西瓜花叶病毒2号南瓜分离物的鉴定及其外壳蛋白基因序列分析

 利用电镜和酶联免疫吸附测定法(ELISA)在黑龙江省采集的南瓜病样中检测到西瓜花叶病毒2号(WMV-2)。再利用免疫PCR (IC-PCR)和反转录PCR (RT-PCR)方法,扩增获得其外壳蛋白(CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,该分离物CP基因全长为852个核苷酸,编码由284个氨基酸组成的31.8 kDa蛋白。与国外已报道的WMV-2 CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.2%~94.0%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.5%~98.1%。与国内2个分离物相比,和山西分离物核苷酸和氨基酸的同源性都达到98.5%,和郑州分离物核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.5%和95.0%。     

菜豆普通花叶病毒长豇豆分离物外壳蛋白基因的序列分析及原核表达

 根据普通生物学和血清学特性,长豇豆病毒病的病原被鉴定为黑眼豇豆花叶病毒(Blackeye cowpea mosaic virus,Bl CMV)、豇豆蚜传花叶病毒(Cowpea aphidborne mosaic virus,CABMV)和黄瓜花叶病毒(Cucumbermosaic virus,CMV)。     

黄瓜花叶病毒丹参分离物的鉴定和外壳蛋白基因序列分析

 丹参(Salvia miltorrhiza Bge.)为唇形科鼠尾草属草本植物,以根入药,是我国一种常用大宗中草药。近年来河北安国中药材基地丹参上一种退化病十分严重,该病田间发病率高,有的田块高达60%~80%,表现为花叶、斑驳、卷叶、黄化、矮化等症状,严重影响了丹参的产量和品质。我们利用生物学、电镜观察、血清学方法和基因序列测定等方法对病原进行了初步研究,发现黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)与该病害密切相关     

甘蔗花叶病毒福建分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

 A fujian isolate of Sugarcane mosaic virus named SCMV-FJ was isolated from infected sugarcane. Cloning and sequence analysis of the coat protein gene of this isolate was carried out. A pair of primers was designed and synthesized based on the nucleotide sequences of coat protein genes of sugarcane mosaic viruses reported. The coat protein gene of SCMV-FJ was amplified from the extracted total RNA of the infected sugarcane by using RT-PCR, and cloned into the pMD18-T vector. The sequencing result indicated that the cloned segment included a 1137 bp open reading frame(ORF) and a 228 bp 3' untranslated region, in which the ORF comprised the whole coat protein and part of the nuclear inclusion b. The nucleotide and the deduced amino acid sequences of the coat protein gene were compared with those of the other isolates or strains of SCMV subgroup reported in GenBank. The result showed that it shares 56.8%-97.1% and 55.3%-99.4% homology in nucleotide and the putative amino acid sequences, respectively, with the highest amino acid homology of 99.4% with SCMV-D. Thus it was identified as a SCMV-D. This experiment provided a rapid, sensitive and relatively inexpensive method for RT-PCR detection of SCMV. At the same time, the cloning of SCMV-FJ coat protein gene provided the foundation for plant gene engineering against SCMV.     

黄瓜绿斑驳花叶病毒山西西瓜分离物外壳蛋白基因序列分析

通过病毒dsRNA分离技术、非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)技术和RTPCR等手段对采自山西太谷的西瓜病样进行了检测与鉴定,确定其为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)所侵染。为明确CGMMV西瓜分离物(CGMMV-SXTG)的分类地位,本研究进一步克隆了CGMMV-SXTG的外壳蛋白基因(coat protein,CP)全序列并进行序列分析,系统进化树分析显示该分离物与亚洲分离物亲缘关系较近,而与欧洲分离物亲缘关系较远,表明该病毒的不同分离物在分组上可能与地域有一定的关系;接着对不同分离物的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析,结果表明该分离物与中国山东分离物(TANG)同源性最高,分别达到99.8%和99.6%。     

菜豆黄花叶病毒中国和叙利亚蚕豆分离物外壳蛋白的序列分析

 病毒病是影响云南省蚕豆生产的重要病害。对采集的蚕豆病毒病标样进行了组织印迹法检测,表明菜豆黄花叶病毒(BYMV)是最主要的病原。据此,以BYMV基因的保守序列设计了一对特异性引物,用BYMV的5个中国云南蚕豆分离物和1个叙利亚蚕豆分离物侵染的蚕豆叶片总RNA为模板,RT-PCR扩增获得了长度为907bp的目标片段。序列分析显示,此片段中包含822bp的外壳蛋白序列。6个分离物间的外壳蛋白核苷酸和推导编码蛋白质的氨基酸序列的同源性分别为86.4%~100.0%和96.7%~100.0%。与GenBank登录的34个具有完整外壳蛋白序列的BYMV分离物进行同源性和系统进化树分析的结果表明,6个分离物在核苷酸和氨基酸水平上与其它分离物的同源性分别为79.1%~97.9%和83.5%~98.5%,BYMV中国蚕豆分离物与日本蚕豆分离物同源性最高。外壳蛋白基因的序列特征揭示,在BYMV中的蚜传相关基序为NAG。     

苹果茎沟病毒梨分离物外壳蛋白基因的克隆和序列分析

 选取生物学和血清学特性存在较大差异的苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)梨分离物P-6-1-17、P-4-1-69、P-L2和P-D-21,采用RT-PCR法对3'端进行扩增,所获扩增片段经序列测定,全长分别为1089nt(P-6-1-17、P-L2)和1069nt(P-4-1-69、P-D-21)。4个分离物的CP基因均由714nt组成,其核苷酸和推导编码蛋白氨基酸序列同源性分别为89.8%~96.4%和94.9%~97.9%。将我国4个分离物的CP基因与已报道ASGV分离物及分子变种进行序列同源性比较和系统进化树分析,结果表明我国ASGV分离物至少可分为2个组群,其中生物学表现明显不同于其它分离物的P-L2,其CP基因核苷酸序列显示较大的变异。     

甜菜花叶病毒新疆分离物基因组3'末端序列分析

甜菜花叶病毒（Beet mosaic virus，BtMV）属马铃薯Y病毒科、马铃薯Y病毒属，可经多种蚜虫以非持久性方式传播，病毒粒子为弯曲线状，核酸为单分子正义ssRNA。目前只有美国华盛顿分离物的全序列以及斯洛伐克和英国少数几个分离物3’端的部分序列被报道。美国分离物全长9591 nt，3’端具有PolyA尾，编码一个由3086个氨基酸组成的多聚蛋白，与其它Potyvirus病毒一样可切割成10个蛋白，从N到C端依次为P1、HC—Pro、P3、6K1、CI、6K2、NIa—Vpg、NIa～Pro、NIb和CP。对于我国发生的BtMV，1981年Liu等报道了发生于北京地区菠菜上的BtMV，之后研究人员相继报道了黑龙江、内蒙古和新疆等甜菜主产区甜菜花叶病的发生及危害情况，并陆续开展了对BtMV的生物学特性、外壳蛋白分子量测定和氨基酸组分分析、细胞病理学等研究，目前对于我国发生的BtMV的分子结构特征还未见报道。本文报道了甜菜花叶病毒新疆分离物（BtMV—XJ）3’端的核酸序列，并与国外已报道序列进行了比较分析，为从分子水平上明确我国BtMV的分子结构特点、深入研究其编码蛋白的功能打下了基础。     

小麦黄色花叶病毒不同分离物外壳蛋白(CP)基因序列的比较分析

 核苷酸序列分析结果表明,小麦黄色花叶病毒(W YMV)不同分离物的外壳蛋白基因存在一定的差异。邓州分离物CP基因在其31~33nt处均缺失了3个核苷酸,其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致,均为882nt。不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为97.3%~98.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为97.6%~99.3%,外壳蛋白N末端的110个氨基酸和C末端的55个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。潢川分离物有5个氨基酸与其它5个分离物明显不同。WYMV不同分离物外壳蛋白序列分析结果进一步确认了WYMV与WSSMV为Bymovirus属的2种不同病毒。     

芜菁花叶病毒欧亚分离物HC-Pro基因的克隆和序列分析

 16个芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)欧亚分离物分别来自奥地利、丹麦、德国、匈牙利、尼泊尔和英国6国。利用免疫捕获反转录PCR(Immunocapture RT-PCR,IC-RT-PCR)对16个分离物的HC-Pro(Helper component pro-teinase)基因进行PCR扩增,扩增产物克隆后进行序列测定,HC-Pro基因序列长度均为1374个核苷酸,编码458个氨基酸。16个分离物的HC-Pro基因核苷酸序列同源性为79.5%~99.8%,所编码的氨基酸同源性为94.1%~99.8%。对16个分离物及GenBank上已报道的其它14个TuMV的HC-Pro基因核苷酸的系统进化树分析表明:在16个TuMV欧亚分离物中,除了来自亚洲的分离物N23属Asian-BR组,其余15个来自欧洲的分离物都属于world-B组,其中分离物H1归属world-wide亚组,另外14个分离物则归属New World亚组。     

小西葫芦黄花叶病毒外壳蛋白基因的克隆及序列分析

 以小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)的中国分离物(CH-87)接种发病的叶片中提取的总RNA为模板,经RT-PCR扩增获得ZYMV CP基因,将其克隆到pUCm-T质粒上进行序列分析。结果表明该CP基因由837个核苷酸组成,编码279个氨基酸。与已发表序列相比较,该CP基因与国际上已报道的4个基因型不同,应属于新的基因型,暂命名为基因型Ⅴ。     

合肥地区发生的西瓜花叶病的病原鉴定

 从合肥市郊区的西瓜病叶上分离出一病毒分离物,该分离物的热钝化温度为60~65℃,稀释终点为10^-4~10^-5,寄主体外存活期为20~23 d,电镜观察病毒粒子约750 nm×13 nm。参考已发表的小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV) CP基因序列设计引物,RT-PCR扩增得到CP基因片段。将该CP片段克隆到pGEM-3Zf (+)中,测序结果表明,该CP基因全长840 nt,共编码279个氨基酸,与国内报道的ZYMV CP基因的核苷酸序列同源性为83.0%~97.3%,氨基酸序列的同源性为91.8%~99.8%,证明该分离物为ZYMV。     

基于外壳蛋白基因序列对3种葫芦科作物病毒的分子分析

 从山西运城的南瓜(Cucurbita moschata)、河南开封和孟津的西葫芦(Cucurbita pepo)上通过ELISA分别检测到南瓜花叶病毒(Squash mosaic virus,SqMV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)和番木瓜环斑病毒西瓜株系(Papaya ringspot virus-Watermelon type,PRSV.w),通过接种分离纯化获得其病毒毒原(CH99/211,CH99/113,CH99/69)。本研究克隆了这3个分离物的外壳蛋白基因,应用DNAStar、Clustal X、Phylip等分析软件将这些序列同已报道的相应序列进行分析并构建系统树。结果发现SqMV可以分为两个组,CH99/211分离物与美国的Arizona分离物接近,应属于z组;WMV分为两个组,CH99/69同国内黑龙江分离物(WMV-HLJ)和云南分离物(WMV-CHN)最接近,成一小簇;PRSV分成两个组。CH99/113属于Ⅱ组,与国内SP、MZ和BN分离物接近。序列分析表明PRSV和WMV在进化上具有地理相关性。SqMV和PRSV-W外壳蛋白基因序列分析属国内首次报道。     

藜草花叶病毒外壳蛋白基因的克隆与RT-PCR检测

 The nucleotide sequence of coat protein (cp)gene of Sowbane mosaic virus (SoMV)was determined. The cp gene of SoMV consists of 726 nucleotides and encodes a putative protein of 241 amino acid re-sidues. Sequence comparison showed that SoMV was most closely related to Rubus chlorotic mottle virus compared to other sobemoviruses. A primer pair was designed for the detection of SoMV based upon the determined cp nucleotide sequence. An expected fragment with 510 bp could be obtained from SoMV, while no specific band was observed from the healthy control. The result showed that the RT-PCR assay with the primer pair was suitable for the specific detection of SoMV.     

南瓜果实中黄瓜绿斑驳花叶病毒的RT-PCR检测及cp基因序列分析

以来自甘肃的南瓜果实样品中提取的总RNA为模板进行RT-PCR扩增，序列测定和分析结果表明：扩增片段包含CGMMV的外壳蛋白基因和3’非编码区，证明南瓜果实中存在黄瓜绿斑驳花叶病毒，将其印基因序列与来自国内不同地区的其他CGMMV分离物进行序列比对，发现国内各分离物间的同源率高，有很近的亲缘关系。     

Nucleotide sequence of the coat protein gene of Mirafiori lettuce virus

 The coat protein (CP) gene of Mirafiori lettuce virus (MiLV), a tentative member of the genus Ophiovirus was isolated and sequenced. The established sequence consists of 1514 nucleotides including one open reading frame (ORF) with 1311 nucleotides that encodes 437 amino acids with a relative molecular mass 48 543. When the ORF was expressed in Escherichia coli, the obtained protein was confirmed as CP by Western blotting using an antiserum against MiLV. Database searches showed that the CP gene of MiLV has a sequence similar to that of Citrus psorosis virus (CPsV), the type species of the genus Ophiovirus. The comparison between MiLV and CPsV CP genes revealed that the identities of the nucleotide and amino acid sequences were 46.5% and 30.9%, respectively. Received: July 29, 2002 / Accepted: October 2, 2002