基于高通量测序和形态学鉴定的马来西亚马塘红树林区浮游动物多样性分析

为评价DNA宏条形码(DNA metabarcoding)技术在海洋生物多样性监测中的应用潜力,本研究中采集了马来西亚马塘红树林保护区(Matang Mangrove Reserve, Malaysia)10个站位(SO1～SO10)浮游动物样品,分别采用宏条形码和形态学鉴定方法分析了浮游动物群落组成和结构。结果表明:以18S rDNA V4区为标志基因的宏条形码方法共鉴定出浮游动物25门88目138属249个操作分类单元(operational taxonomic units, OTUs),而借助光学显微镜的形态学方法仅鉴定出2门6目13属;利用形态学方法鉴定出来的大部分类别(门100%、目83%、属54%)同时也能用宏条形码方法鉴定出来,而宏条形码分子方法鉴定出的大部分类别(门92%、目94%、属95%)却未能利用形态学方法鉴定出来;宏条形码方法根据热点图样本相似性聚类树可将10组浮游动物样本划分为3类(在门和目水平上),即第Ⅰ类(SO1、SO2、SO3和SO6)、第Ⅱ类(SO4、SO7、SO8、SO9和SO10)和第Ⅲ类(SO5),但在属分类水平上,SO4从第Ⅱ类站位划归到了第Ⅰ类中。研究表明:比较两种方法,宏条形码方法不但具有鉴定效率高、花费较低等优点,而且能得到更多的浮游动物种类和丰富度信息;随着DNA宏条形码技术体系的不断完善,数据库不断更新,使得DNA条形码技术的准确性更高,其将在浮游生物多样性评价中具有较高的应用潜力。     

海南省红树林区浮游动物多样性的初步研究

为了解海南省红树林区的浮游动物群落结构及多样性现状,2009年6月对海南省7个主要红树林区进行浮游动物调查,采用Shannon-Wiener多样性指数(H′)、Pielous种类均匀度(J′)、Berger-Parker优势度指数(Y)等进行种类多样性评价。结果表明,调查所采获的浮游动物共有42种,桡足类种类数最多。浮游动物的平均生物量为4.28 g/m3,浮游动物的丰度平均值为245.14 ind/m3。H′甚高,范围在3.35~3.95,J′范围在0.82~0.97,种类多样性非常丰富。     

基于eDNA宏条形码技术的喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性分析

【目的】利用eDNA宏条形码技术探究喀斯特高原人工湖泊鱼类多样性,并综合评估环境因子对鱼类分布的影响,为喀斯特地区水域鱼类多样性评估提供新方法、新思路,也为红枫湖和阿哈湖鱼类保护管理措施的制定积累基础资料。【方法】以红枫湖和阿哈湖为代表采集水样,以Tele 02硬骨鱼类通用引物PCR扩增eDNA,在Illumina NovaSeq 6000测序平台完成高通量测序;对优质序列按照98%相似性进行OTU聚类,生成OTUs表格,通过基因注释获得鱼类物种信息,并以R语言分别进行PerMANOVA分析和冗余分析（RDA）。【结果】在红枫湖鉴定出鱼类32种,隶属于5目11科27属,其中鲤形目鱼类18种,红枫湖南、北湖鱼类群落结构差异不显著（R2=0.08,P=0.562>0.05）;在阿哈湖鉴定到鱼类33种,隶属于6目12科28属,其中鲤形目鱼类18种,各采样点检出鱼类总数差异不明显,保持在28~32种。现阶段的红枫湖和阿哈湖鱼类组成以鲤形目鱼类为主,但存在以日鲈目为主的养殖鱼类生态入侵。红枫湖环境因子与鱼类群落结构差异的决定系数（R2）排序为溶解氧（DO）>总溶解固体（TDS）=水温（WT）>pH>离子氨（NH₄+）,DO（P=0.034）是引起红枫湖各采样点鱼类群落结构差异的主要环境因子;阿哈湖环境因子与鱼类群落结构差异的决定系数（R2）排序为TDS>WT>Tra>NH₄+>DO,TDS（P=0.005）是引起阿哈湖各采样点鱼类群落结构差异的主要环境因子。【结论】现阶段的红枫湖和阿哈湖鱼类组成以鲤形目鱼类为主,但存在以日鲈目为主的养殖鱼类生态入侵。eDNA宏条形码技术在喀斯特高原水域鱼类多样性评估方面具有较好的适应性,可快速监测到鱼类群落结构和空间分布,但通用引物可能对某些鱼类存在扩增偏好性;此外,不同人工湖泊水质理化因子特异性较强,研究环境因子与湖泊鱼类群落的关系时应对每个湖泊单独进行评估。     

基于18S rDNA V4区序列的16种蚜茧蜂系统发育关系(昆虫纲,膜翅目)

利用18S rDNA的V4区序列对蚜茧蜂科部分物种的分子系统进化关系进行了分析.利用MEGA3.1软件NJ、ME、MP和UPGMA 4种方法构建蚜茧蜂的分子系统,从总体上看,NJ树、ME树、MP树和UPGMA树基本一致,按照大的分类阶元,聚类大体上遵循了Aphidiini、Trioxini、Praini、Ephedrini等的界限,这与传统的形态分类结果大致相符.根据这些树所得的一致性指数(CI)和存留指数(RI)都较大,表明整棵树的置信度较高.其中,UPGMA树的CI值和RI值最大,分别为0.8092和0.7126.     

基于18S、28S宏条形码高通量测序和形态学方法的土壤线虫群落多样性比较

为探究不同靶标位点的高通量测序方法以及形态学鉴定方法对土壤线虫群落分析的影响,选取线虫群落复杂程度高的日本进境罗汉松根际土壤样品,设置18S、28S、形态学鉴定3个处理,比较不同线虫群落分析方法对土壤线虫群落分析的差异.结果表明,线虫群落中属的数量分析,18S组、28S组高于形态学鉴定组;除捕食和杂食性线虫的相对丰度在...     

基于高通量测序的野生和养殖台湾白甲鱼皮肤细菌群落多样性分析

为探究野生和养殖台湾白甲鱼Onychostoma barbatulum Pellegrin皮肤细菌菌群组成及其多样性,采用16S rRNA基因V3～V4区高通量测序法,对1龄野生及养殖的健康台湾白甲鱼皮肤细菌进行测序及信息学分析。结果表明：台湾白甲鱼皮肤细菌菌群主要分布在18个门,其中,变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidetes和放线菌门Actinobacteria的菌落数最多;从属水平分析,菌落含量丰富度排名前8的菌主要分布在嗜氢菌属Hydrogenophilus、变形杆菌属Proteus、芽孢杆菌属Bacillus、水栖菌属Enhydrobacter、普雷沃菌属Prevotella、刺骨鱼菌属Epulopiscium、纤维弧菌属Cellvibrio和雷尔氏菌属Ralstonia;细菌群落功能分析显示,这些菌群主要参与氨基酸代谢、碳水化合物代谢、辅因子与维生素代谢、脂代谢、次级代谢产物合成和能量代谢;通过比较野生和养殖台湾白甲鱼皮肤细菌群落发现,厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、疣微菌门和酸杆菌门是台湾白甲鱼中广泛存在的菌群。研...