荧光定量PCR技术检测红壤稻田土壤厌氧氨氧化细菌

利用厌氧氨氧化细菌16S rDNA基因特异引物对红壤稻田土壤总DNA进行扩增、PCR产物纯化、克隆和测序,得到属浮霉菌(Planctomycetes)的厌氧氨氧化细菌的部分16S rDNA序列(长度为502 bp)。以含该序列的重组质粒作为荧光定量PCR的标准品,对水稻不同生育期红壤稻田土壤中的厌氧氨氧化细菌数量进行检测。结果表明水稻各生育期内稻田表层和根层土壤中均存在一定数量的厌氧氨氧化细菌,且其数量随水稻生长有所变化。表土中的数量随水稻生长呈逐渐增加的趋势,根层土的数量在水稻生长前期变化不大,孕穗期后明显增加。红壤稻田土壤中存在的厌氧氨氧化细菌对稻田土壤的硝化作用可能具有一定贡献。     

应用PCR—DGGE技术研究四角蛤蜊的细菌多样性

应用PCR—DGGE技术对盘锦某滩涂四角蛤蜊Mactra venerformis体内的细菌多样性进行了分析。使用SDS裂解法提取样品的总DNA,采用大多数细菌通用引物F338GC／RS18从总DNA中成功扩增出16SrDNA片段,然后对PCR产物进行DGGE分析,并将DGGE图谱上部分条带回收、再扩增、克隆和测序：将所测序列在GenBank核酸数据库中进行检索,用BLASTN分析DNA序列获得相似性最近的细菌。DGGE图谱显示,四角蛤蜊体内的细菌种类比较丰富,且不同时间样品细菌的优势菌群结构有一定的差异。将所测条带序列进行比对,结果表明,细菌种群中包括支原体属Mycoplasma、假单胞菌属Pseudomonas、弧菌属Vibrio、红球菌属Rhodococcus和鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas及不可培养的细菌。     

转基因大豆东农50对土壤氨氧化细菌的影响(英文)

[目的]考查转基因大豆东农50对土壤氨氧化细菌的影响。[方法]通过PCR-DGGE及序列分析方法研究盆栽条件下转基因大豆和近等基因的非转基因大豆在正常水分条件下和干旱胁迫下土壤中氨氧化细菌cto基因的多样性。[结果]根际土壤氨氧化细菌多样性分析表明,转基因大豆与非转基因大豆的氨氧化细菌多样性没有区别,但是,在正常水分条件和干旱胁迫下,处于收获期的转基因大豆的土壤氨氧化细菌多样性提高。对DGGE回收的17个条带进行系统发育分析,结果表明,所有的条带均与β-变形亚纲的亚硝化弧菌属(Nitrosovibrio)以及亚硝化螺菌属(Nitrosospira)相似性较高。[结论]转基因大豆对土壤氨氧化细菌没有影响。     

牛粪堆肥中厌氧氨氧化菌分子生物学检测

研究利用PCR-DGGE方法对堆肥中厌氧氨氧化菌16S r RNA基因特异扩增,检测堆肥厌氧氨氧化菌种属及多样性水平。结果表明,牛粪堆肥中厌氧氨氧化菌群组成与海洋环境不同。海洋环境中Candidatus Scalindua属厌氧氨氧化菌为优势菌群,而牛粪堆肥中厌氧氨氧化菌中优势菌属为Candidatus Brocadia、Candidatus Kuenenia和Candidatus Scalindua,多样性相对较高。可为堆肥发酵过程中厌氧氨氧化过程提供分子生物学依据。     

太湖底泥中厌氧氨氧化菌初步研究

以太湖底泥为研究对象,根据宏基因组学原理,采用PCR、克隆测序等分子生物学方法,研究了底泥中厌氧氨氧化菌的多样性.结果表明:太湖梅梁湾底泥中有厌氧氨氧化菌存在,试验得到2个未见报道的厌氧氨氧化菌序列片段,登录号分别为JQ927330、JQ927331,与已报告的序列相似度最高为93％,是2种新型的厌氧氨氧化菌.     

水稻土氨氧化细菌多样性的RFLP分析

提取苗期水稻根际土和非根际土土样微生物总DNA,采用氨氧化细菌特异性引物(Eub338,Nso1225)扩增16SrDNA基因片段,分别建立水稻根际土(G)和非根际土(F)氨氧化细菌克隆文库。用限制性内切酶HhaⅠ/RsaⅠ进行PCR-RFLP分型,分别得到110和105个酶切类型。多样性指数和优势细菌聚类比对结果显示,土壤氨氧化细菌群落结构指数H′、Dg和Jgi为非根际土稍大于根际土,表明非根际土中氨氧化细菌种群比根际土略多。指数Hmax和dMax为根际土大于非根际土,表明根际土氨氧化细菌数量相对多于非根际土。根际土有比非根际土更明显的优势种群出现。序列分析表明,水稻根际土氨氧化细菌的优势种群主要属于亚硝化螺菌属,亚硝化单胞菌属,β-变形菌亚门,碱菌属。供试水稻根际土和非根际土氨氧化细菌多样性和群落结构发生了改变。     

厌氧氨氧化菌好氧代谢特性的研究

将取自厌氧氨氧化反应器的混培物与Nitrosomonas europaea和取自常规硝化反应器的混培物所作的比较研究表明,厌氧氨氧化菌混培物能利用氨和羟胺为基质消耗氧;也能将基质氨和羟胺转化为亚硝酸;抑制氨氧化的抑制剂烯丙基硫脲和联氨可抑制厌氧氨氧化菌对氨的氧化。厌氧氨氧化菌与好氧氨氧化菌,特别是两种混培物之间,具有许多共性。     

应用DGGE技术研究间、轮作对根际氨氧化细菌和固氮菌群落结构的影响

利用DGGE技术研究了不同间作和轮作种植体系对作物根际氨氧化细菌和固氮菌群落结构的影响。运用属于β-朊细菌的氨氧化细菌的16S rDNA和nifH基因的特异引物对,将土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,通过DGGE技术对PCR产物进行分析,结果表明:小麦/蚕豆间作明显改变小麦根际氨氧化细菌群落结构组成,与小麦轮作或间作和与蚕豆间作都改变了玉米根际氨氧化细菌群落结构组成。不同间、轮作种植体系对作物根际固氮菌群落结构没有明显影响,但蚕豆根际固氮菌群落结构组成与小麦和玉米差异较大。     

厌氧氨氧化处理猪场养殖废水最佳运行工艺研究

以实际猪场废水为研究对象,以SBR为反应器,接种厌氧消化污泥培养厌氧氨氧化细菌,厌氧氨氧化阶段成功启动后,研究了厌氧氨氧化最佳运行工艺,试验研究表明:厌氧氨氧化最佳运行参数为pH值7.5±0.1,温度33(±1)℃,HRT1.2d。当达到最佳运行参数时,NH4+-N的去除率达到98.47%,NO2--N去除率达到99.09%。     

利用上流式双层厌氧滤器启动厌氧氨氧化研究

厌氧氨氧化是一种高效的脱氮处理工艺,但其启动和运行过程困难,高效反应器是解决此问题的有效手段。本文利用改进的上流式双层厌氧滤器开展厌氧氨氧化启动反应的试验研究。在反应器填料上分别接种反硝化污泥、厌氧污泥、混合污泥,通过模拟废水提供自养反硝化条件,并逐步提高基质浓度和水力负荷,促使菌群向厌氧氨氧化反应转变。试验发现,反硝化污泥、厌氧污泥、混合污泥均可启动厌氧氨氧化反应,启动时间分别为42、54 d和45 d。以反硝化污泥为接种物的启动效果最好,启动时间较短且废水氮素去除率高,总氮去除率最高达到82.2%。双层填料的反应器有效提高了厌氧氨氧化的稳定性,该反应器中厌氧氨氧化菌对氨氮、亚硝氮的适宜浓度负荷为270、360 mg·L^-1,废水中COD浓度不宜超过150 mg· L^-1,系统中存在厌氧氨氧化和甲烷化共存的效应。     

不同蔬菜连作对土壤细菌DNA分子水平多态性影响的研究

 采用从土壤中直接提取微生物总DNA，并用细菌16S rDNA特异性引物进行PCR扩增、变性梯度凝胶电泳（DGGE）、克隆和测序等一系列分子生物学手段，研究了不同蔬菜连作对土壤中细菌群落结构的影响。结果表明,采自同一地区的土壤样品，其DGGE图谱的相似性很高；同时蔬菜连作对土壤中细菌的群落组成产生影响，这种影响同蔬菜作物种类和连作年限有关。研究结果还表明，所取土样中的细菌大多数为Proteobacteria 类细菌，另外Acidobacteria、Sphingobacteria和Actinobacteria 类细菌只占少量比例。     

双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性的PCR-DGGE分析

将采自青岛市沿海潮间带的双齿围沙蚕Perinereis aibuhitensis(体质量为4～5 g)置于无菌海水中暂养24 h后,分别从5条双齿围沙蚕消化道中提取微生物基因组总DNA,应用细菌16S rDNA通用引物341f/534r进行细菌16S rDNA基因V3高变异区的PCR扩增,再将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),从而获得样品消化道共栖微生物群落特征的DNA指纹图谱。通过对指纹图谱半定量分析发现,采集的双齿围沙蚕消化道共栖微生物菌群多样性丰富,优势条带明显,不同个体间既存在共同的微生物种属,也有各自特异的种属。其中存在一条共同的优势条带,但优势条带含量存在个体间差异。分别对DGGE指纹图谱中公共条带序列进行测序比对,结果表明,产丙酸菌属Propionigenium分别为5个样品中的优势菌群,假交替单胞菌属Pseudoalteromonas广泛分布于双齿围沙蚕消化道中。研究表明,基于16S rDNA的PCRDGGE图谱技术是分析双齿围沙蚕及其他海洋沉积食性无脊椎动物消化道微生物菌群结构较为有效的手段。     

秸秆还田与施肥对稻田土壤微生物生物量及固氮菌群落结构的影响

利用氯仿熏蒸法和变性梯度凝胶电泳法(PCR-DGGE)研究了秸秆覆盖还田与施肥对灰棕冲积水稻土0-10cm和10-20cm土层土壤微生物生物量碳、氮和固氮菌群落结构的影响。结果表明:土壤微生物量碳、氮和固氮菌多样性从0-10cm土层到10-20cm土层均呈现降低趋势。无秸秆覆盖处理(对照组)的土壤微生物生物量碳(SMB-C)和微生物生物量氮(SMB-N)量最小。在秸秆覆盖还田处理中,低氮和无钾处理的SMB-C和SMB-N都显著低于全量氮磷钾肥处理。虽然无磷处理的SMB-N低于全量氮磷钾处理, 但差异不显著。说明秸秆覆盖还田配施充足氮磷钾肥能显著提高土壤微生物生物量碳、氮。由DGGE图谱多样性指数分析得知,配施充足氮磷钾肥的处理土壤的固氮菌多样性最丰富。UPGMA聚类分析显示,10种不同处理的聚类图也不同,对照(无秸秆)处理0-10cm和10-20cm的微生物不同于其它处理单独聚在了一个群里。DGGE条带测序得知,14个条带的近缘种大部分为非培养细菌nifH基因片段,主要优势菌群其归属于变形菌门(Proteobacteria)的β-变形菌纲(Betaproteobacteria)。应用PCR-DGGE技术可以解释灰棕冲积水稻土秸秆覆盖不同肥料用量固氮菌分子群落结构特点。     

陈化烟叶中细菌基因组DNA的提取及其多样性分析

以陈化10个月的河南襄城NC89烟叶为材料提取烟叶中细菌的基因组总DNA,并通过PCR—变性梯度凝胶电泳技术(DGGE),研究烟叶中细菌的多样性。结果发现,烟叶中细菌基因组16SrDNA V3区的PCR—DGGE图谱至少存在25条可分辨条带,其中4条亮度较强,表明陈化烟叶中细菌区系组成较多,优势种群可能有4种。     

PCR-DGGE技术分析合生素对肉仔鸡盲肠菌群结构的影响

试验研究合生素对肉仔鸡盲肠微生物区系的影响。选择1日龄肉仔鸡450只,随机分成5个处理,分别饲喂基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+益生素、基础日粮+益生元、基础日粮+合生素,每个处理3个重复,每个重复30只鸡。在21,42日龄每个重复选择2只鸡,无菌采集盲肠内容物,提取细菌基因组总DNA,PCR扩增16s rDNA V3区,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)后分析细菌群落结构的变化。结果表明,在214,2日龄,日粮添加合生素处理组试验鸡盲肠DGGE条带数均高于其他处理组,合生素组试验鸡盲肠内容物菌群多样性高于其他试验组。序列分析发现肉仔鸡盲肠中特异条带主要来源于不可培养的拟杆菌属、普雷沃氏菌属、梭菌目细菌和其他大量种属关系未知的细菌。     

PCR-DGGE技术分析不同地区野生锯缘青蟹肠道菌群多样性

采用PCR-DGGE技术对7个地区的锯缘青蟹肠道菌群进行了群落结构分析和比较。结果显示7个地区的锯缘青蟹肠道菌群的结构多样性存在较大差异,相似性指数在30%～70%之间,且同一地区雌雄样本的肠道菌群相似性也存在差异。对DGGE图谱中的12条主条带进行回收、测序,结果经Blast比对,发现12个条带代表的细菌分别属于3个细菌类群：变形细菌(Proteobacterium)、厚壁菌(Firmicutes)和棍状厌氧菌(Anaerorhabdus),其中有7个条带代表的细菌为不可培养的种类。     

不同施肥处理对毛竹根际微生物影响及其PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE技术对不同施肥处理毛竹根际微生物多样性特征进行研究.结果表明:采用改进的蛋白酶K-CTAB法提取的毛竹土壤DNA经PCR扩增的产物经DGGE检测后得到的电泳条带清晰且分离效果好,可以明显反映出毛竹根际微生物多样性的变化.根际微生物种群组成特征受施肥量、肥料种类影响很大,施肥能够增加毛竹根际微生物的多...     

粘虫肠道细菌群落多样性的PCR DGGE指纹图谱分析

研究东方粘虫[ Myth imna se parata (Walker)]肠道细菌的多样性.采用常规分离培养与分子鉴定相结合的方法,并以16S rDNA作为分子标记的变性梯度凝胶电泳(DGGE)对肠道细菌进一步分离,DGGE分离样品是研磨提取粘虫中肠组织DNA、提取培养混合菌DNA及直接以培养混合菌为模板进行PCR扩增的产物.结果表明,共得到DGGE条带19条,其中肠组织研磨提取DNA的DGGE条带最多,为17条;直接以培养混合菌液为模板进行PCR扩增次之,为13条;培养混合菌液提取DNA的条带最少,为12条.传统方法和分子生物学方法相结合研究肠道微生物多样性时能获得更全面的微生物信息,可采用培养混合菌提取DNA再结合其他方法进行后续研究.