基于线粒体控制区Dloop序列的长臀鱼危种群遗传结构分析

【目的】了解长臀Cranoglanis 3个种群的野生资源状况,并对3个种群的物种有效性进行分析。【方法】采用线粒体控制区Dloop基因序列测定技术, 分析了珠江水系、海南水系和越南红河水系长臀种群的群体遗传结构及其变异。【结果】在检测的84个个体中共得到43个单倍型,呈现出较高的单倍型多样性与较为贫乏的核苷酸多样性,其中海南长臀C. multiradiatus群体的单倍型多样性（Hd=0.871）和核苷酸多样性（Pi=0.006 4）最低;Tajima’s D中性检验以及核苷酸不配对分析均表明,3个长臀群体趋于稳定,未经历过大规模的种群扩张。Fst分析发现,海南长臀同珠江长臀C. bouderius、红河长臀 C. henrici产生了一定的遗传分化,而珠江和红河群体未发现明显遗传分化,从遗传距离来看,珠江和红河长臀净遗传距离为0.000。【结论】长臀野生资源较为贫乏,且海南群体最为严重;认为应将珠江长臀和红河长臀归为同一亚种长臀C. bouderius,而海南长臀作为长臀的另一个亚种。     

基于线粒体控制区Dloop序列的长臀(鮠)种群遗传结构分析

[目的]了解长臀(鱼危)Cranoglanis3个种群的野生资源状况,并对3个种群的物种有效性进行分析.[方法]采用线粒体控制区Dloop基因序列测定技术,分析了珠江水系、海南水系和越南红河水系长臀(鱼危)种群的群体遗传结构及其变异.[结果]在检测的84个个体中共得到43个单倍型,呈现出较高的单倍型多样性与较为贫乏的核苷酸多样性,其中海南长臀(鱼危)C.multiradiatus群体的单倍型多样性(Hd =0.871)和核苷酸多样性(Pi =0.006 4)最低;Tajima's D中性检验以及核苷酸不配对分析均表明,3个长臀(鱼危)群体趋于稳定,未经历过大规模的种群扩张.Fst分析发现,海南长臀(鱼危)同珠江长臀(鱼危)C.bouderius、红河长臀(鱼危)C.henrici产生了一定的遗传分化,而珠江和红河群体未发现明显遗传分化,从遗传距离来看,珠江和红河长臀(鱼危)净遗传距离为0.000.[结论]长臀(鱼危)野生资源较为贫乏,且海南群体最为严重;认为应将珠江长臀(鱼危)和红河长臀(鱼危)归为同一亚种长臀(鱼危)C.bouderius,而海南长臀(鱼危)作为长臀(鱼危)的另一个亚种.     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA(mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prionace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明:165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%,T为36.40%,C为18.61%,G为11.53%,G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数(Hd)在各个采样点都较高,平均值为0.997 3±0.001 4,核苷酸多样性指数(π)为0.015 10±0.000 91,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值(Nm)和低遗传分化指数(Fst)揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA ( mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prion-ace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明：165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%, T为36.40%, C为18.61%, G为11.53%, G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数( Hd )在各个采样点都较高,平均值为0.9973±0.0014,核苷酸多样性指数(π)为0.01510±0.00091,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值( Nm )和低遗传分化指数( Fst )揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

基于线粒体DNA控制区（mtDNA Dloop）序列分析瓢鸡的遗传多样性

 采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区（mtDNA D loop）第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明：在所分析的Dloop区序列中（520bp）,T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位点,其中24个为转换,3个为颠换,序列突变率为5.19 %;序列存在13种单倍型,单倍型多样度(H)为0.883±0.028,核苷酸多样度(π值) 为0.01503±0.00099,表明瓢鸡群体内遗传变异较丰富。瓢鸡样品可划分为A,B,E,F,G等5个世系,在NJ无根系统树上聚为5大枝,揭示瓢鸡在遗传组成上具有5个母系血统来源。     

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。用CLUSTAL X 1.81软件进行序列比较,其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点,全部为转换无颠换,序列突变率为5.29%。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.935,核苷酸多样度(π)为0.01479,平均核苷酸差异数(k)为7.541。运用Mega4.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。文昌鸡样品在NJ无根树上聚为4大分支。研究结果表明,文昌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示文昌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析

为给羚牛(Budorcas taxicolor)秦岭亚种的保护和管理提供有用的信息,调查陕西省秦岭羚牛3个野生种群线粒体DNA(mtDNA)控制区357bp片段的遗传多样性和种群结构。结果显示,67个羚牛个体碱基组成为A+T的平均含量(56.3%)高于G+C含量(43.7%),3个群体mtDNA控制区的变异位点为60个(约占总位点数的17.29%)。核苷酸多样性(Pi)为0.007 48,平均核苷酸差异数(K)为2.052。67个个体分属4个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.127。说明秦岭羚牛群体mtDNA控制区序列遗传多样性较低,群体间的基因交流较少,有可能出现近亲繁殖的情况。     

基于线粒体控制区的中部太平洋黄鳍金枪鱼种群遗传结构的研究

根据2010年9月-2012年1月,我国远洋捕捞船在太平洋中部(16°S~8°N;160°W~155°E)的7个采样点采集到的101个样本,利用线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)基因的585 bp序列,分析了它们的遗传多样性和遗传结构。结果显示,585 bp片段中发现23个变异位点,80个单倍型;序列多样性分析结果显示,7个采样群体单倍型多样性指数h=0.994±0.002和核苷酸多样性指数π=0.00892±0.00038。分子方差分析揭示98.18%的遗传变异来自种群内,群体间的Fst分析揭示黄鳍金枪鱼7个采样群体内部不存在显著的遗传分化。Fu’s Fs呈负值和核苷酸不配对呈单峰,显示了黄鳍金枪鱼大约在335~544万年前经历了种群扩张;基因交流与遗传分化分析表明,该7个采样点的黄鳍金枪鱼群体之间存在强烈的基因交流,种群遗传分化水平较低。黄鳍金枪鱼种群遗传多样性低,为单一种群,应采用合理的有效措施进行管理,确保黄鳍金枪鱼产业的可持续发展。     

基于线粒体控制区序列变异分析宁夏六盘山地区甘肃鼢鼠遗传多样性

宁夏六盘山地区是甘肃鼢鼠的典型分布区,本研究旨在探讨宁夏境内六盘山地区甘肃鼢鼠遗传多样性及其遗传分化。通过测定甘肃鼢鼠线粒体DNA控制区全序列,分析了六盘山地区6个不同地理种群甘肃鼢鼠遗传多样性与遗传结构。获得了长度为894~897 bp的D-loop序列,定义了20种单倍型,共检出72个变异位点,整体的平均单倍型多样性高（Hd=0.988±0.016）、核苷酸多样性高（Pi=0.022 94±0.001 47）。6个地理种群之间地理距离与遗传距离呈极显著正相关关系（P<0.01）。歧点分布和中性检验均说明宁夏甘肃鼢鼠种群数量保持稳定。基于最大似然法（ML）和贝叶斯法（MB）构建的分子系统进化树表明,6个地理种群,得到3个稳定的分支。泾源、固原和隆德种群聚为一支,海原和西吉种群聚为一支,彭阳种群形成独立的进化分支。结果表明,宁夏六盘山地区甘肃鼢鼠各地理种群间因地理隔离及气候、地形的差异产生了较明显的分化,呈现出了较明显的地理分布格局。     

基于线粒体控制区全序列的长江中下游鳊的遗传多样性研究

测定了湖南岳阳、江西都昌、上海崇明3个群体42尾鳊线粒体控制区全序列940bp,发现26个变异位点和15个简约信息位点,共检出28个单倍型。转换/颠换比为45.8。在邻接树上,来自不同地点的鳊混杂分布于各分支,没有出现明显的谱系结构和地理聚群。3个群体间的遗传距离为0.004～0.005,Fst值为0～0.05,表明3个群体间没有显著遗传分化,隶属同一种群。岳阳、都昌和崇明群体的核苷酸多样性分别为0.00501、0.00414、0.00409,单倍型多样性分别为1.00000、0.93407、0.97802,其中岳阳群体的核苷酸多态性与单倍型多样性在3个群体中最丰富,建议优先保护。     

基于线粒体控制区全序列的鹿亚科系统发育分析

测定13种鹿亚科动物线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank获得的12种鹿亚科动物同源序列进行分析,进一步研究鹿亚科物种的分类和系统进化。结果显示,25种鹿亚科动物线粒体控制区序列全长为914～1 072bp,个体间序列差异为0.1%～12.2%,4个属间差异为8.0%～12.2%。构建的系统发育树结果表明,马鹿分为2个不同类群,麋鹿属的麋鹿、斑鹿属的豚鹿以及黇鹿属的黇鹿与鹿属的分化处于属间差异,支持将其并入鹿属的观点,坡鹿为鹿属中最原始的种。     

樱桃谷鸭线粒体控制区的遗传多样性分析

[目的]探究樱桃谷鸭的遗传背景。[方法]通过线粒体D—loop区测序对樱桃谷鸭19个个体进行测序。[结果]结果表明,樱桃谷鸭群体内的核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样度（Hd）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．01434、0．982和10．140,存在4种单倍型,可以将樱桃谷鸭分为2个较大的类群,同时樱桃谷鸭与绿头野鸭、建昌鸭和野生斑嘴鸭有较高的亲缘性。鸭种群线粒体D—loop区序列个体变异程度很小,但种群的遗传多样性水平很高,可用于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。[结论]该研究结果为樱桃谷鸭的多态性位点和单倍型的深入分析提供参考。     

福安水牛线粒体DNA Dloop区遗传多样性分析*

 采用PCR产物直接测序的方法对20头福安水牛的线粒体DNA（mtDNA）D LOOP区全序列进行了测定,并对所得数据进行了比对和分析。结果共检测到16种单倍型,48个核苷酸多态位点,其中单一变异位点9个,简约信息位点39个。在所分析的序列中,T,C,A和G的平均含量分别为27.9%,25.6%,31.9%和14.6%,核苷酸多样度为0.01946±0.00288,单倍型多样度为0.957±0.032,序列间平均核苷酸差异数是17.238,结果显示福安水牛线粒体DNA遗传多样性丰富。系统发育和遗传距离分析显示：福安水牛与河流型水牛存在较大差异,其自身聚为支持率极高的两大支,即世系A和世系B,揭示福安水牛存在两个母系血统来源。     

基于线粒体控制区序列的海南 须鲫遗传多样性分析 新基金（21611426）

测定了海南岛南渡江和万泉河2 个水系33 尾须鲫线粒体控制区5'' 端520 bp 序列,共发现5 个变异位 点,其中简约信息位点4 个,没有插入、缺失,转换颠换比为4,定义了5 个单倍型。万泉河和南渡江群体的单倍型多 样度分别为0.6762(依0.1006)与0.6993(依0.0435),核苷酸多样度分别为0.00249(依0.001849)与0.00260(依0.001887),二者 均处于较低水平。中性检验结果显示Fu''s Fs 为正值且不显著（0.288,P>0.1）,核苷酸不对称分布不呈明显单峰,表明 海南须鲫历史上没有发生快速种群扩张,种群大小相对稳定。2 个群体间没有显著遗传分化（Fst=0.03638,P>0.1）,海 南须鲫群体可作为一个管理保护单位。     

基于线粒体DNA控制区的斑翅草螽不同地理种群遗传分化研究

采用PCR扩增结合DNA克隆测序技术,分析了斑翅草螽Conocephalus maculates 9个地理种群mtDNA控制区序列的变异及遗传多样性.切除侧翼RNA基因序列后,最终获得的斑翅草螽mtDNA控制区比对后全长为676 bp,平均碱基组成T(37.8％),C(11.7％),A(41.3％)和G(9.1％).共检测到98个可变位点,占总位点数的14.5％,其中,9处碱基插入/缺失,74处转换(40个T/C,34个A/G),50处颠换(18个A/T,11个T/G,15个A/C,6个C/G).共定义46个单倍型,其中,4个为种群间共享单倍型(H02、H05、H08和H10),其余42个为各种群独有单倍型,包括6个种群内共享单倍型(H09、H11、H15、H18、H26和H38).单倍型总数占实验个体总数的69.7％,除四川峨眉山外,其余种群单倍型百分比均＞50％.通过两两地理种群间的FST值差异显著性检验,将这些群体分为4组,分别为SC+CQ,GX+FLB+HN+YN,XZ和HB.以长瓣草螽C.gladiatus、峨眉草螽C.emeiensis、悦鸣草螽C.melaenus、竹草螽C.bambusanus为外群,构建的斑翅草螽mtDNA控制区单倍型NJ法系统树形成3个自举支持度较高的分支,其中,分支A由28种单倍体组成,包括本研究中除四川峨眉山(SC)和重庆万州(CQ)以外的7个种群;分支B由12种单倍体组成,包含除菲律宾拉乌尼翁(FLB)和江西南昌(JX)以外的7个种群;分支C由6种单倍型组成,全部来自西藏林芝(XZ)的单倍型.聚类结果表明,斑翅草螽不同地理种群间的遗传分化并不明显,即使是两两群体间FST值差异显著的群体,也未能形成完全独立的分支.     

中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析

测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列,发现91个可变位点,64个简约信息位点。在45尾样品中共检测到43个单倍型,3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99～1)和(0.02522～0.02579),表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。在真鲷个体NJ树上出现3个谱系,各谱系中不同地理来源的个体比例相当,不呈现明显的地理聚群,推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。Tajima’sD呈负值但不显著(P0.08),表明真鲷历史上没有发生快速扩张,种群大小稳定。群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001～-0.0188)但不显著(P0.1);AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%),而群体间的遗传变异很小(-0.49%);表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。     

基于线粒体控制区分析固始鸡遗传多样性和起源进化

为探究固始鸡遗传多样性和母系起源,以73只固始鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,获得固始鸡线粒体DNA控制区全序列,并与19条红色原鸡序列构建系统发育树。结果表明：固始鸡mtDNA控制区全长为1 231或1 232 bp, 1 231 bp个体在859 bp处存在C缺失。73只个体共发现15处单核苷酸多态位点,为6种单倍型。遗传多样性分析表明,固始鸡平均核苷酸差异数(K)为5.287,核苷酸多样度(Pi)为0.004 29±0.000 13,单倍型多样度(Hd)为0.600±0.034。系统发育分析显示,6种单倍型可分为A和C 2个分支,A分支与原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,C分支与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)、原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)、原鸡指名亚种(Gallus gallus gallus)以及原鸡印尼亚种(Gallus gallus bankiva)聚为一类,推测固始鸡可能有多个母系起源。这一研究为从分子水平探究固始鸡遗传资源保护和开发利用提供参考。     

基于线粒体Cytb基因的口虾蛄种群遗传结构研究

为促进口虾蛄Oratosquilla oratoria资源的可持续利用及遗传多样性保护,采用线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列分析方法,对口虾蛄黄海群体(连云港群体LYG)、东海群体(南韭山群体NJS、南麂岛群体NJD、福州群体FZ)和南海群体(珠江口群体ZJK)进行了遗传变异分析,进而确立了其种群遗传结构。结果表明:所有群体总的单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.976±0.010、0.039 25±0.019 13,其中福州群体的单倍型多样性指数最高(0.987±0.035),南麂岛群体最低(0.931±0.046),珠江口群体的核苷酸多样性指数最高(0.064 84±0.033 02),连云港群体最低(0.003 59±0.002 17);分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自组群间,且遗传分化极显著(变异系数为73.88%,P<0.01),连云港群体、东海群体及珠江口群体内遗传分化均不显著(P>0.05);两两群体间的遗传分化系数(F_(st))分析表明,连云港群体、珠江口群体与其他地理群体间遗传分化均显著(P<0.05);单倍型邻接系统树和最小跨度树均显示,存在明显的系统发育谱系结构,即谱系A、B、C存在于口虾蛄群体中,3个谱系单倍型类群间也存在显著的遗传分化(F_(st)=0.695～0.842,P<0.01);中性检验和核苷酸不配对分析结果显示,谱系C群体大约在11.0万年前经历扩张事件。研究表明,口虾蛄的种群遗传结构模式可能与其栖息地海洋环境条件及自身的生活史特征相关,系统发育地理格局模式可能与更新世冰期—间冰期气候变化有关,建议在渔业管理上将口虾蛄黄渤海群体、东海群体、南海群体看作3个独立的管理单元。     

基于线粒体Cytb基因的口虾蛄种群遗传结构研究

为促进口虾蛄Oratosquilla oratoria资源的可持续利用及遗传多样性保护,采用线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列分析方法,对口虾蛄黄海群体(连云港群体LYG)、东海群体(南韭山群体NJS、南麂岛群体NJD、福州群体FZ)和南海群体(珠江口群体ZJK)进行了遗传变异分析,进而确立了其种群遗传结构。结果表明:所有群体总的单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.976±0.010、0.039 25±0.019 13,其中福州群体的单倍型多样性指数最高(0.987±0.035),南麂岛群体最低(0.931±0.046),珠江口群体的核苷酸多样性指数最高(0.064 84±0.033 02),连云港群体最低(0.003 59±0.002 17);分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自组群间,且遗传分化极显著(变异系数为73.88%,P<0.01),连云港群体、东海群体及珠江口群体内遗传分化均不显著(P>0.05);两两群体间的遗传分化系数(F_(st))分析表明,连云港群体、珠江口群体与其他地理群体间遗传分化均显著(P<0.05);单倍型邻接系统树和最小跨度树均显示,存在明显的系统发育谱系结构,即谱系A、B、C存在于口虾蛄群体中,3个谱系单倍型类群间也存在显著的遗传分化(F_(st)=0.695～0.842,P<0.01);中性检验和核苷酸不配对分析结果显示,谱系C群体大约在11.0万年前经历扩张事件。研究表明,口虾蛄的种群遗传结构模式可能与其栖息地海洋环境条件及自身的生活史特征相关,系统发育地理格局模式可能与更新世冰期—间冰期气候变化有关,建议在渔业管理上将口虾蛄黄渤海群体、东海群体、南海群体看作3个独立的管理单元。     

新疆野猪mtDNA控制区序列遗传多样性分析

[目的]为研究猪种起源和遗传分化提供依据。[方法]从6个新疆野猪样本中提取基因组DNA,克隆线粒体DNA控制区序列并进行测序。在测定新疆野猪与其他20个国内外猪种间的遗传距离的基础上,对其进行聚类分析。[结果]通过PCR扩增克隆到大小为1398bp的DNA片段,其A+T含量为59.87%,有明显的碱基偏向性。控制区内存在大量的ACACGTGCGT串联重复序列。在6个新疆野猪样本中检测到3个单倍型。群体平均单倍型多样度(H)为0.600,核苷酸多样度(π)为0.00086。聚类分析结果表明新疆野猪与滇南小耳猪、泰国野猪和藏猪具有较近的遗传关系。[结论]新疆野猪与亚洲野猪和中国地方猪种有较近的遗传关系。