鲮鱼微卫星标记的分离与鉴定

利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆.其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%).从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记.采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2～20,期望杂合度变动范围为0.261 5～0.950 0.本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础.     

磁珠富集法分离柿微卫星标记

【目的】分离柿属植物的微卫星标记,为柿种质资源的分类、进化等遗传研究奠定基础。【方法】提取磨盘柿(Diospyros kaki)基因组DNA后,用EcoRⅠ和MesⅠ2种内切酶酶切并连接接头,再用接头特异引物进行PCR扩增。扩增产物与生物素标记的(GA)15和(AC)15探针杂交,杂交复合物用链亲和素包裹磁珠进行结合,得到单链DNA目标片段,经PCR扩增,连接pGEM-T载体,转化入感受态大肠杆菌,得到微卫星富集小插入片段DNA文库。用Colony-PCR法筛选阳性克隆,进行测序分析。【结果】测序96个克隆,54个含微卫星序列,24个为有效微卫星序列,其中完美型(perfect)9个,占37.5%;非完美型(imperfect)7个,占29.2%;混合型(compound)8个,占33.3%(。GA)n重复最为常见。21条含微卫星序列已登录GenBank(Accession Number:EF567396~EF567416)。成功设计21对引物,经初步筛选,14对表现出多态性。【结论】试验方法分离柿基因组微卫星简便有效,得到的多态性引物可用于柿种质资源的遗传研究。     

乌鳢微卫星DNA分子标记的分离及筛选

利用磁珠富集法结合放射性同位素杂交方法分离乌鳢Ophiocephalus argus的微卫星分子标记,共获得阳性克隆1 200个,从中挑选466个进行测序,得到400个含有微卫星的序列（占86.6%）。结果表明：完美型微卫星座位325个,占76.11%;非完美型微卫星座位75个,占17.57%;复合型微卫星座位27个,占6.32%。在得到的微卫星序列中,重复单元除CAG/GTC外,还观察到二碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物139对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有27对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,19对引物在黑龙江群体、山东群体乌鳢的DNA样本中表现出多态性。     

乌鳢微卫星DNA分子标记的分离及筛选

利用磁珠富集法结合放射性同位素杂交方法分离乌鳢Ophiocephalus argus的微卫星分子标记,共获得阳性克隆1 200个,从中挑选466个进行测序,得到400个含有微卫星的序列(占86.6%)。结果表明:完美型微卫星座位325个,占76.11%;非完美型微卫星座位75个,占17.57%;复合型微卫星座位27个,占6.32%。在得到的微卫星序列中,重复单元除CAG/GTC外,还观察到二碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物139对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有27对引物可扩增出清晰可重复的目的条带,19对引物在黑龙江群体、山东群体乌鳢的DNA样本中表现出多态性。     

刺参微卫星DNA分子标记的分离及筛选

采用磁珠富集法分离刺参Apostichopus japonicus的微卫星分子标记,共获得阳性克隆123个,其中106个含微卫星DNA序列。分析结果表明:完美型有48个,占45.28%,非完美型有39个,占36.79%,复合型有19个,占17.92%;重复碱基数以双核苷酸重复最常见,占84.91%,双核苷酸中又以CA/GT重复所占比例最大;在重复次数方面,以重复数为3~10次、11~18次和≥35次最为常见,各占39.62%、26.42%和16.98%,重复数达100次以上的有5个,最多的达到148次,有28个微卫星序列微卫星含量丰富。筛选的22对引物中,可产生出扩增产物的有17对,其中16对引物的产物带在预测区域内出现;有7对引物在中国、俄罗斯刺参模板中表现出多态性。文中还对刺参微卫星的特点进行分析,对刺参微卫星引物的PCR筛选结果进行了探讨。     

大菱鲆微卫星标记的分离及其多态性位点检测

以生物素标记的（CA）12为探针进行杂交,借助磁珠筛选出含微卫星的Mbo I酶切片段,构建了大菱鲆Scophthalmus maximus微卫星富集文库,用同位素γ-^23P标记的探针（CA）12进行二次筛选,获得1600个阳性克隆,占59．3％。测序347个序列,得到335个（96．54％）含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位378个。完美型的微卫星序列有236个（62．4％）,非完美型的有121个（32．0％）,复合型的有21个（5．6％）,从所得序列中分离和鉴定了32对微卫星标记。利用31尾大菱鲆养殖个体评价微卫星位点,分析表明,10个位点具有多态性。不同位点等位基因数目为3～11不等,期望杂合度（He）和多态信息含量（PIC）变动范围分别为0．5061—0．8995和0．4133～0．8742。本研究中开发的微卫星多态性较高,将为大菱鲆养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。     

大菱鲆微卫星标记的分离及其多态性位点检测

以生物素标记的(CA)12为探针进行杂交,借助磁珠筛选出含微卫星的Mbo I酶切片段,构建了大菱鲆Scophthalmus maximus微卫星富集文库,用同位素γ-32P标记的探针(CA)12进行二次筛选,获得1600个阳性克隆,占59.3%。测序347个序列,得到335个(96.54%)含有微卫星序列的克隆,其中含有微卫星座位378个。完美型的微卫星序列有236个(62.4%),非完美型的有121个(32.0%),复合型的有21个(5.6%),从所得序列中分离和鉴定了32对微卫星标记。利用31尾大菱鲆养殖个体评价微卫星位点,分析表明,10个位点具有多态性。不同位点等位基因数目为3¹1不等,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)变动范围分别为0.506111不等,期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)变动范围分别为0.5061⁰.8995和0.41330.8995和0.4133⁰.8742。本研究中开发的微卫星多态性较高,将为大菱鲆养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。     

中华鳖微卫星座位的分离与鉴定

将生物素杂交法与放射性同位素杂交法相结合,从中华鳖Trionyx sinensis基因组中分离出含有GA／CT和CA／GT重复类型的微卫星分子标记。共获得931个阳性克隆,从中选取286个进行测序,得到273个（95．45％）含有微卫星的序列,其中70．34％的重复数在10以上,55．51％为完美型。除探针中使用的CA和GA重复单元外,还观察到GC、TGTGT的重复序列。设计获得242对微卫星引物,合成40对,并对中华鳖群体遗传背景进行分析,结果表明：8对引物表现为单态,6对引物扩增带不是目的带,4对引物无扩增条带,其余22对引物扩增出多态性条带;平均等位基因数为3．48个,观测杂合度为0．1667～0．9620,期望杂合度为0．1528～0．7222,多态信息含量为0．1411—0．6800,平均多态信息含量为0．4382,大部分标记适用于中华鳖群体的遗传研究。     

合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选

[目的]研究合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选。[方法]采用生物素标记的5个探针,用磁珠富集法构建合浦珠母贝基因组微卫星富集文库,并对文库进行筛选、测序与引物多态性筛选。[结果]对500个克隆进行PCR筛选,测序分析发现130个克隆含有微卫星重复单元。序列比对后最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆,其中包含179个微卫星DNA结构域。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在合浦珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物,其中8对在种群中（n=32）具有扩增多态性,其多态信息含量PIC值在0．239～0．787;等位基因数在2～9个;观测杂合度介于0．22～0．56;期望杂合度的变化范围为0．25～0．83。[结论]这研究为进一步开展合浦珠母贝的遗传分析提供了基础资料。     

用磁珠富集法制备史氏鲟的微卫星分子标记

采用生物素-磁珠富集法与放射性同位素杂交法相结合的方式,研究了史氏鲟Acipenser schrencki基因组的微卫星资源。结果表明:在得到的1 400多个细菌中,有300多个阳性克隆,将其中96个进行测序,在这些序列中共有115个微卫星核心序列,含99个重复次数大于10次的微卫星核心序列。其中完美型标记40个,占40.4%;非完美型标记52个,占52.5%;混合型标记共7个,占7.1%。随机选取侧翼序列较长的50个序列,依据引物设计原理设计引物50对,经3次PCR筛选,有28对引物可得到稳定的特异性扩增;同时利用史氏鲟的6个个体检验了这些位点的多态性,并统计了等位基因数,发现有22对等位基因具有良好的多态性。     

基于RNA-Seq技术的鲮转录组分析

为满足标记辅助育种的要求,通过454测序平台首次开展了鲮Cirrhina molitorella全鱼转录组深度测序,并用 Newbler 等软件进行数据精细分析。结果表明：共获得了1297479条 reads,总碱基数为486586191 bp,组装后得到19962条contigs,平均长度为1269 bp, N50为1509 bp。基因功能注释研究共获取了10577个特异蛋白,根据特异蛋白注释结果进行GO分析,有7314条contigs有GO注释,包含5381个特异蛋白;采用GO 功能分类工具可将已注释转录物序列划分为分子功能、生物途径和细胞成分3类,为下一步开展生长等性状相关基因功能验证研究提供丰富的序列资源;共鉴定出5931个具有完整的ORF的全长cDNA序列,并且鉴定出2438个微卫星和5014个SNP位点。本研究中,还建立了鲮转录组数据库和网站,方便同行随时调取数据,这为深入开展鲮分子标记辅助的遗传育种、种群遗传学和资源评估等研究提供了丰富的标记资源。     

基于RNA-Seq技术的鲮转录组分析

为满足标记辅助育种的要求,通过454测序平台首次开展了鲮Cirrhina molitorella全鱼转录组深度测序,并用Newbler等软件进行数据精细分析。结果表明:共获得了1 297 479条reads,总碱基数为486 586 191 bp,组装后得到19 962条contigs,平均长度为1269 bp,N50为1509 bp。基因功能注释研究共获取了10 577个特异蛋白,根据特异蛋白注释结果进行GO分析,有7314条contigs有GO注释,包含5381个特异蛋白;采用GO功能分类工具可将已注释转录物序列划分为分子功能、生物途径和细胞成分3类,为下一步开展生长等性状相关基因功能验证研究提供丰富的序列资源;共鉴定出5931个具有完整的ORF的全长c DNA序列,并且鉴定出2438个微卫星和5014个SNP位点。本研究中,还建立了鲮转录组数据库和网站,方便同行随时调取数据,这为深入开展鲮分子标记辅助的遗传育种、种群遗传学和资源评估等研究提供了丰富的标记资源。     

水库鲮和罗非鱼谷胱甘肽转移酶基因表达量与水中蓝藻含量的关系

采用荧光定量的方法对不同季节广州显岗水库鲮(Cirrhinus molitorella)和尼罗罗非鱼(Oreochro-mis niloticu)肝脏中去毒酶基因谷胱甘肽转移酶GST基因的表达情况,并结合不同季节鱼类摄入蓝藻量进行研究,旨在了解鱼体中GST基因的表达量与水体中蓝藻含量的内在联系。结果表明,4月份水库蓝藻暴发,也是鲮和尼罗罗非鱼摄食产毒蓝藻量最多的月份。GST基因的表达情况是:4月份鲮GST基因表达量比其他月份低,可能与鲮对有毒蓝藻的敏感性和耐受力有关,4月份尼罗罗非鱼GSTA及GSTR2表达量最高;其他月份,鲮GSTT表达量最高,而GSTK表达量较低,尼罗罗非鱼GSTA及GSTR2表达量相对较低。结果表明鲮GSTT在去毒过程中起重要作用,但作为环境检测的生物标记,仅适用于环境中藻毒素较低的情况。尼罗罗非鱼GSTA和GSTR2的表达量与食物中的产毒蓝藻生物量多少成正比,因此,尼罗罗非鱼GSTA及GSTR2可作为环境中藻毒素的生物标记,且尼罗罗非鱼可摄入大量有毒蓝藻,通过GST基因去除有毒蓝藻毒性,可用于生物控藻,改善水质。     

珠江鲮的形态变异及与人工繁殖群体的比较

对珠江野生鲮的形态变异进行了观察研究,同时将野生鲮与人工繁殖群体进行了比较。发现采集的珠江野生鲮中有两种不同颜色的类群:一个群体背部呈绿色,颜色较深,称为深色群体;一个群体背部呈黄色,颜色相对较浅,称为浅色群体;人工繁殖群体的体色与深色群体相近。在3龄鲮中,浅色群体与深色群体个体的平均体重具有显著差异(P<0.001),前者比后者高37.8%;在5龄鲮中,两个群体的个体平均体重差异不显著。根据11项可量数据转化来的9项特征参数,利用聚类分析、主成分分析和判别分析3种方法对野生鲮两个类群及养殖群体进行比较分析,得到基本一致的结果。结果显示:3个群体在形态上有一定的差异,其中野生群体中的浅色群体与养殖群体的差异较明显,表明珠江鲮已有一定的分化,外型的不同为开展鲮优良品系的选育研究提供了很好的形态标记。     

珠江鲮的形态变异及与人工繁殖群体的比较

对珠江野生鲮的形态变异进行了观察研究,同时将野生鲮与人工繁殖群体进行了比较。发现采集的珠江野生鲮中有两种不同颜色的类群:一个群体背部呈绿色,颜色较深,称为深色群体;一个群体背部呈黄色,颜色相对较浅,称为浅色群体;人工繁殖群体的体色与深色群体相近。在3龄鲮中,浅色群体与深色群体个体的平均体重具有显著差异(P<0.001),前者比后者高37.8%;在5龄鲮中,两个群体的个体平均体重差异不显著。根据11项可量数据转化来的9项特征参数,利用聚类分析、主成分分析和判别分析3种方法对野生鲮两个类群及养殖群体进行比较分析,得到基本一致的结果。结果显示:3个群体在形态上有一定的差异,其中野生群体中的浅色群体与养殖群体的差异较明显,表明珠江鲮已有一定的分化,外型的不同为开展鲮优良品系的选育研究提供了很好的形态标记。     

Relationship between GST gene expression of mud carp (Cirrhina molitorella ) and Nile tilapia (Oreochromis niloticus )and composition of algae in Xiangang Reservoir

采用荧光定量的方法对不同季节广州显岗水库鲮(Cirrhinus molitorella)和尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticu)肝脏中去毒酶基因谷胱甘肽转移酶GST基因的表达情况,并结合不同季节鱼类摄入蓝藻量进行研究,旨在了解鱼体中GST基因的表达量与水体中蓝藻含量的内在联系.结果表明,4月份水库蓝藻暴发,也是鲮和尼罗罗非鱼摄食产毒蓝藻量最多的月份.GST基因的表达情况是:4月份鲮GST基因表达量比其他月份低,可能与鲮对有毒蓝藻的敏感性和耐受力有关,4月份尼罗罗非鱼GSTA及GSTR2表达量最高;其他月份,鲮GSTT表达量最高,而GSTK表达量较低,尼罗罗非鱼GSTA及GSTR2表达量相对较低.结果表明鲮GSTT在去毒过程中起重要作用,但作为环境检测的生物标记,仅适用于环境中藻毒素较低的情况.尼罗罗非鱼GSTA和GSTR2的表达量与食物中的产毒蓝藻生物量多少成正比,因此,尼罗罗非鱼GSTA及GSTR2可作为环境中藻毒素的生物标记,且尼罗罗非鱼可摄入大量有毒蓝藻,通过GST基因去除有毒蓝藻毒性,可用于生物控藻,改善水质.