样品种间、属间、科间和目间的遗传距离分别为:14.88%、19.09%、23.14%和24.68%,随着分类阶元的升高,物种的平均遗传距离差异越大.构建的系统进化树,科级以下阶元的分类关系与形态分类基本一致,而科级以上阶元的分类关系与形态学分类差别较大,说明COⅠ基因在鱼类分子鉴定上是有效的条形码基因,但在系统进化关系上不一定适用于高级阶元的系统进化分析.     

基于COⅠ基因对卷蛾科昆虫的分子系统发育关系研究

目前,对于检疫截获昆虫的鉴定大都采用形态学的方法,传统的昆虫形态学鉴定方法存在一定的缺陷,例如大多数昆虫的形态鉴定是以完整的成虫为研究对象,而昆虫的早期(卵、幼虫和蛹)形态结构与肢体残缺的虫体均很难辩认,鉴定非常困难。DNA是遗传信息的载体,直接从DNA上得到的信息是最准确、最可靠的,因此DNA条形码技术可以解决传统昆虫形态学鉴定的这一缺陷。鳞翅目是昆虫中利用DNA条形码研究最多的目,分析卷蛾科22种昆虫29条线粒体COⅠ基因及其遗传进化距离,讨论DNA条形码技术在检疫性蛾类昆虫鉴定应用中的可行性。     

基于COⅠ基因序列的裸颊鲷属鱼类进化关系探讨

为从分子水平分析我国裸颊鲷属(Lethrinus)鱼类系统分类关系,同时探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因作为分子标记在裸颊鲷属鱼类物种鉴定和亲缘关系的可信性.本研究通过PCR扩增及测序获得了我国南海10种裸颊鲷COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的2种裸颊鲷最后共12种37个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA5.0计算序列的系统进化位点,基于最大似然法构建分子系统进化树．结果表明：12种裸颊鲷种内遗传距离为0.000~0.005,平均遗传距离为0.002,远低于物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%);种间遗传距离为0.074~0.210,平均遗传距离为0.155,种间遗传距离是种内遗传距离77.5倍,表明COⅠ基因可作为裸颊鲷鱼类物种鉴定条形码基因．构建的进化树上,12种裸颊鲷属鱼类主要形成4个分支,长吻裸颊鲷最先分化,单独形成一支(分支Ⅳ),位于进化树基部. 其次是红鳍裸颊鲷也单独形成一支(分支Ⅲ). 剩下的裸颊鲷主要聚为两支：分支I包含5种裸颊鲷,该分支裸颊鲷大部分体型较低,牙齿为犬牙状齿;分支II包含5种裸颊鲷,该分支裸颊鲷体型较高,牙齿为臼状齿,与前人研究将裸颊鲷基本分为高体型臼状齿,低体型犬牙状齿两个类群结果一致.也支持前人推断认为裸颊鲷祖先先形成高体型犬牙状齿特征,后期进化过程中逐渐分化出高体型臼状齿及低体型圆锥状齿的类群的观点.     

我国部分地方鸡种COⅠ基因多态性及其分子系统进化研究

以我国7个地方鸡种为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cyto-chrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因序列,分析地方鸡种COⅠ多态性及其分子系统进化关系。研究结果表明,选择的这段COⅠ基因序列有24个突变位点,为13个单倍型,其中11个单倍型为各品种所特有,可以作为各品种鉴定的依据;各鸡种在不同位点突变频率不同,7个鸡种均有其特异位点,根据这些特异位点,可以对其进行品种鉴定。7个品种间Kimura双参数遗传距离为0.001 81～0.008 48。7个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以用于探讨地方鸡种分类问题。     

基于线粒体COⅠ和COⅡ基因的沙果小食心虫与梨小食心虫的分子鉴定

【目的】建立基于线粒体COⅠ和COⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫,利用PCR和基因测序技术,扩增2种食心虫的线粒体COⅠ和COⅡ基因,将获得的COⅠ和COⅡ基因序列在GenBank中进行BLAST比对,并通过GeneDoc软件分析基因序列相似性,利用Mega 5.05软件分别计算基于COⅠ和COⅡ基因序列的遗传距离,并分别构建COⅠ和COⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的2种食心虫样本中,沙果小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.4%以上,梨小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.6%以上,2种食心虫COⅠ基因的种间相似度为95.0%~95.6%;沙果小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.0%以上,梨小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.3%以上,2种食心虫COⅡ基因的种间相似度为94.6%~95.5%;2种食心虫COⅠ基因种间存在30个稳定变异位点,COⅡ基因种间有26个稳定变异位点。2种食心虫种内遗传距离为0.001~0.006(COⅠ)和0.001~0.010(COⅡ),种间遗传距离为0.046~0.052(COⅠ)和0.047~0.057(COⅡ),基于COⅠ和COⅡ基因的种间遗传距离均显著大于种内遗传距离。分别构建COⅠ和COⅡ基因单倍型的系统发育树,结果显示,在2个基因的系统发育树上,2种食心虫的基因序列分别位于不同的进化支,且置信度均达到100%,同种食心虫的基因序列位于相同的进化枝。【结论】可以根据本研究所用的COⅠ和COⅡ基因序列的差异性,进行沙果小食心虫和梨小食心虫的分子鉴定。     

基于线粒体COⅠ基因的上海地区橘小实蝇种群遗传关系研究

利用线粒体DNA(mtDNA)序列分析技术,选用长为690bp的COⅠ基因序列作为目的基因,通过对福建厦门、海南儋州、四川攀枝花、广东肇庆、云南思茅和上海宝山、嘉定、浦东、青浦、松江在内的共10个地理种群的122条橘小实蝇线粒体COⅠ基因序列和单倍型网络进化分析,揭示上海地区橘小实蝇的种群遗传结构和扩散规律。结果表明:橘小实蝇松江种群主要来自于云南思茅种群,另一部分来自于广东肇庆种群和上海嘉定种群,还有一部分来源于较云南思茅种群和海南儋州种群等更为原始的其他种群;青浦种群主要来源于云南思茅种群,另一部分来源于福建厦门种群和上海嘉定种群;宝山种群主要来源于云南思茅种群,另一部分可能来自于上海松江和广东肇庆;嘉定种群主要来源于云南思茅种群,另一部分可能来自于上海宝山;浦东种群主要来自于云南思茅种群和上海嘉定种群。     

基于16S rRNA和COⅠ基因序列的笛鲷属鱼类系统进化关系探讨

为探讨笛鲷属(Lutjanus)鱼类的系统进化关系,对分布中国南海的12种笛鲷属鱼类16S rRNA和COⅠ基因的部分序列进行PCR扩增和测序,结合从GenBank中下载的胸斑笛鲷(Lutjanus carponotatus)、四线笛鲷(Lutjanus kasmira)、驼背笛鲷(Lutjanus gibbus)和单斑笛鲷(Lutjanus monostigma)序列进行分析,利用MEGA软件计算各物种间遗传距离并构建分子系统进化树.结果显示:16S rRNA基因同源序列为560 bp,COⅠ基因为639 bp. 16S rRNA基因序列变异较为保守,种间平均遗传距离为0.039,COⅠ种间平均遗传距离为0.146. 16种笛鲷在系统进化树上主要聚为4个分支,各分支中的笛鲷种类与其形态特征有一定的相关性,分支Ⅰ中勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)、金焰笛鲷(Lutjanus fulviflamma)和单斑笛鲷体背后上方具有椭圆形黑斑;分支Ⅱ中金带笛鲷(Lutjanus fulvus)与四线笛鲷体表具有若干纵向条纹,蓝点笛鲷(Lutjanus rivalatus)与星点笛鲷(Lutjanus stellatus)身体体背后上方均具有白色斑点;分支Ⅳ中千年笛鲷(Lutjanus sebae)、红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)、马拉巴笛鲷(Lutjanus malabaricus)与驼背笛鲷体型较大,成鱼体色为鲜红色.此外,在体型方面,分支Ⅰ中笛鲷种类体型较小,身体修长,分支Ⅳ体型较高,分支Ⅱ和Ⅲ体型介于两者之间,与前人研究认为体型、体色、条带可作为笛鲷种类划分的基本分类特征的观点一致.     

基于线粒体COI基因的DNA条形码在光唇鱼属鱼类系统分类中的应用

本文基于COI基因序列对光唇鱼属13种鱼类进行分子鉴定及系统进化研究。结果表明,光唇鱼属各物种间遗传距离,除了北江光唇鱼（A. beijiangensis）与窄条光唇鱼（A. stenotaeniatus）之间的遗传距离（0.015 7）外,其余物种间遗传距离都大于0.020 0。在分子系统发育树上,北江光唇鱼与窄条光唇鱼形成一个分支,且因其种间遗传距离达不到种的划分水平,结合已有的资料判断两者可能为同一物种;吉首光唇鱼（A. jishouensis）在分子系统发育树上与侧条光唇鱼（A. parallens）和半刺光唇鱼（A. hemispinus）聚为姐妹分支,且与两者的种间遗传距离都明显大于0.0200,吉首光唇鱼应为一个有效种;半刺光唇鱼和带半刺光唇鱼（A. cinctus）在系统树上各自分布在2个独立的分支上,且两者间遗传距离比各自与同分支上的物种间遗传距离大,故判断它们的差异已达到种的水平。本研究结果表明线粒体COI基因序列能有效地对光唇鱼属鱼类进行物种鉴定,并可用于探讨光唇鱼属的系统发育研究。     

我国6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性分析

[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。     

基于线粒体COⅠ基因的大小蠹属昆虫DNA条形码研究

大小蠹属昆虫是重要的林木害虫,大部分种类是检疫性有害生物,我国口岸有多次截获记录。为加强对大小蠹属害虫的检疫鉴定,通过线粒体DNA细胞色素氧化酶C亚基Ⅰ基因(COⅠ)867 bp片段序列对大小蠹属17个种类进行序列分析,结果表明,线粒体COⅠ基因可作为大小蠹属昆虫分类的依据;DNA条形码是生物系统分类分子水平上的依据。     

基于CO Ⅰ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用

为探讨中国南海裸胸鳝属（Gymnothorax）鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列（504bp）。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明：（1）504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异（37.1%）;（2）序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;（3）细斑裸胸鳝（Gymnothorax fimbriatus）与黑斑裸胸鳝（G.favagineus）之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;（4）在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。     

基于线粒体COⅠ基因15个鸡种的DNA编码研究

 【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ）基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种（除藏鸡外）;15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形态学分类基本一致,引进鸡种与地方鸡种分歧较远。【结论】利用线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ（COⅠ）这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定,具有可行性和有效性。     

基于线粒体CO Ⅰ基因的天津地区棕榈蓟马种群遗传分化分析

近年来,天津地区蔬菜作物蓟马发生危害愈发严重。为防止其种群扩大,减少经济损失,采集了天津地区11个蓟马种群,对其mtCO Ⅰ基因进行测序,共获得29条蓟马mtCO Ⅰ基因序列,其中发现37个变异位点,5种单倍型,H1单倍型出现次数最多。经Genbank序列比对,发现该11个蓟马种群全部为棕榈蓟马（Thrips palmi Karny）。进一步利用MEGA 10.0.0和Dna SP5.10软件对所得序列进行遗传分化、基因流、系统发育分析,发现所测棕榈蓟马总群体的遗传多样性较低,种群间遗传分化程度中等,种群间基因流较高,但是种群间遗传分化较小,错配分析曲线出现多峰,且天津地区棕榈蓟马种群在最近的历史时期种群相对较为稳定,没有出现较为明显的种群扩张现象。研究结果为当地棕榈蓟马制定科学合理的防治策略提供依据。     

基于线粒体COⅠ基因狼山鸡和鹿苑鸡DNA条形编码分析

以狼山鸡和鹿苑鸡为研究对象,利用DNA测序技术测定线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,探讨COⅠ基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡品种方面的可行性和有效性.结果表明:选择的这段COⅠ基因序列有15个突变位点,共9个单倍型,其中狼山鸡有3个特异单倍型,鹿苑鸡有5个特异单倍型,这为寻找品种鉴定依据奠定了基础;平均单倍型多样度为0.835,平均核昔酸多样度为0.004 19,2个品种间核苷酸分歧度为0.003 89,表明2个地方鸡品种COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性.     

鳗鲡属6种鱼类线粒体COⅠ和COⅡ基因序列分析和分类的有效性

对鳗鲡属（Anguilla）的美洲鳗鲡（A. rostrata）、欧洲鳗鲡(A. anguilla)、太平洋双色鳗鲡(A. bicolor pacifica) 、花鳗鲡(A.marmorata)、澳洲鳗鲡(A. australis )、日本鳗鲡（A.japonica）6种鱼类54个体COⅠ和COⅡ基因片段中1 179 bp和633 bp的序列特征、分子分类的有效性、以及构建的系统关系进行了比较分析,结果表明：（1）COⅠ和COⅡ基因可变位点、简约信息的百分比分别为17.98%、16.45%和12.16%、10.11%,COⅠ较COⅡ基因的变异率高;（2）两种基因序列均表现出明显的反G偏倚(在COⅠ和COⅡ中G的百分含量分别为18.45%,16.67%);（3）基于COⅠ基因种间遗传距离均高于COⅡ基因,且均大于2%（欧洲鳗鲡和美洲鳗鲡基于COⅡ基因序列的种间遗传距离为1.8%除外）,种内遗传距离都小于1%;（4）以两序列构建的系统树,各物种所有个体均形成独立、高支持率单系,但两序列构建的系统关系并不完全一致。由此说明,COⅠ和COⅡ都能对鳗鲡属鱼类进行有效的物种分子鉴定,但在探讨鳗鲡属鱼类系统进化关系上还需要联合其它基因。     

基于CO II全基因的差翅亚目昆虫分子系统学研究

[目的]对基于CO Ⅱ全基因的差翅亚目昆虫的分子系统学进行研究。[方法]设计蜻蜓目昆虫CO Ⅱ全基因的非特异性引物,获得差翅亚目5科6属8种共8条CO Ⅱ全序列。采用CluxtalX1.8、ContigExpress、MEGA2.1、PHYLIP3.6a以及MrBayes V3.0等生物学软件及简约法和最大似然法对其进行分析并构建分子系统树。[结果]CO Ⅱ的A＋T含量较低（68.6%）,说明蜻蜓目是一比较原始的类群;每条序列均含有2个半胱氨酸,这一点有别于其他类群昆虫;不支持将大蜻亚科上升为科的观点;支持将大蜓科和蜓科归入蜓总科,而将春蜓科上升为总科的观点;差翅亚目5科之间的进化关系由慢到快依次为：春蜓科→大蜓科→蜓科→伪蜻科→蜻科。[结论]为蜻蜓目分子系统学研究提供相关依据。     

基于中国土壤系统分类体系的湖南省土壤系统分类研究Ⅰ.湖南土壤系统分类的原则和指标及高级单元初拟

根据中国土壤系统分类(修正方案),初拟了湖南土壤系统分类高级单元的划分方案.该方案将湖南土壤划分为8个土纲、16个亚纲、53个土类、201个亚类,旨在为开展湖南土系调查和土壤系统分类研究提供指导.     

基于线粒体COⅠ和ND1基因分析三尾凤蝶遗传多样性

以云南和四川分布的3个种群(云南丽江种群、云南东川种群、四川种群)共36头三尾凤蝶为研究对象,选取线粒体COⅠ和ND1基因作为分子标记,对三尾凤蝶的遗传多样性进行了研究.结果表明,PCR扩增测得COⅠ和ND1基因联合序列长度为1 913 bp,A+T含量为74.3%,表现出明显的A/T碱基偏向性;共检测到4个变异位点,定义了5个单倍型,其中,Ha1出现的频率较高,为共享单倍型.核苷酸和单倍型多样性指数分别为0.000 2和0.218 0;遗传分化系数(Gst)、固定系数(Fst)、基因流(Nm)和遗传距离分别为0.059 98、0.059 95、3.920 00和0.分析显示,三尾凤蝶遗传多样性低,各地理种群基因交流频繁,没有形成明显分化.