毛红椿AFLP体系优化及引物筛选

以江西九连山国家级自然保护区毛红椿天然林为研究材料,对毛红椿AFLP反应体系中的DNA提取方法、酶切与连接步骤、连接产物稀释倍数、预扩增产物稀释倍数等影响因子进行优化,并筛选AFLP多态性高的引物。结果表明：不同提取方法对DNA质量有很大影响,试剂盒法提取的DNA杂质少,质量高;酶切与连接采用一步法完成;连接产物最适稀释倍数为3倍,预扩增产物最适稀释为10倍;利用4个天然居群的毛红椿基因组DNA从64对引物组合中筛选出4对具有多态性扩增条带的引物,总扩增出147个位点,其中多态性位点122个,平均多态位点百分率84.36%,多态性较高,适用于毛红椿AFLP分析的4对引物组合分别是：E1/M6、E4/M7、E5/M3、E5/M8,为毛红椿遗传多样性和种质资源研究奠定了基础。     

银白杨×马氏杨杂交子代及亲本的AFLP分析

为了探讨银白杨、马氏杨及银白杨×马氏杨杂交子代间的遗传多样性参数及个体聚类关系,利用8对引物对银白杨、马氏杨及银白杨×马氏杨杂交子代4个样本进行了AFLP分析。结果表明,8对引物共扩增出780条扩增谱带,其中多态性条带数为715条,多态性比例为91.65%,平均有效等位基因数为1.5017,Nei’s平均遗传多样性指数为0.3065,Shannon平均信息指数为0.4679。不同杂交子代在E-AAC/M-CAG引物对上均有特异性位点,这些特异位点可用于品种鉴定。聚类研究发现,在相似系数为0.76时,试验样品分成2个AFLP群,其中马氏杨为1个AFLP群,银白杨及2个杂交子代为1个AFLP群;当相似系数为0.78时,银白杨和2个杂交子代的AFLP群又划分为2个亚群,其中杂交子代1和杂交子代2聚合为亚群1,银白杨为亚群2。本研究的结果多态性比例很高,对样品的区分率达到100%,为杨树AFLP分析检测提供了指导借鉴价值。     

松树脂溃疡病菌及其近缘种AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对松树脂溃疡病菌及其近缘种进行DNA指纹分析,筛选出10对多态性较高的引物.上述引物在供试的9种17个菌株中共扩增出298条带,其中有多态性带283条,多态性位点百分率为94.97%.每对引物产生的多态性位点百分率在89.29%-100%之间,表明松树脂溃疡病菌及其近缘种间在DNA水平上存在广泛变异.根据AFLP标记结果计算松树脂溃疡病菌及其近缘种间的相似系数,对它们的亲缘关系进行定量描述.聚类分析结果表明,菌株间的聚类与生物学种分类的结果一致.分析引物E-AT/M-CAA绘制的镰刀菌AFLP指纹图谱遗传多样性,确定李瑟组镰刀菌各交配群的特异带、差异带,区分供试的7个交配群.     

部分箬竹属植物的荧光AFLP分析

利用AFLP技术,选择EcoR I/Mse I这一酶切组合,应用9对(EcoR I+3)/(Mse I+3)引物组合进行选择性扩增,检测16种箬竹和5个形态相似的外源竹种的基因组DNA多态性.在21个样品基因组中共获得1 367条清晰的谱带,其中共有条带115条,特异性带273条,特异性缺失条带72条.在16个箬竹样品基因组中共获得1 193条清晰的谱带,其中共有条带190条,特异性带177条,特异性缺失条带98条.这些特异性带或特异性缺失条带可作为识别不同竹种的分子标记.聚类结果表明:所有的箬竹属植物聚成一类,其他5种外源植物聚成一类.此外,AFLP分析提供的分子证据,支持耿氏分类系统(1996),将天目箬竹归入阔叶箬竹中.     

9种胡枝子亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR-PCR方法对9种胡枝子的种间变异进行了研究,从60条引物中筛选出12条能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出202个DNA片段,其中198个片段呈现多态性,占总扩增片段的98%。依据扩增结果进行遗传距离分析,构建了系统树。结果表明:9种胡枝子可以聚为4类,与形态学分类结果并不完全一致。     

山茶属植物油茶组与金花茶组的分子分类

以山茶属5种油茶组植物和20种金花茶组植物的叶片为材料抽提DNA,利用筛选出的16种多态性随机引物进行PCR扩增,将扩增出来的多态型谱带转化为0-1数据,利用0-1型数据聚类软件进行RAPD聚类分析,将5种油茶组植物分为3大类,20种金花茶组植物分为4大类,分类结果与张宏达分类系统大致相同,并对差异很小的一些物种提出了合并建议.     

银白杨×N001杨杂交子代及亲本的AFLP分析

本研究在对选择性扩增引物进行筛选的基础上,对银白杨、N001杨及银白杨×N001杨杂交子代共10个样本进行了AFLP试验,并利用Popgene和NTsys软件分别对遗传多样性参数及个体聚类进行分析。结果表明:筛选出的8对选择性扩增引物,共扩增出969条谱带,多态性条带数929条,多态性比例为95.76%,平均有效等位基因数为1.4329,Nei's平均遗传多样性指数为0.2662,Shannon平均信息指数为0.4161。不同杂交子代在E-ACC/M-CAC引物对上均有特异位点,这些特异位点用于申报优良品种保护。在通过NTsys软件聚类后,在遗传相似系数为0.76时,将10个试样分为2个大支,其中N001杨为1个AFLP群,银白杨及8个杂交子代为1个AFLP群;当遗传相似系数为0.79时,银白杨与8个杂交子代的AFLP群又细化为2个亚群,其中杂交子代2和杂交子代6聚合为亚群1,银白杨和其余6个杂交子代为亚群2。本研究的结果多态性比例很高,对样品的区分率达到100%,为杨树AFLP分析检测提供了较好的应用和指导借鉴价值。     

刺槐AFLP分析体系的建立与优化

以10份刺槐种质资源为试材,通过对影响AFLP反应体系关键因素的优化,建立了刺槐AFLP分析的反应体系,即15ng/μL模板DNA在37℃下双酶切(MseI、EcoRI各0.15U/μL)2h,0.075U/μL T4DNA连接酶连接12h,连接产物、预扩增产物稀释10倍后扩增效果最佳。并利用该体系筛选出引物E+3/M+3,构建了刺槐种质资源的AFLP指纹图谱。     

6个复叶槭品种间亲缘关系的RAPD分析

采用RAPD法对复叶槭5个品种及1个芽变品种进行基因组DNA多态性分析,从300个引物中筛选出具有丰富多态性的20个10bp的随机引物,这20个引物共扩增出170个DNA片段,片段大小在200bp～2800bp之间,其中多态性谱带为112条,多态率为65.88%,表现出较为丰富的RAPD多态性;利用UPGMA进行遗传距离计算的结果表明,6个复叶槭品种间的亲缘关系和遗传距离均有较大差异.     

白蜡属优良种质资源亲缘关系的AFLP分析

为了探讨白蜡属植物种间、品种间亲缘关系以及同品种不同区域间的基因型差异,利用荧光AFLP分子标记技术,采用8对Pst I/Mse I引物组合对90个白蜡种质进行了DNA遗传多样性分析。结果表明:8对引物组合扩增出1 630条带,其中多态性条带1 399条,平均多态位点百分率为85.8%,平均有效等位Ne基因数为1.258 8,Nei’s平均遗传多样性指数为0.171 7;Shannon平均信息指数为0.286 9,表明白蜡属种间具有丰富的遗传多样性。采用NTSYS-PC软件的DICE法计算样本间的相似系数,UPGMA法进行聚类分析,结果表明,白蜡属植物种的聚类结果与传统的分类结果基本一致,绒毛白蜡及新品种(鲁蜡1号-鲁蜡4号)、美国紅梣及新品种(鲁蜡5号、鲁蜡6号)、美国白蜡及新品种(红叶白蜡、秋紫白蜡、秋火白蜡和秋欢白蜡)聚为一类;秦岭梣、庐山白蜡、花曲柳、中国白蜡、和窄叶白蜡聚为一类;不同之处在于花具花萼的象蜡树和对节白蜡与花无花萼的欧洲白蜡、水曲柳、新疆小叶白蜡和狭叶白蜡聚类为一类,象蜡树和水曲柳的亲缘关系较近,对节白蜡和象蜡树的起源与分类学地位有待于进一步的研究。说明AFLP标记技术能较好地揭示白蜡属种质资源的亲缘关系及演化规律,为种的分类及亲缘关系分析提供有力参考依据。     

分子标记法和形态学特征对杏仁栽培种及野生种基因型的遗传关系构建的辨别

应用23个形态学特征,19个扩增片段长度多态性(AFLP)引物组合,80个随机扩增多态DNA(RAPD)引物和32个简单序列重复(SSR)引物对,比较三种分子标记法在29个杏仁栽培种和3个野生种遗传关系构建中的信息景和效率.根据预期杂合度的评价,与AFLPs和RAPDs相比,SSRs具有较高水平的多态性和较大的信息量.AFLPs预期朵合度值最低,但其辨别效率值最高,因为AFLPs能揭示每个反应中的大量条带,导致各种类型的多样性指数均较高.三种分子标记法对杏仁基因型的辨别效率均较高,只是SSRs无法辨别‘Monagha'和‘Sefied'杏仁基因型.三种分子标记法基因型相似性相关系数统计上显著,但SSR数据要低于RAPDs和AFLPs的值.尽管三种分子标记法树形图拓扑结构存在一些差异,但相似性水平均较高.SSRs、RAPDs和AFLPs的系统树图及其综合数据都能依据地理散布反映大多数栽培种的关系.AMOVA检测到每个地理组中栽培种和野生种的变异.辅助程序分析表明,实验所应用的标记物数量足以保证基因相似性估计的可靠性和标记法间的比较是有意义的.     

叶籽银杏种质遗传多样性的AFLP评价

文章对来自日本和中国的8株叶籽银杏亲缘关系进行了评价,从64对EcoRI／MseI引物中筛选出7对清晰、多态性高的引物,对8个叶籽银杏种质的亲缘关系进行了AFLP分析。7对引物共产生841条谱带、240个特异位点和749条多态带,多态带的比例平均为89．06％,每对引物鉴别效率达到100％,所有种质之间相似系数（SC）在0．48～0．78之间,表明叶籽银杏单株问存有较大的遗传变异,中国的叶籽银杏具有较丰富的遗传变异。     

腰果混杂群体的遗传组成分析

利用AFLP分子标记技术对54个单株构成的腰果混杂群体的遗传组成进行分析,评估其遗传变异水平,旨在为合理有效利用该资源提供科学理论依据。结果显示,筛选出的8对引物组合共扩增出467条谱带,其中,多态性带为179条。多态性带百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为38.33%、1.383 3、1.150 4、0.094 6和0.149 2。遗传距离的变异范围在0.017 1~0.250 5之间,平均为0.103 5。UPGMA聚类结果将54个样株归于4个复合组和2个独立组。     

苹果属种、杂交种及品种之间关系的AFLP分析

用AFLP技术,对72个苹果属植物样本(34个种、变种、杂交种及38个品种)进行遗传多样性分析.在64对AFLP引物中选出6对引物进行扩增,得到有效谱带1692条,其中多态谱带1547条,多态谱带比率为91.4%.对72个样品的试验数据进行聚类分析,它们的相似系数为0.54～0.82.在相似系数0.60处参试材料被分为4大类,即佛罗伦萨苹果(Malus florentina)为一类;绿苹果组(Sect.Choromeles)和多胜苹果组(Sect.Docyniopsis)分别各聚一类;花楸组(Sect.Sorbomalus)、脱萼组(Sect.Gymnomeles)和苹果组(Sect.Malus)聚为一类,所有苹果品种和观赏海棠品种全聚在原产亚洲的花楸组、脱萼组及苹果组中.亚洲原产的苹果属植物对于苹果及观赏海棠品种的发展起重要作用.根据试验结果及文献资料,支持将佛罗伦萨苹果组(Sect.Florentinae Cheng M.H.)成立单种组;建议将原属花楸组植物除佛罗伦萨苹果外,全部并入苹果组;取消脱萼组,将其组内的植物全部并入苹果组.     

Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Based Genetic Diversity Studies in Betel Vine (Piper betle L.)

Betel vine has been identified as an important cash crop in India. It is a vegetatively propagated plant and more than 100 landraces (cultivars) are cultivated in India. They are often named after the localities where they are grown. To assess the molecular genetic diversity among 10 betel vine cultivars, amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers were used. Five AFLP primer combinations produced 323 bands of which 155 were polymorphic, leading to a 47.99% polymorphism. Average polymorphic information content (PIC) was 0.14 over all primer combinations. Genetic similarity was calculated from the Jaccard's similarity coefficient (r) value for all accessions which varied from 0.39 to 0.81, with an average of 0.60 implying a medium level of genetic variation between investigated cultivars. Cluster analysis divided the cultivars into two main clusters where M2 and M3 were closely related but F3 was separate from all others. The cluster analysis based on AFLP data indicated that cultivars were not grouped according to their geographic place of collection but rather by genetic relatedness. The principle coordinate analysis (PCA) of the markers was linked to the dendrograms generated by employing UPGMA.     

Genetic fingerprinting using AFLP cannot distinguish traditionally classified baobab morphotypes

Baobab (Adansonia digitata L.) is one of the predominant tree species in West African agroforestry systems. A local morphological classification system is used by farmers, identifying trees with desired or undesired combinations of traits. This study evaluates the genetic significance of these morphotypes by comparing local identification with AFLP marker information. Eight morphotypes were recognized by seven ethnic groups from Benin, Ghana and Senegal, among 182 sampled baobab trees. Five primer pairs were used for DNA fingerprinting, resulting in a total of 254 scored bands, of which between 94.1% and 100% was polymorphic within morphotypes. Generally, genetic fingerprinting did not correlate with the traditional morphological identification of Adansonia digitata. Probably, AFLP markers are not directly linked to the differences in phenotype or the traits used for the traditional classification are largely dependent on environmental factors. Since no genetic differentiation is found between the morphotypes, a morphotype-based approach in the collection of genetic variation for conservation programs is not advisable. A. E. Assogbadjo and T. Kyndt equally contributed to this work.     

Genetic Relationships among Prunus mume var. pendula Using AFLP Markers

Genetic relationships among Prunus mume var. pendula were studied by using AFLP markers. 18 accessions representing 14 cultivars ofPrunus murne var. pendula were selected from the germplasm collection at the Research Center of China Mci Flower. Seven Mse I-EcoR I AFLP primer combinations revealed 450 legible bands, and 269 of which were polymorphic markers. A similarity matrix was prepared using the simple matching coefficient of similarity and Nei‘s (72) distance coefficient. A UPGMA dendrogram demonstrated the genetic relationships of the cultivars. The information given by AFLP markers was basically consistent with the morphological classification and the evolutionary history of the morphotypes, and roughly supported the new revised classification system for Chinese Mci Cultivars. But there were still several exceptions: 1) the ‘Guhong Chuizhi‘ inserted between the ‘Tiaoxue Chuizhi‘ and the ‘Danfen Chuizhi‘; 2) the ‘Wufu Chuizhi‘ kept off the Pink Pendant Form, and the ‘Moshan Chuizhi‘ was removed from Viridiflora Pendant Form; 3) the ‘Danbi Chuizhi‘ and the ‘Shuangbi Chuizhi‘ of Viridiflora Pendant Form got together well but fell within the Pink Pendant Form.     

引进葡萄柚品种基因资源的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术,对引进的9个葡萄柚品种基因资源进行分析,评价引进资源的遗传多样性,揭示遗传结构和品种间亲缘关系,为引进葡萄柚品种的进一步开发利用和遗传改良提供基础信息。结果表明,筛选出的7对引物共扩增出263条带,多态带比率为7.22%。多态性标记百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数在物种水平分别为7.22%、0.023 4、0.008 0、0.6592和0.258 5,而在品种水平它们分别为2.41%、1.024 1、1.013 2、0.008 0和0.012 2。基因分化系数Gst为0.659,表明葡萄柚的遗传差异主要来自于品种之间。9个品种间的遗传距离变幅在0.000 5~0.037 1之间,平均为0.025 8。基于UPGMA的聚类结果将9个品种分为2组,火焰、矮化、亨路比、哈路比、帕利斯和瑞路比聚为一组,里德马叙、里约红和星路比构成另一组。     

16个早实核桃良种遗传多样性的FISH-AFLP分析

采用FISH-AFLP技术,筛选9对E+3和M+3引物组合,对我国首批16个早实核桃良种进行了基因组DNA水平上的检测,结果表明:共获得1 072条可统计的条带,其中946条呈多态性,平均的多态性带百分率达88.12%;经9对引物检测的16个品种基因型各不相同,均得到数目不等的特征带,并能将16个早实核桃良种完全区分开。研究分析了早实核桃良种的遗传多样性和亲缘关系并建立了它们的指纹图谱。     

云南河谷构树的遗传多样性研究

以云南省境内金沙江、元江、红河和怒江流域自然分布的构树为试材,采用AFLP分子标记技术对90份构树种质资源进行了遗传多样性分析研究.结果表明:筛选出的7对引物组合共扩增获得786条清晰可辩的条带,其中,多态性带632条,多态性条带百分率达80.4％,平均每对引物组合检测出90.3个多态位点.分布于4条水系流域的构树居群间,金沙江流域构树居群的遗传多样性水平最高,Nei's基因多样性指数为0.145 5,而元江流域构树居群的遗传多样性水平最低,Nei's基因多样性指数为0.1129.4个构树居群间的遗传分化系数为0.038 6,表明构树的遗传变异主要存在于居群内不同个体之间.在遗传距离为0.003时,4个构树居群可分为2组,第1组由金沙江流域的构树居群构成,第2组包含分布于红河、怒江和元江流域的3个构树居群.