北京鸭Ⅰ型干扰素基因分子克隆与序列分析

为了进行北京鸭重组干扰素（IFN）类生物制剂的研究,根据现有鸭Ⅰ型IFN基因设计了引物对,用PCR克隆了我国标准品种北京鸭INF基因,定名为BDIFN－α开放框架（ORF）由576个核苷酸构成,编码191个氨基酸。BDIFN－α与鸭Ⅰ型IFN基因核苷酸同同源性为99．8％,在390位存在点变异,但在氨基酸水平完全一致。BDIFN－α氨基酸与鸡Ⅰ型IFN同源性在50．5％－51％,与狗、猪等哺乳类Ⅰ型和Ⅱ型IFN比较同源性低于39％,结果揭示了BDIFN－α为鸭类干扰素基因进化的一分枝。     

麻鸭α干扰素基因的克隆与序列分析

根据GenBank文献，应用Oligo6．0分析软件设计合成了用于扩增鸭Ⅰ型干扰素（α—IFN）基因的2对引物。以麻鸭肝脏提取的基因组DNA为模板，采用Nest—PCR方法扩增获得了约600bp片段，经T载体克隆和测序分析证实，是麻鸭Ⅰ型干扰素基因（SDIFN—α）。生物信息学分析表明，SDIFN—α的开放阅读框架（ORF）由576个核苷酸所组成，预测蛋白质相对分子质量为21640，编码191个氨基酸。其中前28个氨基酸可能是信号肽部分，切割位点在28号氨基酸A和29号氨基酸S之间，序列中无内含子。成熟的多肽中含8个半胱氨酸和2个糖基化位点，2个蛋白激酶C磷酸化位点（protein kinase C phosphorylation site）和2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点（casein kinase Ⅱ phosphorylation site）。SDIFN—α与鸭α—IFN基因核苷酸同源性为99．3％。有4个碱基的差异；与北京鸭α—IFN基因的核苷酸同源性为99．1％，氨基酸同源性为98．96％；与鸡α—IFN的核苷酸同源性为71．8％。与鹅、狗、牛、马和人的α—IFN基因的核苷酸同源性分别为96．0％、45．8％、45．5％、44．6％和41．7％。遗传进化分析结果表明，IFN—α的这些同源性与其动物分类地位相一致。     

鸡Ⅱ型干扰素存在亚型

采用RT－PCR法从惠阳胡须鸡克隆了Ⅱ型干扰素基因（ChIFNγ2)。ChIFNγ2是含19个氨基酸的信号肽和145个氨基酸的成熟蛋白，与已报道的鸡Ⅱ型干扰素基因（ChIFNγ)长度一致，核苷酸和氨基酸同源性分别为97％和92．7％；有12处氨基酸发生点变异。ChIFNγ2与禽类IFNγ和哺乳动物IFNγ在氨基酸水平上同源性分别为62．2％－92．7％和26．5％－31．8％。1980年国际干扰素命名委员会建议，在一特定的干扰素型别内，氨基酸序列或组成方面有差异时可确定为亚型。根据这些规定，惠阳胡须鸡ChIFNγ2可被定为一种新亚型的鸡Ⅱ型干扰素。即Ⅱ型干扰素中存在亚型。     

鸡的起源与文化

一家鸡的祖先 家鸡的祖先为红色原鸡，是鸡形目鸟类。动物学家普遍认为我国的鸡种起源于迄今还栖息在我国境内的红色原鸡的两个亚种，即云南省西南部与怒江一带的滇南鸡和在广西壮族自治区与海南省的海南原鸡，后者国外学者称之为北部湾原鸡。据考古发掘，我国黄河流域的磁山文化遗址中发现了经鉴定认为“很可能是驯养的早期家鸡”的骨骸，表明我国家鸡的驯养在7500年前就开始了。     

鸡Apo VLDLⅡ基因内含子Ⅰ的多态性研究

本研究根据鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ的基因序列设计3对引物,分别采用PCR-RFLP、PCR-SSCP技术对文昌鸡、如皋黄鸡、丝羽乌骨鸡、安卡肉鸡及红色原鸡5个鸡种进行多态性研究。结果表明,鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ存在4处突变,分别为:1950处G/A、2522处A/C、2705处A/C及2793处C/T。统计结果显示:安卡肉鸡基因型频率的分布与如皋黄鸡、红色原鸡存在显著差异,文昌鸡基因型频率的分布与乌骨鸡差异不显著,除安卡肉鸡外所有鸡种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究中国家鸡和红色原鸡的遗传多态性与系统进化。测定14个中国地方鸡种和红色原鸡2个亚种的256个个体线粒体DNA控制区部分序列约560bp,结果表明,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25．∞％、37．40％、4．40％和33．20％。共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7．86％,没有观测到插入／缺失,颠换和转换之比为0．13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型;16个群体内单倍型多样度从0到0．964,单倍型变异度总体为0．909±0．014,整体的平均核苷酸差异数为7．276,核苷酸多样度为1．851％。群体间核苷酸分歧度（Dxy）在0．747％～3．125％之间变化,核苷酸净遗传距离（Da）为0．015％～2．633％。16个群体表现出较高水平的遗传多态性,群体间表现出显著的遗传分化。群体遗传多态性和亲缘关系分析表明,一些中国家鸡的群体（如固始鸡和仙居鸡）起源于泰国红色原鸡Gallus gallu sgallus亚种,一些中国家鸡的群体（如茶花鸡和藏鸡等）起源于中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种,在一些中国地方鸡种还同时具有这2种红色原鸡的遗传贡献;认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的。     

鸡干扰素α1及胸腺肽α1融合蛋白原核表达系统的建立

根据GenBank已发表的鸡干扰素α1(IFNα1)基因序列,设计1对特异性引物,采用PCR方法,从鸡基因组中扩增出鸡IFNα1基因.根据胸腺肽α1(THYα1)氨基酸序列,选用大肠杆菌偏爱密码子,设计基因序列,同时在IFNα1-THYα1之间设计1个5肽Linker.在IFNα1基因结构基础上,设计4条寡核苷酸单链作为下游引物,以搭桥的方式延伸和扩增,最终获得IFNα1-THYα1融合基因;将该基因克隆至pGEX4T-1栽体后,转化至BL21(DE3)受体茵中,37℃培养至茵液D600为0.6～1.0时,IPTG(1.0 mmol/L)诱导培养4 h;经western blor鉴定证实,成功构建了鸡干扰素al及胸腺肽d1融合蛋白原核表达系统,表达产物以包涵体形式存在,获得高纯度的IFNα1-THYα1蛋白.以细胞病变抑制试验及E玫瑰花结形成试验对目的蛋白进行体外活性检测,结果显示该蛋白具有生物活性.     

鸡形目黑素皮质素受体1基因多态性研究

为了对已知的鸡形目禽类黑素皮质素受体1(MC1R)基因进行生物信息学和分子进化分析,根据已发表的12种鸡形目物种MC1R基因序列(包括棕色来航鸡、红色原鸡、土佐本地鸡、日系乌骨鸡、白色来航鸡、日本鹌鹑、火鸡、蓝胸鹑、珠鸡、朝鲜鹌鹑、河北柴鸡和略阳乌鸡),利用多种生物学软件进行遗传多态性研究。结果显示:12种鸡形目物种MC1R基因编码区碱基序列同源性和氨基酸序列同源性均较高(分别为98.84%,98.91%),蛋白质二级结构相似度极高,以α构螺旋为主(57.32%⁶7.83%),无规则卷曲次之(25.80%67.83%),无规则卷曲次之(25.80%²9.62%),β-折叠最少(6.05%29.62%),β-折叠最少(6.05%¹5.61%)。红色原鸡、土佐本地鸡和棕色来航鸡的二级结构组成相同,其中红色原鸡和土佐本地鸡的碱基CDS序列完全相同。分子进化分析发现,12个鸡形目物种可以明显地分为A、B、C 3个类群,火鸡、珠鸡、鹌鹑、蓝胸鹑、棕色来航鸡、红色原鸡和土佐本地鸡聚为A群;河北柴鸡、朝鲜鹌鹑和日系乌骨鸡聚为B群;白色来航鸡和略阳乌鸡聚为C群。火鸡较其他鸡形目起源较早,棕色来航鸡,白色来航鸡和略阳乌鸡起源较迟。但聚类结果中白色来航鸡和棕色来航鸡却属于不同类群,这可能是由于MC1R基因参与家禽羽色的调控,而白色来航鸡和棕色来航鸡羽毛色素存在明显差异,从而造成了二者在鸡形目MC1R基因分子进化树中的遗传距离较远。     

鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究

研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

蛋鸡α-干扰素基因的克隆及其在大肠杆菌中的高效表达与复性研究

根据GenBank中鸡IFN—α序列设计引物对，利用PCR技术克隆并测定了莱航鸡（SPY）的IFN-α基因，命名ChIFN-S1，与GenBank中IFN-α比较，ORF长度均为582个核苷酸，其成熟肽包含162个氨基酸，相互间同源性在98．8％-99．8％。将其成熟肽基因序列克隆入pQE30表达载体后，通过ITPG诱导，收集菌体高压破碎后提取包涵体并进行初步纯化，利用胱氨酸．半胱氨酸再氧化还原法对纯化后的变性液进行分段稀释法复性。细胞病变抑制法（CEF-VSV为检测系统）测定复性液的抗病毒比活性高达10^9U／mg以上．     

世界肉鸡生产现状与发展趋势

<正>1世界肉鸡生产现状1.1肉鸡的起源、驯化与分类家鸡（G. G. domesticus）主要源自红色原鸡种中的中国原鸡亚种（G. G. Spadiceus），也叫滇南原鸡（G. g. spadiceus），于公元前约6 000年驯化，驯化中心位于东南亚。红色原鸡共有5个亚种，分别为泰国原鸡（G. g. gallus）、印度原鸡（G.g.murghi）、滇南原鸡（G. g. spadiceus）、印尼原鸡（G. g. bankiva）和海南原鸡（G. g. jabouillei）。根据最新资料统计，全世界的鸡共有1 437个地方品种，其中中国有115个。     

珍珠鸡与家鸡杂交性状遗传观察

<正> 珍珠鸡在分类上属珠鸡科(Numididae),学名为Numida meleagris,珠鸡科禽类有五个属,家养珍珠鸡是珠鸡属(NU-mida)的四个种之一,起源于非洲西部.家鸡在分类上则属原鸡科原鸡属(GalluSlinnaeus)的红色原鸡种(Gallus banki-va),起源于我国南部和印度北部,两者亲     

重庆地方品种鸡母系起源研究

为了研究重庆地方品种鸡母系起源,试验采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法,测定了重庆3个地方品种鸡线粒体DNA(mtDNA)控制区的部分序列,分析了其遗传变异。结果表明:共得到591 bp的mtDNA序列,腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)4种核苷酸的平均比例分别为26.88%、29.54%、14.08%、29.50%;共发现16个变异位点,约占分析位点总数的2.71%,颠换和转换之比为0.067,没有观测到插入/缺失;共检测到6种单倍型,单倍型多样性为(0.762±0.141),核苷酸多样性为(0.005 5±0.003 5);与分布在老挝、云南等地的3个红色原鸡大陆亚种(原鸡亚种、原鸡海南亚种、原鸡滇南亚种)比较,共发现35个变异位点,17种单倍型;根据NJ无根系统发生树及MJ网络图分析,共划分为4个单倍型类群,重庆3个地方品种鸡的单倍型主要分布在分支Ⅰ和Ⅳ中,说明它们很可能起源于红色原鸡的大陆亚种。     

北京鸭Ⅱ型干扰素基因分子克隆与序列分析

应用反转录－聚合酶链反应（RT－PCR）技术，从伴刀豆球蛋白A（ConA)刺激培养的北京鸭脾淋巴细胞提取的总RNA中扩增得到北京鸭Ⅱ型干扰素（IFN－γ）基因（DuIFN-γ2）。序列分析表明，DuIFN-γ2基因长度与报道的鸭IFN－γ基因（AF087134）长度一致，为497个核苷酸，共编码145个氨基酸的成熟蛋白，推测其分子量约17ku。两者核苷酸水平的同源性为99．6％，有2个位置发生非同义变异，其氨基酸序列的同源性为98．6％；与其他禽类同源性为67．0％－68．0％，与人的同源性为34．4％。     

静宁鸡PPARα基因克隆及生物信息学分析

为了研究PPARα基因对禽类肉质的影响,以静宁鸡为对象,提取了脾脏总RNA,并反转录成cDNA,PCR克隆PPARα基因并测序,最后再利用生物信息学对测序结果进行分析。凝胶电泳结果显示,在870 bp附近得到一条清晰的特异条带,与PPARα基因的测序结果一致,利用MEGA7.0.26软件建立进化树得出静宁鸡与原鸡的同源性为99%,为进一步研究PPARα基因在静宁鸡脂肪代谢中的作用提供了部分数据,并为PPARα基因在禽类上的表达提供一定的理论依据。     

鸡lmbr1部分内含子的克隆及其单核苷酸多态性

以丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡的基因组DNA为模板,采用PCR产物直接测序的方法进行鸡lmbr1基因部分内含子的克隆、单核苷酸多态性检测。结果表明,试验克隆了鸡lmbr1基因的10～14及16内含子序列,共计4 610 kb,从丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡中检测到67个单核苷酸多态位点（SNPs）。将提交序列与NCBI上公布的红色原鸡基因组序列比较,在这6个内含子内发现40个变异位点,其中20个为新的SNPs。基因组结构分析表明,鸡lmbr1基因约60 kb,为人类lmbr1基因的28%,内含子外显子的剪接方式符合GT-AG法则。     

新兴猪IFN-α成熟蛋白基因的克隆与序列分析

根据NCBI GenBank上登录的猪IFN—α基因序列设计了1对引物，应用PCR技术直接从3周龄新兴猪肝细胞中扩增出了约500bp的基因片段；将该片段克隆到pMD 18-T载体，经PCR、酶切及序列测定，该克隆片段由501个核苷酸组成，共编码166个氨基酸，与NCBI GenBank上登录的2个猪IFN—α基因序列(登录号为M28623和X57191)比较，核苷酸的同源性分别为99．4％和99．2％。     

海南原鸡CDC42 cDNA的克隆及其生物信息学分析

以海南原鸡外周血白细胞总RNA为模板,利用RT-PCR技术,扩增海南原鸡细胞分裂周期蛋白42(Cell division cycle 42,CDC42)编码区,将扩增产物与pMDTM20T载体连接,重组质粒鉴定正确后,进行序列特征、同源性、编码蛋白质理化性质及结构预测等生物信息学分析.结果表明,海南原鸡CDC42的CDS序列长度为576 bp,编码191个氨基酸;与鸡、人、牛、褐家鼠、斑马鱼的核苷酸序列同源性分别为100％、88.54％、88.19％、86.98％、82.12％;该基因编码的蛋白质相对分子质量约为21 259,理论等电点为6.16;编码蛋白为非跨膜蛋白,在其二级结构中,α-螺旋占27.23％,β-折叠占25.65％,无规卷曲占47.12％.     

安集延鸡mtDNA D-loop遗传多样性及系统进化研究

本研究通过分析mtDNA,对安集延鸡的母系遗传多样性和母系来源进行调查。随机采集了29个安集延鸡DNA样品,测定了D-loop区1231bp序列。结果显示,共检测到30个多态位点和10个单倍体型,在859bp位置发现一个插入/缺失变异,此变异在安集延鸡中的分布频率为51.72%;单倍体型多样度和核苷酸多样度适中,分别为0.776和0.00614;Tajima′D检验和Fuli′D检验值分别为-0.0041和-0.0192;遗传距离与红色原鸡最近,为0.007;Network结构图显示安集延鸡群体分为五大世系,可划分到家鸡世系的A、B、C、D和E分支中;世系D所占比例最高为45%,据以往报道,D型世系中分布的大部分为红色原鸡和斗鸡,结果表明安集延鸡母系大部分来源于红色原鸡和斗鸡,并且也掺入一些家鸡母系,为多母系构成的群体。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控镀区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D—loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13．6％、43．2％、4．3％和38．9％,A＋T含量高于G＋C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0．13,没有观测到插入／缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0．250和0．695,平均核苷酸差异数分别为3．750和10．833,核苷酸多样度分别为0．954％和2．757％。泰国红色原鸡中性检验的Tajima＇s D值为-1．800（P〈O．05）,不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度（Dxy）为2．847％,核苷酸净遗传距离（Da）为0．991％。序列群体间的方差组分（Va）占总变异的47．31％,Fst=0．473,差异极显著（P〈0．01）;群体间mtDNAD—loop Rf值也差异显著（P=0．035）。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。