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1.
中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织GAPDH基因实时荧光定量PCR方法的建立 总被引:1,自引:1,他引:0
【目的】建立GAPDH内参基因实时荧光定量PCR方法,为进一步研究中国美利奴羊(新疆型)相关基因的定量表达奠定基础。【方法】采用中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织为试材,根据Genebank中绵羊GAPDH基因序列,设计并合成一对引物,建立基于SYBR Green I染料技术的Real-Time PCR检测体系,绘制出标准曲线并对其熔解曲线分析。【结果】以cDNA为模板建立的标准曲线循环阈值(Ct)与标准cDNA模板在一定浓度范围内呈良好的线性关系,GAPDH基因标准曲线中模板拷贝数(X)与Ct值的关系为Ct=一3.679 51g/X+35.648,相关系数R=0.999 8;试验重复性好,批内和批间变异系数(CV%)分别为0.22%~3.45%和1.30%~4.89%。【结论】所建立的方法具有快速、线性范围广、重复性强等特点,GAPDH可作为内参基因用于绵羊相关基因的定量表达研究。 相似文献
2.
[目的]建立针对鸡白介素6(IL-6)、白介素17(IL-17)和γ干扰素(IFN-γ)的实时荧光定量PCR检测方法,为细胞因子的定量检测及病毒致病机制的研究奠定基础.[方法]根据GenBank已发表的鸡IL-6、IL-17、IFN-γ和3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因保守序列,设计并合成4对相应的特异性引物,以鸡胚成纤维细胞的cDNA为模板构建重组质粒,对退火温度、引物浓度等SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应条件进行优化,建立各基因的标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性试验.[结果]GAPDH、IL-6、IL-17和IFN-γ的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR扩增效率分别是98.2%、99.2%、102.0%和100.8%,相应的标准误差为0.00666、0.00813、0.00365和0.00458.特异性试验结果显示各基因的溶解曲线均呈单一溶解峰,敏感性试验结果表明各基因的检测下限均为100拷贝,重复性试验结果表明组内变异系数均小于2.00%.[结论]建立的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR具有敏感性高、重复性好、特异性强等特点,为快速检测和定量鸡源IL-6、IL-17和IFN-γ的表达水平提供了技术平台. 相似文献
3.
【目的】克隆广西三黄鸡过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)基因,建立该基因的实时荧光定量PCR,为后续开展广西三黄鸡PPARγ基因组织表达谱及品种间表达差异研究奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的鸡PPARγ基因序列保守区域,用Oligo6.0软件设计合成1对引物,以广西三黄鸡脂肪总RNA为模板,用RT-PCR从广西三黄鸡克隆PPARγ基因。以携带PPARγ基因片段的重组质粒为标准品,建立基于SYBR GreenⅠ染料法的实时荧光定量PCR标准曲线。【结果】广西三黄鸡PPARγ基因的编码区序列(CDS)长1428bp,编码475个氨基酸;与GenBank已公布的鸡PPARγ基因(AF163811)参考序列比对,其同源性为99.7%,存在4个位点碱基突变,但均为无义突变。广西三黄鸡PPARγ基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程为:y=-3.568x+28.50,扩增效率为1.907,实时荧光定量PCR扩增产物的溶解曲线峰单一。【结论】鸡PPARγ基因在进化中比较保守;建立的广西三黄鸡PPARγ基因实时荧光定量PCR是可行的。 相似文献
4.
为了建立一种快速检测猪圆环病毒3型(PCV3)和 4 型(PCV4)的TaqMan双重实时荧光定量PCR检测方法,根据 GenBank 已登录的 PCV3 和 PCV4 基因保守序列设计特异性引物和 TaqMan 探针,经优化各反应条件,构建标准曲线,分析其敏感性、特异性和重复性,并利用建立的荧光定量 PCR 方法对采自安徽省的临床样品进行检测,与普通 PCR 方法进行一致性评价。结果显示,PCV3的标准曲线为Y=-3.534 6 logX+41.11(R2=1.00),PCV4的标准曲线为Y=-3.382 5 logX+40.67(R2=1.00)。PCV3 和PCV4 的检测限分别为49.5 和27.1 copies·μL -1。对猪圆环病毒1型(PCV1)和 2 型(PCV2)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病毒(PRV)及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)无特异性扩增,组内和组间变异系数均<1%。临床样品检测结果显示, PCV3阳性检出率为 40.8%,PCV4 阳性检出率为 20.4%,混合感染率为 19.0%。建立了灵敏、特异,可同时快速、准确鉴别PCV3和PCV4的TaqMan双重实时荧光定量PCR检测方法,为PCV3和PCV4的检测和监测提供技术支撑。 相似文献
5.
三基序蛋白21(TRIM21)与癌症、肿瘤及固有免疫等密切相关。为了快速检测TRIM21基因的表达,根据Genbank中公布的TRIM21基因序列设计引物,通过常规PCR扩增该基因后克隆至pMD-18T载体上,测序并鉴定正确后制备重组质粒,以pMD-18T-TRIM21重组质粒作为标准品进行荧光定量PCR并建立标准曲线。采用重复性、特异性及灵敏性等试验,成功建立了检测TRIM21基因的荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法灵敏度高,最低检测下限为37.7 copies·μL?1,比普通PCR高出10倍。在3次独立的试验中,组内和组间变异系数较小,具有较高的可重复性,同时,还能检出不同细胞中TRIM21的表达。因此,该荧光定量方法可为TRIM21的检测及临床研究提供技术支持。 相似文献
6.
【目的】建立一种对虾急性肝胰腺坏死病(Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease)病原菌副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus, VpAHPND)荧光定量 PCR 检测方法,对该病进行快速检测。【方法】根据副溶血弧菌基因保守序列设计特异性引物和探针,经优化反应体系及条件,建立检测 VpAHPND 的荧光定量 PCR 方法;以重组质粒为标准品制作标准曲线,并进行特异性、敏感性、重复性及临床应用试验。【结果】该方法定量范围宽,起始模板浓度范围为 2.3×101
~2.3×107 拷贝 /μL 时,标准曲线具有良好的线性关系;最低检测限为 2.3 拷贝/μL,与对虾其他病原菌及病毒无交叉反应,重复试验变异系数为 0.45%~0.69%,可在 1 h 内完成样品检测;对临床对虾样品的检测结果表明,该方法与世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式 PCR 法检测结果一致。【结论】应用 TaqMan 探针建立的检测 VpAHPND 的荧光定量 PCR 方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好的特点,可有效用于临床对虾样品的 VpAHPND 检测。 相似文献
7.
犬尿氨酸途径(Kynurenine pathway,KP)是色氨酸分解代谢的主要途径,其途径关键酶基因参与多种重要的生物过程。为明确玉米大斑病菌犬尿氨酸途径及其途径关键酶基因在病菌生长发育和致病过程中的功能,本研究利用生物信息学方法,对玉米大斑病菌犬尿氨酸途径中的关键酶基因进行鉴定;利用玉米大斑病菌的表达谱数据,对犬尿氨酸途径关键酶基因在病菌生长发育和侵染过程中的表达水平进行分析。结果发现,玉米大斑病菌中含有犬尿氨酸途径关键酶犬尿氨酸单加氧酶(KMO)、犬尿氨酸酶(KYN)、犬尿氨酸氨基转移酶(KAT)和吲哚-2, 3-双加氧酶(IDO)的编码基因,犬尿氨酸途径关键酶基因在病菌生长发育和侵染的不同时期呈现高表达水平,表明玉米大斑病菌中存在犬尿氨酸途径,犬尿氨酸途径关键酶基因可能在病菌生长发育和侵染过程中具有重要功能。研究结果为阐明玉米大斑病菌犬尿氨酸途径在生长发育和致病过程中的功能奠定了基础。 相似文献
8.
利用SYBR GreenⅡ荧光定量PCR技术,建立了剑尾鱼CYP1A1基因mRNA水平的定量分析方法.从苯并芘浸泡诱导后的剑尾鱼肝脏中提取总RNA逆转录合成cDNA,对目的片段进行PCR扩增、电泳纯化、T-A克隆及测序鉴定.将所得标准品质粒10倍梯度稀释后构建标准曲线并进行熔解曲线分析.用苯并芘(20 μg/L)对剑尾鱼进行诱导,在第1、3、5、7、9、11天分别取肝脏,RT - PCR检测剑尾CYP1A1基因的相对表达量.建立了剑尾鱼CYP1A1基因表达的检测方法和定量标准曲线,构建的剑尾鱼CYP1A1和β-actin基因的标准品Ct值检测范围分别为10 ~26、12~26,扩增效率分别为100.53%、98.40%;建立的标准曲线具有良好的线性关系,相关系数r2均在0.99以上;熔解曲线分析结果显示具有特异的单个峰,表明扩增产物特异性非常好,组内变异系数为0.15%~0.83%,组间变异系数为0.86% ~ 1.66%.利用本方法对剑尾CYP1A1基因的相对表达量进行检测,结果表明苯并芘可显著诱导剑尾鱼CYP1A1基因的表达.诱导组剑尾鱼肝脏中CYP1A1相对表达量随着时间呈现先上升后下降的趋势,呈倒“U”形;对照组的CYP1A1相对表达量很低,随时间无明显变化. 相似文献
9.
以β-actin为内参基因,根据已克隆的AlHAK1即β-actin碱基序列,分别设计了实时定量特异性引物,优化了反应的退火温度与引物浓度,并以优化的条件建立了相对定量标准曲线,同时对该方法的稳定性进行了评价。结果表明AlHAK1及β-actin基因的real-time PCR扩增效率分别为1.09和1.04,线性相关系数分别为0.996和0.997,批内及批间变异系数〈5%。所建立的AlHAK1 real-time PCR定量方法操作简便、定量准确、重复性好,为进一步探索AlHAK1的功能、mRNA表达水平的变化及转AlHAK1农作物的检测奠定了方法学基础。 相似文献
10.
[目的]实现在体外对猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)的定量检测。[方法]设计合成2组特异性引物和 TaqMan探针,构建分别包含 PCV2 ORF1和 ORF2基因全长的重组质粒作为标准品,经过反应体系和反应条件的优化,绘制标准曲线,建立2种检测PCV2的分别基于 PCV2 ORF1和 ORF2的TaqMan荧光定量PCR方法。[结果]所建立的2条标准曲线的 Ct值与模板拷贝数的对数之间具有良好的线性关系,相关系数 R均在0.99以上,扩增效率均在90%~110%;重复性好,组内变异系数均小于5%;特异性强,以猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒1型(PCV1)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)为模板时均无扩增;敏感性高,ORF1方法可达1.0×101 copies/μl,ORF2方法可达1.0×102 copies/μl。用建立的2种荧光定量PCR方法分别对80份临床样品进行检测并对结果进行比较,结果表明,其中72份临床样品的定量结果数量级基本一致,有8份临床样品的定量结果数量级不一致。利用 SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法对8份样品进行了检测,证明这8份样品中确实存在 P1的感染。[结论]基于ORF1建立的定量检测方法更为准确,可用于PCV2的快速诊断和定量检测。 相似文献
11.
建立含扩增内标的生鲜猪肉中沙门氏菌Real-time PCR检测方法,以提高检测的准确性。根据沙门氏菌ttrBCA基因设计引物和探针,利用犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因构建和目标基因相同引物的扩增内标,并对退火温度和引物、探针的浓度进行优化,建立含扩增内标的Real-time PCR检测方法,用该方法对人工污染生鲜猪肉样品进行检测。结果显示,该方法对19株非沙门氏菌检测结果均为阴性,对36株沙门氏菌检测结果均为阳性,特异性较好,热学裂解制备DNA模板法检测灵敏度达100 CFU/ml,试剂盒提取DNA制备模板法检测灵敏度达1μl2.66拷贝。在25μl反应体系中加入扩增内标103拷贝不影响目标基因的扩增,该方法能在12 h内对人工污染沙门氏菌的肉样做出检测。该方法不仅可快速检测生鲜猪肉中的沙门氏菌,同时避免了假阳性现象的产生。 相似文献
12.
运用实时荧光PCR定量检测了38例犬乳腺肿瘤病例(包括15例良性乳腺肿瘤和23例恶性乳腺肿瘤)、4例正常乳腺组织.结果表明:在犬恶性乳腺肿瘤组织中,VEGF-C表达量明显高于良性乳腺肿瘤和正常乳腺组织,两者差异极显著(P<0.001);在伴有淋巴结转移的犬乳腺癌组织中,VEGF-C基因表达量明显高于没有发现转移的乳腺癌组织,两者差异极显著(P<0.01),但VEGF-C的表达量与肿瘤的大小和发病动物年龄无关.由此表明,VEGF-C在犬乳腺癌组织中的表达量远高于其在正常乳腺和良性乳腺肿瘤组织中的表达,且与淋巴结是否发生转移相关,因此VEGF-C有可能作为乳腺癌转移、复发的预测指标之一. 相似文献
13.
葡萄霜霉病菌实时荧光定量PCR检测体系的建立和应用 总被引:2,自引:0,他引:2
【目的】葡萄霜霉病是葡萄生产上重要的单年流行病害,研究旨在构建葡萄霜霉病菌(Plasmopara viticola)的实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测体系,为葡萄霜霉病的早期诊断和预测预报提供依据。【方法】依据GenBank中葡萄霜霉病菌cox2基因序列设计1对特异性引物(F-cox-Pv/R-Pv),建立并优化常规PCR和real-time PCR反应体系,利用葡萄霜霉病菌、葡萄炭疽病菌(Colletotrichum gloeosporioides)、葡萄白粉病菌(Uncinula necator)、葡萄灰霉病菌(Botrytis cinerea)、葡萄白腐病菌(Coniella diplodiella)、葡萄溃疡病菌(Botryosphaeria dothidea)、白菜黑斑病菌(Alternaria brassicae)、辣椒炭疽病菌(C. capsica)、甘草根腐病菌(Fusarium solani)、西葫芦白粉病菌(Sphaerotheca fuliginea)、番茄菌核病菌(Sclerotinia sclerotiorum)、马铃薯干腐病菌(F. equiseti)、西瓜枯萎病菌(F. oxysporum)、哈茨木霉(Trichoderma harzianum)等14种葡萄及其他作物病原菌和拮抗菌的菌丝DNA进行常规PCR和real-time PCR特异性检测,并对灵敏度和可重复性进行评价。运用已构建的real-time PCR体系对人工接种葡萄霜霉病菌的潜育期叶片内病原菌DNA进行定量检测,利用SPSS 19.0软件分析接种时间与叶片内葡萄霜霉病菌潜伏侵染量的关系。【结果】研究设计的引物特异性高,常规PCR仅对葡萄霜霉病菌DNA有扩增条带,为139 bp;real-time PCR检测结果表明该对引物对葡萄霜霉病菌有唯一的产物吸收峰,对其他供试菌株均未检测到产物吸收峰。常规PCR检测的灵敏度为10 pg·μL -1,real-time PCR的灵敏度可达到0.1 pg·μL -1,是常规PCR检测灵敏度的100倍。以携带目的基因片段的重组质粒为标准品,构建real-time PCR循环阈值(Ct)与模板浓度的线性关系,标准曲线y=42.27-3.36x,相关系数R 2=0.997,扩增效率为98.50%,线性范围达7个数量级,在2.4×10 3—2.4×10 9 copies/μL呈现良好的线性关系。对人工接种葡萄霜霉病菌的潜育期叶片内病原菌DNA进行real-time PCR检测,结果表明叶片内病原菌潜伏侵染量随接种时间的变化呈指数关系增长,y=6.34×10 4·e 0.084 x,相关系数R 2=0.936。该real-time PCR检测体系在接种6 h后就可以检测到葡萄霜霉病菌DNA,检测量为5.68×10 4 copies/μL病原菌DNA。 【结论】构建的葡萄霜霉病菌real-time PCR检测体系的灵敏度远高于常规PCR,且特异性强、重复性好,其Ct值与模板浓度呈较好的线性关系,扩增效率高,可用于定量检测葡萄霜霉病菌的潜伏侵染量。 相似文献
14.
【目的】建立含有扩增内标(IAC,Internal amplification control)的用于食品中猪肉和鸡肉成分鉴别的Taqman探针实时荧光PCR检测方法。【方法】分别基于猪的beta actin 基因和鸡的transforming growth factor 基因设计引物和探针;考察引物和探针的特异性与灵敏度;设计并构建扩增内标,优化体系中扩增内标浓度,建立内标实时荧光PCR体系;使用该检测体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板进行检测评价;应用该体系对市售38份样本进行盲样检测。【结果】含有扩增内标的Taqman探针实时荧光PCR体系能有效地进行食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测,非目标物种在40个循环内均无出现扩增,检出限均为0.5 ng DNA;该体系对鲜肉和熟肉来源的DNA模板检测无显著差异;对市售食品样本的鉴别验证了方法的实用价值。【结论】该方法准确稳定,可用于食品中猪肉和鸡肉成分的快速检测。 相似文献
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【目的】建立一种能够快速、灵敏地检测猪细小病毒(PPV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank中的PPV VP2基因序列,设计并合成1对引物。通过常规PCR,扩增猪细小病毒VP2基因,并将其纯化的PCR产物克隆入pGEM-T Easy 载体中,构建重组质粒。对扩增程序中的荧光染料浓度、引物浓度和Mg2+浓度条件进行优化,建立最佳的荧光定量 PCR 反应体系和标准曲线。以阳性重组质粒为模板,建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对其灵敏性、特异性和重复性进行检验。应用建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对临床60份疑似PPV病料进行检测,同时与血凝试验(HA)和常规PCR方法的检测效果进行比较。【结果】 在25 μL扩增体系中,Mg2+终浓度为4.5 mol/L、SYBR Green染料浓度为20 μmol/L、引物浓度为25 μmol/L时,本底反应最小、循环阈值最低、扩增效率最高。所建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法能够特异、定量地检测猪细小病毒,灵敏度达20 TCID50/mL;在临床样品检测中,其检出率比常规PCR方法高13.3%。【结论】 成功建立了PPV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,为临床猪细小病毒的早期诊断及定量分析病毒的感染程度奠定了基础。 相似文献
16.
[目的]为优化荧光定量PCR技术体系并在草莓研究中应用.[方法]以二倍体草莓(Fragaria vesca‘Ruegen’)为试材,草莓当中两个β-肌动蛋白基因家族成员Actin1和Actin2为内参基因,对比分析10 μL和20 μL反应体系条件下荧光定量PCR扩增反应.[结果]内参基因引物组合Actin1的扩增效率等指标优于Actin2;10μL反应体系中的扩增效率等指标优于20 μL反应体系;内参基因Actin1在10 μL反应体系下是草莓最优的荧光定量PCR技术体系.[结论]优化了草莓荧光定量PCR体系并应用该技术体系检测了草莓CrRLK1Ls家族成员的时空表达情况. 相似文献
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SYBR Green I 实时荧光定量PCR检测小麦纹枯病菌体系的建立和应用 总被引:4,自引:3,他引:1
【目的】纹枯病是小麦生产上重要的土传病害之一,早期准确定量检测病原是病害预测预报及实现有效防控的基础。传统组织分离鉴定方法费时、程序复杂,而且无法做到准确定量。为实现小麦纹枯病早期快速准确定量检测,研究旨在建立小麦纹枯病菌(Rhizoctonia cerealis)的SYBR Green I实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测方法。【方法】根据小麦纹枯病菌的β-tubilin序列,设计1对特异性引物,建立并优化SYBR Green I real-time PCR反应体系,利用小麦纹枯病菌、立枯丝核菌(R. solani)、双核丝核菌AG-A和AG-F菌株、小麦全蚀病菌(Gaeumannomyces graminis var. tritici)、小麦根腐病菌(Bipolaris sorokiniana)、小麦茎基腐病菌假禾谷镰孢(Fusarium pseudograminearum)和禾谷镰孢(F. graminearum)等8种小麦根部或土壤病原物的菌丝DNA进行普通PCR和real-time PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测接种后5、10、60 d不同接种浓度的盆栽小麦病株。【结果】研究设计的引物特异性强,普通PCR检测结果仅小麦纹枯病菌DNA有扩增条带。Real-time检测结果表明该对引物对小麦纹枯病菌只有唯一的产物吸收峰,对其余供试菌株均未检测到荧光信号。普通PCR检测的灵敏度为6.5×103 copies/μL, real-time PCR的灵敏度可达到6.5×102 copies/μL。以携带目的基因片段的重组质粒为标准品,构建的real-time PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,熔解曲线的吸收峰单一,相关系数为0.997,扩增效率为0.91。对人工接种的盆栽小麦病株进行real-time PCR检测,结果表明与病情指数和接种量分别呈显著正相关。【结论】研究建立的基于real-time PCR技术的小麦纹枯病菌快速检测方法速度快、灵敏度高、特异性强、重复性好。可以用于小麦纹枯病菌检测、指导病害预测和防治。 相似文献
18.
低表达甘蓝花药发育相关基因小体积荧光定量反应体系的建立和可靠性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
植物发育过程中很多重要基因拷贝数较低。为建立稳定可靠、适于低拷贝微量模板表达分析的实时qRT-PCR小体积反应体系,采用在甘蓝花药中表达量较少的AT-HOOK基因进行小反应体积荧光定量表达分析,研究小反应体积的扩增效率和可行性,并通过对其在甘蓝不同植物器官、不同花药组织和花药发育不同时期的表达特征的重复性和可靠性分析,最终建立了稳定可靠而且成本较低的10μL荧光定量分析体系,为进一步大规模深入研究甘蓝花药发育相关基因表达特征及发育调控基因功能分析奠定基础,同时也为其他低拷贝表达基因的研究提供参考。 相似文献
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为快速、准确检测犬巴贝西虫病,根据GenBank中收录的犬的巴贝西虫18sRNA基因序列,设计合成1对特异性诊断引物,建立了PCR诊断方法。结果扩增出了犬巴贝西虫18sRNA基因的一段大小为319bp片段,经测序,所扩增序列与报道的序列完全匹配。同时对附红细胞体、巴氏杆菌DNA样品进行扩增没有出现扩增条带。阳性犬全血DNA稀释1 000倍后,依然可以有效地检测出虫体DNA。结果表明,所建立的PCR检测方法,具有极高的敏感性和特异性,可以运用于临床检测巴贝西虫病。 相似文献
20.
应用套式PCR在MDCK细胞系中发现犬细小病毒 总被引:3,自引:0,他引:3
本研究自1997年至1999年从国内部分大学实验室、卫生防疫站和动检局陆续收集11个犬肾(MDCK)细胞系样品,选取犬细小病毒基因组的VP2基因上4段核苷酸序列作引物,对样品DNA进行套式PCR(Nested PCR)检测;PCR扩增产物经0.01g/mL琼脂糖凝胶电泳和克隆到pGEM^-T载体并进行核苷酸序列测序鉴定后,发现我国MDCK细胞系中存在犬细小病毒的传代病毒株。该病毒基因组部分序列测定结果显示与犬细小病毒CPV-N株有91%同源性。 相似文献