采用微卫星DNA标记分析巢湖鸭异地小群保种效果

本研究利用筛选后的12对荧光标记微卫星引物分析巢湖鸭原产地(庐江)与国家水禽种质资源基因库(泰州)2个群体的保种效果。检测判定了160个个体的基因型,通过计算2个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fi)s分析了巢湖鸭群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异。结果表明:基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著性差异(Pi=0.480>0.05);He和PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(PHe=0.209、PPIC=0.118);Fis显著高于原产地群体(PFis=0.022<0.05)。结果说明,基因库较好地保存了该品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,初步表明对巢湖鸭采取异地小群保种的方法是可行的。     

九个地方鹅种对饲料纤维利用能力的比较分析

为比较地方鹅种对纤维利用能力的种质差异,采集浙东白鹅、马岗鹅、武冈铜鹅、豁眼鹅、狮头鹅、皖西白鹅、乌鬃鹅、太湖鹅、溆浦鹅9个地方鹅种样品进行范式纤维洗涤法分析。地方鹅种对纤维的代谢率结果:酸性洗涤纤维(ADF)为0~36.14%,木质素(ADL)为21.98%~47.94%,纤维素为0~46.52%,中性洗涤纤维(NDF)为24.11%~43.45%,半纤维素(ADS)为33.67%~66.41%。其中:太湖鹅对ADF代谢率为(36.14±8.10)%,较其他品种存在显著差异(P0.05),浙东白鹅与溆浦鹅对纤维素的代谢率接近分别为17.3%、12.3%,较其他鹅种差异显著(P0.05)。马岗鹅对ADL、NDF、CF的代谢率最高,分别达到47.9%、43.5%、38.23%,与浙东白鹅、皖西白鹅相比显著差异(P0.05)。狮头鹅对ADS利用能力最强,为66.41%,分别高出皖西白鹅、浙东白鹅37%、33%(P0.05)。     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究。结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst达到极显著水平(P<0.01)。鹅群体内近交系数(Fis)均为负值。各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430)。结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致。     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究.结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst 达到极显著水平(P<0.01).鹅群体内近交系数(Fis)均为负值.各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430).结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致.     

鹅Pit-1基因部分序列多态性分析

根据鸡Pit-1 mRNA和基因组序列设计1对引物,以籽鹅、狮头鹅、皖西白鹅、四季鹅、浙东白鹅和朗德鹅6个群体的DNA为模板,扩增鹅Pit-1基因的部分片段。结果发现该片段存在2个插入/缺失突变,共出现3种基因型,分别为AA、AB和BB;与AA基因型相比,BB基因型分别在扩增片段的132和145 bp后插入3和13 bp。所有群体在该突变位点上的等位基因频率均处于哈代-温伯格平衡状态（P〉0.05）;朗德鹅群体基因型分布与其他5个鹅群体均存在极显著差异（P〈0.01）;籽鹅和狮头鹅群体内基因型的分布与其他3个鹅群体存在显著差异（P〈0.05）。在狮头鹅和朗德鹅群体内,等位基因A为优势等位基因,而在皖西白鹅、四季鹅和浙东白鹅群体内等位基因B为优势等位基因。     

不同品种鹅种蛋孵化效率分析

为研究不同品种鹅种蛋特性与孵化率之间的关系,试验收集卡洛斯鹅、皖西白鹅及籽鹅三个品种母鹅所产种蛋共841枚作为试验材料,并对蛋形指数及相关指标进行测定和统计分析。结果表明:品种、产蛋率、蛋重、受精率对孵化率等指标均有影响,其中籽鹅的产蛋率、受精率以及孵化率显著高于卡洛斯鹅和皖西白鹅(P0.05);卡洛斯鹅的平均蛋重及出雏体重均显著高于皖西白鹅与籽鹅(P0.05);三个品种鹅种蛋蛋形指数无明显差异(P0.05)。     

八个鹅品种血液生化指标的比较研究

为比较相同环境下不同鹅种间血液生化代谢特点的种质差异,在国家水禽种质资源基因库(江苏泰州)内随机抽取成年同月龄健康的豁眼鹅、乌鬃鹅、太湖鹅、浙东白鹅、武冈铜鹅、皖西白鹅、莱茵鹅、朗德鹅8个鹅品种各20只,进行15项血液指标的测定与比较分析.结果表明,8个鹩种间总蛋白、白蛋白、低密度脂蛋白胆固醇、钠离子、氯离子指标无显著差异(P＞0.05);球蛋白、白球比、高密度脂蛋白胆固醇指标存在显著差异(P＜0.05).豁眼鹅尿素氮指标极显著低于莱茵鹅(P＜0.01),表明其蛋白质沉积能力最强.朗德鹅TG则极显著高于皖西白鹅、豁眼鹅(P＜0.01),显示它具有很强的脂肪沉积能力.另外,不同品种间谷草转氨酶、谷丙转氨酶、总胆固醇、钾离子、钙离子亦存在极显著差异(P＜0.01).     

鹅生长激素基因内含子2多态性分析

利用PCR-SSCP方法对籽鹅、皖西白鹅、浙东白鹅和狮头鹅4个地方鹅种进行了单核苷酸多态性分析,共检测到4个突变位,最,即360处A／G、474处C／G、551处T／C和554处C／T,产生EE、EF和FFS三种基因型。Х^2检验结果表明：4个鹅种均处于Hardy—Wenberg平衡状态（P〉0．05）,籽鹅基因型频率的分布与浙东白鹅差异显著（P〈0．05）,与狮头鹅差异极显著（P〈0．01）,皖西白鹅基因型频率的分布与狮头鹅差异显著（P〈0．05）。     

基于微卫星分子标记评估广西东兰乌鸡异地保种效果

为了探讨广西东兰乌鸡异地小群体保种的效果,本研究利用21对荧光标记微卫星引物对广西东兰乌鸡原产地和广西壮族自治区畜牧研究所保种场(异地)群体的群体有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei′s期望杂合度和多态信息含量(PIC)进行了分析。结果显示:广西乌鸡原产地保种群体Ne、Ho、He、Nei′s期望杂合度和PIC分别为3.7784、0.6685、0.7004、0.6931和0.6468,异地保种群体的相应各指数分别为3.4046、0.6553、0.678、0.6692和0.6202。所有指数在原产地和异地群体中差异均不显著(P0.05)。研究提示广西地方鸡品种采取异地小群体保种的方法是可行的。     

太湖鹅繁殖性能与肉质特性研究

为挖掘和利用太湖鹅遗传资源,利用太湖保种场核心群对太湖鹅的繁殖性能进行测定,在相同饲养管理条件下比较太湖鹅与四川白鹅、皖西白鹅、豁眼鹅、扬州鹅的肉质特性差异。结果表明:太湖鹅3%开产日龄188d,66周入舍母鹅产蛋76.3个,52周龄蛋重142.7g,种蛋受精率91.2%,受精蛋孵化率90.1%;太湖鹅胸肌肉水分含量与四川白鹅差异显著(P<0.05),与其它品种差异不显著,太湖鹅胸肌剪切力、肉色、系水力、pH值、粗蛋白和粗脂肪含量与其它品种间差异均不显著;太湖鹅肌纤维密度显著大于四川白鹅、豁眼鹅和扬州鹅(P<0.05),但显著小于皖西白鹅(P<0.05);太湖鹅肌纤维直径显著小于其它品种(P<0.05)。研究表明,太湖鹅经过进一步选育可以作为优质肉鹅配套系的理想母本。     

江西地方家鹅资源遗传结构及遗传分化研究

利用25对微卫星标记研究了江西4个家鹩资源群体(莲花白鹅、兴国灰鹅、广丰白翎鹅和丰城灰鹅)的遗传结构及遗传分化,通过计算F-统计量、基因分化系数和基因流等参数,评估了各群体间遗传结构与分化.结果表明:4个鹅群体间存在较大的遗传分化,20.7%的遗传变异来自于群体间的差异.就全群而言,基因分化系数(GST)为0.1667.莲花白鹅与兴国灰鹅之间的基因流(Nm=1.1802)最大,广丰白翎鹅与丰城灰鹅的基因流(Nm=0.8577)最小.莲花白鹅与兴国灰鹅Ds遗传距离(0.2036)最近,广丰白翎鹅与兴国灰鹅的DS遗传距离(0.2935)最远.基于DS遗传距离采用NJ聚类法构建系统树,4个家鹅资源被划分为2大类.分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,江西地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在明显关联.     

中国小型鹅种的遗传多样性分析

采用微卫星标记技术对我国13个小型家鹅群体(莲花白鹅、永康灰鹅、太湖鹅、闽北白鹅、长乐鹅、乌棕鹅、阳江鹅、酃县白鹅、右江鹅、籽鹅、百子鹅、豁眼鹅、伊犁鹅)的遗传多样性进行了分析。结果表明:13个品种的平均杂合度都较高,平均杂合度最高的为太湖鹅,最低的为豁眼鹅,杂合度范围为0.5041~0.7145,13个鹅种资源群体平的均杂合度为0.6132,反映了各鹅种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将13个中型鹅种聚为三大类,NJ的聚类结果分析与几个鹅品种的地域分布和经济用途的关系并不密切。     

四川盆地6个地方鸡群体遗传关系研究

随着交通便利与市场化杂交利用,我国地方鸡遗传资源面临血液混杂、品种来源和品种间的遗传关系不清晰的问题。为了给第三次全国畜禽遗传资源普查工作提供依据。本研究对位于中国大巴山脉和乌蒙山区的6个地方鸡群体（每个群体公、母各10只）共118个个体进行了简化基因组GBS测序,分析了核酸多态性（Pi）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、遗传分化（Fst）、遗传距离（DR）和基因流（Nm）等指标。研究发现,岩水鸡黑羽群体的遗传多样性较低（He=0.154;PIC=0.125）,大宁河鸡遗传多样性最为丰富（He=0.197,PIC=0.162）。城口山地鸡和大宁河鸡之间的遗传分化最低（Fst=0.053）,基因流最高（Nm=4.50）,丰岩乌骨鸡和岩水鸡黑羽群体之间的遗传分化最高（Fst=0.183）,对应的基因流最低（Nm=1.12）。系统发生树和主成分分析显示,岩水鸡白羽群体和黑羽群体聚为一类,城口山地鸡、大宁河鸡和旧院黑鸡聚为一类,丰岩乌骨鸡单独为一类。Structure分析表明,城口山地鸡与岩水鸡白羽群体血缘混杂。本研究探明了邻近区域地方品种的遗传关系,位于乌蒙山区的丰岩乌骨鸡与大巴山脉的旧院黑鸡、城口山地鸡、大宁河鸡、岩水鸡黑羽和白羽具有较远的遗传距离。本研究为地方品种的保护和开发利用提供了依据。     

5个白鹅群体的遗传结构和进化分析

应用微卫星标记对我国5个白鹅品种资源群体(太湖鹅、四川白鹅、织金白鹅、伊犁鹅、皖西白鹅)的遗传结构和进化进行了研究。结果表明:(1)5个白鹅群体的平均杂合度都较高,反映了各鹅种群体内的遗传变异较大,各鹅种的适应性较强;(2)通过计算DS遗传距离和UPG-MA聚类,发现5个白鹅群体间的遗传距离较远,分化时间较长,5个白鹅群体分别独自为一类,聚类结果反映了5个鹅品种的进化与它们的选育历史及地理分布关系密切。应加强对我国现有鹅种资源的保护力度和开发力度。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

利用微卫星标记分析伊犁鹅的保种效果

为分析某保种场伊犁鹅的保种效果,本研究利用9个微卫星标记对新疆伊犁鹅3个世代（0世代、1世代、2世代）的遗传多样性进行检测。试验以3个世代伊犁鹅血液为样本,使用苯酚-氯仿抽提法提取DNA,随后进行12%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测、银染法显色及判型。结果表明,9个微卫星位点在伊犁鹅的3个世代中共检测到78个等位基因,0世代、1世代和2世代均检测到26个等位基因;3个世代的平均期望杂合度（He）分别为0.4322、0.4232和0.4516;平均多态信息含量（PIC）分别为0.3751、0.3707和0.3936,表明伊犁鹅的3个世代均处于中度多态,遗传变异处于中等水平,且3个世代间平均期望杂合度和平均多态信息含量均差异不显著（P>0.05）;3个世代的遗传距离分别为0.0097、0.0184和0.0074。综合来看,伊犁鹅具有较丰富的遗传多样性,且该保种场目前所采用的保种方法较好地保存了伊犁鹅原有的遗传多样性。     

利用微卫星标记对宁强矮马和蒙古马遗传多样性的研究

通过8个微卫星位点的多态性检测对宁强矮马和蒙古马共83个个体进行了遗传多样性分析。计算各微卫星位点的等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、杂合度(H)和F统计量。结果表明:8个微卫星座位中HMS2变异最大,HTG6变异最小;蒙古马的Ne、PIC、H的平均值均高于宁强马;总群体的平均遗传分化系数Fst为0.017(P<0.01),群体内近交系数Fis为0.171(P<0.01)。说明蒙古马和宁强矮马虽外形和性能上有很大差异,但在品种形成和进化上有着较近的遗传关系。     

浙江省本地及引进鹅种遗传多样性研究

本研究利用PCR和DNA克隆测序技术扩增并分析了浙江省5个地方鹅种和1个引进家鹅品种96个个体的线粒体DNA D环区(D-loop)全序列。结果表明:浙江省境内的家鹅线粒体DNA D-loop全序长为1 166～1 179 bp,共发现89个变异位点,定义了36种单倍型,群体总核苷酸多样度达到了0.007 25,单倍型多样度为0.862,说明鹅群的遗传资源较为丰富,其中磐石灰鹅的遗传多样性最丰富,朗德鹅的遗传多样性最匮乏,而且没有发现朗德鹅与其他本地鹅种之间的显著差异。同时,个体聚类图中同品种内的个体没有聚在一起,说明浙江省鹅品种的母系来源比较混杂,品种选育偏重于父系,应同时结合基因组水平对其遗传结构进行分析。