云南铁壳麦遗传多样性的SSR标记分析

云南铁壳麦是云南省特有的种质资源,具有丰富的遗传变异和优良性状,可用于拓宽现代小麦的遗传基础.本试验利用20对SSR引物对36个云南铁壳麦进行了遗传多样性分析,结果共检测到39个等位变异,每对引物等位变异数在1～3个,平均为1.95个.Nei's基因多样性指数(H)为0.00～0.50,平均为0.24;Shannon信息指数(I)为0.00～0.69,平均为0.38;遗传距离(GD)为0.03～0.62,平均为0.24;说明铁壳麦遗传差异较小.聚类分析结果表明,在遗传距离约0.44处,可以将36份铁壳麦材料分为4类.其中腾冲的铁壳麦与龙陵的大河头小麦、镇康顶莨铁壳麦与永德短芒铁壳麦、双江铁壳麦2与凤庆硬壳麦1遗传距离较近,双江铁壳麦-4与其它铁壳麦存在较大的遗传差异.     

节节麦与普通小麦杂交后代的遗传多样性分析

运用SSR标记的方法,对节节麦SQ-214与普通小麦杂交后代的BC1F2群体的64份材料和高代系群体的147份材料在D基因组上的68个SSR位点的遗传多样性进行了分析.结果表明:68对SSR引物在杂交后代的两个群体等位变异位点较多,BC1F2群体共检测到67个位点有变异,等位变异数为212个,主要集中在3D染色体上.高代系中58个位点有变异,等位变异数为184个,等位变异位点多集中在2D上.BC1F2和高代系群体在D基因组的7条染色体上遗传多样性的表现不一致,BC1F2在7条染色体上的遗传多样性显著高于高代系,等位变异分布较高代系均衡.BC1F2材料间的遗传多样性高于高代系.由此可知,节节麦与普通小麦杂交衍生后代具有较高的遗传多样性,可用于进一步改良小麦;同一衍生亲本的衍生后代具有较大的遗传分化,尤其是在随机群体;经过选择后的群体遗传多样性会明显的降低.     

中国新疆与黄河流域节节麦的传播关系

利用微卫星分子指纹方法分析了来自新疆和黄河流域(陕西、河南)节节麦的亲缘关系,探讨中国节节麦的传播问题。结果表明:①至少有两个不同的节节麦居群由中东传入了中国;②中国节节麦的传播路径可能是由中东经丝绸之路的北道传入新疆,然后传入黄河流域。但是,也不能排除中国节节麦由丝绸之路传入黄河流域,然后再传入新疆的可能性。     

SSR标记分析谷子遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自山西、西藏、黑龙江等省区的品种共96份,利用SSR分子标记技术,引用小麦的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从100多对引物中筛选到5对有多态性、扩增稳定、重复性好的引物,34个多态位点的平均PIC值为0.7324,96份材料被聚成5大类。     

云南铁壳麦D染色体组SSR标记遗传多样性研究

为进一步研究云南铁壳麦D染色体组的遗传变异,利用分布于D染色体上的29对SSR引物对31份云南铁壳麦进行了遗传多样性分析,其中22个位点具有多态性,共扩增出60个等位位点,每个引物扩增出1～4个,平均2.1个。等位变异较人工合成麦及二倍体材料(平均2.4个)和育成品种(平均2.2个)低,但较地方品种(平均1.9个)丰富;多态性信息指数变幅为0～0.639,平均为0.217;等位变异2D>5D>1D=3D>7D>4D=6D;云南铁壳麦平均遗传相似系数为0.749,变幅在0.231～1,与人工合成麦及二倍体材料之间的遗传距离较远,与育成品种间的遗传距离最近。根据遗传相似系数云南铁壳麦可划分为11大类群,类群与变种和来源地都不相一致。     

基于SSR标记的藜麦种质资源遗传多样性分析与指纹图谱构建

为了分析藜麦种质资源的遗传基础和遗传多样性,为藜麦种质资源的保护与高效利用提供理论依据。本研究以收集到的48份国内外藜麦种质资源为材料,采用简单重复序列(SSR)标记的方法,分析了藜麦种质资源的遗传多样性并构建DNA指纹数据库。结果表明,共筛选出25对多态性SSR分子标记,所有标记共检测到134个等位变异,每对引物检测出3～13个等位变异;Nei’s基因多样性指数(H)为0.107 5～0.368 7,均值为0.242 4;Shannon信息指数(I)为0.204 3～0.551 6,均值为0.383 3;多态性信息含量(PIC)为0.378 8～0.852 2,均值为0.604 2。聚类分析结果表明,48份藜麦种质资源被分为4个组,相近地区或生态环境的种质资源多聚在一组;利用3对SSR引物组合,构建了48份藜麦资源数字指纹图谱。本研究结果表明48份藜麦种质资源遗传多样性丰富;所筛选的SSR标记用于藜麦种质资源遗传多样性分析及品种鉴定是可行的。     

藏马微卫星标记遗传多样性研究

为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。     

甜瓜SSR标记遗传多样性的研究

采用50对SSR特异引物对甜瓜栽培品种(系)进行分析,其中48对扩增出谱带,46对引物具有多样性。扩增带分子量在250￣1750bp之间,187条谱带中有130条谱带具有多态性(占69.52%),平均每个引物可扩增出3.729条带。46份材料经过NTSYS软件分析后分为9组,从9组中再选取21个具有代表性材料重新进行聚类,应用NTSYS软件的立体旋转模拟分析和聚类分析两种方法。结果表明,21份材料分为8组,15份材料具有相同的分析结果,6份材料具有不同的分析结果。聚类结果显示21份材料可分为绿麻瓜类、黄白皮瓜类、白皮瓜类、面瓜类、菜瓜类等几个类型,基本与形态学分类相似,但也有特殊性,如花皮面瓜聚到绿麻瓜一类中。分析结果说明这两种方法具有各自的特点,要根据研究目的来选择和确定分析方法。此外,运用分子标记的方法可以提高甜瓜栽培品种多样性分析的准确性。     

利用微卫星标记分析我国家养水貂的遗传多样性

利用20个微卫星标记对8个水貂群体和类型的488个个体进行DNA多态性测定和统计分析,计算遗传杂合度、多态信息含量、奈氏遗传距离,采用NJ法构建聚类分析图。8个群体的平均杂合度为0.4458～0.4915,多态信息含量0.4846～0.8775,平均0.6926。计算所得的Nei遗传距离、Nei标准遗传距离和NJ聚类图显示,银蓝色水貂与珍珠色水貂聚为一类,丹麦红眼白貂与丹麦标准貂聚为一类。这一研究结果表明我国饲养的水貂遗传多样性较丰富,亚群体遗传分化程度较低。     

利用微卫星标记分析北京油鸡的遗传多样性

[目的]探讨北京油鸡的遗传多样性。[方法]采用29对微卫星标记对北京油鸡保种群的192个个体进行遗传多样性检测,并通过计算等位基因数、等位基因频率、期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）分析群体内的遗传变异情况。[结果]在29个微卫星标记中共检测到171个等位基因,每个微卫星座位的等位基因数在2～14个,平均等位基因数为5．90个;多态信息含量和期望杂合度的平均值分别为0．53和0．59,均大于0．5,表现为高度多态性;除5个位．羔（MCW0069、ADI_0112、MCW0183、LE10234和MCW0016）外,其余24个微卫星位点都处于基因平衡状态。[结论]北京油鸡保种群具有丰富的遗传多样性。北京油鸡在北京市农林科学院榆垡种鸡场得到了较为妥善的保存。     

利用SSR标记分析19份山羊草属种D基因组遗传多样性

具有D染色体组的山羊草属种是六倍体普通小麦的二级基因源,蕴藏着丰富的抗性基因和遗传变异丰富,可供现代小麦改良利用。选用24对D染色体组特异性微卫星(SSR)标记引物,将19份山羊草属种的D染色体组与3个普通小麦的D染色体组的遗传多样性进行了比较分析。共检测出679个等位基因,每个SSR位点上能检测到1~44个等位基因,平均28.29个。聚类分析结果表明,同一属种的材料基本上聚为一类,19份山羊草属种的D染色体组与普通小麦的D染色体组之间存在较大的遗传差异,可供小麦远缘杂交以丰富栽培小麦遗传多样性。     

利用小麦A、B基因组特异SSR标记扩增节节麦D基因组

以节节麦SQ-214、中国春(CS)和四川育成品种SW3243为材料,利用192个小麦A和B基因组特异SSR标记,对节节麦D基因组进行了扩增,结果表明:有130个特异SSR标记(67.70%)可以在只含D基因组的节节麦上扩出产物,并对扩增效果进行了分析。     

浙江省大豆种质资源遗传多样性分析

利用47个SSR位点对52份浙江省大豆种质资源进行遗传多样性分析,共检测到411个等位变异,等位变异数变化范围为3～21个,平均每个位点等位变异数为8.75个;每个SSR 的Simpson指数的分布范围为0.5506～0.9357,平均值为0.8061;Shannon-weaver指数分布范围为0.9083～2.8440,平均值为1.8386;材料的成对相似系数变化范围为0.5547～0.8589,总体平均值为0.6775。在聚类分析中,以相似系数为0.666为划分标准,将52份材料分为三大类,第Ⅰ类包括20份材料,以杭嘉湖、台州、丽水等地区的材料为主;第Ⅱ类包括24份材料,以绍兴、金华、衢州、丽水地区材料为主;第Ⅲ类包括8份材料,以金华、衢州地区的材料为主,SSR聚类结果与材料的地理来源和生态型没有明显的相关性,而与株高、生长习性有一定的相关性。     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

Association analysis of grain traits with SSR markers between Aegilops tauschii and hexaploid wheat(Triticum aestivum L.)

Seven important grain traits, including grain length(GL), grain width(GW), grain perimeter(GP), grain area(GA), grain length/width ratio(GLW), roundness(GR), and thousand-grain weight(TGW), were analyzed using a set of 139 simple sequence repeat(SSR) markers in 130 hexaploid wheat varieties and 193 Aegilops tauschii accessions worldwide. In total, 1 612 alleles in Ae. tauschii and 1 360 alleles in hexaploid wheat(Triticum aestivum L.) were detected throughout the D genome. 197 marker-trait associations in Ae. tauschii were identified with 58 different SSR loci in 3 environments, and the average phenotypic variation value(R2) ranged from 0.68 to 15.12%. In contrast, 208 marker-trait associations were identified in wheat with 66 different SSR markers in 4 environments and the average phenotypic R2 ranged from 0.90 to 19.92%. Further analysis indicated that there are 6 common SSR loci present in both Ae. tauschii and hexaploid wheat, which are significantly associated with the 5 investigated grain traits(i.e., GA, GP, GR, GL, and TGW) and in total, 16 alleles derived from the 6 aforementioned SSR loci were shared by Ae. tauschii and hexaploid wheat. These preliminary data suggest the existence of common alleles may explain the evolutionary process and the selection between Ae. tauschii and hexaploid wheat. Furthermore, the genetic differentiation of grain shape and thousand-grain weight were observed in the evolutionary developmental process from Ae. tauschii to hexaploid wheat.     

3类苹果资源遗传多样性的SSR对比分析

以18个新疆野苹果优系、23个鲜食苹果品种和7个苹果砧木品种为材料,对3类苹果资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析,并对不同SSR引物的效率值进行对比分析,同时应用定位到17条染色体的80对SSR引物对3类苹果进行分析。总计扩增出254个位点,多态性位点百分率为99.61%,平均每对引物扩增位点8.47个。3类苹果多态位点百分比高低关系为新疆野苹果砧木苹果鲜食苹果;Neis基因多样性、Shannons指数和有效等位基因的高低关系为砧木苹果新疆野苹果鲜食苹果。聚类结果显示,48个品种分为鲜食苹果、新疆野苹果和苹果砧木3类,在0.68处,鲜食苹果和新疆野苹果聚到一起,说明二者有相对较近的遗传关系。新疆野苹果遗传多样性较高,鲜食苹果最低;鲜食苹果起源于新疆野苹果;不同引物的遗传参数差异较大,选择的引物效率值不同,说明引物选择的重要性。     

SSR分子标记分析彩色马铃薯品种间的遗传关系

利用SSR分子标记对来源不同的30份彩色马铃薯种质材料进行遗传多样性研究.结果表明,41个SSR引物扩增30个供试品种得到152条带,其中128个为多态性带,平均每个引物扩增3.12个多态性条带,其中包括一些品种特异性的SSR位点.UPGMA法进行聚类分析,在简单遗传相似系数SM=0.65处可将供试材料分成两大类群:类群Ⅰ为来自北美和欧洲的彩色马铃薯品种,在SM=0.72处可分为紫色马铃薯亚群,红色马铃薯亚群和白色马铃薯亚群;类群Ⅱ主要是不同来源的彩色马铃薯种质资源,包括二倍体原始栽培种,二倍体野生种和四倍体栽培种安弟斯亚种资源.聚类遗传关系表明类群Ⅰ和类群Ⅱ遗传关系较远,性状差异较大,可以作为极好的遗传资源进行杂交育种,扩展和丰富彩色马铃薯种质遗传背景     

高抗条锈和白粉病节节麦资源SQ-214遗传背景的SSR标记分析

以四川地方品种中国春(CS)和育成普通小麦品种SW3243为对照,选用D基因组118个SSR标记,对双抗(条锈、白粉)节节麦资源SQ-214的遗传背景进行了比较分析,结果表明:节节麦SQ-214与中国春在D基因组上91.50%的SSR位点有差异;与SW3243的位点88.96%有差异;研究结果为进一步鉴定SQ-214高抗条锈衍生系遗传背景中节节麦片段(或遗传位点)奠定了基础。