组培条件下苹果实时定量PCR内参基因的筛选

【目的】筛选在组织培养条件下苹果苗中稳定表达的内参基因。【方法】应用实时荧光定量PCR技术,分析了18S r RNA,GAPDH,TUB,UBQ,ACT,EF-1α六个常用植物内参基因在苹果组培苗不同基因型、不同组织、不同继代时间的m RNA表达差异情况。供试的4个苹果基因型为‘长枝富士’‘短枝富士’‘红珍珠海棠’、砧木‘A8-11’;继代培养的不同组织为茎、叶、整株,生根培养的不同组织为根、茎、叶、整株;不同继代期间为10、20、30、40、50、60、70、80 d。【结果】经Ge Norm软件对6个内参基因的表达稳定性进行评价,ACT和EF-1α在苹果组培苗的不同组织和不同继代时间的基因表达分析中较稳定,UBQ和EF-1α在苹果组培苗不同品种中表达均稳定。【结论】组培条件下,苹果基因表达相关研究的理想内参基因为ACT、UBQ和EF-1α。     

莲雾实时荧光定量PCR内参基因的筛选和验证

【目的】莲雾果实品质不稳定和冬季低温寒害是生产上的两大问题,筛选稳定可靠的内参基因,以便开展莲雾品质形成和低温胁迫响应分子机制研究。【方法】以‘紫红’‘黑珍珠’‘翡翠’3个莲雾品种为材料,利用qRT-PCR检测7个候选内参基因ACT-7、GAPDH、UBQ、α-TUB、CYP20-1、EF-2和APRT-5在果实发育和低温胁迫时的表达水平,通过geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件进行基因稳定性评价。【结果】不同软件分析结果不同,geNorm、NormFinder和RefFinder结果相似,果肉发育过程、果皮发育过程、低温胁迫下表达最稳定的内参基因分别是ACT-7、α-TUB和CYP20-1,BestKeeper则显示UBQ为表达最稳定的基因。用筛选的内参基因α-TUB和UBQ分析莲雾花青苷合成途径中F3H基因的表达,2者表达规律较一致。【结论】莲雾果肉发育过程、果皮发育过程、低温胁迫下最适的内参基因数分别为4个(ACT-7、GAPDH、UBQ、α-TUB)、2个(α-TUB、UBQ)和2个(CYP20-1、UBQ)。     

山核桃实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选与验证

[目的]筛选出山核桃中的最佳内参基因.[方法]以山核桃的根、茎、叶、柱头、果皮、胚、不同处理下的叶片及嫁接后的砧木和接穗为试验材料,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder4种软件对10个管家基因家族(ARF、ACT1、ACT7、MPS、UBC9、CYP、60SRP、EF-1α、...     

石蒜属植物实时荧光定量PCR内参基因的选择

以石蒜属植物换锦花（Lycoris sprengeri）、石蒜（Lycoris radiata）和中国石蒜（Lycoris chinensis Traub）不同组织器官、不同花发育时期以及不同杂交种的幼小鳞茎为研究材料,利用qRT-PCR技术检测Actin、EF-1α、GAPDH、5S rRNA、Ubiquitin和β-Tubulin等6个内参基因的mRNA表达情况,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和Reffinder软件综合评价6个内参基因的表达稳定性。结果表明,石蒜属植物种间和种内内参基因表达差异明显,在分析换锦花不同组织基因表达时可选用β-Tubulin、Actin和GAPDH作为内参基因,分析不同花期的基因表达时宜选用5S rRNA、EF-1α、Actin和β-Tubulin作内参基因。中国石蒜不同组织最合适的内参基因是5S rRNA、Ubiquitin、EF-1α和β-Tubulin,而不同花期最合适的内参基因则是Ubiquitin、β-Tubulin。分析石蒜不同组织间基因表达的适宜内参基因是β-Tubulin和5S rRNA,不同花期为Ubiquitin、β-Tubulin以及5S rRNA。不同杂交种鳞茎适宜内参基因为β-Tubulin和Actin。     

桦褐孔菌实时荧光定量PCR内参基因的筛选

笔者采用软件GeNorm分析7个内参基因在桦褐孔菌(Inonotus obliquus)中表达的稳定性.结果表明,在不同pH培养基处理下,最适内参基因数为2,act和gapdh为最适内参基因;高温刺激下,最适内参基因数为2,act和gapdh为适宜内参基因;在菌核发育阶段,最适内参基因数为2,gapdh和cyp为最适内参基因;在菌丝体发育阶段,最适内参基因数为3,act,tub和ubq为适宜内参基因;在整体试验样本中,最适内参基因数为2,act和gapdh为最稳定的内参基因.     

葡萄实时定量PCR中稳定内参基因的筛选

【目的】通过ge Norm软件筛选实时荧光定量PCR稳定内参基因,基于多内参基因评价体系进行目的基因相对表达量的计算。【方法】获得不同葡萄品种叶片和果皮中6个候选内参基因的循环阈值(Ct),利用ge Norm软件计算内参基因平均表达稳定性数值M和基因配对差异值V,从而判断内参基因最适组合。【结果】发现候选内参基因表达稳定性由高到低的排列顺序为Vv EF1r=Vv EF1-αVv GAPDHVv ACTINVv ACT1Vv UBQ,不同组织分别分析均发现Vv EF1-α和Vv EF1r的稳定性最高,且基因配对差异值V2/3为0.104,所以内参基因的最适组合为Vv EF1-α和Vv EF1r。利用ge Norm软件计算得到的多内参基因评价体系的标准化因子可应用于目的基因的相对表达量分析。【结论】ge Norm软件筛选实时荧光定量PCR稳定内参基因的方法可以应用到多条件和多组织的不同植物样本中,并用于目的基因表达谱的研究,具有重要的广泛应用价值。     

朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选

以朱顶红（Hippeastrum vittatum）不同组织器官为试验材料,通过实时荧光定量PCR技术检测肌动蛋白基因（ACT）、亲环蛋白基因（CYP）、转录延伸因子基因（EF-1α）、甘油醛–3–磷酸脱氢酶基因（GAPDH、GAPDH2）、α微管蛋白基因（TUA）和β微管蛋白基因（TUB）这7个常用的看家基因的表达水平,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper综合评价其表达稳定性。结果表明,EF-1α和GAPDH2的表达水平较高,而且相对稳定;其次为TUB、TUA和GAPDH。geNorm和NormFinder软件分析结果显示,在不同组织器官中CYP和GAPDH2的表达稳定性最高,其次是EF-1α;进一步分析表明,CYP的表达稳定性虽然较高,但是其表达丰度较低,故不适合作为内参基因。BestKeeper分析表明,EF-1α和GAPDH2在不同组织器官中的表达稳定性较好。综合分析表明,EF-1α和GAPDH2在所有样品中表达量较高,稳定性较好。以筛选出来的EF-1α、GAPDH2以及EF-1α + GAPDH2作为内参基因检测朱顶红花器官调控基因PI的表达水平,结果表明,以上述两个基因及其组合为内参基因得到的PI表达模式相同,而且在花器官中的表达高于茎盘和根,基本符合PI调控花模型的机理。因此,EF-1α、GAPDH2或EF-1α + GAPDH2可作为朱顶红的内参基因进行相关基因的表达调控研究。     

喀西茄内参基因实时荧光定量PCR表达稳定性评价

为了筛选在喀西茄（Solanum aculeatissimum）中表达稳定的内参基因,选取7个常用内参基因GAPDH、ACTIN、18sRNA、UBQ、TUA、EF1和CYP,利用实时荧光定量PCR技术,结合GeNorm、NormFinder和RefFinder软件对其在喀西茄不同组织、不同植物生长调节剂处理、非生物和生物胁迫下的表达稳定性进行评价。结果表明,TUA和18sRNA在喀西茄不同组织中的表达稳定性最好,18sRNA和ACTIN在不同植物生长调节剂处理条件下表达水平最稳定,EF1和GAPDH在干旱和盐条件下表达稳定性最好,TUA和EF1在所有喀西茄测试样品组中（包括不同组织、不同植物生长调节剂处理、非生物及生物胁迫）的表达稳定性最高,而CYP和ACTIN在喀西茄不同试验条件下的表达稳定性较差。     

番茄实时定量PCR内参基因选择的研究进展

实时定量PCR具有灵敏、准确、高通量等优点,已广泛应用于基因表达分析。常规的实时定量PCR关键步骤是选择合适的内参基因进行校正。该文总结了模式植物番茄传统内参基因类型的研究现状,提出了新的内参基因挖掘方法,以期为番茄实时定量PCR标准化提供了重要的理论依据。     

‘琯溪蜜柚’荧光定量PCR内参基因的筛选

【目的】为了克隆‘琯溪蜜柚’的管家基因,并筛选合适的管家基因作为内参,【方法】以‘琯溪蜜柚’盛花期后5个不同时期的果实汁胞,以及根﹑茎﹑叶为材料,采用实时荧光定量PCR技术,分析actin1﹑β-tubulin﹑18S rRNA﹑EF1-α和Ubiquitin 5个管家基因在不同材料中的表达情况,并结合geNorm、NormFinder﹑comparative Delta-CT和BestKeeper 4种评估方法进行稳定性分析。【结果】结果表明,actin1和β-tubulin是‘琯溪蜜柚’果实发育进程中较为稳定的内参基因,而EF1-α和β-tubulin则是研究不同组织特定靶基因表达中稳定的内参基因。【结论】筛选出了‘琯溪蜜柚’最佳的内参基因β-tubulin,为今后目的基因的表达分析奠定了基础。     

盐胁迫条件下杜梨叶片差异表达基因qRT-PCR内参基因筛选

为了准确评价盐胁迫下杜梨（Pyrus betulaefolia Bunge.）目标基因表达量,筛选q RT-PCR适用内参基因。利用杜梨的全基因组注释信息和转录组测序数据,选择Actin2(Chr15.g01351)、EF1α-1(Chr3.g19898)、EF1α-2(Chr4.g38173)、EF2(Chr5.g06899)、GAPDH-1(Chr16.g30426)、GAPDH-2(Chr13.g23532)、TUBB(Chr5.g06472)、UBQ(Chr4.g40121)等8个候选基因,设计Actin2、EF1α-1、EF1α-2A、EF1α-2B、EF2、GAPDH-1、GAPDH-2、TUBB-A、TUBB-B、UBQE等10对qRT-PCR引物。首先对10对引物的扩增效率进行了测定,再以200 mmol·L-1的NaCl溶液对两个杜梨家系（盐城和连云港）幼苗进行0、24、48、72 h盐胁迫处理。提取叶片的总RNA,反转录合成cDNA,使用10对引物进行q RT-PCR扩增,根据扩增产物使用delta Ct、BestKeeper、geNorm和NormFinder等4...     

高温胁迫下茄子qRT-PCR内参基因筛选及稳定性分析

为筛选茄子(Solanum melongena L.)高温胁迫下稳定表达的内参基因,以不同茄子品系(种)为研究对象,利用实时荧光定量PCR技术对来自茄子高温胁迫转录组数据库8个候选内参基因(SmEF1a、SmEF2、Sm40s RPS29、Sm60s RPL24、SmTRX、SmCK I、SmDAHPS I、SmUCP)和SmActin在不同试验情况下进行表达检测,并结合GeNorm、Norm Finder、Best Keeper和ReFinder软件综合评价9个内参基因的表达稳定性。结果表明,在茄子热敏品系05-1和耐热品系05-4经高温处理不同时间的样品和不同组织样品以及10个耐热性不同的茄子品系(种)中,9个内参基因的表达丰度及稳定性存在差异;茄子热敏品系05-1和耐热品系05-4高温胁迫处理不同时间样品中表达稳定性最好的是SmEF1a和SmUCP;其不同组织中表达水平最稳定的是SmEF1a和SmTRX;高温胁迫下不同茄子品系(种)中以SmTRX和SmEF2的表达稳定性最好。综合来看,SmEF1a和SmTRX在所有茄子试验样品中的表达稳定性最好,而SmActin和SmCK I的表达稳定性较差。     

‘砀山酥梨’实时荧光定量PCR内参基因的筛选

对'砀山酥梨'不同组织器官及不同非生物胁迫条件下叶片中可以稳定表达的内参基因进行筛选,为后续荧光定量PCR试验提供参考基因。分别对生长45 d的'砀山酥梨'嫁接苗进行低温、高温和盐胁迫处理,采集不同处理时间的叶片;还分别采集'砀山酥梨'4个果实发育时期的果肉(分别为花后32、65、99、143d)、叶片、成熟果皮、花粉、花柱共26个样品。利用实时荧光定量PCR技术对4个传统内参基因:β微管蛋白基因(TUB)、多聚泛素酶基因(UBQ)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)和转录延伸因子基因(EF1α),以及通过转录组数据筛选出来的3个新内参基因Cytochrome b561(CyB)、WD-repeat protein(WDP)和mRNA capping enzyme(mRCE),共计7个内参基因在26个样品中的表达差异情况进行测定。结果表明:通过geNorm、NormFinder和Bestkeeper 3个软件对其表达稳定性进行分析,最终筛选出在不同组织及非生物胁迫条件下稳定表达的最优内参基因。UBQ在高温和盐胁迫处理的'砀山酥梨'叶片中表达最稳定,可作为优选内参基因;在低温胁迫处理下,TUB和WDP在'砀山酥梨'叶片中表达较稳定,可作优选内参基因;WDP在'砀山酥梨'不同组织器官中表达最稳定。不同内参基因在同一物种不同组织及胁迫处理条件下表达稳定性具有较大差异,在进行荧光定量PCR试验时,应根据具体的试验材料和方法选择最优内参基因。     

百合中车前草花叶病毒的实时荧光定量PCR检测

车前草花叶病毒(Plantago asiatica mosaic virus,P1AMV)病是侵染百合等作物的危险性病害,亟待建立其监测防控体系,以防止其扩散传播.根据PlAMV的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因的保守序列设计特异性检测引物,通过对引物浓度和反应退火温度进行优化,建立了以CP-2 F/R为...     

秋石斛RT-qPCR内参基因的筛选与验证

为了筛选出秋石斛中稳定表达的内参基因用于实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析,以不同品种和不同发育阶段花芽（包括花瓣、唇瓣和萼片）为材料,使用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算了常用的7个候选内参基因表达的稳定性,使用RefFinder对其稳定性进行综合评价,并对筛选出的内参基因进行了验证。结果表明,各内参基因在秋石斛花芽中的表达稳定性差异较大,在不同品种同一发育阶段的花芽中β-actin、TUA和GADPH表达最稳定;在花芽发育过程中β-actin、TUA和CYP表达最稳定;而对于花器官不同组织,β-actin、TUA和GADPH在萼片中,β-actin、CYP和PGK在花瓣中,CYP、TUA和PGK在唇瓣中表达最稳定。     

主要果树病毒实时荧光定量PCR检测技术研究进展

综述了苹果、梨、柑橘、葡萄和香蕉病毒的实时荧光定量PCR检测技术研究进展,并对今后主要研究方向进行了讨论和展望。     

转基因柑橘外源基因拷贝数的实时荧光定量PCR检测

为分析转基因柑橘中外源基因整合拷贝数,基于实时荧光定量PCR法,建立通用、准确、简便的转基因柑橘外源基因拷贝数检测体系,利用该体系成功检测了150个转基因柑橘单株系外源基因整合拷贝数。结果表明,转基因柑橘中外源基因整合最低拷贝数为1,最高达5个,其中1、2和 ≥ 3拷贝的单株数分别占总数的40.0%、18.0%和42.0%;采用Southern blot技术进行检测,结果基本一致,极少数单株经实时荧光定量PCR分析的拷贝数比Southern blot检测的数值高。说明本研究建立的实时荧光定量PCR方法检测转基因柑橘外源基因整合拷贝数更加准确可靠。拷贝数为1 ~ 2的转基因株系可作为将来开展转基因目标性状研究及转基因生物安全性评价有利用价值的试验材料。     

实时荧光定量PCR 检测蔬菜病原细菌技术

植物病原菌的实时荧光定量PCR 检测方法为病原菌的研究和病害的防治提供了新的思路。本文对实时荧光定量PCR 技术的原理,近年来检测蔬菜病原细菌方法的特异性、灵敏性及应用和发展前景等方面进行了评述,为蔬菜病原细菌的研究和病害的防治提供理论基础和技术支撑。     

番茄黄化曲叶病毒的实时荧光定量PCR 检测

番茄黄化曲叶病毒病（Tomato yellow leaf curl virus disease,TY LCVD）是目前为害番茄生
产的重要病害,准确检测TYLCV 含量是深入研究该病毒致病机理以及抗病育种的基础。根据TYLCV 的
DNA 保守序列设计引物,基于SYBR Green I 检测模式,构建了TYLCV 实时荧光定量PCR 检测体系,并
且对接种病毒30 d 后的感病番茄植株中的TYLCV 进行检测。结果显示,1ng·μL^-1 感病番茄总DNA 中
约含有3.47×10⁶ 个病毒拷贝。利用实时荧光定量PCR 法比普通PCR 法的灵敏度提高100 倍。     

柱型苹果MdGAI基因的克隆及表达分析

以柱型苹果‘鲁加5号’茎尖为试材,克隆编码DELLA蛋白的MdGAI基因,并研究该基因的表达特点。结果表明,柱型苹果MdGAI的cDNA序列长度为2491bp,编码635个氨基酸。核酸序列与其它苹果属植物具有很高的同源性,在N端具有保守氨基酸结构域DELLA和VHYNP,在C端存在保守的氨基酸结构域VHVID和SAW。...