16种商品海参16S rRNA的PCR-RFLP鉴定方法

基于570 by左右的线粒体16S rRNA基因片段,利用3种核酸内切酶(Dde I,Hae III和Sty I)对16种海参PCR产物进行酶切,分别产生10种、5种和5种单倍型,通过单倍型的组合,即能有效区分16种海参的种类.运用此方法对19种商品海参(包括冻品和干品)进行鉴定,结果表明,9种产品属于错误贴标.本研究建立的PCR-RFLP方法方便、有效,可靠,可为海参产品评估、进出口种类鉴定提供实用高效的方法.本研究旨在为市场海参产品贴标情况的评估提供技术支撑.     

珍珠贝基于16S rRNA基因序列的亲缘关系研究

利用PCR技术分别扩增合浦珠母贝（Pinctada fucata）、长耳珠母贝（P.chemnitzi）和企鹅珍珠贝（Pteria penguin）的16S rRNA基因片段,PCR产物直接测序,删去引物及部分端部序列后,得到439bp可供分析的核苷酸片段,用MEGA3．1软件分析了核苷酸差异。结果表明,合浦珠母贝种内个体间序列完全相同,长耳珠母贝种内个体间有2个颠换（Transversion）突变位点,而企鹅珍珠贝种内个体间有1个转换（Transision）突变位点,5个颠换（Transversion）突变位点。与GenBank数据库中其他9种珍珠贝的序列进行比较,得到464个同源比对位点,包括51个插入／缺失位点和231个变异位点（173个简约信息位点和53个单突变子）。合浦珠母贝与长耳珠母贝的同源性为83．2％,合浦珠母贝、长耳珠母贝与企鹅珍珠贝的同源性分别为55．4％和59％。NJ系统进化树表明合浦珠母贝和长耳珠母贝与珠母贝属的种类聚在一起,而企鹅珍珠贝与珍珠贝属的种类聚在一起,与形态学分类一致。     

中国沿海鳓不同地理群体 16S rRNA基因的遗传变异分析

为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。     

16S rRNA检测技术及其在水产增养殖中的应用

16S rRNA;微生物;检测;水产     

发病鲆鲽类分离菌株的16S rRNA基因测序分析

细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999~2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBank核酸序列数据库进行相似度比对分析,结果显示,有83株与弧菌属(Vibriosp.)细菌相似度最高,11株与气单胞菌属(Aeromonas sp.)细菌相似度最高,4株与爱德华氏菌属(Edwardsiella sp.)细菌相似度最高,26株为其他15种属的细菌。根据系统发育学分析结果,进一步将66株菌鉴定为16个种,优势种为溶藻弧菌(V.alginolyticus)、哈氏弧菌(V.harveyi)、鳗弧菌(V.anguillarum)、杀鲑气单胞菌(A.salmonicida)和迟缓爱德华氏菌(E.tarda)。选择其中的9株鳗弧菌和4株迟缓爱德华氏菌进行人工感染实验,结果显示,其中7株鳗弧菌和3株迟缓爱德华氏菌对大菱鲆(Scophthalmus maximus)有较强的致病性。研究结果可为阐明中国海水养殖鲆鲽类的流行病发生历史、病原种类、病原监测及疾病控制提供重要参考。     

条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析

采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。     

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16S rRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。     

COⅠ和16S rRNA基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的应用

针对裂腹鱼种类繁多、种间形态学差异不明显的特点,利用分子标记对高原裂腹鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。对采集的60尾高原裂腹鱼进行了COⅠ和16S rRNA基因的部分序列测定,并通过GenBank数据库进行鱼种鉴定;运用邻接法（NJ）构建系统发育树,对实验鱼进行群系划分;通过DNASP软件分析比较实验鱼COⅠ和16S rRNA基因的序列变异;依据MEGA 6.0的Kimura-2-parameter模型计算实验鱼的种内遗传距离和种间遗传距离,并对COⅠ和16S rRNA基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的适用性进行探讨。结果表明,采集的样本包含3属、5种裂腹鱼,分别为尖裸鲤属的尖裸鲤（Oxygymnocypris stewartii）、裸鲤属的软刺裸鲤（Gymnocypris dobula）、裂腹鱼属的拉萨裂腹鱼（Schizothorax waltoni）、巨须裂腹鱼（Schizothorax macropogon）和异齿裂腹鱼（Schizothorax oconnori）。在COⅠ基因构建的系统发育树中,5种高原裂腹鱼均形成独立的一支,而16S rRNA基因不能准确地对裂腹鱼属的3个鱼种实现区分。研究显示,5种高原裂腹鱼COⅠ基因核苷酸的变异水平（Pi）和单倍型多样性指数（Hd）均高于16S rRNA基因;COⅠ基因计算得到实验鱼种间遗传距离和种内遗传距离平均值分别为0.025和0.002,种内和种间的最大遗传差异约为13倍;16S rRNA基因得出结果为0.026和0.005,而种内和种间的最大遗传差异约为6倍。综合COⅠ和16S rRNA基因能有效鉴定高原裂腹鱼物种,而在单个基因的选择上,COⅠ基因具有更高的适用性。     

基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

为了确定线粒体16S rRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,采用16S rRNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S rRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量,第3密码子位点G+C含量最高,其平均值为51.1%,变化范围为49.8%~53.2%。全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45。依据Maximum Composite Likelihood模型,得出11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼(Scartelaos histiophorus)和大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus lacepedii)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S rRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。     

齐尔白鲑源嗜麦芽寡养单胞菌分离及16S rRNA基因鉴定

从发病齐尔白鲑(Coregonus nasus Pallas)的肾脏组织中分离到了1株优势菌QEBG-001,将分离纯化的菌株进行形态、生理生化特征研究和16S rRNA基因鉴定分析。结果显示,QEBG-001菌株的形态和生理生化反应结果符合嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)的特征;16S rRNA基因序列分析结果显示,分离菌株在系统发育树上与嗜麦芽寡养单胞菌属同一分支,相似性达98%以上。综合菌株QEBG-001的形态学、生理生化试验及16S rRNA基因分析结果,将其鉴定为嗜麦芽寡养单胞菌。药敏试验结果表明,分离菌株对利福平、美福仙(头孢西丁)、左氧氟沙星、氟苯尼考敏感性高。研究结果对养殖生产中用药预防和治疗被嗜麦芽寡养单胞菌感染的齐尔白鲑有实际指导意义。     

基于16S rRNA高通量测序评价患病草鱼体表及肝脏细菌多样性

草鱼是一种重要的淡水养殖鱼类,但因经常暴发细菌性疾病,造成相关养殖产业重大经济损失.利用16 S rRNA基因V4区高通量测序,实现快速评价2个不同养殖池内患病草鱼溃烂皮肤组织和肝脏中细菌的群落结构及多样性.试验结果显示,1号池草鱼皮肤和肝脏的运算分类单元数(611个和875个)较2号池(376个和644个)多;α多样...     

黄海希瓦氏菌胞外产物特性研究

为研究黄海希瓦氏菌(S. smarflavi)AP629胞外产物(ECPs)的致病性,用平板玻璃纸法提取胞外产物。结果显示,SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)发现ECPs蛋白条带主要在114 kDa、66 kDa、39kDa、36 kDa、79 kDa;ECPs具有酪蛋白酶、淀粉酶、卵磷脂蛋白酶和脂肪酶活性,无明胶酶活性;一些金属离子和化学试剂对菌株AP629ECPs的酶活有影响,EDTA、PMSF、SDS、MnCl_2作用浓度分别为10、5、5、5 mM时,ECPs酶活受到不同程度抑制;Ca~(2+)和Mg~(2+)则提高ECPs的酶活,可分别提高3%～19%和12%～28%的酶的活性。菌株AP629的胞外产物人工感染小白鼠和仿刺参试验结果表明,黄海希瓦氏菌AP629的胞外产物不显示致病性。该文为揭示黄海希瓦氏菌AP629发病机理奠定了基础。     

线粒体COⅠ、Cyt b和16S rRNA基因在6种金枪鱼鉴定中的适用性分析

探讨细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)、细胞色素b基因(Cyt b)及16S rRNA基因对主要渔获区的蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)、马苏金枪鱼(Thunnus maccoyii)、黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)、大目金枪鱼(Thunnus obesus)、长鳍金枪鱼(Thunnus alalunga)和正鲣(Katsuwonus pelamis) 6种重要的生食金枪鱼及其易混品种的物种鉴定和进化分析的适用性。采用3对通用引物对6种金枪鱼共63个样品的COⅠ、Cyt b和16S rRNA 3种序列片段进行PCR扩增、测序,并运用DnaSP 5.10、Mega 7.0等软件进行了DNA序列分析、遗传差异分析和进化树分析。结果显示,16S rRNA较为保守,不能很好区分6种金枪鱼,且不能对同一物种不同地理群体进行聚类分析;Cyt b和COⅠ配合使用能很好区分6种金枪鱼,且存在一定同一物种地理群体聚类的趋势。建议COⅠ与Cyt b基因联合用于上述6种金枪鱼的分子鉴别研究。本研究为生食金枪鱼及其制品的物种鉴定及金枪鱼产业的健康发展提供了技术支撑。     

冷藏大黄鱼SSO希瓦氏菌致腐能力差异机制初探

为探讨特定腐败菌(SSO)希瓦氏菌(Shewanella)致腐能力的差异机制,采用生化和16S rDNA鉴定冷藏大黄鱼货架期终点的产H2S菌,在灭菌鱼汁和无菌鱼块筛选4株致腐差异的希瓦氏菌,扩增氧化三甲胺(TMAO)还原酶基因及分析其表达量,并预测其蛋白质的理化性质。结果显示,22株产H2S菌均为希瓦氏菌属,其中 S.baltica占54.5%,为S. putrefaciens占40.9%,S. hafniensis占4.5%。希瓦氏菌在灭菌鱼汁中致腐能力存在显著差异,其中S. balticaXH2和XH8的缺点评分和TVB-N最高,S. putrefaciensXH14和XH17菌最低。接种无菌鱼块的4株希瓦氏菌中XH2的样品在72h出现腐败气味,48h细菌高于107cfu/g,产生较高的TMA、TVB-N、尸胺和腐胺和,XH8菌次之,XH14和XH17菌最慢。四株希瓦氏菌都扩增出2490bp的torA基因,且torA基因的表达量与致腐能力密切相关,S.balticaXH2最高。预测的TorA蛋白中S.balticaXH2的分子量和不稳定指数最大,理论等电点和总平均疏水性最小。可见,S. baltica XH2为冷藏大黄鱼的SSO,其强致腐能力与torA基因高表达量和TorA蛋白理化性质有关。研究为阐明希瓦氏菌致腐机制奠定了良好的基础。     

1株鲢病原弧菌的分离鉴定

从养殖的患病鲢(Hypophthalmichthys molitrix)组织分离出1株病原菌CQWL002,革兰氏阴性,短杆状,菌落半透明。经回归感染试验,证明该菌为鲢的病原菌。用API系统结合常规生理生化实验对该菌进行初步鉴定。为了进一步确定该菌的分类学地位,测定了其16SrDNA序列,分析了相关细菌的同源性,构建其系统发育树。结果表明,该菌株与河流弧菌(Vibrio fluvialis)的亲缘关系最近。综合上述几种方法的鉴定结果,最后鉴定株菌CQWL002为河流弧菌。     

3株方斑东风螺病原希瓦氏菌对35种常用抗菌药物的敏感性试验

采用K-B法,测定腐败希瓦氏菌、鲍鱼希瓦氏菌和海藻希瓦氏菌3株方斑东风螺病原希瓦氏菌对35种常用抗菌药物的敏感性.结果显示:腐败希瓦氏菌对大观霉素、氯霉素、头孢吡肟、诺氟沙星、链霉素、复方新诺明6种抗菌药 物敏感;鲍鱼希瓦氏菌对头孢吡肟、大观霉素、头孢噻肟、氨曲南、头孢他啶、头孢西丁、头孢曲松、红霉素、哌拉西林、头孢哌酮、米诺环素、克拉霉素、多粘菌素B、妥布霉素、庆大霉素15种抗菌药物敏感;海藻希瓦氏菌对大观霉素、头孢吡肟、氨曲南、环丙沙星、头孢噻肟、头孢曲松、红霉素、氧氟沙星、左氟沙星、头孢他啶、头孢呋辛、氯霉素、哌拉西林、克拉霉素、诺氟沙星、米诺环素、复方新诺明、链霉素、呋喃妥因、庆大霉素、多粘菌素B21种抗菌药物敏感.     

基于16S rRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系

鲹科鱼类在传统形态分类与分子遗传水平构建的系统分类存在争议,本文通过PCR扩增获得了鲹科（Carangidae）8属9种的线粒体16S rRNA基因片段序列约598bp碱基,结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列,并以大斑石鲈Pomadasys maculates为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA version 3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等,应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示：（1）支持鲹科下设四个亚科（鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科）阶元的分类系统;（2）所测种类鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元;（3）及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近,16S rRNA基因片段序列碱基只有1.07%的差异,未达到分属水平,应同属于副叶鲹属的两个不同种,并建议丽叶鲹的中文名用“丽副叶鲹”。     

鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系

为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析.结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2％、C 24.5％、A 30.0％、G 23.3％;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009 ～0.125,种间遗传距离为0.000 ～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类.结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先分化的原始单系群;无齿鲳科和方尾鲳科为单系群,它们与非单系群的双鳍鲳科有较近的亲缘关系;鲳科为并系群,内部存在与地理区系相对应的2个分支,提示了该科鱼类早期的分化模式.同时,也对16S rRNA基因在鲳亚目鱼类系统进化研究中的适用性进行了剖析.