贵州地方猪品种雌激素受体基因内含子1多态性

为了探索雌激素受体(estrogen receptor,ESR)基因与贵州地方猪品种繁殖性状之间的关系,采用SSCP和RFLP方法,以大约克、外三元杂交猪和梅山猪为对照,对贵州地方猪品种香猪、糯谷猪和柯乐猪ESRα基因进行了多态性分析,共检测到AA、AB和BB 3种基因型,测序结果证实,B等位基因产生的原因是:121 bp扩增片段中第54和57位碱基均突变为C,获得了1个Pvu Ⅱ酶切位点,使AA基因型多出一条带;A等位基因在国外猪品种中占优势,国内猪品种以B等位基因为主,香猪的BB基因型频率最高(79.4%),糯谷猪和柯乐猪均较低(30%、29.8%).说明贵州地方猪品种的杂合度较高,应加强选育,B等位基因可能与低繁殖率相关.     

应用促卵泡激素基因SINE标记测定大约克猪纯合度

为了使猪种引进有便捷、准确的检测手段,采用聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)方法,检测了120头大约克种猪的纯合度。结果表明:受检母猪FSHβ基因的BB纯合基因型频率为82.5%,AB杂合基因型频率为17.5%,未检测到AA纯合基因型,经计算B等位基因的频率明显高于A等位基因频率。表明,该批次大约克猪存在一定比例的内二元或内三元杂交猪,应加强管理,严格控制再引种的纯度。该检测方法适用于区分国内地方猪品种和欧洲猪品种的纯合度,为引种种猪的纯合度检测提供准确的鉴定手段,有良好的应用前景。     

惠阳胡须鸡LPL、FASN基因多态性的研究

以惠阳胡须鸡为研究对象,分别以LPL、FASN基因为脂肪性状相关的候选基因,采用限制片段长度多态性(RFLP)检测这2个候选基因在惠阳胡须鸡中的多态性。研究结果表明,(1)用限制性内切酶HinfⅠ对LPL基因第8内含子进行RFLP分析,发现76.3%为已报道的BB型,另发现了两种新的基因型,分别占1.7%和22%,无AA型;(2)用限制性内切酶HaeⅢ对FASN基因进行RFLP分析,发现BB基因型比例为64.8%,BC型12.24%,CC型基因型比例23.4%。B等位基因频率为0.7041,C等位基因频率为0.2959,B等位基因频率明显高于C等位基因频率。     

中国部分家鸭PRL基因内含子核苷酸多态性分析

该研究旨在探讨中国重点保护鸭品种催乳素(PRL)基因内含子1和2的单核苷酸多态性(SNP)水平。利用PCR-SSCP和测序的方法检测了8个地方鸭种共476个个体的PRL基因内含子1和内含子2的单核苷酸多态性,分析了不同群体的等位基因频率和基因型频率,并对其遗传特性进行了统计。结果表明:所检测的8个地方鸭种在PRL基因内含子1上均呈现多态,比较测序结果发现位于PRL基因内含子1的383 bp位置有A/C突变;除连城白鸭外,其他各群体中等位基因A均为优势等位基因;除连城白鸭和绍兴鸭外,其他各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。5个鸭种在PRL基因内含子2上存在多态,绍兴鸭、北京鸭和高邮鸭没有发现多态,位于PRL基因内含子2的2 297 bp和2 356 bp位置发生了A/T和G/T的碱基突变;除建昌鸭外,其他鸭群的等位基因D的基因频率较高,而且北京鸭、绍兴鸭和高邮鸭中只发现等位基因D。Hardy-Weinberg平衡适合性检验结果表明,各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。从各个品种的经济类型和群体基因型频率的分布情况来看,PRL基因多态性可能与品种受到的人工选择和自然选择有关。     

OB基因对安徽4个地方品种猪产仔性能的影响

利用现代分子标记技术寻找影响猪产仔数的标记基因座,为应用标记辅助选择培育高繁殖率猪的品种或品系提供依据。试验采用PCR-SSCP技术检测了安徽4个地方品种猪(安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪、定远黑猪)OB基因第2、第3外显子的多态性,同时探讨该基因对安徽4个地方品种猪产仔性能的效应。结果显示：①安徽4个地方品种猪的OB基因外显子2上没有检测到多态性突变位点,而在外显子3上两对引物的扩增片段均存在多态性突变位点;经克隆测序分析发现,外显子3在3 469 bp处存在T→C突变,在3 714 bp处存在G→T突变,但这两个突变位点均属于同义突变。②T3469C突变位点上检测到AA、AB、BB 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因A基因频率分别为0.617 6、0.637 3、0.527 3、0.609 6;G3714T突变位点上检测到CC、CD、DD 3种基因型,其中安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪与定远黑猪等位基因的C频率分别为0.705 9、0.578 4、0.663 6、O.637 0;A、C等位基因占主导地位。③最小二乘分析表明,T3469C和G3714T位点上3种基因型对4个地方品种猪在头胎产活仔数和经产产活仔数上的效应均为BB＞AB＞AA、DD＞CD＞CC。初步推断OB基因可能是影响安徽地方猪产仔性状的候选基因之一或该基因与主基因相连锁,因此可以用该标记位点对安徽地方猪产仔性状进行标记辅助选择。     

猪IGF-2基因内含子3突变检测及其多态性分布

采用错配PCR-RFLP法,检测8个品种314头猪IGF-2基因内含子3的3072位点多态性及其在群体中的分布.结果表明:引入错配碱基构造出新的酶切位点,在很大程度上降低了试验成本且不影响基因型判定结果.IGF-2基因内含子3的3072位点(G→A)变异多态在猪群中分布差异极显著.国外品种猪中等位基因A的频率高于我国地方品种猪,我国地方品种猪(二花脸猪、梅山猪、五指山猪、淮猪)群体中绝大多数为GG基因型;而国外品种猪(长白猪、大约克猪、杜洛克猪)群体中GA和AA基因型频率分别为60%～70%和20%～30%.由杜洛克猪与二花脸猪、梅山猪杂交育成的苏太猪,其群体中GA基因型频率接近78%,大大超过地方品种猪.     

不同品种猪生长激素基因的PCR-RFLPs分析

采用PCR-RFLPs技术,对香猪、上海白猪、大约克夏猪生长激素基因-119～＋715区域共834bp片段的扩增产物分别用ApaI、DraI、MspI三种限制性内切酶检测酶切位点的多态性。结果显示：ApaI酶切时．三个品种的猪都产生了3种基因型（AA、BB和AB）,BB基因型的频率以大约克夏猪最高．AB基因型的频率以香猪最高．三个猪种间基因型频率、等位基因频率的差异不显著（P〉0．05）;DraI酶切时．各品种猪均未呈现酶切位点的多态性;MspI酶切时,仅大约克夏猪表现出2种基因型（CC、CD）,香猪、上海白猪未产生酶切位点多态性。结论：AB基因型的频率以香猪为最高,它可能是小型猪的有利基因型;在香猪和上海白猪中DraI和Mspl酶切位点的多态性比较贫乏。     

猪POU1F1基因第三内含子MspⅠ酶切片段多态特征的研究

采用PCR-RFLPs技术,以MspⅠ为内切酶,检测猪POU1F1基因中片段为2.1 kb的第三内含子中的多态位点1.68 kb(C等位基因)和0.85/0.83 kb(D等位基因),分析各多态位点在长白猪、杜洛克猪、小梅山猪、香猪、姜曲海猪5个品种群中的分布,并通过χ2检验比较这5个猪种间的基因型差异.χ2适合性检验结果表明MspⅠ酶切突变位点的3种基因型在5个品种中分布差异均极显著(P<0.01).中国地方品种小梅山猪、姜曲海猪等位基因C的比例很高,中国地方品种香猪等位基因C的比例则比较高,国外品种长白猪、杜洛克猪等位基因C的比例很低.     

牦牛CAST基因部分序列的SNPs研究

采用PCR-SSCP技术,设计2对特异性引物分别对牦牛钙蛋白酶抑制蛋白基因部分内含子2、外显子3、部分内含子3和外显子8、内含子8部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:在第2内含子存在一段CTTTTTT的缺失,表现出3种基因型,其中AA、AB、BB基因型频率分别为0.7514、0.2265和0.0221,A、B等位基因频率分别为0.8646和0.1354;在第3外显子处发生2个碱基突变,分别是40455bp处G→A和40463bp处A→G的转换,40455bp和40463bp处均表现AA和AB2种基因型,2个位点AA、AB基因型频率均为0.7293、0.2707,A、B等位基因频率均为0.8646、0.1354;在第8内含子85170bp发生了A→G的转换,表现出AA和AB2种基因型,其中,AA、AB基因型频率分别为0.6354、0.3646,A、B基因频率分别为0.8177、0.1823.CAST40400、CAST40455、CAST40463和CAST85170处的遗传杂合度分别为0.2265、0.2707、0.2707和0.2990,多态信息含量分别为0.2067、0.2067、0.2067和0.2537.牦牛在CAST40400处处于Hardy-Weinberg平衡状态,在CAST40455、CAST40463和CAST85170处均处于Hardy-Weinberg不平衡状态.     

苏姜猪四至六世代雌激素受体（ESR）基因PvuⅡ多态性分析

研究了雌激素受体（ESR）基因在苏姜猪世代选育中的遗传变异情况。结果表明：在苏姜猪四、五、六3个世代中都存在AA,AB,BB三种基因型, 四世代、五世代、六世代A等位基因的频率分别为71.67%,66.67%,68.33%,B等位基因的频率分别为28.23%,33.33%,31.67%。在苏姜猪3个世代检测个体中,A等位基因频率显著（P<0.05）高于B等位基因的频率。苏姜猪3个世代中AA,AB,BB三种基因型的第1胎总产仔数差异都不显著。3个世代中AA与AB基因型的第2～4胎总产仔数差异不显著,而BB型基因的第2～4胎总产仔数显著高于AA和AB的第2～4胎总产仔数。在今后的选育中,应加强BB基因型种猪的选留,进一步提高苏姜猪窝产仔头数。     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

Prepro-orexin基因多样性与猪产仔数的相关性

为了研究Prepro-orexin基因多样性与繁殖性能的关系,确立其在分子标记育种中的应用价值。采用PCR-RFLP法分析猪Prepro-orexin基因第62位多态性位点在二花脸、香猪、淮猪和姜曲海猪4个品种中的多样性,并分析其不同基因型对二花脸猪产仔数的影响。结果表明,二花脸和香猪分别检出三种基因型,姜曲海猪有两种基因型,而淮猪只有一种基因型。各等位基因频率和基因型频率在不同品种间存在显著差异;二花脸猪不同基因型群体间产仔数差异不显著,说明该基因多样性对产仔数的影响不显著。     

Prepro-orexin基因多样性与猪产仔数的相关性

为了研究Prepro-orexin基因多样性与繁殖性能的关系，确立其在分子标记育种中的应用价值。本研究采用PCR-RFLP法分析猪Prepro-orexin基因第62位多态性位点在二花脸、香猪、淮猪和姜曲海猪4个品种中的多样性，并分析其不同基因型对二花脸猪产仔数的影响。结果表明，二花脸和香猪分别检出三种基因型，姜曲海猪有两种基因型，而淮猪只有一种基因型。各等位基因频率和基因型频率在不同品种间存在显著差异；二花脸猪不同基因型群体间产仔数差异不显著，说明该基因多样性对产仔数的影响不显著     

八个猪种PRLR和RBP4基因PCR-RFLP检测及群体遗传特性研究

本研究采用PCR-RFLP方法,对莱芜黑猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东本地猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共八个猪种323头繁殖母猪进行PRLR和RBP4基因的多态性检测,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:两个基因位点在八个猪种的测定群体中均存在多态性,在三种基因型中AB基因型出现频率最高,山东本地猪种与引进猪种间基因型频率存在显著差异(P<0.05)。八个猪种PRLR和RBP4基因位点的期望杂合度分别在0.3265~0.5062和0.2655~0.5019之间,多态信息含量分别在0.2688~0.4268和0.2264~0.3736之间。研究结果提示:杜洛克猪在这两个基因位点的杂合度最低,其遗传一致性最好,其余猪种均表现为中度多态,表明这些猪种具有较为丰富的遗传多态性。     

猪血清碱性磷酸酶(AKp)多态型的研究初报

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳方法对我国4个地方猪品种(八眉猪,黑河猪,内江猪和荣昌猪)血清碱性磷酸酶(AKp)的遗传多态型进行了初步研究。发现猪血情 AKp 有 AA,BB,CC,AB 和 BC5种表现型,结果表明这些表现型分别受3个复等位基因 AKp~A,AKp~B 和 AKp~C 支配。计算了各品种AKp 基因频率和基因型频率,并对品种间的差异进行了分析和讨论。     

Sequencing, Polymorphism and Expression Profile Analysis of Porcine Hexokinase Ⅱ (HK2) Gene

Hexokinase Ⅱ has been demonstrated to play the role of a key enzyme member in the glycolysis reaction. It catalyzes the conversion of glucose to glucose-6-phosphate, thus committing glucose to the glycolytic pathway. In this paper, the partial exons and introns 10, 11, 13 and 14 of the porcine HK2 gene were cloned and sequenced by comparative genomics.Comparative sequencing of three pig breeds revealed ten putative single-nucleotide polymorphisms (SNPs), one of which in intron 10 with differing bases (G981A) is within the restriction site for enzyme Msp Ⅰ. Distribution of Msp Ⅰ -RFLP genotype and allele frequencies among different pig breeds were studied. By association analysis between Msp Ⅰ PCR-RFLP polymorphism (AA, AB, BB genotypes of HK2 gene intron 10) and some meat quality and carcass traits in F2 group,which was constructed by our laboratory, a significant difference of pig average backfat at rump was found between AB and BB genotypes (P ＜ 0 05) in F2 group. In addition, the pattern of expression of HK2 in a variety of tissues in pig was also determined using semi-quantitative RT-PCR. The expression of HK2 mRNA was detected only in pig skeletal muscle.     

3种猪孕酮受体基因(pgr)多态性分析

采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。     

微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方品种猪(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度(H)、有效等位基因数、多态信息含量(PIC)、Nei氏标准遗传距离.结果表明:8个微卫星位点均为高度多态位点;5个品种间的遗传多样性比较高;8个微卫星位点H平均为0.7006-0.7760;PIC为0.6917-0.7609;莆田黑猪与闽北花猪的遗传距离最小(0.5531),官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大(0.8618).     

野猪·家猪及其杂种猪ACSL4基因3′UTR区多态性分析

[目的]为猪的分子育种研究提供理论依据。[方法]采用酚-氯仿法从野猪、民猪、大白猪、长白猪、杜洛克和杂种猪的耳组织中提取基因组DNA,根据GenBank上猪ACSL4基因cDNA全序列设计3对引物,进行PCR-SSCP和测序,分析ACSL4基因3UTR区的多态性。[结果]3对引物中,仅K3引物的PCR-SSCP产物有多态性,检测到3种基因型(AA、BB和AB)。在ACSL4基因3′UTR区3862 bp处发生T→C碱基突变。仅在大白猪、长白猪,杜洛克和杂种猪中发现多态性位点,而在民猪和野猪中未发现。杜洛克、大白猪和杂种猪间不同基因型的分布都有极显著差异(P<0.01),长白猪和大白猪各基因型的分布无显著差异(P>0.05)。[结论]该研究为丰富猪种的种质特性资料库和充分利用种质资源提供了依据。