3种青蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scylla serrata(Forskal)、S．oceanica(Dana)和S．tranquebarica(Fabricius)的线粒体12S rRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示：S．serrata、S．oceanica及S．tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本鲟和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到的三个明显的分枝分别对应于上述3种青蟹,S．oceanica与S．tranquebarica两种间的亲缘关系较近。研究结果支持3种青蟹为不同物种的观点,建议对其进行分别的渔业管理。     

2种相手蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

测定了红螯相手蟹和褶痕相手蟹线粒体12s rRNA基因部分片段的序列,前者为572 bp,后者为576 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为42.5%、37.6%、11.9%、8.0%;42.0%、37.0%、12.5%、8.5%;不包括8处插入/缺失位点,两序列间有48个变异位点,核苷酸差异率为8.42%,其中转换30个、颠换18个,转换与颠换比约1.67.对国内外相手蟹长度为383 bp的12SrRNA基因同源序列进行分析,A T含量为76.6%～81.4%,明显高于G C的含量,且存有84个多态位点.系统发生树的拓扑结构显示,所有的相手蟹分别聚为3大支,代表着3个不同的属即相手蟹属、栉齿蟹属和仿相手蟹属;这与形态学分类结果相一致.     

10种方蟹线粒体12S rRNA基因的序列特征和系统发育关系

对中国沿海10种方蟹线粒体12S rRNA基因部分片段进行了序列测定,其长度为565bp～576bp。它们的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,A+T的含量（71.9%～80.1%）明显高于G＋C的含量;10种方蟹的12S rRNA基因序列比对获得592bp的同源序列（含插入/缺失位点）,共检测到232个变异位点,其中141个为简约信息位点。4种厚蟹（侧足厚蟹、天津厚蟹、日本仿厚蟹和伍氏仿厚蟹）与2种近方蟹的遗传距离（0.105～0.166）都显著的小于与其它方蟹之间的遗传距离(0.222～0.315),甚至明显小于与4种厚蟹原本属于同一相手蟹科的2种相手蟹之间的遗传距离(0.222～0.252);而基于12S rRNA基因片段序列采用NJ法构建的系统进化树的拓扑结构也显示,原本属于相手蟹科的4种厚蟹没有与同属该科的2种相手蟹聚为1支,而是与属于弓蟹科的2种近方蟹聚为1大支,且获得了高达100%的支持率。此结果表明4种厚蟹与2种近方蟹的亲缘关系相对较近,而与2种相手蟹等其它方蟹的亲缘关系则相对较远;因此,支持将4种厚蟹从相手蟹科移到弓蟹科。此外,属于相手蟹科的2种相手蟹聚为1支,属于方蟹科的白纹方蟹和属于斜纹蟹科的瘤突斜纹蟹又各自成为1支;表明12S rRNA基因的分子数据支持其形态学分类结果的正确性,提示上述4科蟹类可能分别为单系。     

基于线粒体COI与16S rRNA基因序列探讨贻贝属的系统发育

比较分析了贻贝属5个种的线粒体DNA COI及16S rRNA基因片段序列,确定了贻贝属的系统进化关系。以翡翠贻贝（Perna viridis）和条纹隔贻贝（Septifer virgatus）为外群,基于距离法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）、贝叶斯演绎法（BI）及贝叶斯联合模型分析法构建分子系统树。系统发育分析结果表明,5种贻贝[Mytilus edulis,紫贻贝（M.galloprovincialis）,盖勒贻贝（M.trossulus）,厚壳贻贝（M.coruscus）,加州贻贝（M.californianus）]在系统树上聚为2支。加州贻贝最为原始,厚壳贻贝次之。其中,紫贻贝和M.edulis具有很近的亲缘关系,而厚壳贻贝和加州贻贝的亲缘关系近。研究结果为贻贝属物种进化、迁移及其育种研究提供了理论基础。     

鲤科25种鱼类线粒体COⅡ基因序列差异及其系统进化关系

采用PCR技术获得了23种鲤科鱼类线粒体DNA细胞色素氧化酶（COⅡ）基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与2种取自GenBank的鲤科鱼类同一基因序列采用CLUSTAL X排序后,序列间未见插入和缺失,在实际分析的600 bp序列中,共有变异位点250个。以台湾缨口鳅作为外类群,用PAUP 4.0软件对序列结果进行统计和分支分析,分别用邻接法和最大似然法构建分子系统树。Kimura双因素模型计算25种鲤科鱼类遗传距离范围为0.018 5～0.237 5,其中,遗传距离值最小是与似（0.018 5）,最大是似刺鳊与大鳍（0.237 5）。分子系统树显示鲤科雅罗鱼亚科、亚科、鲤亚科、亚科和亚科均没有各自形成单系群。雅罗鱼亚科被分为北方类群和东亚类群,北方类群是一单系类群,东亚类群与亚科、鲴亚科、鲢亚科形成另一个单系群。丁与贝加尔雅罗鱼、东方欧鳊、湖拟鲤等聚成一单系群,支持将丁保留在雅罗鱼亚科中的传统分类法。     

两种大眼蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了宽身大眼蟹和日本大眼蟹线粒体12S rRNA基因部分片段的序列,前者为577 bp, 后者为572 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为39.0%、35.7%、16.5%、8.8%;39.3%、 36.2%、 15.8%、8.7%;不包括11处插入/缺失位点,两序列间有75个变异位点,核苷酸差异率为13.18%,其中转换42个、颠换33个, 转换与颠换比约为1.3.对国内外4种大眼蟹长度为331 bp的12S rRNA基因同源序列进行分析,A+T的平均含量为76.6%,明显高于G+C的平均含量,且存有变异位点52个,简约信息位点25个.系统发生树的拓扑结构显示,所有的大眼蟹聚为一支,支持大眼蟹类为一单系.     

2种近方蟹线粒体12S rRNA基因序列的比较研究

测定了绒螯近方蟹和肉球近方蟹12S rRNA基因部分片段的序列,前者为569 bp,后者为570 bp.二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为40.4%、35.7%、14.8%、9.1%;40.9%、34.8%、14.7%、9.6%.不包括1处插入/缺失位点,2种蟹类序列间有45个变异位点,核苷酸差异率为7.91%,其中转换32个、颠换13个,碱基转换与颠换比约为2.5.基于已知的弓蟹科13种蟹类的12S rRNA基因324 bp同源序列构建的系统发生树的拓扑结构显示,弓蟹科的厚蟹属、仿厚蟹属、近方蟹属、绒螯蟹属的蟹类分别聚为一支,支持其分别为一单系.     

基于16S rRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系

鲹科鱼类在传统形态分类与分子遗传水平构建的系统分类存在争议,本文通过PCR扩增获得了鲹科（Carangidae）8属9种的线粒体16S rRNA基因片段序列约598bp碱基,结合来自GenBank的3种鲹科鱼类的相应片段序列,并以大斑石鲈Pomadasys maculates为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA version 3.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等,应用最大简约法和邻接法构建系统树。结果显示：（1）支持鲹科下设四个亚科（鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科）阶元的分类系统;（2）所测种类鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元;（3）及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近,16S rRNA基因片段序列碱基只有1.07%的差异,未达到分属水平,应同属于副叶鲹属的两个不同种,并建议丽叶鲹的中文名用“丽副叶鲹”。     

条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析

采用PCR产物直接测序法分别测定了条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体基因组序列,并对12SrRNA和16S rRNA基因核苷酸全序列进行分析,条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA的核苷酸序列长度分别为948 bp和949 bp,16S rRNA均为1716 bp。试验结果表明,由12S rRNA和16S rRNA基因所构建的两个系统树的结构基本一致,21种鱼主要分为3个大的分支:鲤形目、鲶形目聚为1支,鲑形目独立聚为1支,鲈形目和鲽形目聚为1大支。鲆鲽类与鲈形目的鲹科、鲷科鱼类聚类在一支,且与鲹科的日本竹荚鱼、大西洋竹荚鱼构成姊妹群,支持鲆、鲽类是从鲈形目分化出来的观点,而同属于鲽形目的鳎科鱼类塞内加尔鳎在12S rRNA树中成为一个独立的分支,在16S rRNA树中聚到鲈形目和鲽形目的分支中,并且与鲈形目关系更近些,鳎类是1个特殊类群,其分类地位有待进一步探讨。线粒体基因组序列已提交到GenBank中,序列号为:DQ403797和EF025506。     

中华鳖与砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因序列的比较分析和分子鉴定标记

对中华鳖和砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCR-RbLP分析。研究结果表明：中华鳖、砂鳖线粒体DNA 12S rRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个(37．2％)、121个(21．5％)、145个(25．8％)、87个(15．5％)和207个(36．8％)、120个(21．4％)、145个(25．8％)、90个(16％)。两序列间共有13处碱基不同,序列差异率为2．3l％,中华鳖与砂鳖各自个体间的平均核苷酸序列差异率分别为0．53％和0．36％,种间差异显著;用内切酶MspⅠ酶切两种鳖的12S rRNA基因片段,在砂鳖中可得到大小为519bp和43bp两个片段,而中华鳖无此酶切位点,这可作为准确鉴别中华鳖和砂鳖的分子鉴定标记。从两种鳖线粒体DNA 12S rRNA基因片段碱基的显著差异和MspⅠ酶切位点的变化,可以进一步证明砂鳖是不同于中华鳖的鳖属一新种。     

基于线粒体基因组COI和12S rRNA序列的魁蚶中国群体分类学地位研究

东北亚地区不同地理种群魁蚶(Scapharca brouhtonii)的分类学地位仍存在较大争议。为探讨魁蚶中国群体的分类地位,测定了魁蚶中国群体线粒体基因组COI和12S rRNA序列,并从GenBank中下载了蚶科26种贝类的同源序列进行分析。以贻贝科的贻贝(Mytilus edulis)为外群,用邻近法和最大简约法构建了蚶科贝类的分子系统进化树,分析其分子系统进化关系和分类等级。结果显示,魁蚶中国群体的COI和12S rRNA基因的碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离很小,进化树中聚为一支,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体一致。本研究结果初步阐明了魁蚶中国群体的分子系统进化地位,有利于掌握魁蚶的遗传背景和资源状况,以应用于自然资源的保护和推动养殖业的发展。     

Cyt b和12S rRNA基因条形码在灯笼鱼科鱼类物种鉴定中的应用

灯笼鱼科鱼类种类繁多, 且同属鱼类形态学相近, 因此利用分子标记对灯笼鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。为探讨线粒体细胞色素 b 基因(Cyt b)和 12S rRNA 基因在灯笼鱼科物种鉴定中的适用性, 对西北太平洋采集的 56 尾灯笼鱼进行扩增, 并进行序列对比与系统发育分析。研究表明, 采集的样本包括 6 种灯笼鱼, 分别为瓦氏角灯鱼(Ceratoscopelus warmingii)、长体标灯鱼(Symbolophorus californiensis)、粗鳞灯笼鱼(Myctophum asperum)、 细泰勒灯鱼(Tarletonbeania crenularis)、日本背灯鱼(Notoscopelus japonicus)以及某背灯鱼属鱼类(Notoscopelus sp.)。 核苷酸多态性分析显示, 基于 Cyt b 基因的种内与种间遗传距离比基于 12S rRNA 基因的更大。比较灯笼鱼科 2 种基因序列的结构特征, 发现 Cyt b 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 25 倍, 12S rRNA 基因的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 26 倍, 均符合作为 DNA 条形码的基本要求。系统进化分析显示, 每种灯笼鱼均能形成独立分支, 2 个基因均能对 6 种灯笼鱼类进行鉴别; 但在 Cyt b 基因构建的进化树中, 每种鱼类能更好与数据库中已有的序列进行聚类。综上所述, Cyt b 和 12S rRNA 作为 DNA 条形码可以有效地对灯笼鱼科鱼类物种进行鉴定, 且 Cyt b 基因在系统进化关系的研究上具有更高的适用性。     

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。     

Characterization of the 26S Proteasome S7 Subunit Gene and Its Expression during Regeneration in Apostichopus japonicus

The 26S proteasome, which includes 20S core and 19S regulatory particles, plays an important role in removing harmful and/or unnecessary proteins. In this study, we cloned a 2443‐bp full‐length cDNA sequence of the S7 subunit of 19S from the sea cucumber Apostichopus japonicus, including a 70‐bp 5′‐untranslated region (UTR) and 1070‐bp 3′‐UTR coding for a theoretical 435 amino acid protein. Sequence analysis showed that S7 belongs to the ATPases associated with a wide variety of cellular activities (AAA+) superfamily. S7 was widely expressed in different tissues as determined by real‐time quantitative polymerase chain reaction, and its expression was gradually upregulated in the regenerating body wall. Combined with histological observations, our results suggest that the S7 subunit or the 26S proteasome assembled based on S7 may be associated with the regulation of cell migration and cell cycle during body wall regeneration in A. japonicus.     

西施舌线粒体COI与16S rRNA基因片段序列测定及其分析

测定了西施舌江苏群体样品的COI与16S rRNA基因片段序列,并分析了西施舌与蛤蜊科另外2个经济种类的系统关系.结果显示,西施舌的COI基因片段长度为578 bp,16S基因片段长度为450 bp,序列的平均AT含量分别为:65.1%(COI)和62.2%(16S);与四角蛤蜊及中国蛤蜊的系统关系分析表明,西施舌与这2种类的亲缘关系远于这两者之间.     

基于28S rRNA基因对3种枝吻纽虫的鉴定及其系统发育分析

中华枝吻纽虫（Ｄｅｎｄｒｏｒｈｙｎｃｈｕｓｓｉｎｅｎｓｉｓ）、湛江枝吻纽虫（Ｄ．ｚｈａｎｊｉａｎｇｅｎｓｉｓ）和疣多枝吻纽虫（Ｐｏｌｙｄｅｎｄｒｏｒｈｙｎ ｃｈｕｓｐａｐｉｌｌａｒｉｓ）因其在形态学和组织学特征上差异较小,致使其分类地位存在争议。基于２８ＳｒＲＮＡ基因序列及形态学和组织学特征对采自北海和湛江的３种枝吻纽虫进行分类地位鉴定,结合来自ＧｅｎＢａｎｋ的其它纽虫序列,分析了它们之间的系统发育关系。中华枝吻纽虫２１个个体共检测到长度为１０４５ｂｐ的２个单倍型;湛江枝吻纽虫的４个个体的长度均为１０３８ｂｐ,共检测到２个单倍型;１个疣多枝吻纽虫个体的长度亦为１０３８ｂｐ。中华枝吻纽虫的２个单倍型以及湛江枝吻纽虫的２个单倍型之间的遗传距离均为０．００１;而３种枝吻纽虫２８ＳｒＲＮＡ基因序列的遗传差异很大,彼此之间的遗传距离都在０．０９８以上。分子系统树（ＮＪ）的拓扑结构也显示,３种枝吻纽虫没有聚成１支,而是各自成支,结果支持３种枝吻纽虫分别为独立有效物种;同时也表明３种枝吻纽虫并非单系,乃至枝吻纽虫属（Ｄｅｎｄｒｏｒｈｙｎｃｈｕｓ）的２种枝吻纽虫也并非单系。     

基于16S rRNA高通量测序的长江口日本鳗鲡幼体肠道微生物群落研究

为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道...     

钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究

为研究钱塘江粗唇(鮠)与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇(鮠)的细胞色素b基因片段序列.用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树.     

基于SRP模型的新安江流域生态脆弱性评价分析

生态脆弱性研究对发现生态环境问题,开展生态保护与修复具有重要的意义。新安江流域的跨省生态补偿机制成功运行,彰显了生态文明思想的力量。本文选取能够真实贴切反应流域生态环境的指标构建生态敏感性—生态恢复力—生态压力度模型（SRP模型）,运用层次分析法结合专家打分对指标权重进行赋值,在500m×500m的栅格尺度下叠加生态红线的划定对新安江流域2015-2020年的生态脆弱性进行评价与分析,同时为区域的生态保护与修复提出对策建议。主要结论如下：1）新安江流域整体的生态状况良好,极度脆弱区占比仅在1%左右,且与人类活动强度的空间耦合性较好,呈现由中部核心地区向周围逐渐衰减的态势;2）5年期间,流域生态敏感性向好发展,生态恢复力略有下降,生态压力度维持稳定态势。整体生态脆弱性结构稳定,虽然脆弱性强度值下降了0.12,但86.6%的区域脆弱性等级未发生变化;3）县域尺度上,脆弱性变化出现“马太效应”,生态环境较脆弱的屯溪区、徽州区和黟县生态脆弱性上升,而生态环境较好的祁门县、休宁县和黄山区的生态脆弱性下降;4）流域的生态红线保护区受人类生产生活影响较小,基本无极度脆弱区存在,但是对于水源涵养功能保护区的维护力度还需加大。