绿头鸭线粒体ND2基因全序列测定及其研究

［目的］分析绿头鸭的系统进化关系。［方法］用PCR产物直接测序的方法,测得4只绿头鸭线粒体ND2基因全序列,结合GenBank中已公布河鸭属野鸭ND2基因全序列,基于N-J法和MP法构建河鸭属野鸭系统进化树。［结果］4只绿头鸭ND2基因序列完全一致,其全长为1 041 bp,碱基A、G、T、C含量分别为28.91%、13.35%、20.75%和36.98%,A＋T含量约等于C＋G 绿头鸭ND2基因序列与斑嘴鸭完全相同,与其他野鸭的同源性较高。系统进化树结果表明,绿头鸭与斑嘴鸭关系密切,两者共享一个单倍型,它们与棕颈鸭、针尾鸭及绿翅鸭同属于进化枝A。［结论］ 家鸭可能由绿头鸭和斑嘴鸭驯化而来。     

鹿科动物线粒体DNA序列差异和系统进化关系

从Gen Bank数据库中获得20种鹿科动物的线粒体DNA序列全长,分析了序列碱基含量和遗传距离关系,并构建系统进化树,探讨了鹿科动物的系统进化关系。序列分析表明:鹿科动物线粒体DNA全长为16 305~16 482 bp,A+T含量约占62.58%,各物种间遗传距离为0.014~0.164。系统进化分析表明:驼鹿在鹿科动物中可能是最古老的;麋鹿与鹿属亲缘关系较近,支持将麋鹿划到鹿属的观点;泽鹿与花鹿属的斑鹿和豚鹿先聚到一起,支持将泽鹿划到花鹿属中;麂亚科中小麂可能是最原始的,赤麂和黑麂亲缘关系较近;獐与狍亲缘关系更近,建议将獐与狍划归到一个亚科。     

绿头鸭线粒体ND2基因全序列测定及其研究

1材料与方法1．1材料野生绿头鸭咀样4份（雌雄各2份）,采自吉林省吉林市。1．2总DNA提取采用酚氯仿抽提法提取总DNA,0．7％琼脂糖凝胶电泳检测,-20℃保存。     

亚洲黑熊四川亚种线粒体NADH脱氢酶亚基5和亚基6基因的克隆与初步分析

[目的]克隆与分析亚洲黑熊四川亚种线粒体NADH的脱氢酶亚基5和亚基6基因（ND5和ND6）。[方法]根据已报道的部分熊科动物ND5和ND6基因序列的相关信息设计引物,运用PCR技术,首次从亚洲黑熊四川亚种的肌肉组织总DNA中成功克隆了ND5和ND6基因的编码序列,分析了其序列特征,并与已报道的9种熊科动物进行比较分析。[结果]该克隆片段包括ND5和ND6两个基因共2456bp,共编码781个氨基酸,与9种熊科动物的ND5和ND6具有很高的同源性;该克隆片段ND5和ND6的蛋白分子量分别为68.2621和19.0386kDa,等电点分别为9.19和4.25,与9种熊科动物的均十分接近。[结论]四川黑熊与9种熊科动物的ND5和ND6基因及其编码蛋白具有很高的相似性,在功能上具有一致性,尤其与东北黑熊在功能上具有高度一致性。     

珠颈斑鸠线粒体ND1和ND2基因序列测定与特征分析

根据其他物种的线粒体基因序列设计引物,采用PCR方法扩增珠颈斑鸠（Streptopelia chinensis）线粒体基因组中编码NADH亚基基团的ND1、ND2基因片段,测序后获得了NDl和ND2基因的全序列。结果表明,NDl基因序列长度为966bp,编码321个氨基酸的多肽,A、G、C、T碱基组成分别为27．0％、12．7％、33．9％、26．4％;ND2基因序列长度为1041bp,编码346个氨基酸的多肽,A、G、C、T碱基组成分别为32．5％、9．7％、33．8％、24．0％。NDl、ND2基因的起始密码子均为ATG,但终止密码子分别为AGA、‘rAG。将珠颈斑鸠NDl、ND2基因核苷酸序列及氨基酸序列与其他11种鸟类进行比对,结果表明,珠颈斑鸠与原鸽的亲缘关系最近,与形态学分类一致。根据12种鸟类NDl和ND2氨基酸序列。采用NJ法构建了12种鸟类系统进化树。     

牛线粒体CYTB基因的序列分析及进化关系

对CYTB基因全长1140bp序列进行分析的结果表明，10个品种的20条CYTB碱基序列中共发现10种单倍型，黄牛中单倍型较少．共检测到98个变异位点，未发现插入和缺失，牦牛和黄牛除了异亮氨酸以外有着相同的密码子偏好．将核酸序列转换成氨基酸序列后，黄牛表现的遗传差异更小，18个个体分享5种氨基酸序列单倍型，共有6个氨基酸突变位点，8个突变氨基酸．     

藏绵羊脂蛋白脂酶基因克隆及序列分析

[目的]为深入研究藏绵羊肉用性能的遗传调控与营养代谢关系。[方法]利用RT-PCR和T-A克隆技术获得了藏绵羊LPL基因,并对其进行生物信息学分析。[结果]藏绵羊LPL编码基因全长1437 bp,编码478个氨基酸。将藏绵羊LPL基因及氨基酸序列分别与GenBank中公布的11种动物进行序列一致率比对,发现藏绵羊与所选动物的LPL基因序列一致率在84.6%～99.6%,LPL氨基酸序列一致率在88.8%～99.0%。藏绵羊与普通绵羊LPL基因存在6个位点核苷酸差异,其中有一个核苷酸位点的差异没有引起相应氨基酸的改变,其余5个位点核苷酸的不同都引起了氨基酸的差异。[结论]该研究可为了解LPL基因的演化关系及作用机理提供资料。     

6个巨魾群体线粒体ND4基因碱基序列多样性分析

为研究云南省境内特有的巨魾Bagarius yarrelli 6个野生群体的遗传多样性,在红河曼耗(Baya-M)、怒江坝(Baya-B)、怒江下游(Baya-N)、澜沧江上游(Baya-L)、景洪(Baya-J)、红河河口(Baya-H)6个点共采集72尾巨魾,每个点采集12尾,分析6个群体的ND4基因序列。结果表明:应用PCR技术扩增了巨魾线粒体DNA的ND4基因序列并测序,获得72条mtDNA DN4基因序列,巨魾ND4基因序列全长为1381 bp,共检测到501个核苷酸变异位点,核苷酸多样性为0.001 9～0.072 2;共有67种单倍型,单倍型间的平均相对遗传距离为0.098;将巨魾与三线纹胸鮡Glyptothorax trilineatus和长丝黑鮡Gagata dolichonema两种鱼类的ND4基因利用UPGMA中的Kimura 2-parameter法构建系统进化树,发现巨魾单聚为一支。研究表明,红河河口与曼耗群体之间的分化程度较小,亲缘关系较近,而澜沧江与景洪群体之间的遗传距离最大(0.156),说明澜沧江群体与景洪群体之间的分化程度较大,亲缘关系较远。     

亚麻CAD基因克隆及序列分析

以亚麻(Linum usitatissimum L.)为材料,研究木质素代谢的关键酶亚麻肉桂醇脱氢酶基因序列.分离了高纯度的RNA,以RNA为模板,用简并引物以RT-PCR的方法,克隆了亚麻CAD基因cDNA部分序列,长度为477bp,编码159个氨基酸残基.此cDNA序列为亚麻CAD基因序列.     

二化螟酯酶基因克隆及序列分析

根据已报道其它种类昆虫的酯酶基因设计1对兼并引物,首次从二化螟cDNA中克隆到5个酯酶基因片断,分别命名为:CS_est1、CS_est2、CS_est3、CS_est4、CS_est5,进一步在基因3′端设计接头引物得到CS_est1、CS_est2、CS_est3、CS_est5的3′端全序列。序列分析结果表明,这几个酯酶氨基酸序列具备酯酶家族的特征性氨基酸,与其它昆虫的酯酶同源性较高,为二化螟酯酶基因。其中包括形成催化三联体的3个氨基酸残基Ser、G lu、H is;酶的核心轴为FGESAG。各基因在Genebank上的登录号分别为:DQ401086、DQ401087、DQ401088、DQ401089、DQ401090。     

赤眼鳟仔鱼摄食生态学研究

为提高赤眼鳟鱼苗培育成活率,开展了赤眼鳟仔鱼的摄食生态学研究,结果表明,赤眼鳟仔鱼在3日龄以前为内源性营养阶段,4~5日龄为混合营养阶段,6日龄以后为外源性营养阶段;其临界期为6日龄期间;PNR点出现在11~12日龄期间;溶解氧≤0.31mg/L时,摄食发生率为0;溶解氧>1.25 mg/L时,仔鱼全部摄食。     

绿头鸭线粒体ND2基因全序列测定及其研究(英文)

[Objective] The study was to analyze the phylogenesis of Anas platyrhynchos. [Method] Complete sequence of mitochondrial ND2 gene of 4 Anas platyrhynchos was determined by direct DNA sequencing based on PCR products. Combined with ND2 gene sequences of the Anas Linnaeus accessed in GenBank, phylogenetic tree was constructed by Neighbor-joining and maximum parsimony methods. [Result] The ND2 gene sequences of 4 Anas platyrhynchos were identical(1 041 bp in length; the nucleotide contents of A, G, T, and C were 28.91%, 13.35%, 20.75% and 36.98% respectively; A+T content approximated to that of C+G). Sequences of ND2 gene of mallard were same as spotbill duck, and had high homology with others. The phylogenetic trees indicated mallard and spotbilled duck were close in genetic relationship, both shared a haplotype; then Philippine duck, green-winged teal and northern pintail fell into branch 'A". [Conclusion] The domestic duck may be domesticated from mallard and spotbilled duck.     

赤眼鳟的含肉率和营养价值分析

[目的]测定与分析赤眼鳟的含肉率、营养成分和营养价值。[方法]以10条健康赤眼鳟为研究对象,对赤眼鳟的含肉率、营养成分（水分、粗蛋白、粗脂肪、灰分）和营养价值（氨基酸组成及含量）进行测定与分析。[结果]赤眼鳟含肉率平均为74.64%±0.43%,鲜样肌肉粗水分、粗蛋白、粗脂肪、钙和磷分别是75.42%、18.05%、4.95%、0.50%和0.48%;肌肉干物质中粗水分、粗蛋白质量分数、粗脂肪质量分数、灰分质量分数、钙和磷分别为30.75%、72.52%、15.35%、0.08%、0.86%和1.28%;18种氨基酸总含量为74.89%（质量分数,干样）,其中10种必需氨基酸的总量为34.54%,占氨基酸总量的46.12%,4种鲜味氨基酸的总含量为27.89%。[结论]与其他几种经济鱼类比较认为,赤眼鳟是一种营养价值高、值得开发驯养的优质淡水鱼类。     

赤眼鳟江河人工放流前适应性驯养试验

为提高赤眼鳟江河人工放流的成活率,采取放流前强化饲养育肥和流水密集锻炼两项技术措施,结果显示,强化培育的鱼种比常规培育的鱼种肥壮,丰满度比后者高12.37%～24.05%,肝脏含脂率高35.63%～43.27%,处于饥饿并在流水环境中,其生存时间比后者延长6d;流水密集锻炼24～30h的鱼种瞬时耗氧速率比静水密集锻炼2h的鱼种低25.11%,缺氧昏迷点(Cd)比后者低18.72%,窒息点(Sd)低33.33%,鱼种运输成活率比后者提高23个百分点;在来宾市清水河放流鱼种4万尾,放流后鱼种活动正常,回捕率为30.36%.表明采取放流前强化饲养育肥和流水密集锻炼两项技术措施,能提高赤眼鳟的成活率,提高其江河人工增殖放流效果.     

赤眼鳟TRAF6基因的cDNA克隆及其应对GCRV的免疫表达特性

为研究赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)肿瘤坏死因子受体相关因子6基因的结构特性及其应对GCRV的免疫表达特性,采用RACE技术获得了赤眼鳟TRAF6基因的cDNA全长(共2 621 bp),其中包含5′端非编码区50 bp,开放阅读框1 629 bp,3′端非编码区942 bp;该基因编码542个氨基酸,推导的蛋白质相对分子质量为61670,理论等电点为6.01。SMART结构分析结果显示,TRAF6基因编码的蛋白包含1个RING结构域、2个锌指结构域、1个螺旋卷曲结构域和1个MATH结构域。系统进化树分析结果表明,赤眼鳟TRAF6与团头鲂TRAF6的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR结果显示,TRAF6在赤眼鳟的12种组织中均有表达,其中在肝脏中的表达量最高,在中肠中的表达量最低;经GCRV感染后,赤眼鳟脾脏和头肾中TRAF6均呈波动上调趋势,在24 h达到峰值,表明TRAF6参与了赤眼鳟抗GCRV的免疫应答反应。     

绵羊IGFBP-6基因的克隆及序列分析

以凉山半细毛羊为研究对象,克隆了其胰岛素样生长因子结合蛋白6基因(IGFBP-6),采用生物信息学方法进行遗传进化分析,对IGFBP-6蛋白的理化性质进行分析,并对其二级和三级结构进行预测。结果表明,绵羊IGFBP-6基因的CDS全长序列为711 bp,编码236个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为96%、84%、74%,氨基酸序列同源性分别为95%、80%、69%;IGFBP-6蛋白大小为24.9 ku,理论等电点(p I)为8.83。遗传进化分析结果显示,绵羊IGFBP-6基因与山羊、牛等哺乳动物关系较近,与鱼类的亲缘关系较远。IGFBP-6蛋白存在明显的疏水性区域和亲水性区域,有1个信号肽、14个磷酸化位点、3个N-糖基化位点和7个O-糖基化位点;二级结构分析结果显示,IGFBP-6蛋白无规则卷曲、α-螺旋和β-折叠区域比例分别为77.54%、19.92%、2.54%;三级结构分析结果显示,IGFBP-6蛋白存在IGFBP_N和甲状腺球蛋白-Ⅰ型功能域。     

鸡白介素-6(ChIL-6)基因的克隆与序列分析

分别用鸡传染性法氏囊病病毒感染和用ConA免疫刺激健康鸡，无菌取处理鸡的脾脏，匀浆后用Tr-izol抽提细胞总RAN，应用随机引物反转录获得cDNA，设计引物，经PCR扩增获得鸡白介素-6（ChIL-6)基因，应用pGEM-T载体克隆该基因，经测序，表明其与Gene Bank中公布的唯一的一个ChIL-6基因为同源基因。     

猪Tetherin基因的克隆及序列分析

为研究猪Tetherin基因的功能,应用RT-PCR手段从感染猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒的猪肺脏组织扩增得到猪源Tetherin基因,将其克隆到p MD19-T载体并进行测序,采用分子生物学软件将其编码的蛋白质序列与其他来源的Tetherin蛋白序列进行比对分析,采用真核转染的方法研究其在MARC-145细胞中的定位情况。结果显示,克隆得到的猪源Tetherin基因全长534 bp;猪源Tetherin蛋白与牛、绵羊、猫、人、黑猩猩、猫头鹰、猕猴Tetherin蛋白同源性分别为41.5%、44.1%、42.3%、43.7%、45.4%、35.6%、42.1%;猪源Tetherin蛋白为跨膜蛋白,该蛋白定位在MARC-145细胞的细胞膜中。