Genomic-SSR 和EST-SSR在柱花草种间的遗传差异

为了探讨genomic-SSR与EST-SSR标记在柱花草种间的遗传差异,利用两种SSR标记技术,对来自不同种的12份柱花草种质进行了遗传分析,并对两种不同标记进行比较.结果表明:EST-SSR标记相比genomic-SSR在柱花草不同种间具有更好的通用性,EST-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是4.6和0.610,genomic-SSR检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是5.6和0.702.聚类结果表明,genomic-SSR和EST-SSR均能有效鉴别所有供试柱花草种质.     

普通小麦Genomic-SSR和EST-SSR分子标记遗传差异

[目的]探讨国内外的24份普通小麦品种间的遗传差异。[方法]以改进的酚-氯仿法提取国内外24份普通小麦品种基因组DNA,采用Genomic-SSR和EST-SSR标记技术分析24份小麦品种的遗传多样性,并对2种评价方法进行分析比较。[结果]采用37对Genomic-SSR引物对24份小麦基因型的38个位点进行扩增,24个位点共扩增出152个多态性片段,每个位点上平均片段数为5.85。采用67对EST-SSR引物对24个小麦基因型的78个位点进行扩增,37个位点共扩增出120个多态性片段,每个位点平均片段数为3.24.24份小麦品种的综合遗传距离为0.1541～0.7820,平均为0.4231。[结论]EST-SSR标记能更准确地反映出不同小麦基因型之间遗传差异和亲缘关系。     

3个不同派别杨树资源遗传多样性的SSR分析

利用杨树28对SSR基本核心引物筛选出符合要求的13对引物,并采用这些引物对来自白杨派、黑杨派和青杨派的32个杨树无性系进行PCR扩增,同时对这些样品进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果表明,13对引物共扩增条带58条,其中多态性条带58条,占扩增总带数的100.00%。对32个杨树样品的遗传距离进行分析,得到其遗传距离为0.056~0.741,表明各样品之间具有较丰富的遗传多样性。通过聚类分析可将供试样品分为三大类,即白杨派、黑杨派和青杨派,其聚类结果与传统分类学上的结果一致,说明SSR分子标记技术在杨树品种鉴定中具有一定的可靠性。     

矮化佛手遗传差异的SSR标记分析

利用SSR分子标记技术研究矮化佛手的遗传背景,从14对SSR引物中筛选出12对用于佛手及其近缘种的SSR标记,共扩增出155条带,其中多态性条带139条,占总条带的89.7%。根据SSR扩增结果进行聚类分析,结果表明矮化佛手与其它类型佛手在遗传背景上存在差异,矮化性状具有一定的遗传基础。     

珍珠豆型花生品种遗传差异的SSR标记分析

为了了解珍珠豆型花生品种的遗传差异,为今后花生新品种选育提供参考,利用19对SSR标记引物对20个来源广泛的珍珠豆型花生品种进行了遗传差异分析。结果表明,有7对标记引物扩增出多态性,在20个品种间共检测到24个多态性等位点,每对引物分别检测出3~6个等位点变异,平均为3.43个,7个标记的多态性信息含量(PIC)在0.335~0.725;品种间的遗传相似性系数在0.000~1.000,协抗青、608、新会小粒、印尼花生和ICGV95440等5个品种与大多数品种之间的遗传相似性系数小于0.5,粤油114、仲恺花1号、桂花20、湛油50、粤油7号、粤油223、汕油523、梧油8号、湖北小花生、汕油21、汕油71、泉花627、天府13等13个品种间的遗传相似性系数则普遍大于0.5;遗传相似性聚类分析表明,以0.476为阈值,20个品种可聚为3类。     

用SSR标记分析不同时期主要杂交水稻亲本的遗传差异变化

本研究采用SSR标记技术分析了我国不同年代广泛应用的野败型杂交水稻9个恢复系和9个不育系的遗传差异。结果表明,（1）我国水稻亲本间的遗传差异较大,且在不育系与恢复系间〉恢复系内〉不育系内,较大的不育系与恢复系间的遗传差异是杂交水稻高产的原因;（2）与前期恢复系相比,虽然后期恢复系内的遗传差异没有显著增加,但选育出了以明恢63等为代表的遗传差异大的恢复系,这为20世纪80年代中、后期中国杂交水稻产量大幅度提高提供了基础;（3）不育系内的遗传差异后期并没有扩大,是20世纪90年代后中国杂交水稻产量徘徊不前的重要原因,增加不育系的遗传差异十分必要;（4）不同年代亲本的分子标记遗传差异变化与杂交水稻产量变化相关,分子标记揭示的遗传差异可为杂交育种中亲本的选择提供参考。     

果桑遗传差异的SRAP和EST-SSR分析

为了从分子水平揭示果桑种质资源间的亲缘关系,指导其种质资源的鉴定和利用,以及快速选育优良果桑新品种,利用SRAP和EST-SSR 2种新型分子标记对供试果桑种质材料的遗传多样性进行分析。从42对SRAP引物中筛选出17对扩增条带清晰的引物,扩增得到306个位点,多态性位点达253个,多态性比率为82.68%,遗传相似系数(GS)为0.390 9~0.811 1。从26对EST-SSR引物中筛选出18对引物,扩增出297个位点,多态性位点236个,多态性比率为79.46%,遗传相似系数(GS)为0.506 8~0.858 1。综合2种分子标记得出供试材料的遗传相似系数(GS)为0.464 3~0.814 3。利用UPGMA构建聚类树状图,最终供试材料被聚为3个类群,呈现出明显的地理分布特征,并由此得出SRAP分子标记更适用于果桑种质亲缘关系的遗传差异分析。     

小豆SSR分子标记遗传连锁图谱构建

【目的】以小豆SSR为锚定标记,将公开发表的豇豆SSR、普通菜豆SSR和EST-SSR标记定位整合到小豆遗传连锁群中,构建中国小豆遗传图谱,为小豆基因定位、图位克隆和分子标记辅助选择育种提供更多可用的分子标记。【方法】用1 473对SSR和EST-SSR引物进行PCR扩增,包括906对豇豆SSR、123对普通菜豆和196对小豆SSR引物及248对普通菜豆EST-SSR引物,筛选亲本间多态性标记,验证栽培小豆HB801×AG109及GM892×AG110的F2分离群体。【结果】整合和构建了含有145个SSR和EST-SSR标记小豆遗传连锁图谱,包括59个小豆SSR标记,新增63个豇豆SSR、9个普通菜豆SSR、14个普通菜豆EST-SSR标记和1个茎色标记。紫茎色性状被定位在第9连锁群,离CEDG022和cbess058标记的遗传距离分别为0.9 cM和0.1 cM。图谱全长823 cM,覆盖11个连锁群,每个标记间平均距离为5.64 cM。每个连锁群长度为49.1—125.6 cM,平均长度74.82 cM;每条染色体上的标记数7—26个,平均13.27个。【结论】率先把小豆近缘物种分子标记引入小豆,加密了小豆SSR分子标记遗传连锁图谱。     

杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析

利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。     

杨树无性系树冠性状间的相关性与遗传差异

通过对10个杨树无性系的8个树冠性状进行测定,筛选出叶面积指数(LAI)、冠形率(CSR)、树冠表面积(CSA)、一级分枝粗度(Dfb)、枝下高(Hub)和冠幅(W)等6个与材积有关的性状,分析了各树冠性状间的相关性和杨树无性系间树冠性状的遗传差异及其差异来源。结果表明:各树冠性状间存在显著相关。LAI只与CSA呈显著正相关;CSA、Dfb、W三者相互间呈极显著正相关;Hub与W呈极显著正相关;而CSR与CSA、Dfb、Hub、和W显著负相关。10个无性系的6个树冠性状均有明显不同,但只有Dfb和Hub两性状差异显著。10个无性系的各树冠性状的遗传力都较低,均小于0.5,各树冠性状受环境因素的影响较大。可见,杨树无性系树冠性状的差异主要来源于环境因素,可通过水肥管理、修枝、间伐、整地等人为栽培管理措施来改善环境条件,优化杨树树冠结构,提高杨树树势,从而抑制病原菌的生长和传播。因此基于树冠结构的杨树寄主主导性病害的生态调控是实际可行的。     

滩地13个杨树无性系遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记手段,研究杨树无性系的遗传多样性。在探讨杨树叶片基因组DNA提纯方法和优化PCR扩增反应体系的基础上,采用18个引物对13个杨树无性系的基因组DNA进行扩增;每个引物扩增的DNA片段数为1～14个,共产生126条带,其中多态带53条,占42%,平均每个引物扩增出3条多态带。结果表明:通过对126条谱带的聚类,分析了供试杨树无性系的系统发育,并通过比较各品种间的特异带或特征带的差异进行无性系鉴别和测定,运用特殊谱带,建立了杨树无性系的分子检索表。     

菠萝蜜EST-SSR标记开发及其种质资源遗传多样性分析

[目的]分析菠萝蜜EST-SSR标记的稳定性和多态性揭示能力,并将其用于菠萝蜜种质资源遗传多样性研究。[方法]利用已获得的菠萝蜜c DNA文库中的EST序列,通过搜索SSR序列,设计引物,PCR扩增后,银染检测扩增结果。[结果]设计开发出479对EST-SSR引物,其中399对能在菠萝蜜上扩增出产物,282对具有多态性,多态性扩增引物占58.87%;从中选择60对能够清晰扩增的多态性引物,对64份菠萝蜜种质资源进行遗传多样性分析,60对EST-SSR引物共扩增出188条带,不同引物的扩增条带数在2~11,平均3.13条;其中有168条为多态性条带,多态率为89.36%;每对引物的多态信息含量(PIC)为0.407 7~0.958 9,平均PIC为0.792 2,这说明供试材料具有较高的遗传多样性。系统聚类分析结果表明,在相似系数0.688 1处,可将64份菠萝蜜种质资源分成二大类群,在相似系数0.732 5处,第二大类群又可分为4个亚群。[结论]EST-SSR标记的多态性揭示能力强,用于分析菠萝蜜种质遗传多态性的能力强,其应用前景广阔。     

Development of Soybean EST-SSR Markers and Their Use to Assess Genetic Diversity in the Subgenus Soja

Developing expressed sequence tag-derived SSR （EST-SSR） markers is imperative in genetic research. In this paper, we reported 37 EST-SSR markers which were developed from 286 unigenes obtained from soybean cDNA library. Among the 286 markers designed for the 4 accessions of Glycine max and 6 of its wild progenitor （G. soja） within the subgenus Soja, 209 markers amplified DNA fragments, taking 73.1% and 37 markers appeared to be polymorphic, which was 12.9% of the total. The 37 loci detected a total of 142 alleles, while the PIC values varied from 0.194 to 0.794. Both the number of alleles per locus and PIC value were significantly related to the SSR motif. Six EST-SSR loci may be fixed for different alleles between G. max and G. soja since they were particularly polymorphic among the 6 G. soja accessions. A neighbor-joining tree placed the G. max accessions together as a group within the G. soja, though the average genetic distance among G. soja accessions was much higher. These new EST-SSRs markers will be useful for genetic diversity analysis, genetic mapping construction and gene discovery in Soja subgenus.     

Genetic Diversity Analysis of Faba Bean （Vicia faba L.） Based on EST-SSR Markers

Faba bean (Viciafaba L.), one of the most important legumes in the world, evolved different types of cultivars due to its partial cross-pollination. The development of simple sequence repeat (SSR) markers from expressed sequence tags (EST) provided a useful tool for investigation of its genetic diversity. The purpose of the present study was to investigate the genetic diversity of faba bean from China and Europe using EST-SSR markers. 5 031 faba bean ESTs from the NCBI database were downloaded and assembled into 1148 unigenes. A total of 107 microsatellites in 96 unigenes were identified, indicating that merely 8.36% of sequences contained SSRs. The most abundant SSR within faba bean was tri-nucleotide repeat motif, and among all the tri-nucleotide repeats, the motif AAG/CTT was the most abundant type. Based on these results, 11 EST-SSR markers were used to assess the genetic diversity of 29 faba bean cultivars from China and Europe with two to three alleles per locus. The polymorphism information content value ranged from 0.0644 to 0.4278 with an average of 0.2919. Principal coordinate analysis (PCA) and phylogenetic clustering based on these 11 EST-SSR markers distinguished these cultivars into different groups. The results indicated that faba bean in China had a narrow genetic basis, and the additional sources of genetic cultivars/accessions should be introduced to enhance the genetic variability. The results of this study proved that the EST-SSR marker is very effective in evaluation of faba bean germplasm.     

狗牙根EST-SSR反应体系优化及其遗传多样性初步分析

利用 L16（4）5正交实验设计,对新疆狗牙根 EST-SSR反应体系进行优化;并将该体系初步应用于14份新疆典型区域的野生狗牙根材料,通过聚类分析研究供试材料的亲缘关系.结果表明,新疆狗牙根 EST-SSR反应最优体系为：20μL反应体系中含模板DNA 100 ng,引物0.5μmol/L,2μL 10×Buffer,MgCl21.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U.运用该体系对14份新疆狗牙根材料进行PCR扩增,条带较清晰,可用于新疆狗牙根 EST-SSR标记的进一步研究.对14份狗牙根的多样性及其亲缘关系分析结果表明,狗牙根 Nei’s 基因多样性指数（H）变异范围为0.2077~0.3153,平均为0.2550;Shannon信息指数（I）在0.2540~0.4394.     

����EST-SSR��ǵ���ݮƷ��ָ��ͼ�׹������Ŵ�������

为给蓝莓品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平依据,从40对EST-SSR引物中筛选多态性良好的引物组合,选取其中引物CA231构建北高丛蓝莓栽培种的DNA指纹图谱、数字指纹图谱,利用非加权类平均法进行遗传多样性分析.结果表明.10个引物对组合共扩增出206个位点,其中多态性位点203个,占98.12％.每条引物的多态性位点数为9～48个,平均每条引物扩增出20.6个位点,平均多态性位点为20.3个.引物CA231扩增位点数最多,多态性比率为100％,且可以鉴别所有试验材料.构建30个北高丛蓝莓栽培品种的指纹图谱,并对其亲缘关系分析表明,在遗传相似系数为0.52时,30个品种聚为一类,当遗传相似系数为0.63时,77.7％的品种仍聚为一类.     

基于EST-SSR的福建地区茶树资源遗传多样性和亲缘关系

[目的]通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据.[方法]利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图.[结果]26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2～5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05～0.75,平均值为0.56.期望杂合度(He)大小在0.02～0.81,平均值为0.60;观测杂合度(He)在0.02～0.97,平均值为0.55;群体内的Shannon指数为1.16.按相似系数为0.40可将参试的42份种质资源分为两大类.[结论]研究发现福建地区茶树资源具有相对较高的遗传多样性,并明确了不同资源间的亲缘关系.     

用EST-SSRs研究小麦遗传多样性

 小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明，这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物，共检测到129个等位变异，其中87.6%有多态性，大多数引物有2～4个等位变异；其中部分引物可用于普通小麦及其近缘种属的亲缘关系研究，并可根据特征带谱鉴定部分小麦品种；在相似系数为0.745的水平可将人工合成双二倍体小麦材料和一般小麦品种区分开来。与基因组SSR标记相比，EST-SSRs这种新型分子标记来源于表达基因，将其用于小麦遗传研究可直接反映相关基因在不同小麦品种间的表达差异。