利用SSR和ISSR分子标记分析崇明白扁豆种质资源的遗传多样性

利用大豆SSR和ISSR分子标记对利马豆、白扁豆、大白芸豆共64份材料进行遗传多样性分析。在48对大豆SSR引物中,筛选出带型清晰、多态性较好的引物11对,扩增出84条多态性条带,每对SSR引物扩增出的多态性条带从3条到12条不等,平均7. 6条;从100条ISSR引物中,筛选出扩增稳定、多态性好的引物19条,扩增出151条多态性条带,每条ISSR引物扩增出的多态性条带从5条到13条不等,平均7. 9条。综合两种分子标记的数据,用NTSYSpc V2. 11软件进行聚类分析,可将64份供试材料分为4个类群:材料64独自为第I类群;材料60、62和63为类群II;材料27和61为类群III;其余材料均为崇明白扁豆,为类群IV。结果显示:所收集的崇明白扁豆材料之间的遗传距离很小,与材料61差异不大,说明崇明白扁豆遗传背景比较狭窄,但与外地的白扁豆和大白芸豆能有效区分。     

白菜种质遗传多样性与亲缘关系的ISSR标记分析

从分子水平用ISSR标记法对白菜遗传多样性进行分析,从100个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,对65个样品DNA共扩增出107条谱带,平均每个引物扩增出9.72条带,其中多态性位点102个(93.5%).种间遗传相似系数在遗传距离在0.40-0.65之间,表明白菜栽培种内品种间的遗传基础相时较宽,存在较大的遗传变异性.利用UPGMA聚类分析表明:能将65个白菜地方品种划分为四大类.由ISSR标记聚类结果所表现出的大多种质之间的亲缘关系与其来源地有较大的相关性,但也有地理差别很大的白菜资源遗传关系较近的情况.研究还表明,ISSR标记比RAPD标记具有更高的稳定性,在植物遗传多样性的分子标记或克隆研究中,可优先使用ISSR标记.     

裕丹参不同变异类型ISSR鉴定

采用ISSR分子标记对裕丹参4种变异类型基因组DNA进行PCR扩增,利用SPSS11.5软件进行类型问亲缘关系分析,构建遗传树状图.结果表明,从50务ISSR引物中筛选出8条具有鉴别意义的多态性引物,在裕丹参4种变异类型中共得到65条带,47条为多态性条带,多态性位点72.3%,聚类分析将裕丹参4种类型分为2个类群,表明裕丹参4种变异类型遗传分化明显.ISSR标记可以作为裕丹参4种变异类型鉴定的有效分子标记.     

利用ISSR和SSR标记分析不同抽薹性萝卜的遗传多样性

[目的]本研究加强对耐抽薹萝卜种质资源的研究,加快耐抽薹萝卜育种进程。[方法]筛选出16对ISSR和21对SSR分子标记引物,用于64份不同抽薹性萝卜材料进行遗传多样性分析。[结果]ISSR-PCR共扩增出90条带,其中具有多态性的68条,多态性条带百分率为75.56%;SSR-PCR共扩增出86条带,其中具有多态性的62条,多态性条带百分率为72.09%。POPGENE分析结果表明,两类引物扩增结果都反映出供试材料较高的遗传多样性。UPGMA法聚类结果中,均可把供试萝卜材料分为4个类群,7个亚类。其中,ISSR标记聚类结果与供试萝卜材料的根叶类型比较接近;SSR标记聚类结果与材料的地理分布相似;整合ISSR和SSR后的聚类结果能够反映出2种标记的特征。Mantel检验显示,2种分子标记的遗传相似性系数在64份不同抽薹性萝卜材料间相关不显著(R=0.171,P0.05),而ISSR+SSR与ISSR标记(R=0.612,P0.05)以及SSR标记(R=0.894,P0.05)呈显著相关。[结论]2种标记整合后的聚类分析,可检测到更大的遗传变异;而不同抽薹性萝卜材料所表现出的丰富多样性,对萝卜种质资源管理和耐抽薹品种选育具有重要意义。     

RAPD和ISSR标记检测黄麻属遗传多样性的比较研究

应用RAPD和ISSR标记,分别对来自非洲地区和中国的15份黄麻野生种(10个种),以及来自中国、印度、越南、日本等地的12份黄麻栽培品种基因组DNA的遗传多样性进行检测。结果表明:(1)参与分析的所有RAPD和ISSR引物都对DNA模板浓度的梯度变化不敏感,对比RAPD和ISSR在PCR反应中的稳定性,ISSR优于RAPD;(2)25个RAPD和ISSR引物分别扩增出329条和283条带,多态比率分别为89.36%和92.5%,显然,ISSR检测出的多态性条带的能力优于RAPD;(3)RAPD和ISSR标记检测同组供试材料种间或种内的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.48～0.98和0.33～0.97,ISSR检测出种间遗传多样性的分辨力较RAPD为高,但两者GS相关系数高达0.955;(4)RAPD和ISSR标记的分子聚类获得了趋势相近,但不完全相同的聚类树,两种标记均能准确地把原始黄麻野生种与栽培种中的长果种和圆果种及其近缘野生种聚在不同的种群中,分子分类结果与传统经典分类相符,并揭示出种间或种内基因型的遗传差异与亲缘关系,而ISSR比RAPD能检测到种间更高的遗传差异性;(5)两种标记均可揭示种间与种内的遗传多样性及其进化的亲缘关系,可为进一步开展黄麻分子辅助育种和起源与进化研究提供有价值的理论依据。     

猫爪草遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对信阳5种叶型猫爪草进行了ISSR分析,探索不同叶型猫爪草间的遗传多样性。结果表明,11个ISSR引物共扩增出137条带,多态性条带106条,多态性比率为77.37%。引物ISSR12能够区分猫爪草的5种叶型。提示ISSR标记适合于构建猫爪草的DNA指纹图谱、品种鉴定和遗传多样性分析。     

烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR和RAPD标记比较分析

采用ISSR和RAPD 2种分子标记方法对来自不同地区的28份烟草赤星病菌进行遗传多样性分析,筛选后选用10个ISSR引物和10个RAPD引物,ISSR扩增出多态性条带112条,多态性条带百分率为86.82%,菌株间相似性系数为0.53～0.97;RAPD引物扩增出多态性条带70条,多态性条带百分率为81.39%,菌株间相似性系数为0.57～0.94;用SPSS17.0软件对2种标记遗传距离进行相关性分析,发现2种分子标记结果呈显著正相关,表明2种分子标记方法都适合于烟草赤星病菌遗传多样性研究,ISSR是一种多态性优于RAPD的标记技术。根据2种标记的结果,利用NTSYS软件按UPGMA方法进行聚类分析,发现烟草赤星病菌遗传多样性与地理差异没有显著相关性。     

不同甘薯品种及其辐射诱变后代基因组变异的分子标记评价

利用SCo T、ISSR、CBDP等3种分子标记技术,对2个优质甘薯品种川薯34和川紫薯2号的60Co-γ辐射诱变后代进行基因组变异分析。结果表明,6条SCo T引物在参试材料中最多可扩增出40条条带,平均每条引物扩增6.67条,其中,在川薯34诱变后代中共检测到变异条带4条,在川紫薯2号诱变后代中共检测到变异条带7条;2条ISSR引物最多可扩增出6条条带,平均每条引物扩增3.0条条带,在川薯34的后代中发现变异条带1条,在川紫薯2号的后代中没有发现变异条带;6条CBDP引物最多可扩增出36条条带,平均每条引物可扩增6条条带,在川薯34和川紫薯2号的后代中分别发现变异条带13条和7条。遗传相似性分析表明,SCo T、ISSR和CBDP等3种分子标记在川薯34诱变后代中的遗传相似性变异范围为0.80～1.00;在川紫薯2号诱变后代的遗传相似性系数变异范围为0.86～1.00。研究结果显示,SCo T分子标记和CBDP分子标记的扫描结果均优于ISSR分子标记,且CBDP分子标记结果最佳。聚类分析结果表明,川紫薯2号和川薯34诱变后代的部分单株未发生变异,部分单株间存在变异,个别单株间遗传相似性差异较大。研究结果初步证明,悬浮细胞低剂量照射产生的甘薯诱变后代个体间变异较小,且突变程度与品种相关。研究结果将为分子标记技术和核辐射诱变育种技术在甘薯育种中的应用提供参考。     

ISSR标记在茶树品种遗传多态性研究中的应用

用筛选出的12个ISSR引物对17个茶树品种的基因组DNA进行扩增,共扩增出61个条带,其中多态性条带53条,占87.08%,平均每个引物组合扩增出5.08个条带.根据Nei-Li系数将17个茶树品种聚为2类.结果显示,ISSR是一种重复性好、效率高的分子标记,可以用于茶树品种的遗传多态性分析.     

ISSR标记技术及其在果树遗传育种中的应用

简单重复序列间扩增(ISSR)是在简单重复序列(SSR)基础上发展起来的一种新技术.该技术以锚定的微卫星DNA为引物,对与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片断进行PCR扩增.ISSR标记具有较长的引物序列,退火温度高.表现出较好的稳定性,且结合位点丰富,可以检测到基因组中多个位点的差异,能够揭示出比限制性片段长度多态性(RFLP)、随机引物扩增多态DNA(RAPD)、SSR更多的多态性信息.对ISSR标记技术的原理、特点及其在果树种质鉴定、遗传多样性、居群遗传结构、进化与亲缘关系分析以及分子辅助育种等研究方面的应用进行了综述.     

应用SSR和ISSR标记分析非AA型野生稻资源的遗传多样性

利用SSR、ISSR标记分析了24份非AA型野生稻及4份AA型对照的遗传多样性。结果表明,11对SSR引物共检测到104个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段9.5个。非AA型野生稻的特异性片段74个,占总片段数的71.2%;8个ISSR引物共检测到166个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段20.8个。非AA型野生稻的特异性片段113个,占总片段数的68.7%。两种标记构建的亲缘关系树基本相似。非AA型野生稻遗传多样性丰富,且具有很多独特的性状,可以为水稻育种提供丰富的种质资源。     

柑橘栽培品种（系）DNA指纹图谱库的构建

 【目的】构建柑橘栽培品种（系）的DNA指纹图谱数据库,为建立柑橘种苗纯度及真实性鉴定技术体系和技术规范奠定基础。【方法】利用SSR标记和ISSR标记对102个柑橘栽培品种（系）进行DNA指纹分析,筛选适合的特征引物,构建柑橘栽培品种（系）的指纹图谱数据库。【结果】从200对SSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的12对引物作为柑橘品种（系）鉴定的特征引物,12对SSR特征引物组合可鉴别42个品种（系）;在此基础上,对未出现SSR特征指纹的60个品种（系）进行ISSR指纹分析,从40个ISSR引物中筛选到2个可用于品种鉴定的特征引物,结合SSR标记,可快速、准确地鉴别70个柑橘的品种（系）。并利用这12对SSR特征引物和2个ISSR特征引物构建了70个柑橘栽培品种（系）的DNA特征指纹图谱数据库。【结论】SSR和ISSR标记适于构建柑橘栽培品种DNA指纹图谱库;指纹图谱库的建立为柑橘种苗纯度及真实性鉴定奠定了基础。     

远缘植物试管嫁接及ISSR分析

为了探明植物远缘嫁接的模式和分析嫁接后代的遗传特性,以大岩桐Sinningia speciosa,鸡冠花Celosia cristata,长寿花Kalanchoe blossfeldiana,黄色马蹄莲Zantedeschia elliottiana,百合Lilium longiflorum,苹果Malus domestica和阳桃Averrhoa carambola等7种植物为研究对象,采用试管嫁接的方法,进行了草本与木本植物、单子叶与双子叶植物、草本与草本植物的远缘嫁接,并对嫁接成活苗进行简单重复序列区间扩增多态性（inter-simple sequence repeat,ISSR）分析。结果显示,远缘植物之间的不同嫁接组合,嫁接的成活率有很大的差异,草本与草本植物之间、单子叶与双子叶植物之间进行嫁接较草本与木本植物之间的嫁接容易。ISSR分析表明,在大岩桐（接穗） ＋ 鸡冠花（砧木）,鸡冠花 ＋ 大岩桐,长寿花 ＋ 大岩桐,长寿花 ＋ 鸡冠花4个组合中检测到部分嫁接成活苗有来自砧木与接穗的扩增位点,同时还具有不同于两者的特异扩增位点。图2表2参12     

23份烟草种质遗传多样性的SSR和ISSR标记分析

利用SSR和ISSR标记分析23份烟草种质遗传多样性。结果表明:8个SSR引物和8个ISSR引物分别检测到66个和113个多态性位点。不同烟草种质之间的遗传相异系数在0.3259~0.8588(SSR)或0.1369~0.8161(ISSR)。以SSR、ISSR标记分别聚类以及两种标记混合聚类均在0.63处将23个材料分为4类:2个类群和2个独立个类Coker147、Val16或G140,一类群以红花大金元为基础聚类,另一类群以NC82为基础聚类。两种标记的结果相似,均可用来进行烟草种质资源的遗传多样性分析。     

鸢尾属种质资源的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,从80个随机引物中筛选出多态性强、重复性好且稳定性高的引物15个,对37份鸢尾属材料进行多态性分析,共扩增出328条带,多态性带为327条,多态性比例达99.7%,说明鸢尾属物种间有丰富的遗传多样性。依据15个有效引物所产生的328条ISSR标记建立DNA分子系统聚类图,将供试材料分为6组,其中矮紫苞鸢尾和单苞鸢尾单独划为一组。根据获得物种特有ISSR标记分析表明,利用15个有效引物可以较好地将鸢尾属供试37份材料区分开,其中7个材料具有各自特有的扩增带,单苞鸢尾和黄菖蒲还分别具有2和3条各自特有的扩增带,仅引物ISSR8、ISSR63和ISSR75即可将所有37份供试材料区分开。     

广西种源红锥栽培群体遗传多样性评价

[目的]揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。[方法]采用ISSR分子标记技术对人工选育的广西3个种源的红锥居群进行遗传多样性分析。[结果]9条引物共扩增出113条带,其中62条具有多态性,多态位点比例(PPF)为54.87%,单个居群的多态带百分率PPF为46.90%～47.79%。在物种水平上,期望杂合度(Hpop)和Shannon信息指数(I)分别为0.1366和0.2198。遗传分化系数GST为0.1275,表明经人工选育后的红锥遗传变异发生在居群内的个体占87.25%,12.75%的遗传变异发生在居群间。各群体之间的遗传一致度I为0.9593～0.9765,红锥群体水平的基因流Nm为3.423。[结论]ISSR-PCR方法可以有效地揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。     

基于ISSR标记的伏山楂起源及分类地位研究

利用ISSR标记对59份山楂材料进行了遗传多样性分析.从51条引物中筛选出15条,用于山楂的ISSR扩增,共扩增出122条带,其中多态性条带113条,多态性为92.62%.根据ISSR扩增结果,利用DPS软件进行分析,通过UPGMA对59份材料进行聚类分析,认为伏山楂为山楂属的一个独立种,与山楂亲缘关系较近.同时,探讨了我国北方分布的山楂属植物的亲缘关系.     

披碱草属12个物种遗传多样性的ISSR和SSR比较分析

 为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属（Elymus L.）植物研究中的可应用性，用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明，18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%，均表现出较高多态性，基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间，ISSR的标记指数MI值（10.2）为SSR（4.3）的2.4倍，表明ISSR具有更大的标记效率；但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间，SSR具有更大的标记效率。Mantel检测显示，在12个种间两种标记的遗传相似性显著相关（r= 0.856，t= 6.446），但在4个近亲缘关系种间相关不显著（r= 0.679，t= 1.595）。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘关系水平上的改变，说明不同的标记具有不同的多态性检测范围。     

条斑紫菜(Pyropia yezoensis)10个选育系的ISSR分析

利用ISSR分子标记进行条斑紫菜(Pyropia yezoensis)10个选育品系的种质鉴定研究。结果表明,具条带特异性且表达稳定清晰的ISSR引物共14个,其扩增多态性片段约占97.1%,这些引物可用作区分这些品系的分子标记,同时利用引物826扩增的特异性位点建立了这些选育品系的ISSR遗传识别码。     

多花黑麦草DUS测定中SSR标记品种鉴定比较分析

【目的】多花黑麦草是具世界栽培意义的牧草,但因异花授粉特性,育种材料的频繁交流导致品种间的遗传差异越来越小,传统农艺性状进行品种鉴定变得越来越困难。高效、快速有效地鉴定品种对实现育种目标具有重要作用,可为辅助多花黑麦草品种DUS测试和品种鉴定、知识产权保护等提供科学依据。【方法】基于SSR标记具有稳定性强、多态性高和共显性特点,对6个国审骨干多花黑麦草品种采用30株混合取样策略,每个品种以不同单株构成的30株混合样本量进行3次重复试验,以重复试验中至少出现2次的频率高的强带进行统计,从165对多花黑麦草SSR引物中,筛选出20对引物用于多花黑麦草品种鉴定。并采用30株单株样本扩增与30株混合样本扩增相结合的方法,加之扩增结果的比对,进行品种的鉴定分析。【结果】利用13-07A、01-06D和15-08C引物对6个多花黑麦草品种进行30株单株和30株混合取样对比性分析表明,混合株的某些条带相对于单株条带更为明显,且条带数更多,但也易出现一些弥散带,单株扩增中出现频率在40%及以上的条带则会在混合样本中出现;3组混合取样结果表明,20对SSR引物共扩增出143条清晰可辨条带,其中多态性条带127条,多态性条带的比率为88.81%,每对引物扩增的条带数为5-11,平均为7.15条,平均多态性条带为6.35条,平均多态性信息含量（PIC）为0.571,有的引物虽多态性信息含量较低,但稳定性好,3组混合样本扩增结果几乎一致;6个多花黑麦草品种的遗传相似系数范围为0.4755-0.7552,遗传相似系数最大的为邦德和阿德纳,遗传相似系数最小的为长江2号和特高。在平均遗传相似系数为0.615时可以将6个多花黑麦草品种划分为三大类：第Ⅰ类包括安格斯1号、邦德、阿德纳、达伯瑞;第Ⅱ类是长江2号;第Ⅲ类是特高。20对引物中有9对引物可以直接进行6个品种的鉴定,而其余的引物只能鉴别其中的3个或4个,则可通过不同引物的组合提高鉴别能力。【结论】对于异花授粉植物,多态性并非衡量引物有效性的唯一标准,引物稳定性也是衡量引物有效性的重要指标;相对于单株取样法,采用混合取样法进行品种鉴定更为有效;筛选出的20对SSR引物可以明确区分供试材料,采用SSR分子标记对多花黑麦草进行品种鉴定分析具有可行性。