结核分枝杆菌RD1区T细胞表位分布情况预测及分析

[目的]对结核分枝杆菌RD1区T细胞表位分布情况进行预测和分析。[方法]利用NetMHC server生物信息学软件,以和HLA-Ⅱ和HLA-Ⅰ类分子结合能力为指标,分别对结核分枝杆菌RD1区9个编码蛋白进行T细胞抗原表位预测。[结果]通过预测,共获得和HLA-Ⅱ类分子结合的抗原表位1580个和HLA-Ⅰ类分子结合的抗原表位336个。[结论]预测获得的T细胞抗原表位将对结核病特异性检测及新的结核疫苗研发起到借鉴作用。     

结核分枝杆菌RD1区T细胞表位分布情况预测及分析

[目的]对结核分枝杆菌RD1区T细胞表位分布情况进行预测和分析。[方法]利用NetMHC server生物信息学软件,以和HLA-Ⅱ和HLAⅠ-类分子结合能力为指标,分别对结核分枝杆菌RD1区9个编码蛋白进行T细胞抗原表位预测。[结果]通过预测,共获得和HLA-Ⅱ类分子结合的抗原表位1 580个和HLA-Ⅰ类分子结合的抗原表位336个。[结论]预测获得的T细胞抗原表位将对结核病特异性检测及新的结核疫苗研发起到借鉴作用。     

CD4^＋T细胞表位预测及其应用

目前,运用生物软件预测CD4^＋T细胞表位的技术越来越成熟,为表位疫苗的研究提供了有利的条件。对T细胞表位预测技术及其应用进行了综述。     

奶牛乳房炎重要候选疫苗蛋白的抗原表位分析及三联重组表位疫苗的氨基酸序列设计

为设计奶牛乳房炎三联重组表位多肽疫苗,选取奶牛乳房炎3种主要感染菌的候选疫苗蛋白:金黄色葡萄球菌的Ebps与ClfA,大肠埃希菌的OmpA与OmpC,链球菌的SIP与PGK,通过ABCpred和BepiPred方案,预测获得每种蛋白各有2个优势B细胞表位;利用神经网络与量化矩阵法预测蛋白的CTL表位。结果显示,SIP蛋白无CTL表位,其余蛋白均存在1个CTL细胞表位;采用MHC-Ⅱ类分子结合肽在线程序预测蛋白的Th表位,结果发现每种蛋白各有1个Th细胞表位。使用DNASTAR软件分析6个蛋白的二级结构,结果发现,预测获得的B/T细胞表位大多处于蛋白易于产生表位的暴露表面、无规则卷曲与转角等位置。再通过Protean程序重组拼接获得的B/T细胞抗原表位,最终设计获得抗原性较好的三联表位疫苗氨基酸序列。为新型奶牛乳房炎三联表位疫苗的研制奠定基础。     

鸡堆型艾美尔球虫3-1E抗原表位的生物信息学预测

应用生物信息学分析和预测鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白二级结构和抗原表位,为确定和筛选优势表位,研制安全、高效表位疫苗奠定基础。以克隆获得的鸡堆型艾美尔球虫3-1E蛋白氨基酸一级结构为基础,采用DNAStar软件和生物信息学在线分析程序Prot Param、SOSUI、IEDB、SYFPEITHI等预测3-1E蛋白理化性质和二级结构,并分析其序列跨膜区、可溶性、亲水性、可及性、柔韧性参数以及抗原指数,预测B细胞表位和T细胞表位的可能区域。3-1E蛋白由170个氨基酸组成,分子式C818H1257N213O272S3,分子质量18.5234 ku,理论等电点为4.25,半衰期为10 h;无跨膜区均为膜外区,是一种可溶性蛋白。其二级结构中α螺旋占31.76%,β转角为12.35%。B细胞表位预测区域:44-49、65-67、86-87、111-116;分值较高的T细胞表位区域:52-60、94-102、97-105、154-162、157-165。运用生物信息学方法确定3-1E存在多个抗原表位,对进一步研究3-1E的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要意义。     

基于金黄色葡萄球菌FnBPA和停乳链球菌GapC的多表位疫苗免疫原性研究

金黄色葡萄球菌和链球菌是奶牛乳腺炎的重要致病菌,为了研究预防金黄色葡萄球菌和链球菌感染的奶牛乳腺炎新型疫苗,以金黄色葡萄球菌FnBPA的1个CD4+T细胞表位和两个B细胞表位构建了FTB1B2表位疫苗,以停乳链球菌GapC的1个CD4+T细胞表位和两个B细胞表位构建了GTB1B2表位疫苗,再以GSGSGS作为Linke...     

口蹄疫病毒T细胞表位研究概况

口蹄疫病毒(FMDV)T细胞表位的研究对于阐明FMDV的结构、功能及FMDV疫苗的研制、病原的检测至关重要。从研究方法、研究现状及口蹄疫表位疫苗等方面对口蹄疫病毒T细胞表位的研究概况作一综述。     

多表位疫苗的构建策略及其在动物疫苗中的应用

多表位疫苗是基于抗原表位氨基酸序列而制备的一种新型分子疫苗。由于具有安全性好、保护力强和应答类型可以有效调控等优点,多表位疫苗具有较高的研究和应用价值。多表位疫苗因其独特的免疫优势已成为近年来基因工程疫苗研究领域的热点之一。本文概述了表位的预测筛选、多表位疫苗的设计与优化及其在动物医学领域的应用等方面的进展。     

转基因植物中Bt Cry2Ab蛋白的抗原表位特征预测(英文)

[目的]通过生物信息学方法了解转基因作物中BtCry2Ab蛋白的二级结构、三级结构、B细胞抗原表位及T细胞抗原表位等结构特征,为今后的抗体设计奠定基础。[方法]以在NCBI数据库中获得Cry2Ab蛋白序列为材料,应用DNAStar中多种方法预测其B细胞表位,并通过在线预测软件NetMHCII2.2分析Cry2Ab蛋白与MHC-II类分子的结合能力从而预测其T细胞抗原表位。[结果]对Cry2Ab蛋白的B细胞抗原表位的预测表明,Cry2Ab蛋白的第208～215区域是潜在的B细胞抗原表位。对Cry2Ab蛋白与MHC-II类分子结合能力的分析表明,Cry2Ab蛋白的第177～185区域、299～307区域和255～263区域是潜在的T细胞抗原表位,暗示含有HLA-DRB10101和HLA-DRB10701等位基因的人群对Cry2Ab蛋白更敏感。[结论]该研究有助于深入了解Cry2Ab蛋白的生物学特征,为完善转基因食品过敏原性的评估方法提供新线索。     

转基因植物中Bt Cry2Ab蛋白的抗原表位特征预测

[目的]通过生物信息学方法了解转基因作物中Bt Cry2Ab蛋白的二级结构、三级结构、B细胞抗原表位及T细胞抗原表位等结构特征,为今后的抗体设计奠定基础。[方法]以在NCBI数据库中获得Cry2Ab蛋白序列为材料,应用DNAStar中的多种方法预测其B细胞表位,并通过在线预测软件NetMHCII 2.2分析Cry2Ab蛋白与MHC-II类分子的结合能力,从而预测其T细胞抗原表位。[结果]对Cry2Ab蛋白B细胞抗原表位的预测表明,Cry2Ab蛋白的第208～215区域是潜在的B细胞抗原表位;对Cry2Ab蛋白与MHC-II类分子结合能力的分析表明,Cry2Ab蛋白的第177～185区域、299～307区域和255～263区域是潜在的T细胞抗原表位,暗示含有HLA-DRB10101和HLA-DRB10701等位基因的人群对Cry2Ab蛋白更敏感。[结论]该研究有助于深入了解Cry2Ab蛋白的生物学特征,为完善转基因食品过敏原性的评估方法提供新线索。